胃是水谷之海，为六腑的泉源，饮食五味入口，留在胃中，经足太阴脾的运化输转，而能充养五脏之气。
本篇要点
一、论述了五脏六腑、奇恒之腑的分类及其区别。
二、说明诊脉独取寸口的道理。
三、论及医生临证时有关事项，阐明了不信鬼神和相信医学的科学思想。
黄帝问道：我听说方士之中，有人以脑髓为脏，有人以肠胃为脏，也有的把这些都称为腑，如果向他们提出相反的意见，却又都坚持自己的看法，不知哪种理论是对的，希望你谈一谈这个问题。岐伯回答说：脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，这六者是禀承地气而生的，都能贮藏阴质，就像大地包藏万物一样，所以它们的作用是藏而不泻，叫做奇恒之腑。胃、大肠、小肠、三焦、膀胱，这五者是禀承天气所生的，它们的作用，像天一样的健运周转，所以是泻而不藏的，它们受纳五脏的浊气，所以称为传化之腑。这是因为浊气不能久停其间，而必须及时转输和排泄的缘故。此外，肛门也为五脏行使疏泻浊气，这样，水谷的糟粕就不会久留于体内了。所谓五脏，它的功能是贮藏精气而不向外发泻的，所以它是经常地保持精气饱满，而不是一时地得到充实。六腑，它的功能是将水谷加以传化，而不是加以贮藏，所以它有时显得充实，但却不能永远保持盛满。所以出现这种情况，是因为水谷入口下行，胃充实了，但肠中还是空虚的，食物再下行，肠充实了，而胃中就空虚了，这样依次传递。所以说六腑是一时的充实，而不是持续的盛满，五脏则是持续盛满而不是一时的充实。
黄帝问道：为什么气口脉可以独主五脏的病变呢？岐伯说：胃是水谷之海，为六腑的泉源，饮食五味入口，留在胃中，经足太阴脾的运化输转，而能充养五脏之气。脾为太阴经，主输布津液，气口为手太阴肺经所过之处，也属太阴经脉，主朝百脉，所以五脏六腑的水谷精微，都出自胃，反映于气口的。而五气入鼻，藏留于心肺，所以心肺有了病变，则鼻为之不利。凡治病必观察其上下的变化，审视其脉候的虚实，察看其情志精神的状态以及病情的表现。对那些拘守鬼神迷信观念的人，是不能与其谈论至深的医学理论的，对那些讨厌针石治疗的人，也不可能和他们讲什么医疗技巧。有病不许治疗的人，他的病是治不好的，勉强治疗也收不到应有的功效。
专家点评
本篇以“藏”、“泻”、“满”、“实”论脏腑的功能及其分类，并提出了“奇恒之腑”的概念，有别于《内经》中其它论述脏腑的篇章，所以篇名为“五脏别论”。
1.脏腑藏泻理论的临床应用
本篇脏主藏、腑主泻的脏象理论突出了五脏和六腑的功能特点，其反面，即五脏失藏过泻则易致虚损，六腑失泻过藏则易致滞逆，便成为脏和腑的病机特点之一，从而为临床上脏腑病证的诊治提示了方向和思路。中西医结合治疗急腹症应用大承气汤之类的通降腑气方药获得成功，便是“六腑者传化物而不藏”；“此不能久留，输泄者也”等学术观点临床运用的例证。
需要指出的是，本篇把胆列为奇恒之腑，而六腑中除传化五腑外另一腑是何器官则未点明，因而绝大多数医家根据他篇六腑的内容理所当然地把胆列于本篇六腑之内，并指出胆兼奇恒之腑和六腑两名，为特殊之腑。
2.“魄门亦为五脏使”的临床意义
“魄门亦为五脏使”一句，在本篇本作为对传化之腑的补充说明，然而由于肛门作为传化之腑的一个终端而具有控制大便排泄的重要功能，本句原文引起了众多医家的关注，并在临床实践中发挥着重要作用。