1948年6月，马歇尔感觉到身体有些不舒服，到医院进行检查，结果发现右肾比左肾大一倍，有囊肿，需要做切除手术。当时，柏林危机正是关键时刻，9月又要出席在巴黎召开的第3届联合国代表大会，手术只得推迟进行。
在巴黎开会期间，马歇尔的安全问题，引起代表团其他成员的密切关注。联合国派往以色列调查巴勒斯坦问题的瑞典伯纳多特伯爵被暗杀，恐怖组织威胁，马歇尔是他们的下一个目标。虽然有了波哥大虚惊的经历，但马歇尔还是不肯要贴身警卫。1947年2月，当他第一次以国务卿的身份去普林斯顿大学演讲时，校长告诉马歇尔，有一位沉默不言和不认识的人在附近游荡，问是否是他的随员，马歇尔不知道情况，回到国务院以后，经查问才得知，是国务院派出给他做安全警卫的。马歇尔心中很不高兴，他表示，他宁愿被暗杀，也不愿有人在周围这样密切地注视着他。在巴黎这个开放的国际大都市，暗杀分子很容易隐藏。所以，虽然马歇尔自己不在意，但他每一次从居住地外出，身边的工作人员都紧张得要命。有一天晚上，马歇尔在兰斯一家旅馆休息，身边工作人员只好在马歇尔不知情的情况下，轮流在他的门外站岗。
在巴黎会议上，德国问题是争论的焦点。马歇尔继续采取强硬路线，不肯妥协，将柏林问题移交联合国代表大会处理。
在美国国内，杜鲁门的总统竞选正进入白热化阶段，为了争取选票，改变一下强硬和好斗的形象是很有必要的。在竞选顾问的建议下，准备派最高法院大法官去莫斯科，向前苏联方面陈述他准备在柏林问题上实行妥协的措施。这样，一方面，马歇尔在巴黎会议对前苏联实行强硬路线，另一方面，总统则准备妥协。杜鲁门将他的打算通知副国务卿洛维特，洛维特急匆匆地赶往白宫，告诉杜鲁门，派大法官到莫斯科去陈述和平愿望，他不仅会失去国务卿，而且会使英、法、美的共同努力付诸东流，英、法会强烈反对美国的作法。听洛维特这么一说，杜鲁门马上取消了这一安排。
在巴黎，马歇尔听说杜鲁门要派大法官去莫斯科，吃惊不小，他命随从起草致华盛顿的复电，表示他不赞成派大法官去莫斯科。复电草稿的第一句话，就显得对杜鲁门总统大不恭敬：“有史以来在外交上还不曾有过的拙劣作法”，马歇尔看后，怒不可遏。他把起草复电的随员找来，狠狠地批评了一顿，说对总统怎么能够用这样一种口气说话呢？这是绝对不行的。马歇尔同时也感觉到，杜鲁门采取这种举动，与自己工作的疏忽也有关系，因为他没有能够将巴黎会谈的进展情况及时汇报总统，他向杜鲁门总统致电道歉，并提议让他回国作简要汇报。马歇尔这种严于律己、宽以待人的品性，使他周围的工作人员深受感动。
杜鲁门马上派总统座机接马歇尔。舆论纷纷猜测，马歇尔是回华盛顿向总统辞职的，马歇尔断然予以否认。但可以推测的是，他确实向杜鲁门总统提到了，在大选以后，他将辞去职务。如果杜鲁门在大选中取得胜利，马歇尔的身体也不容许他再担任4年的国务卿，而如果杜鲁门在选举中失败，那事情就更不用说了。
辞去公职退休，是马歇尔早就期望着的。早在1948年7月，他就向史汀生写信说，他准备是年冬天退休，凯瑟琳一直在盼望着这一天的早日到来。9月初，他在给另一位朋友的信中说，希望巴黎之行将是他的最后一次为国事奔忙，他只答应工作到年底。杜鲁门再度当选，马歇尔觉得他终于可以退休了。民主党人重新控制了议会两院，不再需要马歇尔这个无党派人士帮忙使共和党控制的国会通过总统提出的法案了。
