李以35000之众脱出包围，试图前去与约翰斯顿会师，但却不得不首先解决肚子问题，为此他的部队停了两天，结果毫无收获。同时紧追其后的谢里登的骑兵5日趁机占领了李准备南逃的铁路，李只好准备西向而至林奇堡。
6日，李军为谢里登的骑兵和米德的步兵追上，在法姆维尔附近塞勒河，一场激战之后李军几乎瓦解。谢里登发现李只要再给咬紧点，就会投降。
格兰特将他的看法告诉林肯，7日，林肯那时还在西蒂波因特，电令道：“那就紧咬不放吧。”8日，谢里登神速赶至李军前面堵住其去路。这时李军正开进阿波马托克斯村。李伤心地看到他的部队已不多了，（大约只有28000之数），而且那些残兵败将近乎一半人没有武器。
8日晚上，格兰特因为头痛而在一户农家过夜，他将脚泡在芥子粉调拌的热水中，然后在手腕和后颈上敷上芥子膏，并希望明早头痛能消除。
9日晨，李军尝试突围却发现四面八方都是北军。背水一战显然是以卵击石，而假如向西部疏散至森林打游击，最后将变成土匪而使得更多的地方受到灾祸，李无路可走，只有硬起头皮去见格兰特。
格兰特收到李关于商谈投降事宜的函件，头痛霍然而愈。
下午，李按指定来到阿波马托克斯村威尔默·麦克莱恩的家。麦克莱恩以前住在马纳萨斯附近，在南北战争刚开始的时候，他在那里的家被邦联用作指挥第一次布尔渊战役的总部。为了躲避战火，他把家迁来这个偏僻的小村，却还是躲不脱。这次他的房子被联邦军队用于结束战争。
两位总司令在一家农舍见了面，李穿着一身崭新制服，腰悬宝剑，手戴鹿皮手套站到格兰特面前。格兰特其时身穿一件旧军衣，皮靴上溅满了泥污，只有肩头的三颗星表明他的中将身份。格兰特有些不好意思，解释说因军需基地不在附近故不能穿戴整齐。
随后两人开始聊一些往事，18年前他们在墨西哥打仗时见面，为此在李的两次提醒下才开始拟订投降条件。格兰特所提的条件相当宽大：在签署假释状后，各官兵返回家园，他们可带回一匹马或一头骡子以便种地。格兰特后来在回忆录中写道：“看到一个英勇奋战多时、并为某个事业忍受了多少痛苦的人失败了，我当时的感受绝不是欢乐。”而整个北部却为此欢声雷动。
华盛顿在9日晚得知李投降的消息。10日黎明，首都上空鸣礼炮500响。激动的人们欢呼雀跃前往白宫，那里当天人山人海，人们注视着林肯经常出现的窗口，看到塔德挥舞着一面旗走了出来，人群立刻潮动起来。
晚上，面对高兴的人们，林肯说：“目前出现的这个令人欢欣鼓舞的情况已使得我们的人民情不自禁了，我真感到万分高兴。”
“我一向认为《迪克西》是我听到过的最好的一首曲子。我们的在那边的对手企图把它据为己有，可是昨天，我已采取正当手段把它争夺过来了。我曾向司法部长提出过这个问题，他正式宣判那是我们合法的战利品。”他并请求乐队演奏该曲。
5. 最后一次演讲
当举国若狂之际，林肯却并不高兴，或者说是轻松不起来。他所要面对的任务还很繁重，因为关于重建问题已经因路易斯安那州而起了争议。
11日晚，他就此问题作了演讲，他首先说：“我们今晚不是悲哀地、而是满怀喜悦地举行集会。”特意否定悲哀，并不表示快乐，正好证明了内心的某种矛盾或挤压在心头的某种不快，直欲去之。
林肯说，重建工作困难重重，“你无法找到一个全权机构作为打交道的对象。任何人也无权代表其他人放弃叛乱。我们只能完全从一些无组织的意见不一的分子开始，慢慢从中理出一个眉目来。”
引起争议的还有脱离州到底是在联邦之内还是在联邦之外的问题，也就是脱离州是否自杀的问题。林肯说，讨论这个问题只会使得我们的朋友们闹分裂，不过，“我们大家都一致认为，所谓的脱离州已同联邦脱离了正式的实际关系，而联邦政府对待这些州的唯一目的，不论在行政方面还是军事方面，就是要使它们恢复同联邦的那种正式的实际关系。”
林肯指出，路易斯安那曾根据一项计划试行成立了州政府，那么，“要恢复路易斯安那州与联邦之间的正式的实际关系，到底是支持新政府能快一些呢，还是摈弃新政府能更快一些？”林肯接着谈及该州已取得的成就和摈弃所导致的后果。然后说：“假使说路易斯安那州的新政府和应当建立的那种政府的关系不过像鸡蛋和小鸡的关系，那么我们要很快得到小鸡，就只能让鸡蛋孵化，而不能把鸡蛋打碎。”
