蒋益澧被训诫了一通，继续攻打汤溪。他制订了一个策略，看上去有点毛病，但确实非常管用。他于2月27日邀请一批太平军来谈判。当谈判的敌军走出一道城门时，蒋益澧的部队趁机偷袭，突然冲入城门，在敌军关门之前控制了这个入口。湘军随后涌入城内，斩杀6000名敌军。［9］
第二天，左宗棠对龙游发起猛攻，一举攻克。蒋益澧立刻进军金华。这里的太平军接到汤溪的军报，闻风丧胆，主动放弃金华城，朝龙游逃去，还不知龙游已经丢失。龙游的太平军残部也不知汤溪已经易手，向那里逃去。左军现已占领这3座城市。他决不容许这种机会溜走，对徜徉于3地之间的敌军给予致命的打击。湘军从3个方向扑过去，在随后的战斗中，据《年谱》作者说，消灭了1万多名太平军。从战斗中侥幸逃脱的太平军来到浦江，途中遇到从兰溪逃出的友军，合为一体。刘典立刻占领了兰溪。太平军的防线迅速地彻底崩溃。左宗棠在龙游遭到7个月的抗击，然后在短短4天内攻克了汤溪、龙游、金华和兰溪——后两座城市是兵不血刃得来的。［10］
太平军在从金华撤出的同时，也放弃了浙江中部的武义、永康、东阳和义乌，福建清军进占这4座城市。左宗棠于3月7日攻下浦江。诸暨的太平军于12日投降，左宗棠派蒋益澧前往，与来自宁波的部队联系，其中包括法中联合部队。他们在绍兴城下会师，于3月15日攻克绍兴。左宗棠于1863年3月18日拿下桐庐，控制了徽州－淳安－桐庐－绍兴一线。浙江南部和东部全部肃清，他终于进入了杭州的攻击距离之内。
左宗棠把大营设在严州，派刘典攻打富阳的太平军，派蒋益澧肃清钱塘江右岸到海滨这一带。现在他着手重组该省遭到破坏的政府机构。太平军最著名的大将石达开曾于1858年通过浙江进入福建，从1860年起，该省一直遭到太平军的蹂躏。恢复重建也是最紧迫的问题之一，左宗棠为此呕心沥血。无论他在何处作战，他总是要求自己一边征战一边重建。
重组浙江政府是一个不轻的任务。每个县都曾落入太平军或土匪手中，档案已经毁掉，公共建筑已被烧毁，整个恢复过程必须从基层做起。一些官员已经逃走，左宗棠将其中17名府道一级的官员罢黜。当然也有许多官员留在官位上，据说该省从头到尾有96名知县以上官员被太平军处死或者被迫自杀。［11］该省只有80来个县，显然浙江官场大部分都被消灭了。左宗棠请求朝廷任命该省的文官，提交了一份20人的推荐名单，他们都是他急需的人才。财政问题一直都很紧迫，他必须为部队筹饷。除了谋求中央给地方的断断续续的补助，以及湖南官府按时为湘军提供的协助，他还必须为军队和文官政府筹募所有开销。
3月下旬，法中联合军的司令来见左宗棠。攻克绍兴以后，发生了许多麻烦。法国人坚持要用募捐的办法来弥补政府拖欠的军饷和犒赏。这位司令无疑就是德克碑。《年谱》作者没有说明绍兴事件是如何解决的，只说了德克碑与左宗棠相处融洽。华尔阵亡后，李鸿章就如何处置“常胜军”的问题与一个具有堂吉诃德性格特征的人交涉。德克碑的性格特征似乎不是如此。
左宗棠第一次接见德克碑时，德克碑的穿着和举止如同在法国军队中一样。左宗棠的看法是，既然他在为中国政府效力，他在拜访巡抚这样正式的场合，应该穿上中国的官服，遵循中国官员的礼节。不管左宗棠是否说出了这层意思，他在第二次接见时非常高兴地看到德克碑穿上了中国的官服，并且剃光了胡须。他们达成了一个协议，其中详细地规定了法中联合军与中国军队的关系。左宗棠是一个不会留下任何问题悬而未决的人，也许他预见性地界定了双方的作用。其结果，于法中联合军在左宗棠节制下作战的18个月里，似乎没有发生任何纠纷。［12］
左宗棠原则上反对雇用外国人来指挥中国军队。他尤其反对把中国人编组到由外国军官指挥的各支部队，在外国军官指挥的士兵和中国军官指挥的士兵得到的薪饷口粮与武器装备之间形成很大的反差。他认为这对自己手下的军官是一种羞辱，使他们更难管理士兵。他不同意法中联合军增募兵员超过2500人，他说这支部队增募兵员会搞乱他自己的部队。法中联合军获得的军饷非常高，发饷按时，伙食很好，衣着光鲜，装备精良，使用最先进的外国武器，左宗棠的士兵都想去投奔，导致其他部队的士兵开小差。他的反对获得了成功。不过，左宗棠不赞成朝廷遣散法中联合军，他说那些士兵被遣散以后会成为土匪或投靠太平军，所以最好的办法是把他们留在部队里，加以利用，直到全省在一定程度上恢复了秩序为止。
