宗教信仰将洛克菲勒带往慈善事业。虽然在十九世纪八十年代末期，洛克菲勒的收入与捐款不成正比（收入达一千三百多万美元，而捐出仅十几万美元），但是他仍默默地在此路上摸索，希望将他的钱有意义、有成效地用出去。所以他有他捐钱的原则：第一，若捐给学校，他拒绝捐助校舍的兴建及日常花用，而要把钱放在学校的基金上。
第二，他不喜欢任何学校或组织将所有的经费来源全放在他身上。
第三，当他发现所捐赠学校、机关和医院的钱都未被好好利用，使他十分失望时，便转而将钱投入有组织的社会团体，像浸信会教育团体就替他安排了很多项真正需要的捐款。
第四，他每次都希望他的捐献是一种抛砖引玉的行为。
第五，除非受益人能证明该项捐款将用入正途及用得经济有效率，否则洛克菲勒是不会轻易允诺捐赠的。
可见，洛克菲勒即使捐款也不忘经济的原则。虽然，他捐钱时开出五大条件，但并不喜欢以捐款名义出风头，他往往是用匿名的方式去捐的。
洛克菲勒深信一句名言：“少许的钱财带来自由，过多的财富带来苦恼。”当他的财富直线上升，各处的人们都对他纷纷要求，他一面要把握原则，一面又想帮助市民，却往往无法两全其美，变成有钱也难送的局面。所以洛克菲勒很头痛，希望把钱聚起来好好地贡献给社会一些具体有用的事情上。在1885—1890年间，洛克菲勒一年的红利约有一千五百万到两千万美元，而每年捐款才三五十万美元，所以人们议论纷纷，他自己也觉得应该多做善事。于是，兴建大学的念头萌生了。
1890年以前，美国只有哈佛和约翰普金斯大学。到1890年之后，因为社会进步，生活安定，人们求知欲增强，于是一口气创办了好几所大学，如斯坦福大学、克拉克及芝加哥大学。因为洛克菲勒总觉得自己捐款的方式太零散，所以考虑到教会人士的建议——兴办学校。建立大规模的学校，提高社会的素质，设立一所大学完全可行。建议的人又分为北、西两派。北派的首要人物是洛克菲勒的亲家史强先生，他主张洛克菲勒在纽约创建一所由浸信会管理的大学。西派是古特史壁先生、凯特先生和哈珀先生，他们三人主张在西边的芝加哥设一所学院。史强是个理想崇高但与现实有些脱节的读书人，他建议洛克菲勒在纽约设一所研究院类型的高等学府，聘请一流师资，招收精华学生，再加上永不枯竭的基金，让这些天资优秀的学生不必忧愁学费，全心全意地学习，为社会训练出领导人才，而将美国文化带到更高的境界。他要求洛克菲勒捐两千万美元开创这间理想学府。洛克菲勒三思之后，觉得史强太理想化，他认为美国社会当时还没有发展到那一步，社会不需要这种高等学府。反之，洛克菲勒认为美国当时需要较普遍化的学院，能使一般人受益。结果，洛克菲勒没有即刻答应亲家的要求，将办大学的事搁了下来。
洛克菲勒因为捐款给摩根派克神学院，而与古特史壁常有书信往来，并由此而认识年轻聪明又有魄力的哈珀先生。他更由两位处得悉神学院的事情，原来神学院与老芝加哥大学相关，但因资金不足，已渐走向结束的道路。正当大学负债累累之时，又传来老芝加哥大学的名教授哈珀聘于耶鲁大学的消息。因此，于1886年，更加速结束了芝大短暂的命运。就在此关键点，浸信会开了一次会议，讨论如何挽救各大学及神学院的命运。会中出现了一个注重实际、善于分析的教士，他就是日后芝加哥大学创办人之一的凯特先生。他在会中被选为执行秘书之后，发表了一些很好的建议。他主张由他拟稿，写一份调查表格，寄往各地的教会，看社会和教会真正的需要所在，再着手兴学。
经过统计研究之后，凯特下结论说，应该在芝加哥大学的旧址先开办一所有实力的学院，再慢慢扩充成大学。因为他认为中西部及大平原区上的各大州居住的都是浸信会基督徒，但在那么广阔的一片土地上却没有一所像样的大学，所以他建议浸信会把所有富裕的教友聚集起来，一起创办一所好大学。不久，1888年，浸信会的教育团体在华盛顿开会，一致通过凯特先生的建议，兴创大学的事终于展开了。
在筹备初期，洛克菲勒就知道他再也不用愁捐款的事了，这间大学的事会令他忙一阵。他看中昔日芝大的名教授，他认为只要哈珀出马，就已成功了一半。此外，他仍徘徊在办大学与办学院之间，拿不定主意。他私下是想由小慢慢办到大的，于是凯特想了个好办法。他主张洛克菲勒先办一个小学院，让哈珀一面在耶鲁教课，一面指挥筹备工作。等小学院稳住脚步，再扩建成大规模大学，届时就有理由请名教授来芝城主持教务了。洛克菲勒的反应并不十分热烈，只写了封信给哈珀，告诉他在短期内，芝加哥最好先办小学校，慢慢再扩大。
