治疗牙周病，必须对牙周组织的状况及破坏程度先作了解与评估，通常是藉由全口X光片及牙周袋深度测量来达成。评估完后才能拟定治疗计划，通常牙周病的治疗分三期。
治疗初期：将口腔内所有结石、色素沉积尽量去除，指导病人保持口腔卫生，包括牙刷及牙线等清洁工具的正确使用。以全口超声波洁牙，牙周袋深部结石的刮除及牙根整平术，去除不良修复物、咬合干扰等。
手术期：比较严重的患部，尤其牙周袋较深之处，需做牙周翻瓣术，方能彻底将结石及病变组织清除。牙周手术是一种局部而又安全的手术，在牙科门诊即可施行。局部麻醉下，将牙龈稍微翻开，牙周深部的结石、肉牙组织彻底清除，若有骨损失，可配合放置“牙周再生膜”及“人工骨粉”使破坏的骨组织再生，达到积极重建牙周组织的目的。
维持期：在经历上述的治疗后，通常花了三个月至半年的时间，投注了这么多的时间与心力于其上，维持成果是极其重要的。除了要永久不间断地做口腔清洁外，应依医师指示，定期回诊检查，以充分掌握牙周及口腔情况。