林肯煞费苦心地为路易斯安那州政府的被接纳而寻找各种理由。他希望人民对叛乱各州宽大为怀，同时自己也在努力让激进派靠近一些，他提及路易斯安那州没有给黑人以选举权使一些人感到不满，但“我个人倒赞成现在就能够使那些最聪明的，那些为了我们的事业而当兵的黑人享有那种权利”。
林肯深知北部多数白人不会赞成给黑人以选举权（那些叫喊得最起劲的激进的人们只是冰山的表面），但如果同意给部分黑人这种权利，那无异于已将脚套进鞋里，要穿上就只是时间问题了。
另外，他说：“关于路易斯安那州所说的话一般也适用于其他各州。可是每一个州本身都有很大的特点，同一个州又发生那么巨大而突然的变化，再加上这个问题完全是初次碰到，没有前例可循，因而没有办法订出一个独一无二、固定不变的计划，把全部细节和附属条款都妥善地包罗在内。这个独一无二、固定不变的计划必然会成为一个新的纠纷。只有重要原则才可能而且必须是固定不变的。”
林肯还说到在目前形势下他也许会考虑发布一个新的宣言。但他“也许”正在考虑，却是永远“发布”不了了，因为4月14日星期五，因在复活节前，故称耶稣殉难日，这一天，林肯的头部挨了致命一枪。
6. 最后一天
14日，林肯起得很早。近来因重建问题及反叛的弗吉尼亚州议会问题使他颇为不快，12日曾为后者专门致电韦策尔，告诉他坎贝尔法官误会了自己的意思，“我从未说他们是州议会，而始终称他们是‘代表支持叛乱的弗吉尼亚议会那些先生们。’我这样完全是有意的，就是为了使人不可能认为我已把他们看作是一个合法的机构了。”并通知他“现在不能再允许他们集会。但如果有人已经来了，可准许他们安全返回各自的家。”
上午，林肯在自己的办公室与格兰特及内阁成员们开会，格兰特先一天至华盛顿，受到热烈欢迎。会上就如何对待南部作了讨论。斯坦顿提出一项使原有各州的州界完全消除的重建计划，林肯表示不能同意，他说他感到幸运的是国会刚好休会，因而也就可在重开国会之前“使各州重新活动起来”，“使它们的政府卓有成效地着手工作。”并表示他对国会针对南部的复仇情绪并无同感，也不能支持。他不希望流血与进行清洗。
林肯原定当晚8点去福特剧院看戏，并已邀请了格兰特夫妇与斯坦顿夫妇。会议开完后格兰特留下来对总统允许他参加会议表示感谢，同时婉谢了林肯的看戏邀请。
下午两点半左右总统进午餐并召见了副总统安德鲁·约翰逊，让他熟悉自己的重建方针。
吃完饭后一个前奴隶来到白宫，她与卫兵的争执声惊动了林肯，他听取了她的故事，并告知她明日再来，那时关于她的文件会签好，她的要求会得到满足。
然后林肯与夫人坐车出外溜跶了一圈，总统对夫人谈了许多个人以后的打算，他轻松而快活地谈到在任期内想到国外旅行一次，任满后回斯普林菲尔德重操旧业，或干点其他什么，并说“我一辈子从来没这么高兴过。”
随后他去陆军部，卫士克鲁克与他一同前往，这时他的神秘预感又开始发挥作用了。他当选为总统后到目前为止，至少收到了80封恐吓信，甚至有一次被冷枪打落了帽子，但那时他似乎很少将这些放在心上。而现在他对克鲁克说：“你知道吗？克鲁克，我觉得有些人想要我的命。我毫不怀疑他们是要那么干的。”他说的时候认真，镇静而严肃。
在陆军部，斯坦顿向林肯致歉，因为他与夫人不能前往看戏。林肯再邀埃克特，他也表示了歉意。
回白宫的路上，林肯对克鲁克说：“既然已经贴出海报，说我们要去那里，我们不能让人民失望。如果不是这样，我就不会去，我不想去。”克鲁克有点吃惊的，是临别时总统说“再见，克鲁克”而不是如通常所说的“晚安，克鲁克”。
7. 被刺
总统夫妇与接受邀请的H·拉思伯恩少校与他的未婚妻克拉拉·哈里斯小姐一起在晚上8点半以后才到达剧院。接受邀请的克拉拉是参议员艾拉·哈里斯的女儿。他们坐进7号包厢。约翰·帕克负责警卫，他已事先进行了检查，但什么也没发现。
而那时包厢门上已经钻了一个小小的窥视孔。那是约翰·威尔克斯·布思干的。他是一个相当有魅力的演员，同时也是南部的热爱者。他在那天下午钻了那个窥视孔，目的就是想借以了解包厢内总统的动静并伺机进入包厢。
