随着18日朗斯特里特援军的到来，19日在奇卡莫加战斗全面展开，紧接着叛军于20日突破了罗斯克兰斯的战线，北军开始溃退，所幸托马斯将军沉着冷静，指挥若定，率所部坚守阵地，又得两个旅增援，才使北军不致全面崩溃。
托马斯将军由此赢得“奇卡莫加岩石”美称。晚上，北军退至查塔努加坚守。
通常在夏天，林肯都住在华盛顿郊外的“士兵之家”。当20日罗斯克兰斯溃退的时候，林肯被从床上喊起去华盛顿参加斯坦顿召集的会议，林肯随后留在华盛顿静观罗斯克兰斯所说并正经历的这场“严重的灾难”深重到什么程度。
在这场战斗中，最令林肯迷惑难解的大概要算伯恩赛德。从林肯在罗斯克兰斯占领查塔努加并得知他的危险处境后，即令伯恩赛德火速前往增援。
在林肯写给伯恩赛德的一封信中，林肯说他十天来一直致力于让伯恩赛德增援罗斯克兰斯，首先是通过哈勒克，然后是自己直接指令，“而你也反复表示你会这样帮助他”，但是，在收悉伯恩赛德23日来电后，林肯“怀疑我究竟是醒着还是在做梦”，因为“你却仍然坚定地向相反的方向前进”。
林肯举例道，“19日你曾从诺克斯维尔发来一次电报，从格林维尔发来两次电报，承认你接到了命令，并表示你将立即援助罗斯克兰斯。20日你又从诺克斯维尔打来电报，说你将尽你所能，火速驰援罗斯克兰斯。21日你从莫里斯顿发来电报，说你将飞速援助罗斯克兰斯。而现在你23日从卡特车站发来的电报，仍远离罗斯克兰斯，却仍旧说你将援助他，然而没有拿出任何证据证明你在援助他的方面有何进展。”
林肯一般不会大发雷霆，即便在他最为恼火的时候，他也能尽量做得温文尔雅，这使得他发脾气的方式极为特别。伯恩赛德的行为无疑激怒了林肯，而林肯仅仅只是轻描淡写了几句。不过，虽然只是这么几句，如果让伯恩赛德看到，那也一定会有一种剥皮之痛。故像那封写给米德的信一样，这封信也未发出。
伯恩赛德那时正忙着追赶一支游击队，正好与奇卡莫加反向而行。林肯耐心地再去一电：“请带兵去援助罗斯克兰斯，片刻也不要耽搁。”
随后胡克奉命带领30000人从弗吉尼亚赶往查塔努加。这次增援，东西距离1200英里，人数几万，不过却只用了十来天时间。但是，布莱格在罗斯克兰斯躲进查塔努加后，占领了传教士岭和了望山，大炮在山顶瞄准着通往西面和南面的全部道路。
到10月中旬，查塔努加得不到给养补充，已遭饥饿之灾。正在此时，林肯告诉罗斯克兰斯：“我现在认为敌军不会进攻查塔努加，而且我认为你必须警惕，它可能集中兵力对伯恩赛德发起一次强击。你和伯恩赛德现在正扼住了敌人的咽喉，它势必要挣脱你们的控制，否则只能灭亡。”林肯还告诉罗斯克兰斯，谢尔曼与胡克“将在西面和西北面给你以援助，使你有余力顾及东面和东北面。”
林肯之所以提醒罗斯克兰斯警惕敌人强攻伯恩赛德，是因为南部的戴维斯总统在那时视察了布莱格的军队，戴维斯安抚了布莱格手下吵吵闹闹、相互攻讦的将军们，然后提出派朗斯特里特前往消灭伯恩赛德。那时罗斯克兰斯已如林肯所说像一只被打中了脑袋的鸭子，惊慌失措，晕头转向，这一来将必然减轻他的压力。
林肯并适时于10月17日任命格兰特新组建密西西比大军区，并为该大军区司令。这样，从阿巴拉契亚山脉到密西西比河之间的联邦所有军区尽成格兰特麾下。
