五是“回回哈的司”与“回回掌教哈的所”的设置。元代是中国回族共同体形成过程中的一个重要时期。回族的主要来源之一是13世纪初叶因成吉思汗西征而东迁的阿拉伯、波斯及中亚各族穆斯林，他们在元代官书、私文中被通称为“回回”，是当时色目人中最重要的组成部分。东来的回回人大部分为军士、工匠，一部分则为官员、商人、教士和文人等。元朝建立时，回回人已散布中国各地，因而有“元时回回遍天下”之说。由于回回人在元朝建国过程中有着特殊功绩，因而蒙古统治者对他们往往给予较高的政治地位，这在客观上有助于回回人力量的壮大。加之与汉人、蒙古人及东迁的西域其他民族之间的通婚和社会经济联系，元代回回人逐渐在新的环境下不断整合，至元代末年，逐步发展成为一个以伊斯兰教为纽带的新的民族共同体。随着他们的大批东迁，作为其精神导师或宗教生活引导者的伊斯兰教教士，自然也会伴随而来。而当时蒙古统治者对各种宗教均“没有偏见，不舍一种而取另一种，也不尊此而抑彼……也就是说，对各教一视同仁，不分彼此”。在这样一种普遍宽容与优礼的政策下，不少穆斯林教士纷纷进入中土，在各地自由、广泛地传播其信仰。元朝给予他们较高的地位与待遇，朝廷还为其专设户籍，以示优待，这在客观上推动了伊斯兰教在中国的广泛传播。元朝通常以波斯语音称穆斯林为木速蛮（Musulman），或木速鲁蛮等，汉语一般以回回称之。蒙古人也有称撒里塔，或撒儿塔兀勒（Sartaul）的。而对伊斯兰教的宗教人士则有答失蛮、迭里威失、达失蛮、大石马、哈的等多种称呼。答失蛮是最普通的称谓，是波斯文Dashmand的译音，意为学者、有智慧的人。根据其当时的地位和作用，它类似于现代清真寺的掌教，职责为掌管礼拜寺和为伊斯兰学校主持诵经、祈祷及负责宗教教育等事物；迭里威尔，是波斯—阿拉伯语DarVish（或Dewish）的译音，原意为穷人、乞丐，引申义为苦修者，是对伊斯兰教苏非派传教者的称谓，他们以苦修、静养、避世为务，因而元代汉文记载较少提及；哈的，是阿拉伯语qadi的译音，意为法官，是掌管穆斯林内部“刑名、户婚、钱粮、词讼”等事务的宗教法官。元朝以职业和族属将帝国内居民各自划分入籍，在其诸色户籍中，就专设有“答失蛮户”和“迭里威失户”，他们独立于一般回回民户之外。从朝廷专设“答失蛮”“迭里威尔”户籍来看，元朝伊斯兰教传教者已在中土形成群体规模。而为了加强对这些人的管理，元朝先后设置了“回回哈的司”和“回回掌教哈的所”等机构。回回哈的司是中国历史上第一个专门管理穆斯林事务的官方中央机构，也是元代伊斯兰教在中土深入传播的标志。它的主要职责是管理伊斯兰宗教社团，具体来说就是通过政令对“回回大师”“回回哈的”们的权力作出规定和督察。“哈的”职权有三：一是负责穆斯林宗教事务；二是替蒙古皇室祝寿祈福；三是处理回回人内部的诉讼。“回回哈的司”曾一度依据伊斯兰法处理元朝穆斯林内部事务，全面掌管回回刑名、钱粮、户婚、词讼等。而“哈的”大师依回回体例处理穆斯林内部事务是得到元朝法律保护的。“回回掌教哈的所”则是“回回哈的司”所属的伊斯兰教地方机构。元朝“回回哈的司”和“回回掌教哈的所”的设置，并非一成不变，它曾因元廷内部的政治斗争，屡设屡罢。但元末“回回掌教哈的所”这一机构仍存在于中土各地。约至正初年来华的摩洛哥旅行家伊本·白图泰讲：“中国每一个城市都设有谢赫伊斯兰，总管穆斯林的事务。另有法官一人，处理他们之间的诉讼案。”
六是回族经济、政治、文化、科技活动。唐宋时期，回族先民在华贸易活动日趋活跃，成为自唐以来丝绸古道上络绎不绝的商队中的重要角色。他们的经济活动和日益增长的财富引起社会各方的关注，特别是受到唐宋朝廷的重视，得到了他们在政策上和制度环境上的保护和鼓励。到了元代，农耕和手工业已成为回回人的重要的经济活动。这一时期回回人通过屯田、移边，在边疆与内地开垦出大量的良田沃土，成为元代农业生产的有力开拓者。回回人精通技艺，手工技术发达，元代因而出现了许多具有民族特色的手工行业。而回回商人的足迹遍及国内外，他们积极参加各种商业贸易活动，对元代各地间的经济联系起到了促进作用。
