特殊星系是指形态和结构不同于哈勃分类中正常星系的河外星系。这一类星系的特殊性质主要是因星系核的活动和主星系同伴星系之间的相互扰动造成的。特殊星系可分为类星体、塞佛特星系、N型星系、射电星系、马卡良星系、致密星系、蝎虎座BL型天体、有多重核的星系和有环的星系等等。这种分类，有的是根据历史情况，有的则是根据发现者的姓氏而命名的。现在已知上述各类之间有重叠、交错的情况。例如，马卡良星系中至少有10％可归入塞佛特星系，N型星系中有很多又属于射电星系。
