然而，出乎崔可夫预料之外的是，在他还没有来中国之前，蒋介石就提出了一个从整体上逐步限制和消灭共产党军队的方案，即“中央提示案”。这个方案规定，八路军和新四军必须全部开赴黄河以北的冀察两省及鲁北、晋北地区，使其处于日军和国民党军队的夹击之中。1940年10月9日，何应钦和白崇禧电令中国共产党领导的军队在一个月之内全部撤至黄河以北，并且应由50万人缩编为10万人。蒋介石企图趁共产党军队转移之机加以围歼。11月9日，朱德、彭德怀、叶挺、项英发出回电，驳斥了国民党顽固派的荒谬命令，以及对共产党及其领导的军队的诬蔑，并且表示，为了顾全抗日大局，可以把皖南地区的新四军转移到长江以北。
崔可夫抵达重庆的第6天，即1941年1月6日，国民党制造了震惊中外的“皖南事变”。
事情的经过是这样的：驻扎在皖南地区的新四军部队及所属部队9，000余人奉命北移至泾县境内的丕岭一带时，遭到国民党军7个师8万余人的包围突袭。新四军被迫反击，奋战7昼夜，终因寡不敌众，弹尽粮绝，最后除大约2，000人突围出来之外，大部分指战员被俘或壮烈牺牲。新四军军长叶挺也被俘。17日，蒋介石倒打一耙，诬蔑新四军为“叛军”，并宣布取消新四军的番号，声称要将叶挺送交军事法庭审判。
由于蒋介石对驻华的外国军事顾问严格保密，“皖南事变”发生之前，崔可夫对蒋介石的卑鄙行径一无所知。事变发生后，崔可夫与驻重庆的中共代表周恩来、叶剑英、董必武紧急会晤，以便查明真相。
周恩来明确告诉崔可夫，蒋介石不去打日本人，而是利用他手中的权力，千方百计使共产党的军队去承担无法完成的任务，而且不给予任何支持，企图借日本人之手消灭共产党的武装。在蒋介石看来，他的头号敌人是中国共产党和中国共产党领导的武装力量，而不是日本侵略者。
了解到事情的真相后，崔可夫的心情异常复杂、沉重。这时他处在了两难的境地：从内心讲，他同情中国共产党，但苏联对华政策的重点又放在国民党身上，把中国抗战的希望寄托在国民党政府及其军队身上。在对华政策上，对华援助的物资不仅要如数交给国民党，就是在现在这种大事大非的关头，苏联政府也因为怕刺激蒋介石，影响两国关系，不敢公开支持中国共产党，只能通过私人拜会的形式给国民党政府施加压力，以阻止内战的爆发。
崔可夫知道，是国防部长兼陆军总司令何应钦签署了剿灭新四军的命令。为了进一步探明事实真相，第二天，崔可夫便以驻华武官的身份拜会了何应钦。在双方会晤时，崔可夫耐着性子听完何应钦一大堆恭维的话之后，便开门见山地问何应钦：
“在和新四军的冲突中，是否使用了苏联提供的武器？”
老奸巨猾的何应钦知道纸里包不住火，告诉崔可夫说，在这场冲突中没有使用苏联援助的任何一种武器进攻新四军。在谈话中，崔可夫巧妙地从一个国民党要员的嘴里套出了国民党军队进攻新四军的事实。接着崔可夫又提出了另一个问题：
“对这次交战，我应该怎样向我国政府汇报呢？”
何应钦狡辩地回答说：“国民党军队之所以进攻新四军，是因为新四军没有执行蒋委员长的命令，应该予以严惩。”
崔可夫进一步质问道：“即使是新四军军部由于这样或那样军事上的原因没有执行命令，最高司令部也应该采取别的办法，比如可以免去军长的职务，给予纪律处分，甚至可以交付军事法庭判决。无论如何也不应该向自己的军队开战，不应该向普通军官和士兵开枪。”
崔可夫紧盯着何应钦继续说道：“中国现在正同日本侵略者打仗，为了赢得这场战争，应该团结一致，为什么要打自己人呢？苏联政府和人民不能理解，大敌当前，中国的军队为什么不一致抗击日本侵略者，反而互相残杀？”
苏联在战争期间加快了坦克等武器的生产。与何应钦会晤后的第二天，崔可夫又拜会了副总参谋长白崇禧以及其他国民党政府要员，他一再申明，内战有害于抗日，同时暗示说，内战可能导致苏联停止对中国的援助。
采取了一系列外交行动后，崔可夫开始关注这样一些问题蒋介石会不会进一步恶化同共产党的关系？会不会跟日本侵略者勾结起来？中国共产党能不能以大局为重，忍辱负重，维护住抗日民族统一战线？