热爱冒险是一种强大的动力，足以促使一个男人拿日常生活去做赌注。但中国人没有这种观念。而左宗棠，和当时的其他官员一样，认为这些外国人的唯一动力就是对金钱的渴求。但他从不打算欺骗这些外国人，承诺支付多少就会支付多少。在这支部队遣散之后，几名法国人跟随他去了福建，甚至去了甘肃。他发自内心地钦佩他们的效率，尤其赞赏他们操纵大炮得心应手。毋庸置疑，他在与这些法国人接触的过程中，从他们那里采纳了不少军事学的观点。
3月底，左宗棠攻克了新城，展开对富阳的进攻。太平军对这个地方非常重视，抵抗十分顽强。《年谱》通篇缺少对各支官军兵员数量的介绍。不过，对于这一阶段的作战，《年谱》指出左军的总数为3万人，包括在他已收复的各个城镇驻守的部队。［13］
4月初，太平军在皖南再度活跃，声言要从祁门和徽州地区打进江西。曾国藩仍然待在安庆，但他最关心的事情仍然是保持长江通畅，支持他的弟弟围攻南京。作为两江总督，他直接管辖江苏、安徽和江西，此外在比较抽象的意义上来说，他还是在所有战场上镇压太平军的武装力量的最高统帅。他部署在安徽的部队根本不足以把太平军从该省南部赶走，太平军可以随意杀进这个地区。
这个双重的威胁日益严重，左宗棠把刘典派到大川口，防止太平军越过徽州，沿新安江下行，进入浙江。他又另派部队增援江西的浮梁。太平军开始在祁门地区集结，刘典向浮梁推进。4月27日，他在祁门附近击败太平军，斩杀8000人。但这个大捷还是没能把太平军从这一地区驱走。他们出动1万人与刘典所部相持，长达几周，但太平军也未能开进江西。
5月上旬，太平军从杭州向左宗棠主动进攻。从5月8日到20日，太平军持续攻打新城。左宗棠不仅亲自坐镇新城，还派蒋益澧所部和法中联合军成功地渡过钱塘江下游，在钱塘江与杭州之间扎营。
1863年6月上旬，左宗棠升任闽浙总督，但继续兼任浙江巡抚。这大大扩展了他的权力范围，给他的作为提供了更广阔的天地。他把供应基地从广信迁移到衢州，从浙南、宁波地区和福建获取越来越多的军饷。他对江西的依赖大大减轻了，不过他仍然在该省保留了过去的驻军，刘典仍然留在景德镇地区。
刘典在7月份和8月上旬几次击败太平军，该处的局面基本肃清，他于8月下旬返回浙江。左宗棠对自己的部队分散部署十分敏感。他写信给李鸿章说，他控制的地区太宽，他的处境岌岌可危。
1863年夏天，新任闽浙总督经历了严峻的考验。富阳城下的部队中疟疾流行。左宗棠本人再次身染重疾。部队中患者太多，不得不暂停一切作战行动。就连防御的人手也不够了。不过，太平军方面这一段也无动静，可见他们和官军一样被病魔所扰。
左宗棠现在的管辖区包括台湾。那里发生了严重的暴动，左宗棠不得不从福建派出劲旅前往平定局势。他对福建士兵信心不足，对他们的军官更是放心不下。他在给福建清军下达命令时，反复强调要严格区别对待颠覆分子和“百姓”，必须注意不要镇压百姓，他们就不会认为官军比土匪更坏。他强调军队的功能是取信于民，如果得不到民众信任，就比土匪都不如，有负使命，无法报效国家。［14］
直到9月18日，左宗棠的处境才得到改善，他可以发起对富阳的攻击了。法中联合军助攻，他们的大炮起了很大的作用。进攻持续了两天两夜，9月20日黎明太平军离开富阳，撤向杭州。左宗棠命令部队向下游追击，攻击杭州防线。他从新城派出劲旅翻山越岭，驱赶来自余杭的太平军。余杭是一座围城，距杭州约60里。太平军极为重视余杭，连营直达杭州，由康王汪海洋坐镇指挥。左宗棠认为此人是太平军最有能耐的大将之一。
10月份第一周的周末，左宗棠的军事行动有了很大进展，已经3面包围余杭，从余杭到杭州摆开一列阵式，与太平军处处对峙。他已将杭州南郊的太平军挤走，在杭州的北面、东面和南面站稳了脚跟。
就在这个关节眼上，安徽的太平军再次牵引了他的注意力，他无法断定那里的敌军究竟是打算进入江西，还是打算涌入浙江，袭击他的后路。他派出部队增援祁门，又令刘典再赴徽州。刘典在徽州附近重创敌军，迫使他们北撤宁国。曾国藩令鲍超从芜湖南下南陵，同时请求左宗棠再向皖南增兵。左宗棠没有同意。他告诉曾国藩：几个月来，他一直把敌军挡在江西和浙江之外，他在杭州面临大敌，抽不出任何兵力，他还得继续阻止敌军进入浙江，鲍超手握重兵，应该足以对付皖南的敌军。
左宗棠如今也是总督了，可以独断专行。他对曾国藩的用兵之道越来越持异议，他看不出长久顿兵于南京城下有什么必要，因为敌军正在全国乱窜。他的看法是，在这一战略阶段，攻下南京只会导致太平军分散到其他战场上。他认为，只要天王赖在南京不走，就应该利用这一点来局限敌军行动，从四面八方逐步向南京进逼，他将在那里给予敌军致命的一击。