左宗棠在婺源的经历格外痛苦。从他于1861年8月31日写给郭意城的信中，可以看出他面对的困境，也能洞见他的性格。
索饷之说，兄向所不谙（惟筹饷较他人差强耳）。“疲缠”二字，不欲人之加诸我，亦不以加诸人。自十余岁孤陋食贫以来，至今从未尝向人说一“穷”字，不值为此区区挠吾素节。敝军饷项已欠近五个月。涤公不得已以婺源、浮梁、乐平三县钱粮、厘金归我，实则浮、婺皆得之灰烬之余，乐平则十年未纳钱粮，未设厘局，民风刁悍，甲于诸省，仍是一枯窘题耳。兄前在湘幕时，凡湘人士之出境从征者，无饥溃之事，且有求必应，应且如响，故浪得亮名。今亮孰如古亮耶？
天下事未尝不可为，只是人心不平，无药可医。阁下谓相信者心，相保者大局，果如斯言，不特东南之幸，亦乡邦之幸。特恐人心之不同，如其面耳。抵婺后，意外获一大捷，以饥病二千余之众，破贼二万余，穷追至浙界乃止。还营后，卧病呻吟者又增数百。忠哉，我军！
兄生平境遇最苦者有二：道光二十八年，柳庄耕田遭淫雨之害，谷尽生芽，典质罄尽，而一家十二口，无不患病者。尝吟杜老《同谷歌》“男呻女吟四壁静”之句，戏语孺人曰：吾欲改“静”为“空”，始与此时情事相肖也。现拥兵七千数百，情事宛与当年牛衣相对时酷肖，特无孺人在侧慰我寂寥耳。……
所论名士一节，未知何许？大约处之有二法：先主之于许靖，夫子之于少正卯是也。吾湘似尚无此。若徒发空论，敢为大言，置之不理，等诸见怪不怪可矣。
李逆秀成回窜江西，烽火直逼生米渡，闻鲍军到浔，乃折退奉新。江西上座自顾不暇，更何有兵会剿？企盼春霆得数好仗，则无他虑，然亦不敢必也。敝军月内外兵卒稍愈，当有动作。第非有旬日之粮可裹，则虽神兵，亦难不食而飞耳。
奉常之补，圣恩优渥。恐事寄日重，转益不堪，弟当为我虑之，乃有奢望，何耶？一肚皮话，暂尚不敢说，不忘新妇止燎之戒也。
求将固难，求统将尤难。有好统将则将之，贤者固得其力，不贤者亦得掩其短而著其长，一定之理。兄上年成军时，先与籲公说不调现成营官，所取之才，多非上等，即中等亦不多，弟所知也。现在数十战，与吾湘夙称能战者比，亦不多让，此故可思李金暘竟隶我麾下，何至断送头颅乎？书至此又且住笔，恐弟疑我之骄，又有一番规劝话头耳。
我们无法知道左宗棠是如何为部队找到给养的，只知道湖南的官府可能为他提供了一笔款子。《年谱》没有说明他在何处补充增募兵员，把部队增加到了7000人，也没有说新兵来自何处，在何时参军。不过，可以肯定他们都是湖南人。
在整个11月份和12月的大部分日子里，左宗棠在广信按兵不动。太平军在浙江自由往来，朝廷坚持要左宗棠采取行动援助该省。曾国藩推荐左宗棠出任徽州－饶州－广信地区所有部队的司令官，并请朝廷指令他开始在浙江作战。1861年12月27日，左宗棠被任命为浙江军队的总司令。［2］
12月29日，太平军攻陷杭州，事实上浙江全省当时都在他们控制之中。曾国藩根据这一形势，推荐左宗棠出任浙江巡抚。1862年1月，朝廷公布了这一任命。于是左宗棠一跃而成为封疆大吏。在通常的情况下，这个任命只会给予那些通过了最高级别的考试并且在考核档案中留下了显赫政绩的文官。他写信给儿子说，他已有10个月未曾攻克一座城市，为此他十分郁闷，他的家人不要为他得到新的任命而得意，反而应该为他无功受禄而感到惭愧。［3］
从他被任命为浙江军事力量总司令直到他出任浙江巡抚的这段时间里，他起草了一份长篇奏章，讨论全国大局和浙江的特殊局面。一开始，他按照惯例强调自己不能胜任；阐述浙江全省都在太平军手中的事实；指出要把太平军赶出浙江，需要较长的时间、较多的费用和较大的力量，他的打算是与太平军进行野战。他对大局的分析十分中肯。江西和湖北已经肃清，安徽北部的作战非常顺利，太平军的主力集结在江苏和浙江。在安徽南部，他认为池州－徽州一线至关重要，官军应该向宁国与广德推进。在浙江，湘军应该首先为衢州解围，保住浙江西部，向钱塘江下游推进，而福建开来的清军应该占领浙南。为了保障这些军事行动，必须维持通往江西的道路通畅，保障供给运输。他就浙江的局势写道：