唐宋时期，回族先民在华没有特别的政治活动，也无十分显著的政治影响。但由于他们久居中国，受到中国文化的影响，逐渐“华化”，开始关注中国的社会和政治事务。他们融入主流社会的“华化”进程，本身具有一定的政治意义，说明他们在政治上逐步靠拢中国中央王朝，认同中国文化，有意识地努力去成为中国国民。这种努力也得到中国朝野各方的积极回应，因此，有人考取进士，有的甚至成了中国官吏。在华穆斯林频繁的贸易活动和财富的增加，也产生了一定的社会影响。到了元朝，由于回回人善于理财，加之有很好的文化素养，故除专司回回人军政事务的官职外，元朝在中央及地方各级各类官职中，大量起用回回人，从而为回回人施展其政治才能提供了广阔的舞台。元代自中央至地方，回回政治人物颇众，他们在官府中占据重要的位置，发挥了积极的作用，并以其聪明才智促进、完善了元代的制度建设，从而为元朝政治的发展作出了贡献，出现了许多杰出的政治家。
唐宋时期，回族先民的文化活动，主要表现在对中国文化的学习上。当时政治相对稳定，经济繁荣，文化发达，留居中国的大食、波斯蕃客渐与中国人通婚，同时开始接触和学习中国文化。在唐朝时科举取士的进士中，就有大食、波斯人的后裔。这说明回族先民对中国的历史文化、典章制度深怀仰慕之情，孜孜以学，并且取得了不小的成绩。入宋以后，回回先民的“华化”进程加快，画家、医学家、科技家辈出，蒲寿晟、米芾父子都是当时非常著名的诗人和画家，他们的成就也为中华文明作出了新的贡献。
元朝统治者从特定的民族政策出发，非常重视西域诸民族文化的发展，文化的多样性成为元朝区别于以往朝代的重要特点之一。就语言文字来讲，元朝官方通用汉文、蒙古文和回回文三种文字，朝廷除置有汉国子监、蒙古国子监外，还为东来的西域人专门设立回回国子监，以进行“亦思替非”文和回回语言文字的教授。回回国子监作为专门培养回回语言文字专业人才的官学，为元朝输送了大批优秀人才。当时著名的西域学者，如马九皋、沐仲易、丁野夫、玉元鼎等，都曾为回回国子监监生。许多翰林院、秘书监的回回文士，中央及地方官府中的回回令史、回回译史、回回书写、回回掾史，也都是回回国子监培养的。他们在各自的部门中，为元朝社会政治、经济的发展起了积极的作用。
元朝科举制实行较晚，仁宗延佑二年（1315年）开始正式实行以科举取士的制度。按元制，蒙古、色目人享有一系列科举优惠待遇，这就为回回人中举、入仕提供了优越的条件，在某种意义上也激发了许多回回人积极投身于汉文化的学习。这时的考试命题主要出自朱熹的《四书集注》以及其他经史。考生答题则要求以程朱理学为依据，这在一定程度上促使回回人接受儒家思想教育。而色目人与其他民族同等的录取比例，又使元代产生了一批回回进士、举人，从而客观上推动了回回汉文化教育的发展。元代回回人以极大的热情接受汉文化教育，兴学倡教，蔚然成风。不少人延拜名师，创办书院，投身科举，大兴汉学，因而在元代多民族教育事业中占有重要地位。可以说，大量回回人投身汉学教育，促进了回回人对中华文化的认同，使之最终成为中华民族大家庭成员中新的成员。元代回回人在汉文学中的成就是显而易见的。他们以其特有的自信，积极参与到汉文学创作中，涌现出众多雄踞文坛的诗文大家，其作品显示出很高的思想性和艺术性，为汉文学增色不少。
蒙古人灭阿拔斯王朝后，阿拉伯音乐艺术受到蒙古贵族的偏爱。他们征调大量回回艺人东来，专门隶属于宫廷，为其服务，使得阿拉伯伊斯兰地区的诸多乐器和乐曲传入中国，从而大大丰富了元人的社会文化生活，并对元朝音乐的发展产生了较大的影响。
随蒙古远道东迁的西域回回人，由于带着中世纪高度文明的伊斯兰文化，以及具有高超和优良的技艺，从而受到蒙古统治者的赏识和重用。蒙古帝国在它兴起和发展的过程中，很大程度上借重于伊斯兰文明熏陶下的西域人。西域地区的天文学、数学、地理学、医学及其他技艺亦随着他们的到来得到传播，因而大大丰富了中国古代科技文化的内容。
元代西域和中国密切的联系，使得西域地区的药物、药方被大量介绍到中国。这些药物、药方的输入丰富了中国医药学内容，满足了当时医人行医配药的需要，扩大了中医的用药范围，增加了治疗经验，为中国医药宝库增添了许多新药物，对中医学产生了深远的影响。这些传入的药物、药方，散见于《饮膳正要》《普济方》《本草纲目》等元明著作中，成为中国医药学遗产的组成部分。《回回药方》可能是元代回回药物院曾经使用过的处方集，全书论说分明，既有中国传统医书的风格，又有浓厚的伊斯兰特征。与我国固有的传统医学不同，它是以阿拉伯医学为主，同时包含有中医学内容的著作，是这一时期中阿医学交流的产物。