这项任命是由斯坦顿带去的，他们的火车在印第安纳波利斯相遇了，斯坦顿走进格兰特的车厢，对着格兰特身旁的参谋部军医基托博士说：“我一看就知道你是格兰特将军。”
格兰特似乎并不怎么惹眼，他的外貌像他的衣着一般平常，他通常满不在乎，这使他能处险不惊，当炮弹在他身旁爆炸的时候，其他人一般都会本能地退缩，他却行若无事。
据跟随他三年的记者卡德瓦拉德所述，在围攻维克斯堡的时候，格兰特一次走进一所狭窄且无掩蔽的据点察看军情，“他看到士兵们很不愿意就位到露天的射击孔，于是他便特意攀登到围墙的顶上，指挥士兵们移动武器和安置火力，把自己完全暴露在敌方狙击手的面前。几十颗子弹在空中呼啸而过，可奇怪的是，竟然没有一颗子弹打到他身上或碰到他的衣服，对别人的请求或劝告他毫不在意，就像没听见似的，始终悠然地抽他的烟，只是要同在干活的士兵讲话时，才从嘴里拿掉雪茄。
他的表率作用使士兵们感到难为情，只好装样子拿出勇气，但格兰特离开时已有几个人受了伤。”格兰特也没有什么骄人的天资，但是见过他的人通常都会为他的健壮、果断和干练留下深刻印象。
因此，当他一受命，便即刻致电乔治·托马斯，令其接替罗斯克兰斯，指挥大军不惜一切代价守城。同时，格兰特迅即赶往查塔努加。21日，火车停在亚拉巴马州的布里奇波特，格兰特得从这里骑行55英里至目的地。
山谷小道非常难行，尽管多次枪林弹雨中他都吉人天相，这次他却不再履险如夷，他从马背上摔下受了伤，不得不一瘸一拐步行。关于他骑马摔伤之事还有另一个说法，就是他在新奥尔良的阅兵式上因醉酒而落马，后一种说法强化了格兰特嗜酒贪杯、满不在乎的个性。
两天后，格兰特抵达查塔努加并迅即采取措施突破封锁，建立一条新给养供应线，确保联邦军口腹无虞。同时集结大军，当时联邦军中的三大主力，即托马斯率领的坎伯兰军团、谢尔曼率领的田纳西军团和胡克率领的波托马克军团，分别部署在查塔努加周围，统由格兰特指挥。
11月下旬，三支大军分别展开攻势，胡克首先拿下了望山，而曾在奇卡莫加溃败的坎伯兰军，为报仇雪耻，人人奋勇，猛攻传教士岭，通过一段类似皮克特猛攻葛底斯堡的地段，打破了布莱格阵地坚不可摧的神话。布莱格大军幸有帕特里克·克利伯恩殿后，才不致全线溃败。正是克利伯恩的加强师，顶住了谢尔曼的攻势。
而当克利伯恩退至佐治亚州的多尔顿，谢尔曼即刻挥师东北，驱走朗斯特里特，解救出困在诺克斯维尔的伯恩赛德，这次行动则几乎毫无阻碍，大军所向披靡。
6. 针对铜头蛇的言论与行动
1863年对林肯来说是极为不平静的一年，当他颁布《最后解放宣言》的时候，他就知道他将不可避免地面对那些站出来对此加以反对的人们，这些人不同于拿起枪反叛联邦的南部各州民众，但他们对国家造成的威胁甚至要比反叛各州来得大。
这些人成立了各种各样的组织，什么“众人党”、“美国骑士团”、“金圈骑士”等等之类，他们的一个通俗名称为“铜头蛇”，铜头蛇中最突出的人物就是俄亥俄州民主党人、国会议员克莱门特·伐兰迪加姆。
伐兰迪加姆身高体大，须髯修长，外表颇为不俗。他曾竞选过法官、副州长、国会议员，但多次遭到失败。特别是在他谋求连选国会议员中，因选区划分的不公道而败给了俄亥俄州的共和党人，更使这个牢骚满腹而器量短浅的人气愤填膺，他为此愤愤不平，却不知道林肯曾因同样的原因败给道格拉斯。
