汉献帝兴平元年（194），孙策来到寿春，面见袁术，流着泪对他说：“想当初先父从长沙北上讨伐董卓，在南阳与您相会，共结盟好。然而大业未成，不幸遇难。我深感您对先父的旧恩，想继续与您盟好，希望您能体察我的诚意。”袁术望着这个英俊少年，心中暗暗称奇。他知道孙策的来意，是索要其父的部曲亲兵。他并没有给孙策一兵一卒，只是对他说：“我已经任用你舅舅吴景为丹阳太守，任你的堂兄孙贲为丹阳都尉。丹阳号为天下精兵处，你可到那里去招募队伍。”
孙策便往曲阿（治今江苏丹阳），从舅舅的辖地招募了几百人，后来又从袁术处要回父亲的亲兵一千多人，力量慢慢发展起来。
当时，朝廷任命的扬州刺史并非袁术，而是刘岱的弟弟刘繇。但袁术已经占据了扬州治所寿春，刘繇不敢与袁术硬抗，被吴景、孙贲迎到曲阿。但是，刘繇并不信任吴景、孙贲，认为他们既是袁术所任命，又是孙策的亲戚，害怕有朝一日被其吞并。所以，刘繇到达曲阿以后不久，便将吴景、孙贲二人赶到历阳（治今安徽和县），并派樊能屯驻横江渡口，张英屯驻当利渡口，以抵御吴、孙二人的反攻。袁术知道消息后，立即组织力量反攻，争夺江东地区的战斗由此展开。
汉献帝兴平二年，即诸葛玄到达豫章的第三年，孙策接受了袁术的派遣，向刘繇发起了进攻。他至历阳，打败了把守在长江对岸的樊能、张英二人，接着又攻下刘繇建于牛渚的营地，夺得大量的粮谷和武器装备。然后又攻下秣陵（治今江苏江宁南）、湖熟（治今江苏江宁东南）、江乘（治今江苏句容北）三县，兵锋直指曲阿。
刘繇组织兵力，与孙策在曲阿决战，被孙策打败，逃到丹徒（治今江苏镇江东南）。丹徒离曲阿并不远，仍有被孙策攻击的危险。若想开辟新天地，刘繇必须选择一个有利于生存和发展的地区。刘繇想到会稽郡（治今浙江绍兴）去。他的谋士许劭认为不妥，说：“会稽是个富庶的地方，孙策决不会把这个地方让给人。再说，那个地方濒临大海，如果孙策打来，我们连退路都没有了。”刘繇问道：“依先生之见，到何处去好呢？”“不如去豫章。”许劭分析道：“豫章北连豫州，西接荆州，如果到那里去，招募兵马，收合吏民，北与曹操通气，西与刘表相闻。如果袁术敢进攻我们，曹操、刘表必然会出兵援助。”刘繇认为许劭说得对，便决定向豫章进发。
刘繇的南下豫章，决定了已在豫章的诸葛玄必然受到攻击的命运。从派别分野角度看，诸葛玄属于袁术一派，而刘繇是袁术的对立面，他决不会让诸葛玄在豫章稳坐太守宝座的。早在刘繇南下豫章前，东汉朝廷就派一个名叫朱皓的人担任豫章太守。但那时诸葛玄已至豫章上任，想做太守就得把诸葛玄赶下台。然而朱皓除了一纸委任诏书之外两手空空，只得求助于刘繇，刘繇也正想把袁术势力逐出豫章，便借给朱皓一些兵。朱皓领兵攻打诸葛玄，诸葛玄敌不住，退保西城（在豫章郡，治今江西南昌西）。
诸葛玄在西城，朱皓在豫章郡城，二人长期对峙，一直到刘繇来时始终如此。刘繇溯江西上，驻扎于彭泽（治今江西湖口东）。他听说诸葛玄还在西城，便派丹阳人笮融率军帮助朱皓攻打诸葛玄。这个笮融是个反覆无常的人，刘繇委派他时，谋士许劭就说：“笮融是个不讲信义的人，而朱皓又以诚信待人，应该让朱皓提防着笮融点儿。”果然，笮融来到豫章，没有帮助朱皓打诸葛玄，而是杀掉朱皓，代领豫章郡事。刘繇大怒，进讨笮融，经过反复较量，才将笮融除掉。
在笮融、朱皓、刘繇等人自相攻伐时，诸葛玄在干什么呢？《三国志·蜀书·诸葛亮传》记载称：
亮早孤，从父玄为袁术所署豫章太守，玄将亮及亮弟均之官。会汉朝更选朱皓代玄。玄素与荆州牧刘表有旧，往依之。
有的人根据这个记载推断，诸葛玄在笮融、朱皓、刘繇等人互相攻伐时，甚至在此以前，就离开了豫章，带着侄儿们往荆州投奔了刘表。而裴松之注引的《献帝春秋》，则出现了不同的记载：
初，豫章太守周术病卒，刘表上诸葛玄为豫章太守，治南昌。汉朝闻周术死，遣朱皓代玄。皓从扬州刺史刘繇求兵击玄，玄退屯西城，皓入南昌。建安二年正月，西城民反，杀玄，送首诣繇。
按照这个记载，则诸葛玄一直到建安二年（197）还呆在西城。《献帝春秋》所说可信程度怎样？我们还是先看看它是一部什么样的书吧。