巴黎会议期间，马歇尔的身体状况在不断恶化，他不得不提前离开巴黎，回国做手术。
1948年12月7月，在华盛顿陆军里德医院，马歇尔的右肾被切除，囊肿是良性的。马歇尔本希望圣诞节能出院，但手术后反应较大，直至月底才离开医院。
马歇尔住院动手术，引起世界广泛关注，不少人都关心着他的病情，来自世界各地的慰问电源源不断，发电人有丘吉尔、戴高乐、斯大林、铁托、毛泽东、周恩来、蒋介石、艾森豪威尔、蒙哥马利元帅等，尽是一些世界风云人物。共和、民主两党的议员们，纷纷给他寄来明信片，祝他早日康复。
发慰问电的大人物中，有一位是马歇尔新近才结识的女性崇拜者，她叫弗雷德丽卡，是希腊的王后。她有着显赫的家庭背景，父亲是公爵，祖父就是与俾斯麦合不来，挑起第一次世界大战的德皇威廉二世。她又是英国维多利亚女王的玄外孙女。她生于德国，但大部分时间在英国接受教育，是她祖父的掌上明珠，1938年与希腊保罗亲王结婚。1947年4月，保罗亲王继承王位。这一年的下半年，弗雷德丽卡在伦敦向丘吉尔讨教，怎样才能使她的国家获得援助，丘吉尔建议她去结识正在伦敦参加外长会议的马歇尔。在丘吉尔的帮助下，她终于见到了马歇尔。她当时只有30岁，天生丽质，一身晒得略显黝黑的皮肤，身穿合体的夜礼服，显得健康活泼，充满青春的朝气。在马歇尔面前，她道古论今，侃侃而谈。她的广博知识和娓娓动听的口才，令马歇尔大为吃惊。她不仅惊羡她的青春活力，也为她的言谈举止和为国分忧的责任心所感动。马歇尔事后追忆说，弗雷德丽卡给她留下了“终生难忘的印象”。马歇尔也当面称赞了她，说她几分钟的讲话，比他当国务卿以后所听到的任何朝野政治家的讲话更有道理，更有说服力。
得到马歇尔这样一位大权在握、享有世界声望的美国国务卿的赞赏，年轻的王后受宠若惊。从此，两人的联系建立了起来。她给马歇尔写信，常常不惜词句和时间，写得长而且亲切。从那时起，两人一直通过中央情报局通信联系。1948年巴黎会议期间，马歇尔忙里偷闲，应希腊国王和王后之邀，对雅典进行了访问，受到最热情的接待。
自从在伦敦与弗雷德丽卡见面之后，马歇尔对希腊的情况有了更多的了解，对希腊王国政府的援助，也引起了他更多的关注。如果没有来自美国的经济、军事援助，评论认为，希腊的政权本是会落到游击队手中的。
蒋介石的夫人宋美龄，专横、傲慢，却是马歇尔的崇拜者之一。马歇尔住院治疗之际，她正在美国，听说马歇尔住院了，便马上飞往华盛顿探视。
凯瑟琳邀请宋美龄到弗吉尼亚多多纳庄园去小住。白天，两位贵妇人在菜地里浇菜锄草，在厨房里切磋烹饪技艺，晚上，一起谈论马歇尔童年时的一些趣闻轶事。凯瑟琳告诉宋美龄，小时候，马歇尔额头前老耷拉着一绺头发，于是，得了个“啄木鸟”的雅称。
将要回国了，宋美龄以极诙谐的笔调向马歇尔写了一封告别信。她在信中称马歇尔为“啄木鸟”司令，称凯瑟琳为副司令。她诉说，马歇尔“安宁地躺在绸丝裘被”之中，而她自己却是如何在他家里服“苦役”。她使尽生平力气种植“荷兰水仙”，累得“腰酸腿痛”，这还不够，又在厨房里度过“令人难熬”的时光，削土豆皮，烧红焖牛肉，如此等等。她说她屡向“副司令”索要“薪金”，不仅不给，“副司令”反说：“自本报告签署人进驻本宿营地以来，双颊绯红，气色见好，体态渐丰。因此，所谓钱财性质之要求，不仅无效，且属非法。然而，本报告签署人认为，此种答复不民主、不公正，含有歧视性质。本人之面色绯红、气色见好，或系肺痨之潮红，体态渐丰则可能出自浮肿或肥胖病，均需备加关切，而今天道安在哉？”伦纳德·莫斯利：《马歇尔》，解放军出版社，1987年，第474～475页。
