这是亨特第三次不与总统商量的自作主张，而这种自作主张在边界州引起了奴隶主的骚动和误解，于是，19日，“我，合众国总统亚伯拉罕·林肯声明和宣布，合众国政府对于亨特将军公布这样一个命令的意图不知情，没有得到消息也不相信，合众国政府也还没有得到可靠情报证明这个文件是真的。加之合众国政府并未授权亨特将军，或任何其他司令官或个人发布命令宣告任何一个州的奴隶获得自由。这个成问题的所谓布告无论是真是假，就其宣布的内容来说是完全无效的。”
作为陆海军总司令，总统进一步声明，“是否应该宣布任何一个州或几个州的奴隶获得自由，还有，在某个时候、某种情况下，是否非行使这种权力就不足以维持政府的生存，这些问题都属于我的职权范围，我要留给自己去解决。让战场上的司令官去决定，我认为是没有道理的。这些问题与军队里和兵营里的那些内务条例问题完全是两回事。”
总统认为，国会两院不久前通过的逐步废除奴隶制的方式是权威性的、明确的和郑重的建议，这个建议以政府资助奴隶主的方式使奴隶自由，“把一个共同的目标作为共同的事业，对任何人都不加非难。”他对蓄奴州的人们说，“它设想的变化会像天上的甘露一样轻柔地降临，什么也不剥夺，什么也不破坏。你们不赞成吗？过去有那么多好事情没有做，现在你们去做是天意，是无上的光荣。但愿将来的人们不必因为你们没有做到应该做到的事而感到惋惜。”
林肯不能像别人那样在黑奴问题上冲动，因为田纳西、肯塔基和北卡罗来纳西部这些地方的人们不愿意黑人入伍，否则他们就会倒戈相向，这样就会得不偿失，他说：“我不能够持像你们一样的看法。你们也许对，我也许错了，我告诉你们我可以怎样做。我可以辞职请哈姆林先生上台，或者哈姆林先生能够做这件事。”
总统实在有些绝望，有些烦躁不安，他用于很好地打击敌人的武器被一再地滥用，那是件重武器，挥舞起来具有极大的威力，但并不是任何人都能提得起、舞得动的。在不适当的时候气喘吁吁地拿起一件不趁手的兵器实在不是一件好事。
他现在极不愿拿起这件武器，他对边界州的代表们说，如果你们按购买奴隶并使之解放的决议办事，现在战争很可能已经结束了，他仍然认为那是结束战争之最有力、最快的办法，只要他们逐步解放他们的奴隶，表明无论如何不会加入到邦联的一边，那么，邦联也就不会将战争维持多久。但如果边界州决心要维持本州内的奴隶制度，那么，邦联就会抱着一线希望苟延残喘，以期最终赢得他们。
林肯分析道，假如战争继续延长下去，那么，奴隶制度最终要被摩擦和冲突所消灭，而且花费极大，何必不把那些将被战争所吞没的金钱现在先拿到手里来作成此事，否则到被战争耗得人财两空的时候就什么也做不成。因奴隶问题而招致了战争，现在既然用买卖的方式可以解决此事，何必非得白刃相加、干戈相见呢？
“你们作为卖主，国家作为买主”，立刻着手进行逐步解放，“南美洲可供移民的地方多得很，价钱也便宜得很，如果人数多得可以成群结队互相鼓励，那么，获得自由的人就不会那么不情愿去了。”
林肯一再大费口舌，安抚了一部分人，但同时也必然得罪另一部分人，要想面面俱到、各方满意是不可能的，真的会如天降甘露般轻柔地解决这个困扰了美国几十年的大问题吗？林肯自己也不怎么相信，他开始考虑自己去拿起解放奴隶的重武器，因而在7月份的时候他便开始拟订《解放宣言》。
6. 麦克莱伦半岛战役失败
麦克莱伦极令总统失望，而且这个人也可以说是自讨苦吃，他一再延误战机，不肯出击，现在却等来了罗伯特·李，他接替受伤的约瑟夫·约翰斯顿而为北弗吉尼亚军团司令。
早在西弗吉尼亚的时候，麦克莱伦因为升官幸运地避开了与李的对阵，留下李在泥泞与瘟疫中差点就此栽倒，这使他差不多一年的时间毫无建树。后来作为总统的军事顾问，他建议“石墙”杰克逊佯攻谢南多亚河谷，以阻止联邦进一步对麦克莱伦增援，这一围魏救赵之计果然奏效。
杰克逊在该地声东击西，指南打北，使得弗里芒特、班克斯、麦克道尔3支部队4战4败，损失惨重。而这严重干扰了麦克莱伦的视听，他感到敌人力量强大，至少有20万人，因而更不愿轻易出战。
李于6月1日上任，因为约翰斯顿在前一天的七棵松战役中受了伤。同时，麦克莱伦在泥泞中来到战场，尸横遍野、血肉模糊，使他感到胜利并无诱人之处，或者这也是他不愿打仗的一个原因，因而他更加倾向于围困敌人，而不是对打。
