1919年4月8日，不信佛教的陈独秀，在佛祖生日这天，被撤去了文科学长一职。
北大的职务没有了，但《新青年》杂志还在烈性地烧着，陈独秀没打算离开北大，一心只做自己的文章，用心锻造他手中的箭，陈独秀还想赶快把《新青年》移到北京来印刷。早在他抵京的第二年，他就嫌一月一本的《新青年》火力不猛，又与李大钊、胡适、周作人等办起了七天一期的《每周评论》，与《新青年》共同朝旧营垒猛烈夹击。
二
1919年5月4日，著名的五四运动在这个星期天爆发了。
陈独秀在他当天出版的《每周评论》上写道："我看这两个分赃会议，与世界永久和平和人类幸福，隔得不止十万八千里，非全世界人民都站起来直接解决不可。"
李大钊、邓中夏、张国焘、高君宇等三千多人，直接走上街头示威游行，抗议"巴黎和会"继续牺牲作为战胜国之一的中国利益，愤怒的学生痛打张宗祥，火烧曹汝霖的住宅赵家楼，爱国的五四运动由此点燃，并席卷全国。
1919年6月1日，陈独秀到中央公园等地散发《北京市民宣言》，在城南的新世界游艺场被捕，后在李大钊、胡适、潘赞化、马通伯、孙中山等人的营救下，于9月16日被保释出狱。《新青年》的同仁不久发现，陈独秀出狱后的文章，更接近布尔什维主义了。
当时，在北大图书馆工作的毛泽东，曾到箭杆胡同拜访过这位青年宗师。陈独秀当时的思想，给这位来自湖南山村，地位卑微的青年带来深远的影响。陈独秀去世的第三年，在中共第七次代表大会的预备会议上，毛泽东这样评价道："他是五四运动时期的总司令，整个运动实际上是他领导的，他与周围的一群人，如李大钊同志等，是起了大作用的………我们是他们那一代的学生。五四运动，替中国共产党准备了干部。那个时期有《新青年》杂志，是陈独秀主编的。被这个杂志和五四运动警醒起来得人，后头有一部分进了共产党。这些受陈独秀和他周围一群人影响很大，可以说是由他集合起来，这才成立了党"。