读罢宋美龄的信，马歇尔哈哈大笑，不由赞叹起这位中国第一夫人，不仅人长得端庄丽质，而且，对英文十分娴熟，各种习语、典故运用自如，这封告别信堪称上乘手笔。
出院以后，马歇尔的身体还没有完全恢复，身体虚弱。杜鲁门总统挂念在心，他亲自安排马歇尔夫妇去波多黎各的海军基地疗养。那里气候温和，阳光充足，对于手术以后的马歇尔的身体恢复，大有益处。
在波多黎各住了一段时期以后，马歇尔在弗吉尼亚军校时同寝室的同学伦纳德·尼科尔森邀请马歇尔夫妇俩去新奥尔良欢度狂欢节。尼科尔森此时是新奥尔良《时代简报》的老板。马歇尔夫妇在尼科尔森别墅里小住了一段时间，此时，他的身体已恢复健康，随着春天的来临，重又焕发勃勃生机。
1949年1月3日，马歇尔正式向杜鲁门总统递交了辞职申请，他要求对辞职的宣布安排到总统就职的同一天，即1月19日。
1月7日，杜鲁门总统给马歇尔写了回信，盛赞马歇尔为国家所作的优质服务：
“亲爱的马歇尔将军：
“您1月3日的来信，已使我深深感到，出于健康考虑，您已决定辞去公职，息影家居。为国家利益着想，我本希望此事迟迟不要发生……
“作为陆军参谋长，您曾是两位总统的向导和顾问，您在履行工作职责时所表现出来的工作能力和行为品德，曾鼓舞了民主国家的军队，并且赢得了一场无与伦比的战争。
“当国务卿这一重要职位出缺时，我为有您来接任此职而深感欣慰，尽管您当时可以心安理得地拒绝我，但您没有这样做。事实证明，您的丰富阅历和经验，使您得以胜任所担负的、指导外交事务的繁重工作——特别是制定和执行马歇尔计划。
“我原本希望，经过治疗、休息和疗养之后，您能继续任职。然而，我不能承担进一步损害您健康的责任。因此，我同意您辞去国务卿之职，自1949年1月20日起生效。在我违心地和极为遗憾地采取这一行动时，衷心向您表示友情和敬意。”伦纳德·莫斯利：《马歇尔》，解放军出版社，1987年，第475～476页。
马歇尔的其他相知友好和国务院的下属，不断写来信函，纷纷表示能够在他领导下工作一段时间而感到十分荣幸，对他辞去国务卿职务表示惋惜，祝愿他退休以后身体健康，生活愉快。
迪安·艾奇逊能当上国务卿，完全是马歇尔举荐的结果。杜鲁门曾经向艾奇逊讲过，除非有马歇尔的推荐，否则他就不可能当上国务卿。抱着对马歇尔的感激之情，艾奇逊在信中写道：要说出一个伟人的成长之路是困难的，但只要真同这位伟人朝夕相处，就会了解个中三昧。他说一生中有过两次这种与伟人相处的际遇，而与马歇尔相处的时期，是他学习、收益最多的，他称赞马歇尔德行高尚，品格完美。
现在，马歇尔似乎真要过上清清闲闲、无人打扰的日子了。他每天在多多纳庄园浇花、种菜，或是在庄园周围胡乱地走走。继女和养女不时来多多纳庄园住上两天，给马歇尔带来不少安慰，他好像又回到了无忧无虑的童年生活。
但问题并没有这么简单。在危急关头接任总统，且为不少政客所轻视的杜鲁门，受惠于马歇尔的智慧和指导，他不想让马歇尔空闲，他要马歇尔出山来为公众服务。