还没有开战，麦克莱伦就在心理上输了，他的10万大军竟然被一支1200人的骑兵弄得束手无策，而且被抓去了一些俘虏。他一再抱怨援军不足和供应匮乏，然而即使人数再多，他还是会对J.斯图业特的骑兵望而生畏，谈虎色变。
6月26日，总统对他的抱怨已有些不耐烦，他告诉麦克莱伦，“我总是给你我所能给的一切，认定你将以你手头所有尽力而为，可你却一直以为我愿意多给的话就能够给你更多，我认为你这种想法是心胸狭窄的。”就在总统写这封信的时候，麦克莱伦正吃力地顶住李军的猛攻。在奇克哈默尼河，麦克莱伦感到受到了两岸“占压倒优势兵力的攻击”，他一直以为敌人有20万，现在他的感觉更是如此，而事实上敌人还不到他的军队人数的一半。
麦克莱伦且战且退，直到詹姆斯河，然后他便大发脾气，电告斯坦顿说，因为兵力太少才导致了这次失败，“我看到那么多的同伴阵亡和负伤，使我只能感到政府没有支持这支军队”，因此“政府不必要也不能追究我对战斗结局的责任”，“假如我现在保全了这支军队的话，我老实对你讲，我一点也不愿谢你或华盛顿的任何人。你们尽了最大的努力来毁灭本军。”
即使麦克莱伦吃了败仗，林肯还是不得不像哄小孩一样哄着他，要他务必保全军队，“如果你的力量不足以御敌，那你应该找个安全地方，在那里休整等待。能够的话就守住你的阵地，但无论如何要保全军队，哪怕退到门罗要塞也要保全。”
麦克莱伦退到了莫尔文山，在那里有一道高达150英尺的斜坡，两侧则是深壑，易守难攻，联邦军在这里设置了猛烈的火力。
李将军错误地认为麦克莱伦已是落水之狗，因而试图一鼓作气击败他，但没有料到麦克莱伦不敢进攻，但龟缩自保还是有一套的，因而李军在莫尔文山被联邦军的炮火打得七零八落，士兵像割草一般躺倒，损失惨重，不得不退下。麦克莱伦手下将领主张反攻，穷追敌军，直到里士满，但他还在生华盛顿的气，宁肯吃败仗，也不愿追击敌人，遂下令撤往哈里森码头休整。
李将军指挥若定，本来是有希望击溃麦克莱伦的，但他的命令常难以贯彻执行，他们的攻势总难以协调，因而麦克莱伦总算不负总统所望保全了军队。
这场战役被称为“七天战役”，南军伤亡20000人，北军约11000人，极为残酷。
鉴于东线打了败仗，补充军队是极为必须的，7月1日，林肯签署了征集30万役期3年的部队的命令。由于是在战败的情况下作出的决定，故政府玩弄了一个花招，让北部18个州长请求总统征召，总统考虑之再三表示答应。
即便如此，仍是应者寥寥，不再像一年多前时那般踊跃。人们普遍不相信麦克莱伦，认为他麾下军队再多也无济于事，他们不想为一个常败将军效力。
另外，要求政府解放奴隶的呼声也越来越高。总统看到事情越来越糟，“终于感到我们在我们所奉行的作战计划上已经走到了绳子的尽头，我们必须拿出最后一张牌，并且改变我们的策略，否则就要输了”，因而总统决定采取释奴政策，因此在“七天战役”之后不久便开始写“宣言”初稿。
7月8日，总统前往哈里森码头，看望“七天战役”后的波托马克军。麦克莱伦告诉总统，“战争不应该着眼于去征服任何州的人民，不论对没收财产、对人们进行政治处分、或对强行废除奴隶制，全部不应作片面考虑”，他认为，“宣布激进的观点、尤其是涉及蓄奴制的激进观点，将会迅速瓦解我们现在的军队。”总统不久前的观点正与此相同，但现在时过境迁，特别由于麦克莱伦本身不争气，总统对此已不以为然了。
11日，他从西线招回哈勒克担任陆军总司令，明确表示了对麦克莱伦的不信任。麦克莱伦所设计的半岛战役也就不可避免地失败了，总统曾经希望他站稳阵脚后从东面进攻里士满，而波普则统领弗吉尼亚大军从北面挺进，但麦克莱伦不停要求增兵，一会是5万，随即加大到10万，就是不愿意进攻。总统和哈勒克司令决定将波托马克军从半岛撤出。
7. 发布《初步解放宣言》
7月13日，总统与韦尔斯、西沃德一起旅行时，透露出将发表一个“解放宣言”的想法，为了拯救联邦，这是一个军事上的必须。
奴隶问题是这场战争的主线，它以前是战争的起因，在战争开始后，它又成为战争的目标，现在，它又成了进行战争的手段，是结束战争所必须采用的方法。
22日，总统召开内阁会议，并宣读了“宣言”草稿，蔡斯极力赞成，布莱尔则害怕由此造成秋季选举中的不利局面，最后西沃德的一番话打动了林肯，他说，“我赞成这个宣言，可是目前情形下发表它是否适宜值得怀疑。我们在前方屡战屡败，人们的情绪如此沮丧，以致我害怕这么一个重要的步骤所产生的效果。人们可能认为这是一个精疲力竭政府的最后一招，是一个求援的呼声”，是政府求援于黑人，而不是黑人向政府求援，那的确有点狗急跳墙。因此，西沃德建议总统等到取得军事胜利的时候再向全国宣布。
