李时珍三人随道长进入紫霄宫。只见紫霄宫内香烟缭绕，大殿正中，有一个巨大的炼丹炉，炉火正旺。李时珍告诉道长：“我想在重修《本草》时，将炼丹家炼制各种丹药的方法和药效记载上去，请道长指教。”道长非常爽快，愿意满足李时珍的要求，将他所知的炼丹术和盘托出，供李时珍参考，并亲自领李时珍观看炼丹过程。李时珍干脆就在紫霄宫住了下来，详细记录各种丹药的制作过程和疗效，同道长讨论各种丹药和矿物药的功效和弊病。道长思想很开明，并不保守，两人谈得很投机，不只谈丹药，还谈诸子百家，常常交谈至深夜。道长是个学识渊博的人，他把李时珍视为难得的知己，竟将紫霄宫秘传的“武当行步功”授给了李时珍，使李时珍获益不浅。
通过几年野外采集工作，李时珍发现了前人没有记载、经过考察证明可作药用的植物、动物、矿物药数百种，记述了上千种药物的性状、治疗效果。像今天已广泛运用的动物药材如牛黄、狗宝、牡蛎、珍珠等，都是他第一个编进《本草》的。
通过野外考察，李时珍记述了许多矿物学知识，他说：“金有山金、沙金两种，其色七青、八黄、九紫、十赤，以赤为足色，和银者性柔，试石则色青；和铜者性硬，试石则有声。”是现代冶金仍在运用的一种“比色法”。他记述了试验金子成色的方法，即用试金石在金子上划一条线，凭线的颜色和标准样品的颜色比较，就能够估量出金子的含金量。并说明此法只可用于金银合金，不能用于金铜合金，还补充了区别这两种合金的办法。他还记述了铝粉制法的原理和步骤，这是世界上最早的关于铝粉的制作方法的记录。他还发现了许多新的矿物药，如石炭等。
通过实地考察，记录民间药方，为《本草纲目》的完成起了巨大作用。
《本草纲目》问世
李时珍经过大半生努力，收集了几个屋子的丰富资料，其中有从八百多部书籍中摘录下来的文字，有成千上万份植物、动物、矿物标本和绘图。现在等待他去做的，是如何将这些文字和实物，有条理有系统地写进他重修的《本草》中去。
李时珍仔细地研究过前人所编《本草》成功的经验与失败的教训。从《神农本草经》到唐慎微的《证类本草》，诸多版本的主要成就在于：概述本草理论与载录药物相结合；描述药物形态与绘制药图相结合；引证前人论述强调注明出处；汇集单方验方于药物之后等等。虽然如此，李时珍深感各种《本草》有一个通病：对于药物的分类，都是沿用《神农本草经》的方法，把药物分为3类，上品、中品、下品。即上药“主养命以应天，无毒，多服久服不伤人”；中药“主养性以应人，无毒，有毒，斟酌其宜”，下药“主治病以应地，多毒，不可久服”。李时珍在钻研典籍，实地考察中，痛感这种分类方法弊端极多。用这种分类方法，草石不分，虫兽无辨，杂乱无章。“或一药而分数条，或二物而同居一处，或木居草部，或虫入木部；水土共居，虫鱼杂处；玉石不分；名已难寻，实何由觅。”究竟用什么方法来重修《本草》呢？李时珍为此已研究了十多年，而且已经理出头绪来了。
李时珍35岁时，在阅读朱熹的《通褴纲目》中，发现《通监纲目》的分类方法很科学，朱熹和其弟子们在编撰中建立的“纲目”体例，以“纲”带“目”的分类法很有参考价值，何不以“纲目”体系来重修《本草》呢？李时珍经过反复研究后，认为这个体系很好，干脆把书名也叫做《本草纲目》。于是，李时珍重修的《本草》建立了崭新的分类体系。李时珍把从典籍中抄录的资料，考察中采集的标本、绘制的图样，都按自己拟定的“纲目”体系分门别类保存。经过十多年来的探索，几经调整，逐渐定型下来，建成一套查找、保存都十分方便的科学分类方法。
李时珍把近两千种药物，按照自己建立起来的科学体系，设立了3个纲目系统，要检索某一味药，了解它的产地、性状、主治、修治方法，就如同从《辞源》中查找一个词条，非常简便。
它的3个纲目是：一、以部为纲，以类为目；二、以类为纲，以药为目；三、以药为纲，以8项分析为目。
《本草纲目》还编写了《百病主治药》的纲目系统。李时珍以病名为纲，以辨证用药为目，将药物按其性能和主治进行分类，组成了《百病主治药》的纲目系统。共立113项病症，包括内科、外科、儿科、妇科、五官科等。每项病症下列举主治药物，供医家临床选用，按病查药，一目了然。《百病主治药》实际上是一部独立的医学著作，这一部分编在《本草纲目》正文前面，主要是为了促进医药结合。