“皖南事变”爆发后，引起了中国共产党及各阶层人士的极大愤慨，中共中央为顾全抗日大局，采取了“政治攻势，军事守势”的策略，在政治上进行有理有节的斗争，在军事上保持克制态度，没有采取任何报复行动。否则，中国的内战就会在所难免。中国共产党的做法使国民党顽固派成为众矢之的，蒋介石集团陷入空前孤立的境地。于是，蒋介石迫于内外压力，不得不暂时收敛起嚣张的反共气焰。
崔可夫在中国很重要的一个任务是探明蒋介石对抗日的真实态度以及日本帝国主义1941年的作战计划。进入1941年夏天，希特勒入侵苏联的迹象日益明显，苏联政府面临一个非常重要的问题就是，日本帝国主义下一步将把侵略的矛头指向何方？日本人会不会在苏联的远东地区挑起战争？为了弄清这一重大问题，苏联政府指示崔可夫和驻华大使潘友新，迅速查明日本帝国主义的进攻计划。
1941年夏季以来，崔可夫搜集有关情报资料，分析了世界尤其是亚洲和中国战场的形势之后认为，从德、意、日3国订立的《反共产国际协定》看，日本很可能与轴心国协同进攻苏联，而且自日军占领中国东北以后，就准备以中国东北和朝鲜作为跳板，为侵略苏联远东作准备。日本帝国主义在苏联边境地带设置了18个防区，1939～1940年，关东军的数量由9个步兵师增加到12个步兵师，兵力达35万人；1941年，关东军总部又在极力扩大师的编制，并且用新式武器装备部队。
但是，日本要想打大战，严重缺乏原料和自然资源。苏联远东地区虽然有丰富的物产资源，而且日本人也垂涎已久，然而，日军在张鼓峰和诺门罕挑衅的失败，使得他们不敢轻举妄动。而在东南亚地区，由于法国败降，防御空虚，日本乘机占领了印度支那北部，并逐渐扩大它在南方的海、空军基地。加之1938年日本占领的广州、海南岛、海防港等，日军在东南亚下手的时机日益成熟起来。
另外，由于日军陷足于中国，一则耽误了它夺取南方资源的时间，没有这些资源日本就不能认为作好了跟比中国更强大的国家进行战争的准备，二是就中国战场而言，日军无法迅速取胜，为了孤立中国，它更可能把兵力投入南方，以切断英、美对中国的军事援助。
从兵力分布和兵种分配上看，日本南进的企图也日趋明显。日本苦心经营，建立了强大的海军，如不将海军投入南方，就无法发挥作用。
种种迹象表明日本南进的可能性更大。1941年3月的一个偶然事件也证明了这一点。
1941年3月，一架载有日本海军将领的飞机在中国广东上空失事，日本海军将领携带的全部文件落入游击队之手。经多方努力，崔可夫很快弄到了这些文件。从文件中崔可夫了解到，日本准备以海防、海南岛作为军事据点，作为南进的基地。
崔可夫将所获情报以及自己对日本下一步的行动将会转向南方的判断报告了苏联政府。这对苏联领导人确立日苏关系的政策起了重要作用。1941年4月13日，在希特勒准备大举进攻苏联的时候，苏日中条约签订。
1941年12月，日本海、空军偷袭珍珠港，太平洋战争爆发了，日军的南进意味着苏联避免了在远东开辟第二战场。
太平洋战争的爆发，使中国战场的得失与美英的利益直接联系起来。于是，中国战场在反法西斯同盟国中的地位也日趋重要，美英等西方大国开始改弦易辙，向中国提供贷款和武器援助，并且派出大量的军事代表，帮助中国人民抗日。
在这种形势下，身处重庆的崔可夫认为，自己已经完成了斯大林和苏联政府交给他的在华任务。因此，他在给苏共中央的报告中暗示，苏联在华的军事顾问在这种形势下已不可能再发挥自己的积极性，已无存在的必要，请求中央召回在华顾问。
接到崔可夫的报告后，苏共中央转告崔可夫，很快将讨论这一问题。就在这个时候，崔可夫为苏联政府惹了麻烦。在重庆举行的一次记者招待会上，当外国记者问及苏联将在何时对日开战时，崔可夫因一时疏忽泄露了秘密。他回答记者说：
“只要一消灭希特勒的军队，苏联就将对日本开战。”
1942年1月2日，报纸发表了这一消息，引起一场轩然大波。苏联政府立即命令苏联驻华大使馆照会中国政府，指责报纸上的报道纯系记者捏造，要求该报予以澄清。中国方面指出，崔可夫确实发表过这样的谈话，因此不予辟谣。鉴于这种情况，苏联政府迅速电召崔可夫回国。2月下旬，崔可夫乘飞机飞抵阿拉木图，从而结束了他在中国的使命。
被绥靖政策孤立
1941年12月5日，苏军以英勇顽强的精神顶住了德军对莫斯科的包围和进攻。莫斯科防御战取得胜利之后，苏军在莫斯科城下实施了反攻，德军不可战胜的神话破灭了。