布思还在楼厅通往总统包厢的门后挖了一道槽痕，以便用木板将门堵死。与此同时，他还写下了一封长信，说明他谋杀总统是出于爱国心，他将它交给一个演员，让他第二天拿出去发表。
关于布思谋杀总统是由谁指使有多种说法，一说他是受南部戴维斯政府的指使，并接受其资金开展活动，一说是由于他本人的成名欲望所驱使，一说是斯坦顿等指使干的，后一说特别触动视听。但不管怎样，布思无可怀疑地从很早开始就阴谋绑架总统，在1864年南部节节失利之际，他结识了几个在巴尔的摩和华盛顿一带流浪的南部同情分子，多次策划绑架，但均告失败。李投降后，布思觉得绑架林肯以换取和平已失去意义，遂决定枪杀总统，为南部报仇。
总统夫妇将到福特剧院看戏的公告给了他机会。那天下午他将一切安排妥，然后召集同伙，交给乔治·阿策罗特一支枪，由他射杀副总统约翰逊，阿策罗特不想杀人，他把枪拿去当了，换来一醉，从而使约翰逊躲过一劫；刘易斯·佩恩（或称刘易斯·鲍威尔）被安排去刺杀西沃德，他带了一支手枪和一把砍刀。
晚上10点10分左右，布思溜进了戏院。那天上演的是一曲老戏《我们的美国表兄》，总统看戏总是很投入，这次也一样，他兴致勃勃，而不知危险在悄悄临近。
布思按事先的计划顶住通道门，通道上空无一人，警卫帕克大概不喜看戏溜出去喝酒去了，布思走进包厢门，贴近窥视孔，一会儿之后推开门，悄悄走到林肯背后，用手枪对准总统的后脑勺，扣响了扳机。
拉什伯恩少校听到枪声回过头，发现不远处烟雾迷濛，并看见一个人站在包厢门与总统之间，立即猛扑过去。布思挥起一把猎刀砍伤了他，并趁机跳下舞台，在舞台上他大叫了一声，似乎说的是“暴君的下场总是这样。”随即溜向剧院后门，有人认出他是演员布思，并看着他一瘸一拐地逃了出去，因为他跳下来时跌断了腿。
玛丽听到枪声后回头，发现丈夫耷拉着脑袋一动不动，当意识到发生了什么时，她发出了令人毛骨悚然的尖叫。
那时是拉什伯恩正喊着抓住那人，布思也刚逃出剧院后门不久，反应过来的观众立刻乱作一团。
一个叫李尔的医生迅速来到总统包厢，检查总统的伤口，他是部队助理外科医生。不久又来了两位医生。检查结果证明子弹是从头的左侧进入，到达靠近右眼的地方，没有出口。
总统被一致认定是受了致命伤。
这一夜是美国历史上最为可耻的一夜，总统受了致命伤，国务卿家里也出了事。西沃德家里至少有7人受伤，其中至少1人已伤重无救，西沃德本人正躺在病床上，头上戴着固定钢架，他被刀刺成重伤，然而大概由于钢架的保护作用，他幸免于一死。
奄奄一息的总统被抬到威廉·彼德森的家中，放在一张木床上。斯坦顿和韦尔斯已来到现场。斯坦顿忙进忙出，发号施令，使混乱状态逐步得到控制。
总统的呼吸却无法控制，它一直显得艰难而微弱。这位坚强不屈的人生命力正在失去，但也极为顽强，他将最后的呼吸保持到了1865年4月15日上午7时22分。
8. 入土为安
玛丽在总统死去之前有一次叫道：“你不能死，你必须活下去。”而当他最终没能摆脱死神，斯坦顿说道“他现在是属于一切时代的人物了”时，玛丽似乎也随总统一起到各个时代漫游去了，她受到严重刺激，长期陷入失神状态。
6年后，幼子泰德于18岁之际突然死亡，他曾陪她到欧洲散心，这一打击使玛丽几乎完全精神失常，一段时间里不得不住进疯人院。她死于1882年。
布思拖着断腿逃命，4月26日被击毙。
在布思被击毙之前的4月21日，林肯的灵柩被安置进一辆黑色护罩的灵车里，离开华盛顿，一路经过巴尔的摩、哈里斯堡、费城、纽约、逆着4年前他前往白宫就职时的路线而行，直至斯普林菲尔德。在4年前并不怎么欢迎他的地方，现在差不多是人人含泪。
1865年5月4日，在斯普林菲尔德，数千名群众前来观看了他的葬礼，他们含悲忍痛听取了他的第二次就职演说。
他生前最喜欢诵读并在死前一周还念念不忘的莎士比亚戏剧《麦克白》中的一段台词现在再适合于他不过了：
林肯现已入土为安；纷繁动荡的人生已经结束，如今他在安眠九泉；世上毒谋业已得逞，什么钢刀、什么毒丸，什么内乱、外祸，无论什么，再也不能对他造成灾患。
生前，他常感到疲倦，有人劝他休息，但他知道短暂的休息是没有用处的。“令我疲乏的是我心中无法对付的东西”，现在他不用去对付了。