伐兰迪加姆对政府横加指责，他认为政府的目的是要解放奴隶，而因为政府专制同时也就使白人成为奴隶，也就是说，政府已不再是为联邦而从事战争，而是已开始为奴隶而战。特别是当北部为失败阴影笼罩之际，伐兰迪加姆的言论极富煽动性。
他的逻辑颇为特别，一再失败的战争为解放奴隶的战争，使白人成为奴隶的战争，而且是被迫应征而从事的战争。因此，自由人若是容忍征兵制，那他们理应失去自己的自由。伐兰迪加姆如一堆散发异味之物，引得铜头蛇如苍蝇云集。伯恩赛德不察，当他来到俄亥俄将俄亥俄军区司令部设在辛辛那提时，不慎一脚踩了上去。
伯恩赛德于1863年4月19日发布第38号令，禁止俄亥俄军区顽固地表示的同情敌人的行为，而且决不容许任何叛国行为。
伐兰迪加姆有意藐视这一命令，号召人们将之踩在脚下。他特别重申，征兵和暂停执行人身保护法是违反宪法的，北部应宣布停战，邀请邦联参加和会，以恢复联邦。伐兰迪加姆情绪激昂地指称总统为“林肯王”，鼓动人们用选票将这个暴君撵下宝座。他忘了如果真是暴君，光靠选票是撵不走的。
伯恩赛德于5月5日逮捕了伐兰迪加姆，军事法庭判决将其监禁，直至战争结束。
伯恩赛德的这一行动引起了轩然大波，民主党顽固派暴跳如雷。在报纸上一致声讨这一专制事件，众议院议长也就此谴责总统。伯恩赛德自感不妙，决定脱掉他沾上污秽的鞋子，遂电告总统，愿意辞职。
林肯对这一事件处理得极为慎重，也极为巧妙，他既不愿铜头蛇利用它兴风作浪，也不愿对伐兰迪加姆之流的行为不加限制，特别是木已成舟，因而在5月26日将对伐兰迪加姆的监禁改为放逐，将他赶至联邦军防线之外。
不过伯恩赛德很能给林肯添乱，林肯需要一个安定的内在环境，因而只要没有什么过激行为发生，就尽量视而不见，对于言论则常听而不闻。
伯恩赛德难以忍受《芝加哥时报》的聒噪，6月1日，以该报“反复表现出不忠和煽动性情绪”而将其查禁。
铜头蛇立即组织了20000人的大会加以抗议，并威胁要烧毁共和党的《芝加哥论坛报》作为报复。
林肯极为头疼。自5月初胡克在钱瑟勒斯维尔败绩以来，没有一件事是值得高兴的。林肯对已配发新造连发卡宾枪的胡克大军寄予厚望，但胡克却大败而归。
伯恩赛德不考虑行动的后果，总制造难题，他蹚了污，总统得将他的鞋擦干净。6月4日，林肯致电斯坦顿撤销对《芝加哥时报》的禁令。
林肯心事重重。5月16日，在纽约的奥尔巴尼民主党召开了一个公众集会，通过了一份决议书。该决议书一方面表示支持联邦的事业，同时对政府的违宪行为，如军事逮捕进行指责，林肯收到该决议书后一直考虑作回答。
在一种紧张情绪下总统恶梦不断，甚至梦见他的小儿子出了事，因而特意叮嘱远在费城的总统夫人将塔德的手枪放好。
他的紧张情绪一直持续到6月12日。他对奥尔巴尼民主党的回答差不多是一发而不可收，他笔势如虹，对军事逮捕、人身保护法、征兵等问题作了一番深入的相关联的思考。
林肯写道，在他就任总统之前，“有人拼命灌输一种思想，即任何州都有脱离联邦的合法权利，而且无论何时若此原则的笃信者们没能选出他们自己喜爱的总统，就可以立刻行使这种权利”，这样一帮人策划叛乱，“为此筹划了三十几年”，并最终在“我当选为总统”时脱离了联邦，而其间政府对他们却未曾采取任何行动加以抵制。这样一帮人，“他们自己可以为所欲为地肆意践踏联邦、宪法、法律、一切的一切，而联邦政府在制止他们的行为时却要在很大程度上受同一宪法的制约。”