于是，这部明代中叶的巨著《本草纲目》在李时珍一家四代辛勤努力下，由李时珍主编，李言闻参谋，长子建中和次子建元帮助校正书稿，三子建方和四子建木进行重订，孙子树宗、树勋、树声等进行分类分项类编，树木帮助誊写，书中1千多幅精美的插图，是次子建元亲手绘成。李时珍的两个弟子，庞宪和瞿九思，则是从头到尾得力的助手。
《本草纲目》在李时珍的奋力拼搏下，从搜集资料开始，整整经历了27个春秋，三易其稿，于明万历六年(公元1578年)秋，脱稿完成。
这一年，李时珍60岁。人们永远也忘不了这一年。
公元1579年，李时珍带着作品四处联系出版事宜。最后，李时珍怀着一线希望，到江苏太仓去找王世贞。
王世贞曾任过湖广按察使，是一个学识渊博、谈吐风雅，思想开放的文人。李时珍曾为他看过病，两人颇谈得来。
到了王世贞家，李时珍说明来意，打开自己的行囊，将书稿放在书案上，请王世贞过目。李时珍向王世贞详细陈述了自己重修《本草》的缘由与目的，介绍了全书内容及27年来的写作经历，恳求王世贞以他的名望鼎力扶植、推荐，使《本草纲目》得以印刷发行，流布天下，造福世人。
王世贞打开书稿，仔细阅读。《本草纲目》包罗万象、博大精深、丰富多彩的充实内容，高屋见瓴、纲举目张、眉目清楚的编排方式，每味药物所作的详尽介绍，既典雅又通俗的文笔，以及精美细致的1千多幅插图，深深地吸引住了他。王世贞想：这需要作者付出多少的心血啊！他抬起头来打量李时珍，只见李时珍虽年过花甲，但面色红润而有光彩、谈吐幽默而富风趣，不由暗暗称道：真可称得上是南国第一人啊！
王世贞由衷地希望这部著作能尽早地刻版印刷成书，供人们学习研读，并用来济世救人，可惜他力不从心，刊刻这么一部巨著是需要很多钱的。他的父亲被奸臣严嵩所害，他自己也因对朝廷发表了不满言论，被免职还家，家产被抄一空，自己平时也只能靠卖字画糊口度日，对于李时珍，真如常人所说：自顾不暇，爱莫能助。他只好挽留李时珍在家住了几天，怀着十分遗憾的心情，送走了李时珍。临行前一再嘱咐说：“千万不要急躁，不妨在南京长住下来，慢慢寻找机会出书。”
李时珍带着儿子在南京住了下来，一边为人看病，继续搜集从外国流传进来的药物，一边寻找机会出书。当时，正是三宝太监郑和七下西洋凯旋归来，被任命为南京守备太监的时候。郑和在南京狮子山兴中门外，建造静海寺和天妃宫，作为他晚年的休养处所。他把从南洋带回的大部分珍贵奇物，贡献给皇帝玩赏，将大部分药用植物，种植在静海寺内，这些都是李时珍研究“番药”的绝好材料。所以，李时珍在南京时，常到静安寺实地观察、鉴别，加以分析和总结。
李时珍在南京一住就是几年，没有寻找到愿意刻书的书商，但是经过几个春秋的努力，他搜集了几十种“番药”，充实进了《本草纲目》。像珊瑚、玳瑁等可入药的珍宝；伽蓝香、降真香、黄连香、金银香等香药；芦苔、胡椒、革投、奇捕香等名贵药材，都是在南京几年新搜集到的。
李时珍在南京没有找到刻印书商，只好失望而归，回到蕲州度晚年。李时珍晚年在家，继续以高超的医术为人民造福，间或与师友往来，饮酒赋诗自娱。李时珍70大寿时，长子建中从四川蓬溪知县任上赶回，全家团聚。李时珍的《过硕馆诗集》出版(失传)。
李时珍72岁高龄时，仍然不顾年老体弱，再次去南京联系刻印《本草纲目》事宜。这时，王世贞已为《本草纲目》写好了序，他盛赞此书是传世之宝。可惜这个宝物竟然无人识货，得不到刊刻的机会。
天无绝人之路，一个偶然的机会，李时珍结识了南京有名的富商胡应龙，两人相见如故。胡应龙几年前便在朋友家看过《本草纲目》的手抄本。胡应龙询问书刊印出来没有，李时珍将几年来所遇到的酸甜苦辣百感交集地向胡应龙倾诉出来。
胡应龙听到这样的好书竟无人肯承印，大为不平。他当场表示，不仅慷慨解囊，负担刻印《本草纲目》的全部费用，而且还要负责监督、解决刻印过程中的一切问题，争取早日将《本草纲目》出版问世，以酬知遇之恩。
李时珍受到胡应龙的盛情款待，心中不由大喜，奔波了10年的问题，终于迎刃而解。这真是，踏破铁鞋无觅处，得来全不费功夫。
由于胡应龙的大力支持，《本草纲目》在明代万历十八年(公元1590年)开始刻版，这部全文190万字，插图1千余幅的巨著，单刻板就进行了3年才告完成。而我们这位为撰写和出版《本草纲目》花费了毕生精力的李时珍老人，此时已重病缠身，回到老家蕲州。他虽然卧床不起，仍焦急不安地期待着他倾注了全部心血的宏伟巨著出版。
公元1593年，李时珍去世，终年75岁。
《本草纲目》是李时珍毕生的心血，永为世人所流传。这部旷世巨著漂洋过海，造福全人类。他永远活在人们心中。