《献帝春秋》的作者是三国吴国人袁哗，是袁迪的孙子。袁迪在世时，与陆瑁的关系很好。陆氏与诸葛氏的关系又很密切。因此，袁迪很可能了解诸葛瑾家族的事情，他很可能又将听来的东西告诉了袁晔。姚振宗评价《献帝春秋》说：
晔祖迪与张纮过江，当在献帝初年，下至吴亡，凡九十余年。晔生长于吴，所作多传闻异词，其人或未尝入晋。
卢弼对《献帝春秋》的评价是：
袁氏书虽不经，颇资异闻，《通鉴》亦采之。
既是传闻异词，免不了有不实之处，然而它记载的是相隔仅九十余年的传闻，所以必有参考价值。
关于诸葛玄任豫章太守及以后的情况，陈寿的《三国志》与袁晔的《献帝春秋》有两个地方似乎存在着矛盾。
第一，诸葛玄任豫章太守，《三国志》说是袁术任命的，《献帝春秋》说是刘表任命的。
第二，诸葛玄是朱皓一来即投奔了刘表，还是一直在豫章呆到建安二年，《三国志》与《献帝春秋》的说法是不同的。
毫无疑问，《三国志》的记载是应该相信的，但遗憾的是《三国志》的记载太简略了。而当我们把《献帝春秋》作为一种有参考价值的异说传闻去分析时，就会发现《献帝春秋》中所传递的某些信息，不但与《三国志》不矛盾，而且还能对其进行一些细节上的补充。
诸葛玄任豫章太守确实是袁术所任命的，但《献帝春秋》根据什么传闻说成是刘表所任命呢？这里就传递出一个重要信息，诸葛玄的立场发生了一个大转变，由袁术集团转到了刘表集团。这个转变，大约就发生在刘繇攻破笮融前后。
有两件事可以作为上述信息的佐证。
第一件事是袁术称帝野心的暴露。《后汉书·袁术传》记载：
兴平二年冬，天子播越，败于曹阳。术大会群下，因谓曰：“今海内鼎沸，刘氏微弱。吾家四世公辅，百姓所归，欲应天顺民，于诸君何如？”众莫敢对。
众人不回答，实际上就是一种不赞成的态度。这件事袁术的许多部下及同盟者都知道，诸葛玄也一定听说了。无论是从家学、家风角度，还是从士人的普遍心理反应上，诸葛玄都会对这种僭越企图深恶痛绝。此时，正值笮融、朱皓、刘繇互相攻伐，诸葛玄非常清楚，无论是谁胜，都会把他当作袁术的势力加以逐除。是继续依附袁术和他们作对，还是脱离袁术以求新的发展，诸葛玄毅然选择了后者。
第二件事是刘繇停止了攻打诸葛玄。刘繇是兴平二年（195）打败笮融的，建安三年（198）刘繇病死时，手下还有士众万余人。刘繇并非没有力量攻打诸葛玄，然而从兴平二年到建安二年诸葛玄被反民所杀，刘繇与诸葛玄竟相安共处两年多。我们知道，刘繇与袁术是政敌，与刘表是盟友。所以只有诸葛玄公开宣布脱离袁术归附刘表，才会出现这种情况。诸葛玄既然脱离袁术，就不会再说自己豫章太守之职是袁术所署，而是称刘表所任。所以刘表署诸葛玄为豫章太守之说不无依据。《献帝春秋》作为传闻异词，把诸葛玄为豫章太守一开始就说成刘表所署固然错误，但它传递的诸葛玄背袁归刘的信息却可能是正确的。
《三国志·蜀书·诸葛亮传》说，诸葛玄与刘表有旧，“往依之”，这是历史事实。抛弃豫章，带领侄子侄女前往荆州固然是“往依之”，然而，自己留在豫章，派人护送侄子侄女到荆州，并致归附之意，难道不也是“往依之”吗？
想当初，诸葛玄被朱皓所攻，退守西城，他据城与之对峙，也没有离开豫章。笮融、朱皓、刘繇打得那样热闹，他也没有离开豫章。现在脱离了袁术，不再作为刘繇的敌人而被攻击，他为什么要离开豫章呢？将侄子侄女送到荆州，已经为他们提供了安定的栖息之地，自己留在豫章，又避免了全家寄人篱下的窘境，会使刘表待子侄们更好，使子侄们更安全。
更重要的是，诸葛玄留在豫章，还有发展的余地。当时豫章北有袁、曹雄据，东有孙策拓土，西有刘表稳坐，而惟一的发展方向就是南方。留在豫章，就可以西以刘表为援，伺机向南发展。
基于以上三点理由。我们认为，诸葛玄在兴平二年背袁归刘后，派人护送侄子侄女们到达荆州，而自己仍留在西城。
诸葛亮随叔父诸葛玄于初平四年（193）到达豫章后，不久就被朱皓的军队赶到西城，他算是亲身体验了战争的残酷性。紧接着，他和姐弟们又从南到北，由西城北上至荆州襄阳（治今湖北襄樊），这次行程又有约今六百公里。到达荆州后，意味着流离生活的结束。这时他已是十五岁的少年。
三年辗转流离的生活，两次长途跋涉的艰辛，战火烽烟的弥漫，给少年诸葛亮的心灵以深刻的影响，使他由此萌生了报效国家、拯救时弊的宏愿。
从此，诸葛亮开始了他人生历程的第二篇章。