林肯认为，“我们面临的是一宗叛乱罪”，“是一宗一目了然的、臭名昭著的、规模巨大的叛乱罪案”。然而，由于自己完全沉浸于对应保障的个人权利的崇敬之中，林肯说，甚至对敌人的一些不需特别的洞察力就可发现的伎俩，也“迟迟没有采取强有力的措施。”
林肯特别强调，“依照法庭程序捕人与在叛乱情况下捕人并不是在同一个基础上进行的。前者是针对着少量的普通而持续发生的犯罪，后者的矛头是指向突发的大规模的反政府起事，这种起事至多是在短时间内得逞或失败。在后一种情况下，逮捕行为更多的并不是针对已经造成的后果，而是针对某种可能会造成的后果。与前者相比，后者更具预防性而不是报复性。”
在处于叛乱的情况下，公共安全需要人身保护法的中止，“如果直到犯下了明文规定的罪行才可以实施逮捕”，那么宪法关于“人身保护法的特权，除了在叛乱或受到侵略的情况下，为了公共安全确属必要不得中止”的条文，“又有何价值可言”！
像李、约翰斯顿等人，“现在都在叛乱战争活动中居于高官显职，而在叛乱开始之时都是在政府的权力管辖下，他们那时几乎是和现在一样以叛国者为人所知。如果我们那时就逮捕或囚禁他们，叛乱活动无疑会遭到很大的削弱。然而他们当中没有一个人那时触犯了法律中明文规定的罪名。”林肯不禁调侃道：“我很可能在某个时候会因为对逮捕得过少而不是过多而受到责难的。”
因此，在叛乱或入侵的情况下，对于逮捕，“无论是哪里的公共安全需要它们”，它们就都是“符合宪法的”。林肯发挥其律师的特长，对各种可能情况都作了说明：“而且无论是在这种逮捕可以阻止叛乱蔓延的地方，还是在叛乱已经蔓延开来的那些地方；也无论是在逮捕可以防止别有用心者对招募更多的军队去镇压叛乱进行干扰的地方，还是在叛乱确实存在的地方；也无论是在这种逮捕可以减少因利诱而开小差者的地方，还是在逮捕将会阻止部队发生兵变的地方，也就是说，在一切对公共安全有益而对叛乱或入侵的危险有所抵制的地方，逮捕行动都同样是符合宪法的。”
不过，对伐兰迪加姆的逮捕是另外一回事，“他之所以被逮捕就是因为他阻挠召募兵员，鼓励开小差的行为，使得我们无法拥有一支充足的武装去镇压叛乱。他之被捕，不是因为他损害了本政府的政治前景或是总司令个人的利益，而是因为他给军队造成了损害，而我们国家的命运恰恰是以军队的存在和活力为靠山的。”
林肯认为，“一个劝阻志愿应征入伍或者是劝诱士兵开小差人，给联邦事业造成的削弱，同他在战场上杀死一名士兵并无多大区别”，因为，“长期的经验已经表明，除非对逃兵处以极刑，军队将无法维持下去”，但是，“难道容许我枪毙一个头脑简单、年纪轻轻的逃兵，却不容许我对那个恶意唆使他开小差的人触动分毫吗？”
林肯主张对唆使、蛊惑者实施制裁，让其伏法，并认为这种行为“不仅仅是符合宪法的，而且也是一种伟大的仁慈之举”。
奥尔巴尼决议案还带着不同政党的意气用事，他们宁愿标榜为“民主党人”而不是“美国公民”。林肯因而指出，他愿意在比任何政党的党纲都高一层的水准上与他们相聚，而且指明，对伐兰迪加姆实施逮捕和审判的是民主党人，拒绝依照人身保护法释放伐兰迪加姆的那位法官也是民主党人，而且所有那些在战场上流血捐躯的高尚的民主党人都赞同对伐兰迪加姆的判决，“至少我尚未听到有一人是对此表示反对的。”