4月18日，大炮运到，进入阵地。谍报员通知刘锦棠：守军打算于当晚逃跑。这种情况在与太平军作战的早期是受到欢迎的，但是现在相反。左宗棠已经开发了歼灭战术。为了制止守军逃跑，左军在城边烧起了火堆，士兵们举着大火把来回巡梭，通宵达旦。
4月19日清晨，大炮向达坂城开火。轰击刚刚开始，一颗炮弹落在城内的炸药库。《年谱》作者说，爆炸声惊天动地，辐射到方圆几百码，就像地震，夺走许多人命，令守军慌成一团。刘锦棠立刻下令强攻，很快就占领了该城。2000名回民军被杀，几千人投降。
刘锦棠派出两支部队前往吐鲁番侦察，每支1500人，而他自己率领7000人前往托克逊。途中他得知白彦虎及其陕甘回民军在托克逊抢掠，他率领骑兵急行军，打算赶在托克逊遭到彻底破坏前占领该地。显然他得到的情报有误，回民军并没有逃走的意图，他还没走多远，就被一支回民军大部队包围，一时颇为吃紧。步兵赶上来了，击败了回民军。回民军在托克逊放火，然后逃走。左军于4月24日开进该城，2万名当地回民投降。
苏占彪从巴里坤出发，于4月25日占领了辟展。几天后，他继续向吐鲁番西进。刘锦棠从托克逊向吐鲁番进兵。回民军发觉自己遭到两路夹击，无心恋战，只进行了轻微的抵抗。部分回民军溃散，向西奔逃，余部投降。两支左军于1877年5月16日进入吐鲁番。阿古柏集中在吐鲁番的大批粮食给养和弹药被左军缴获。这时，张曜奉命从哈密前往吐鲁番。给养从巴里坤和哈密运往吐鲁番，这里就成了南路的前进补给基地。
大名鼎鼎的阿古柏在保卫他苦心经营了13年的王国时，上演了一出可悲的闹剧。他在吐鲁番地区集结了自己的部队，人们都认为他会拼死抵抗清军。当军明显地很快就要从乌鲁木齐开进他的领地时，他离开了托克逊，逃往库尔勒。波尔格在讲述阿古柏的故事时说，他在被赶出吐鲁番以后，与清军一直交战到托克逊，在这里遭到重创，被迫逃往库尔勒。
根据中国人的版本，托克逊的易手，是在占领吐鲁番之前约3周，根本没有与阿古柏交战的记载。如果清军真与阿古柏直接指挥的部队交过手，记载中应该不会有这样的疏忽。可以肯定，在军从乌鲁木齐打到吐鲁番的过程中，阿古柏一直待在库尔勒。普瑞捷瓦尔斯基于1877年4月25日从罗布泊抵达库尔勒，那时阿古柏就在此地。那一天是刘锦棠攻占托克逊的第二日。普瑞捷瓦尔斯基于4月30日和阿古柏有过一次会见。［4］他也许是最后一个见到阿古柏的欧洲人，因为在5月下旬，在吐鲁番易手之后不久，阿古柏服毒自杀了。波尔格说他是被暗杀的，［5］但中国人似乎毫不怀疑他亲手结束了自己的生命。［6］就喀什噶尔王国而言，战争随着吐鲁番的易手就结束了。左宗棠的部队只花了30天就探索到了阿古柏政权的奥秘。
阿古柏的一个儿子，中国人称之为“海古拉”，在父亲去世时正在库尔勒。他指挥喀什噶尔部队的残余撤退到库车，把库尔勒交给了白彦虎及其回民非正规军，然后带着父亲的遗骨前往阿克苏。途中他被阿古柏的大儿子伯克胡里暗杀了。阿古柏的遗体终于抵达喀什，暂时埋葬在这里。当清军于当年末开到那里时，遗体被挖掘出来毁掉了。很多年来，少数旅行者经过那条路，人们指着一个大坑对他们说，这就是曾经埋葬“勇士之父”阿古柏的地方，此人曾经梦想过成为另一个铁木尔。
伯克胡里前往喀什，试图让自己成为父亲的继任者。喀什噶尔各城得到阿古柏去世的消息，立刻爆发出争端。几周之内，局势变得跟1864年穆罕默德·雅霍甫刚到此地时一样混乱。伯克胡里似乎忘记了一支强大的清军正在开过来，徒劳地跟地方派别争夺一个已经连影子都没有留下的政权。在这场争斗当中，老百姓焦急地盼望清军的到来。喀什噶尔已经一败涂地，左宗棠认为南路的敌人只剩下白彦虎及其回民军。
尽管局势对左军西进极为有利，但左军却很奇怪地在吐鲁番停顿了4个月。《年谱》没有说明这次停留的原因。有可能是左宗棠希望在继续进军前积累大量的供给储备，因为他素来对供给谨慎有加。一部分原因也许是北京方面就究竟要不要继续收复新疆发生了意见分歧。
北京的一批官员认为，既然中国已经收复了新疆的天山以北地区以及天山以南的吐鲁番，大可以止步不前，对其余地区放任不管。他们肯定是在担心，英国人关于伊斯兰教王国的提议，意味着清军的再次进军会与英国或俄国发生新的摩擦。
左宗棠对这种事态大为震怒，在一份措辞激烈的奏章中大胆表达了自己的看法。他说，他无法理解，为什么已经踏上了巨大机会的门槛，还会有人阻止他的部队前进；乌鲁木齐－吐鲁番地区没有自然的疆界；中国自汉代以来就控制了新疆，其间只有少数的间断，因此对这一地区享有因时效而获得的主权；新疆是蒙古的根本保障，而蒙古是北京安全的根本保障；乾隆曾遭到严厉的批评，说他为了收复新疆虚耗银子，但是他的大业维护了帝国边疆的百年完整；如果现在停止进兵，就会失去向英国和俄国显示中国实力的机会；他还委婉地说，不管北京如何议论，他都会继续推行他的计划。［7］