1949年夏，美国红十字会的管理陷入了严重的混乱。会长很快要退休，各城市、各分会的负责人抱怨他们的工作，说他们没有发言权。红十字会的管理委员会被为数极少的有钱阶层的利益代表者所操纵，需要一名有名望和公正无私的人才能开展工作，恢复大家对红十字会的信心。杜鲁门认为，这份工作比较适合于马歇尔，他的崇高威望和息事宁人的性格可以收拾好这个烂摊子，而且，工作也没有当国务卿时那样繁杂，不至于严重影响到马歇尔的身体和休息。
当然马歇尔是适合干红十字会会长这一差事的，这不仅在于他的威望，而且，他对这方面的工作多少有些熟悉和体验。战争期间，作为陆军参谋长，他曾经常与红十字会打交道，帮助寻求公众的支持，为阵亡将士的家属募捐。1948年，他为欧洲复兴计划谋求国会拨款所作的演说，类似于红十字会所组织的群众募捐活动。红十字会工作的一个重要方面，是动员那些阔佬、名流为穷人、灾荒捐献，而马歇尔从20世纪20年代做潘兴的副官起，就同不少上层权势人物、特别是东部权势阶层有来往。
马歇尔正式接受职务是1949年10月1日，但事实上，他早已在为红十字会工作，许多地方的红十字会，都愿意把马歇尔请去演说，帮助募捐。
社会各界对马歇尔出任红十字会会长抱普遍欢迎的态度。他当国务卿时期的秘书们集体给他写信，对他的新职务表示祝贺，同时希望他的新职务不会“严重影响到他在利斯堡种番茄、养日本甲虫以及干其他农活的时间”。美国红十字会各分会都写信给马歇尔，表示愿意在他的组织和领导下工作。劳工部部长发表看法，认为“一个作为军人和外交家的伟大人物现在来接管世界上最主要的仁慈事业，这是最理想、最恰当的”。国际商业机器公司代表一些企业，表示要大力支持红十字会的工作。
在马歇尔收到的成千上万封来信中，不少对美国红十字会存在的问题进行了分析，并且提出了未来工作的重点和方针：第一，给这个组织以新的动力；第二，把已经疏远了的人员找回来；第三，不要同地方的募集基金运动和地区性组织争吵；第四，推广血库；第五，加强志愿工作计划。
各方面的反映良好，给了马歇尔以极大地鼓舞。
但也有一些朋友劝告他再不要担任公职，应爱护身体，继续在多多纳庄园过那种自由自在的生活。
更有一些人猜测，杜鲁门要马歇尔出任红十字会会长，目的是为了保证马歇尔有一项较好的收入。
马歇尔对这一点感到很气愤。因为他已经有了一项稳定的收入，可以保证从国务卿职务上退下来不会降低生活标准。国会已经通过了一项立法，现有的几位陆、海军五星上将，终身保此军衔，不退出现役，照支原薪和一切福利。杜鲁门还准备为他们在政府办公楼内每人提供一间大办公室，配一名助理、一名秘书和一名勤务员，而他们出外和旅行的工具，则由各军种提供。因此，马歇尔出任此职并不是为了收入，杜鲁门总统安排马歇尔当红十字会会长，也不是这一目的。
马歇尔原以为红十字会会长是一个比较清闲一些的职务，但走马上任以后，马上就忙碌起来。经常要出门出席各种会议，发表演说，或是实地调查掌握情况。为了搞好宣传，让更多的人献身慈善事业，或是让一些大款掏腰包，有时还要对其进行奉承一番，或是摆好姿势，一个个地与人握手照相，而这些事情他原本是讨厌的。不过，现在比任国务卿时有一个好处，他可以带着夫人凯瑟琳同行。
由于马歇尔的威望和认真工作，只有几个月时间，糟糕的美国红十字会就理顺了关系，工作人员的不满情绪消失了，全国委员会与各地方分会之间的争吵没有了，各项工作井然有序地展开。在一年的时间里，他行程3万多公里，足迹遍布美国全国各地。