查浙江军务之坏，由于历任督抚全不知兵，始则竭本省之饷以济金陵大营、皖南各军，图借其力以为藩蔽，而于练兵选将之事漫不经心；自金陵、皖南大局败坏之后，又复广收溃卒，縻以重饷，冀其复振，卒之兵日增而饷日绌，军令有所不能行，以守则逃，以战则败，恩不知感，威不知惧，局势愈益涣散，遂决裂而不可复支矣！
臣奉命督办浙江军务，节制提镇，非就现存兵力严为挑汰，束以营制不可。然欠饷日久，则有不能汰遣之患；饷需不继，则有不能调拨之患；经费不敷，则有不能募补之患。名为节制提镇，实则营官、哨长亦且呼应不灵，不得其臂指之助，而徒受其迫促之扰。虽有能将，无饷何以驭兵？虽有谋臣，无兵何以制贼？此事之应办而不能办者。
奉旨令江西抚臣筹解臣军饷十万两，以速师行。现在江西悉力供支曾国藩大军，台库荡然，实形拮据。抚臣毓科于臣军饷事颇肯留心，然江西已积欠十余万两，其奉旨筹拨之饷，恐一时难以解齐。
至庆端前此奏请敕催臣军入浙时，已预将臣军之饷诿之江西，以后只有咨催，公牍私函于臣军饷需从无一字说及。虽奉旨按月筹拨十万两，同军火接济，臣比恭录谕旨咨商，请派实缺司道设立粮台，督臣即派署浙江金衢严道江永康办理。顷据江永康等禀，翻向臣请领米粮军火子药。明知臣军欠饷已多，军需无出，故意刁难，事同儿戏！臣军入浙以后，饷需茫然，兵勇即有饥溃之时，军火即有缺乏之虑。纵令竭力图维，何从措手？应否请旨敕下部臣，查明各省应协济浙江之款，闽省及各省奉旨拨解援浙军饷各款，赶紧径解广信府交臣后路粮台，以应急需；一面由部臣开单知会到臣。
左宗棠又说：现在我军驻守衢州，这是防守江西和福建的要地。我现有8000兵力，这还不足以完成我面对的任务。［4］
中国人的战争总是遵循一种模式，使外国人很难理清事情发生的顺序，而那些奇特的人名和地名使问题进一步复杂化，非常难于分辨和记忆。总的来看，他们的这些战争多数具有通常与游击战相关的特点。上个世纪的叛乱完全流于这种模式。
太平军立足于南京之后，如同一只巨大的章鱼，向四面八方伸出触须，攫取食物。它毫不付出，一味吸收。南京从未成为军队的供应基地，而一支支军队从这个据点冲出去，然后又缩回来，一般都是满载抢掠的物资而归。太平军的供应基地是他们现身的任何地方。除了若干精神鼓励以外，他们丝毫不依赖于南京。他们的作战规模当然超过了西方历史上出现过的任何游击战，但在性质上完全相同，唯一的区别在于人数和围城。至于官军镇压太平军的作战，直到1860年为止，在某些地区直到战争结束为止，也大致遵循同一种模式。
强烈影响中国军事行动的一个因素是围城的普遍存在。这个国家布满了四周围墙的城市，数量多达几百座，直到今天那些城墙还保存得相当完好。一般而言，只要这样的城市做了有力的抵抗，造反军队的装备是很难将其攻克的。县级以上的所有城市都是围城，遵照长久形成的习惯，粮食总是储藏在围城之中，以备饥荒之需。因此，一座城市几乎可以无限期地坚守下去，只要城内的官员们勤廉有能。这些城墙只要修缮完整，坚固异常，便足以对付较近才出现在中国的攻击性武器和装备。中国人开发了一整套防守围城的技术，在大多数情况下能够承受一切打击，只是无法应付饥饿与叛变。在军事学的所有科目中，中国人最精于城防。在漫长而战争不断的历史熏陶下，他们对城墙的信任度最高。对城墙的依赖深刻地影响了他们的战争观。城墙本来是防御的工具，它使国民的军事思想聚焦于防御原理。进攻原理在西方世界是基本教义，在中国的军事思想中似乎没有唱主角，而且，只要他们继续修缮城墙，将来也不会唱主角。
在叛乱时期，混乱地区的乡村很快就被反军全部占领，但围城一般可以维持一段时候。只有在这些城市开始陷落，当局才会真正警觉。即便在这时，为了恢复秩序而进行的作战仍然是迟缓散漫的。造反地区的周边城市会加强城防，当局会努力解救被攻吃紧的城市，收复那些已经陷落的重要城市，然后收复次要的城市，最终从这些城市向外辐射作战，乡村的秩序才会恢复。