林肯觉得有理，便耐心等候胜利的到来。
事情要不经意地做成才显得极为容易，一旦刻意求成，便会做欲望的俘虏。林肯越是盼望胜利到来，胜利越是遥遥无期。在西线，格兰特对维克斯堡亦是久攻不下，东线就更不提了。波普在10号岛打了胜仗，得意洋洋来到东线，他那趾高气扬、不可一世、胡吹大气的样子让那些在东线受尽窝囊气的人们不满，弗里芒特决定宁可辞职也不愿呆在波普手下，麦克莱伦鄙视波普，甚至到了波普与李对阵求援的时候，麦克莱伦亦不屑一顾，只是告诉总统“让波普自己摆脱困境”。
波普在布尔渊从8月28日黄昏时分一直打到9月1日才摆脱困境，代价是6万大军伤亡16000人，而敌军只有54000余人，伤亡亦只有9200人。
总统撤了波普的职，但他不自禁地说波普干得不错，那大概是因为他敢于对阵，而麦克莱伦则总令他想起一只巴布·麦克纳布的斗鸡，那还是在纽萨勒姆的时候，林肯经常参与斗鸡游戏，他当裁判。巴布新得了一只气宇轩昂的雄鸡，吹牛说它将打遍桑加芒无敌手，而临到进入斗场，却夹着尾巴、垂头丧气、无精打采，就是不肯抬头相啄。巴布一气之下将它扔向空中，它飞落到一处柴堆上。在那里，它略一环顾，然后昂头伸颈，振羽引吭，得意非凡。这是一只适于表演而不是打斗的鸡，麦克莱伦使林肯不由得想起这只鸡。因为他无人可用，所以还是要继续任用麦克莱伦。
林肯另外感到难耐的是，一方面在他的办公抽屉里放着“解放宣言”，另一方面，他还得装出一副姿态，以示他的奴隶政策没有什么变化。他老早就表示要把这场战争进行到胜利，“或者到我死、或者到我被打败，或者到我任期届满，或者到国会或国民抛弃我。”但是，现在是在与南部打仗，他们是为了他们所谓的州权，为了保存奴隶制而挑起的战争，难道总统可以在这个问题上一再迁就么？
总统实在过于仁慈，在他的对手一刀砍断了合众国的时候，他也不愿拿刀砍向他的对手。他实在很希望一切战争结束。
到了8月14日，总统在接见一个自由黑人委员会时，仍希望移民，他对他们说，“你们种族在蒙受着任何民族所没有蒙受过的最大虐待，但即使你们不再做奴隶了，你们仍远远不能与白人处于平等地位。别的种族享受到的好处，你们有许多享受不到。人类的壮志是自由自在地和最优秀的人平等相处，然而在这个广阔的大陆上，你们种族中没有一个人取得如我们种族中任何人那样的平等权利。即使你们去到善待你们的地方，而禁令依旧束缚着你们。”
林肯认为，白种人的很多坏习惯坏影响是由奴隶制产生的。奴隶制还导致了战争，导致了白种人自相残杀，而“要不是为了你们黑人，我们白种人之间就不会发生战争，尽管交战中的任何一方都有许多人对你们漠不关心。然而，我再说一遍，没有奴隶制，没有黑种人这个根源，战争绝不会打起来。因此，分离对我们双方都比较好。我知道，你们当中有些是自由民，这些人即使在离开这个国家得以改善处境的情况下，也不像在同样条件下能获得自由的那些奴隶那样愿意离去。我认为，移民的主要困难之一是自由有色人看不到此举可以增进他们的康乐。”
林肯要求自由黑人“应该做些事情来帮助那些不像你们自己那样幸运的人”，林肯说：“我们白人不乐意你们这些自由黑人和我们住在一起”，在白人方面有一种不乐意的、甚至厌恶的心情，尽管这种心情也许是残酷的，但的确是许多白人的心态。“现在，如果你们能给一个让白人着手的机会，那就是在打开一扇宽广的门，使许多人获得自由。”特别是，“如果像诸位这样有才智的黑人从中相助，那就大有可为。”“为了你们的种族”，林肯说，“你们应该牺牲一点目前的利益，争取在这方面和白人一样高尚。在人的一生中，想到你能做点事情来改善那些备受虐待的人的处境，这是令人愉快的。”
而这种令人愉快的事情并不像林肯说得那样，说做即能做的。一些人不愿意做，一些人条件不允许去做，一些人不知该怎么做，或者说做而不得其法，因而适得其反。总统现在便处于这后一种状态，他希望黑人迁出美国，但他们并不愿意如此。
8月20日，在纽约州长岛新镇，黑人们组织集会坚决拒绝总统的移置计划。他们认为他们是有色的美国人，而不是一个“不同的种族”，他们得出结论：“总统对待这个国家有色人的政策是个错误的政策。”