元代来华的回回人有许多以“户饶良匠”见称，西域地区的建筑工程正是随着他们的东来而传入的。这一时期，东传伊斯兰建筑工程技术主要表现在清真寺建筑上。杭州真教寺是元朝具有代表性的伊斯兰建筑，为元延祐年间（1314—1320年）回回大师阿老丁所建。“寺基高五六丈，扃锔森固”，形制宏伟。寺的主要建筑及礼拜大殿的结构甚为别致。它不以传统木结构而建，只用砖砌，因顶部呈穹隆式，故又称为无梁殿。其壁面亦为砖砌，上旋雕刻，非常精美，纯属伊斯兰风格。真教寺无梁殿的建筑形式，对中国佛教寺院建筑产生了较大影响。在明代，这一建筑结构成为佛教寺院建筑中盛行一时的殿宇结构形式。
七是回族生活习俗的形成。在元朝，回回人虽然“遍及四方”，与汉、蒙古等民族杂而居之，但多数人基本保持着自己的信仰和文化习俗。由于信仰的差异，回回人同汉人的葬俗大相径庭。元初周密记道：“回回之俗，凡死者，专有洗尸之人以大铜瓶自口灌水、荡涤肠胃，秽气令尽；又自顶至踵净洗，洗迄，然后以帛拭干，用纻丝或绢布作囊，裸而贮之，始入棺殓。……棺出之时……令群回诵经。或闻有至瘞所，脱去其棺，赤身葬于穴，以尸而朝于西云。”正因为穆斯林葬礼异于汉人，故当时凡回回、阿儿浑、哈剌鲁人居住城镇，均有自己的墓地。元代回回人的婚俗基本遵守伊斯兰教礼仪。元廷对穆斯林内部婚姻也采取了较为宽容的政策。有关回回婚礼，田汝成说其“婚姻丧葬，不与中国相通”。由于回回人婚礼独特，故每逢其时，常引得众多族外人前来观瞻。
元代西域回回人严格遵守其饮食禁忌。田汝成就云：“元时内附者，又往往编管江、浙、闽、广之间，而杭州尤伙，号色目种。隆准深眸，不啖豕肉。”郑思肖《心史》也谓回回人“俗不食猪”。忽必烈执政时，因回回商人不食非自宰牛羊，朝廷曾通过命令干预穆斯林以断喉法宰杀牲畜，但元廷很快就此予以纠正，并收回这一禁令。回回人散居中华大地，其饮食内容亦逐渐为中土人所熟悉，许多西域实物和菜肴乃为蒙古、汉人所青睐，一些饮食佳品甚至成为王公贵族、内府御宴的桌上餐。在元人记述中，回回人饮食特点主要表现为：以食牛、羊肉为主；主食面粉、米、豆类等；其食品常辅以胡桃仁、松仁、桃仁、榛仁等各种果仁和香料；食物所用作料主要为哈昔泥、稳展、咱夫兰、马思答吉、回回豆子等。在元代多民族统一政体内，各民族间因文化不同而礼俗相异，即所谓“五方之人，言语不通”“殊方异俗”“嗜欲不同”。
虽然蒙古统治者推行各依本俗的政策，但元代东迁西域诸侯居住华夏已久，耳濡目染，广受汉文化思想影响，从名氏、居室、礼仪及立身处世等各方面均受到中国传统礼俗的感染。元朝强调“国家以风俗为本，人道以忠孝为先”。按照朝廷丧葬各依本俗的原则，汉族传统的五服和守丧等仪制得以盛行。而回回人除依本俗丧葬外，其文人、官员中乃也多有改革原俗而从华俗丧葬者，加之回回人多与汉人通婚，一些汉葬习俗也逐渐渗入回回人的生活中。在古代中国，汉人习惯以忠、孝、节、义等伦理来观察社会并规范、支配自己的言行。元朝建立后，汉族士人不断向朝廷建议褒奖忠义、节烈之人，这自然对东迁中土与汉人杂而居之的回回人产生影响，他们遂逐渐把中原汉人的伦理观念纳入自己的行为准则之中。
回族形成和发展的第二个阶段是明清时期，几个重要的事件有力地促进了回族的形成和发展。
一是西域回回内迁。明朝，因中原物产丰富，市场广阔，可谋巨利，西域的回回使臣，纷纷东来，不绝于途。加之朝贡贸易，除去丰厚的赏赐以外，明朝还对西域回回商人封官授职，遂有西域回回不断内迁，或滞留营商，或入仕为宦，经年不归。后经永乐、洪熙、宣德朝，至正统、景泰、天顺、成化、弘治、正德年间，西域回回的内迁逐渐达到高潮；而嘉靖以后，西域回回内迁虽渐趋平静，但仍未停止。在整个明代，入居中国内地的西域回回人数非常可观，仅见于记载的统计数目在十五六万人之多。明代，南洋回回虽有少量入居中国，但不占主流。明代西域回回人入附中国，为回族共同体的形成注入了新鲜血液，壮大了回回人的队伍，有力地促进了回族的形成。