当地时间12月7日，日本海、空军偷袭珍珠港，太平洋战争爆发。在太平洋战争爆发之前，日本就早已周密地作好了一切必要的准备。日本与美国和英国的政治矛盾已经达到了十分尖锐的程度，它需要选择有利时机下手。
当日本决心在东亚不仅对英联邦，而且对美国采取军事行动的时候，它已经在中国打了4年半的仗。日本原来打算把侵占中国并利用它的经济资源，作为扩大日本在整个东亚地区霸权的第一步。然而，对中国发动的侵略战争并没有使日本帝国主义达到目的，因为日本人非但没能速决速战，反而使自己深陷泥潭不能自拔。
希特勒正在察看德国制造的“虎”式坦克。法西斯德国1940年在法国取得的胜利对远东局势产生了影响，并为日本人开辟了新的前景。欧洲的战争使得英国实力暂时受到削弱。1940年夏，英国不得不按照日本人的要求，封闭了向中国运送武器的必经之路——滇缅公路。原荷兰殖民地已经没有宗主国，法国为了保住自己的殖民地，则要在大国之间看风使舵。1940年8月，法国被迫同意日本关于向它提供3个印度支那机场的要求，日本打算利用这些机场对付尚未完全停止的、经滇缅公路往中国运送武器的行动。随后进行的谈判导致日本和法国在1941年7月达成了协定。两国政府在这个协定中表示准备为共同防守印度支那进行军事合作。这个协定实际上意味着日本可以随心所欲地在印度支那建立陆海空军事基地。
日本的这种南进，对英国在东亚的地位产生了潜在的威胁。缅甸以及拥有新加坡的马来西亚、荷属印度（即印度尼西亚）都成了日本人随时可能威胁的目标。由于欧洲战场的局势，英国无力独自保卫自己在东亚的地位，但是，就像在对德作战时一样，它再次得到了美国的援助。因为美国把日本的扩张趋势看作对自己利益的威胁，并采取了相应的对策。1941年7月，美国冻结了日本在美国的大量资产，并禁止向日本出口石油。不久，英国和荷兰也作出了同样的决定。这对日本海军来说，无疑是一个致命的打击，因为从此以后，日本只能依靠自己的石油资源了。在这种情况下，日本只有撤出它为之付出巨大人力和物力的印度支那和中国，只有参加战争以便攫取荷属印度的石油，才能消除对它施加的这种压力。
这时，日本人为了故作姿态和隐蔽自己的真实意图，再次试图同美国达成协议，并为此派了特别代表去华盛顿。但他们提出的要求，诸如停止对日本的贸易禁运、由美国供应石油、停止向中国供应武器等等，是美国人根本不能接受的。看来，谈判已经没有希望，于是，日本人认为，与其听任自己的经济被缓慢地扼杀，不如及时发动战争。
长时间地等待只会削弱日本而加强美国。根据日本人获得的情报，美国当时还没有作好战争准备。英国作为日本在东南亚的敌人，几乎对日本没有任何危险，因为英国的所有海、空兵力都忙于同德国作战，陆军则在北非同意大利和德国军队作战。上述种种因素使得日本帝国主义好战分子再也等不下去了。就在日本外交代表还在华盛顿进行谈判的时候，日本的海、空军偷袭了珍珠港。
美国并不是完全没有料到会发生军事行动。美国人已经掌握日本的密码，并成功地破译了几份非常重要的电报。但是，日本人对珍珠港的袭击却完全出乎美国人的意料。这一严重的事件在美国舆论界引起了强烈的愤怒。国会两院一致同意按照罗斯福的意愿，授予总统抗击这一阴险的进犯，并把斗争进行到彻底胜利的全权。
1941年12月8日，美国和英国对日宣战，丘吉尔在下院表示，英国要和美国取得一致行动，他宣布，尽管英国本身面临的困难越来越大，但仍然要派英国海军中若干最好的军舰去远东与日军作战。荷兰政府也宣布荷属印度进入战争状态。
12月9日，中国政府向德、意、日宣战；12月11日，美国宣布对德、意宣战。至此，第二次世界大战达到了最大规模。
战争的进程，促进了国际反法西斯统一战线的最终形成。1942年1月1日，苏联、美国、英国、中国等26个国家在美国华盛顿签订了《联合国家宣言》，宣言赞同《大西洋宪章》，并规定签字国保证用自己的全部经济、军事力量来对法西斯国家作战，援助反法西斯的同盟国家；签字国不能和敌对国家单独缔结停战协定或和约。
国际反法西斯统一战线的建立，大大加强了世界反法西斯力量，并在第二次世界大战进程中得到进一步扩大，为反法西斯战争的胜利创造了有利条件。