凯特急着想要洛克菲勒给他一个承诺，于是忙着找他谈论。正好那天洛克菲勒与凯特同路，共搭一辆火车。凯特日后对该程的火车描述得很生动。他说：“我一心一意以为上了车，就会有一篇长谈，然后决定政策方针。但一上车，我又不好意思急着开口。我想，当然应该让这位标准油田的老板先提，我不禁对此人打量起来。我注意到洛克菲勒的衣着，他穿得十分干净，虽然衣服的质地都很好，但全身没有俗不可耐的戒指、铰链等等饰物，领带上连别针都没有。更令我难忘的是洛克菲勒付小费的方法，他先抓一把零钱放在手上，也不说给多少，让侍者们拿取他自己认为应得的数目。”
结果，凯特等了一个下午和晚上，直到第二天早上洛克菲勒才跟他讨论正事。洛克菲勒建议他着手筹备，并拟定一份完整的计划。
筹备工作落在凯特、古特史壁及哈珀三人肩上。凯特负责筹募金钱、管理基金，古特史壁负责游说西部的人士支持该校及公共关系方面的事务，哈珀当然是策划校方的课程及师资方面的事。他们三人将施展各自的才华，创办这所日后造益青年的学府。
1889年，在波士顿浸信会召开大会之前，芝加哥方面估计要一百四十万美元。洛克菲勒把凯特请去商量捐款事宜，凯特都有很详细地记载。前一天晚上，洛克菲勒和凯特在晚餐上讨论，不得要领。第二天一早，凯特又去见洛克菲勒，两人在洛克菲勒的公馆前面徘徊，认为至少要一百万美元才能办好这所学院。洛克菲勒先说他一人可以提供四十万美元，凯特游说了一番，请洛克菲勒承担六十万，另外四十万美元让大会去筹。洛克菲勒起先还犹疑不决，两人由屋前踱到第五街，洛克菲勒突然停下来，面对着凯特首肯了。凯特的记载上写着：“虽然日后我曾由他手中接过更大、更沉重的款项，但没有一次像第一次这样令我兴奋，尤其在几个月忧心的猜测之下，洛克菲勒那一声允诺，使得那个五月的早晨变得更亮丽了。”
在同年的5月18日，浸信会终于在波士顿的提蒙礼拜堂召开大会。首先，史强宣布浸信会终于要在芝加哥办一所学院，随即凯特先生公开洛克菲勒的来信，告诉教友他一人将捐助六十万美元作为建校的基金，希望以抛砖引玉的方法招来更多的捐献，共同建立这所学院。教友们自然纷纷响应，在数个月内又收到三十多万美元，一半以上是教友捐赠，其他是由商人及芝加哥以外的人士捐赠的。捐献的人士之中，有许多是犹太富商，还有许多后来成为老芝加哥大学的校友。然后，马修费尔得捐出一片十亩的土地作为校产。
一旦经费筹好，校址选定（就在费尔得捐出的土地上），浸信会的教育团体就选出该校的董事会，着手开办学校了。1889年7月9日，董事会第一次开会，9月10日芝加哥大学成立，9月18日董事会推选哈珀出任校长。
哈珀当选之后，并没有即刻上任。他拖延的理由有二：第一，他不愿因全心全意办学校，管理行政，而放弃学业上的研究。第二，他认为一百万美元实在办不好一个规模大而又有实力的好大学，所以他没有马上辞去耶鲁的工作。反之，洛克菲勒爱才，看到哈珀年轻有为（当时他才三十四岁），认为该项工作非哈珀莫属。于是，洛克菲勒愿意再谈。哈珀开了八个条件，主要的仍是希望一面办学校，一面研究学问；以及在财政方面，洛克菲勒需要无条件再拿出一百万美元，支持该校的神学院。当凯特把条件转告给洛克菲勒时，洛克菲勒一口答应了所有的大前提。在继续与哈珀本人研究了两天的细节之后，哈珀才接下重任，不但洛克菲勒松了一口气，所有的教会人士都知道有了哈珀，芝加哥大学必会成功。
有了基金及支持，哈珀就积极地展开了工作。校址当然设在费尔得所捐的土地上（又添置了紧邻的一块土地）。此外他请了一百二十位教授，安排许多实际课程。就在他把校会、师资、课程全部安排好，快要开学的时候，突然发愁怕没有学生来注册。显然他的顾虑是多余的。第二天，当校园钟声响起，有六百多名学生开始了他们的大学生涯。
对洛克菲勒来说，那一笔六十万美元的捐款只是第一步罢了。日后，他源源不绝地将款项投入，不但帮助该校度过了1893年的经济不景气时代，还造就了无数人才，直接地帮助了大众，间接地贡献社会。最令人称赞的是：洛克菲勒本人从不求取什么，他只是默默地在一旁支持着整个学府。直到他去世后，学校才将一间礼拜堂命名洛克菲勒。洛克菲勒又达到他个人的第二个愿望——捐钱要捐得值得，用得经济、有效率，要有抛砖引玉的功能，还要造福大众。在这一方面，他又获得了全面的胜利。