太平军运动神速，只要他们一抬脚，官府就会慌作一团。自长沙以下，长江流域的每一座城市，除了南昌和上海，在这场战争中都被太平军攻克了一到两次，这个区域之外的许多城市也是如此。就连上海能够保住，也非由于帝国政府的努力，而是因为外国军舰的存在。大城市装模作样地抵抗了一下，但是大多数县城纯粹是因为恐惧而投降。于是朝廷集结兵力，试图收复大城市，太平军则几乎是任意地横行于全国。
随着左宗棠在战场上出现，一种新的理念在作战指挥中崭露头角。他对交通极为敏感，因为他不信任一支开拔后要靠地方养活的军队。在他所有的征战中，他竭尽所能减少部队对战区百姓资源的榨取。当他收复一个地区之后，会把敌人挡在外面，让这里的居民有机会在兵燹后恢复元气。从他对太平军的所有作战中可以看出，他志在限制敌人的活动范围，把他们赶到一处，以便发动最后的歼灭战，不使敌人四处溃逃。虽然他并非总是如愿以偿，但这是他的目标。他最喜欢猛烈而有图谋的攻击。他有一种天赋的能力，能够以清晰的了悟面对整个战场，这一点超越了和他同时代的任何一个人。
在他指挥下的军队分布于徽州、婺源、景德镇、乐平和广信。他面临的问题是，当他致力于收复浙江时，必须防止太平军从祁门或婺源突进江西。他命令来自福建的部队推进到浙南，占领温州、处州、松阳、龙泉等城。该省南部和沿海地区的局势不甚明了。不过，在广信到象山江这一线以南的地区，似乎并没有太平军的主力。但是这一片地区到处都是土匪，他们抓住太平军扩张的机会在蹂躏乡村。控制浙南的势力不管是土匪、太平军还是天地会，反正不会是官府。该省的这个部分都是荒野和群山，人口较少，极少颇具规模的城镇，因此没有足以吸引太平军主力的丰厚财富。他们注重于从宁波到杭州的北部海滨，钱塘江流域，特别是杭州湾和太湖之间那一个出产丰饶的地区。
太平军大量出现在遂安和开化一带，显然是为了隔断左宗棠的部队，企图取道婺源进入江西。左宗棠派出一支劲旅前往白沙关，阻断浙江和江西之间的主要通道。1863年1月18日，他在大庸岭击败太平军，迫使他们缩回浙江。他的主力在婺源县，左翼在徽州，右翼在广信，尾翼为浮梁、景德镇和乐平。祁门驻军的所属关系不很明确，但左宗棠反复地增援祁门，由此可以推论，祁门也在他的指挥范围之内。
主要供应基地是广信，这似乎有些不便，因为他把主力摆在婺源。但他并不打算在婺源久留，他要越过山岭进入浙江，到了那里，把广信做基地的好处就很明显了。如果太平军从安徽杀来，广信是距离最远的一点，而且它处在浙江和江西之间的大道上。
左宗棠于2月13日从婺源出发，前往开化。太平军在开化城以北修筑了一道栅栏，并且以主力来防守。左宗棠于18日动用主力发起了一次正面进攻，同时派出分遣队绕到敌后攻击。太平军先后从栅栏和城内逃走，左宗棠于同一天占领了第一个浙江城镇。［5］
浙江的太平军总指挥是侍王李世贤。他坐镇金华。当左宗棠打下开化时，他立即派出大批太平军到衢州周边作战。左宗棠很快就接到北京的指令，叫他立即前往衢州，把太平军从严州赶走，仿佛他要做的事情，就是从一座城市推进到另一座。他对皇帝这道上谕的答复颇为有趣，表明他不喜欢别人教他如何指挥作战，哪怕这个人是天子这样至高无上的权威人物。他在复奏中写道：
……逆贼每遇坚城，必取远势包围，待其自困而后陷之，频年东南贼踪验之，历历不爽。办贼之法，必避长围、防后路，先为自固之计，然后可以制贼而不为贼所制。臣若先入衢城，无论不能固江、皖边圉，亦且不能壮衢城声援，一堕逆贼长围诡谋，又成粮尽援绝之局。故决计率亲兵营由婺入浙，先剿开化之贼，以清徽郡后路，饬所部老湘营由白沙关渐进，扼华埠要冲，以保广信而固衢城。幸三次克获大捷，开化肃清，婺源无警，饶、广两郡相庇以安，而杨逆又屡为徽军所创，败溃宵遁，臣军可无须远赴徽援，尤非意想所及。臣虽未亲赴徽郡，而开化贼巢扫荡无余。臣军现驻开化县城、马金街两处，正可兼顾徽城，未敢稍事迁延，自干重戾。
臣奉谕督办浙江军务，又奉恩命巡抚浙江，浙事成败利钝，臣一身任之，无可诿卸。