这一段停顿还产生了一个实际的效果，如果说这也在谋划之内，未免牵强附会。各城内发生的纷争越闹越邪乎，居民们急切地盼望清军赶来恢复秩序。当左军开始进兵时，他们几乎无处不受欢迎，得到大多数居民的拥戴。诚如左宗棠在奏报中所言：“今北路止伊犁未收，南路已复吐鲁番，全境惟白彦虎率其余党偷息开都河西岸，喀什噶尔尚有叛弁逃军，终须兵力。此外各城，则如去虎口投慈母之怀，无更抗颜行者。”
当左宗棠接到攻克吐鲁番的报告时，他派了一批文官前往新疆，开始恢复民事行政。他写信给北京，索求有关过去中国政府在新疆所设老机构的名册和报告，以便进行研究，制订自己的筹备方案，以便彻底重组新疆政府。他接到报告：喀什有一名英国政府的使节。肖（Shaw）曾在喀什待过几年，但他眼下没在那里。左宗棠向刘锦棠和张曜发出指令：当他们抵达喀什时，要对英国人以礼相待，但是如果英国人提出任何问题，他们只须回答奉命到此，不要多言。如果英国人希望讨论有关新疆的任何事情，就要告诉他：这类事情只能在肃州讨论。
在占领吐鲁番以后不久，苏占彪奉命返回北路，接受巴里坤和古城驻军的指挥权。张曜留在吐鲁番。在占领玛纳斯之后，金顺被任命为伊犁地区和准格尔西部的巡抚。他在伊犁的权力完全是名义上的，没有成为现实，不如说是某种希望的表达。刘锦棠率领他的1.6万兵力开到托克逊，大约于1877年9月中旬在塔里木盆地开始了新疆之战的最后阶段。张曜则率领一支大约5000人的兵力，将于10月1日跟随刘锦棠之后进兵。
按照预期，白彦虎有可能在喀什和库尔勒进行顽强的抵抗。可是，白彦虎只是放水淹灌了巴格拉什湖与喀喇沙尔之间的地区，掠夺了该地的给养，没有进行任何抵抗。刘锦棠于10月7日进入喀喇沙尔，发现城市被淹，所有商铺被毁。他向库尔勒突进，于10月9日抵达。白彦虎已将所有民众赶往西去，库尔勒是空城一座。刘军在库尔勒休整几天，等待从吐鲁番赶来的给养车队。在这几天里，他们在库尔勒挖掘埋藏的给养，2天内找到了几万斤粮食。吐鲁番的给养于10月12日开始到达，刘锦棠恢复西进，率领2500名骑兵先于主力起程。
10月15日，他们在布告尔镇突然追上大约1000名回民军，斩杀100多人。第二天，从布告尔向西追出不远，赶上了几千名库尔勒的百姓，他们是被白彦虎逼迫离开家乡的。他们惊魂不定地向西走，携带着离家时可以带走的所有家什行李。大约1000人的骑兵卫队陪伴他们前行。卫队试图阻击，但很快就被官军骑兵击溃。刘锦棠把难民围起来，叫他们返回家园。《年谱》作者说，在布告尔地区有大约1万名“蒙古回民”归顺刘锦棠。
刘锦棠接到情报：白彦虎及其全军都在西边不远处的库车。第二天，官军在一个名叫托和奈的小地方发现了一个回民军营，集结了几千名骑马的武装人员，准备作战。刘锦棠令部队摆开阵势，主力居中，大队骑兵在两翼，稍在中路之前，一队步兵摆在外侧，稍在两队骑兵之后。回民军发起冲锋，遭遇左军骑兵。刘锦棠的骑兵人数太少，很快就被逼退到步兵线。胜负一时难以决出，但是回民军副将马由布被杀，部众见他落马，无心恋战，逃之夭夭，在战场上留下了1000多具尸体。《年谱》作者忘了提供左军的损失。［8］
白彦虎向西逃跑，只在库车停了一阵，摧毁了供给线上他所看到的一切物资。他没有时间把所有的百姓圈起来向西驱赶，因为刘锦棠于10月18日深夜赶到并进入了库车。官军受到居民的衷心欢迎，可是回民军造成的破坏十分严重，刘锦棠不得不拿出来自吐鲁番的给养来赈济众多的百姓。左宗棠严令部队善待百姓，如果百姓无粮，部队就要拿出最大限度的给养来派发给百姓。赈济了百姓，就要让他们去修路，修造灌溉系统，为来年的收成做准备。
库车以西的下一个比较重要的城市是拜城，距离约为190里。白彦虎到达此城附近时，因为要把百姓再往西边驱赶，与拜城的首领发生了争执。冲突激烈时，白彦虎把对方杀了。百姓怒不可遏，关上城门，不许回民军进城。白彦虎企图强行闯入，但未能成功，于是焚掠了附近所有的村庄。刘锦棠于10月21日抵达拜城，回民开门迎接。但刘锦棠不想久留。他在城内留下一支小部队，当夜就出发追赶白彦虎。
大约在拜城以西60里处，刘锦棠赶上了回民军，据说对方有2万人。但是两军之间隔着一条湍急的河流，刘军必须渡河。回民军顽强阻击，刘锦棠排除万难，强行渡河。《年谱》作者说河水为尸体所阻塞，但他没说死者是回民还是汉人。由于渡河的是汉人，我们大可以假设，充塞河流的尸体不是回民。