大约三百年前，英国生活着一个怪人。他的名字叫格列佛。
格列佛是一位医生，在那些大型的英国商船上工作，它们航行到世界各地，到其他国家买卖货物。他这个工作很危险。大海有时波浪滔天，风狂雨骤，船只经常来到一些不为水手们所知的地方，就连地图上也找不到。
在故乡英国的家中，格列佛已经有妻子儿女。但为了赚钱养家，他必须参加这一类远航；此外，他自己也热爱旅行，对从未见过的地方充满好奇。
本书讲述了格列佛旅行中的四个故事：通过这些旅行，他发现了四个新的国家，也永远改变了他对人类同胞的看法。
格列佛第一次出航是在1699年。他的船从布里斯托尔扬帆启程，驶往西印度。那是一次漫漫长途。经过六个月的航行后，船只遭遇了一次可怕的事故。它在大海中央一块巨大的礁石上触礁，被彻底撞坏了。
很多水手都死了，但格列佛设法游到一座陌生的岛屿上。他刚挣扎着爬上海滩，就精疲力竭地睡着了。
好几个小时之后，他醒了过来，发现自己仰卧在地，无法动弹。他被数百根结实的绳子绑住，甚至头发也被绑到地上。明晃晃的太阳照得他眼花缭乱，几乎什么都看不清。然后，格列佛感觉胸脯上有什么东西爬过。他以为是什么昆虫或老鼠，往下一看，却惊讶地发现那是一个小人，穿着精致优雅的衣服，但个头只有铅笔那么高。
那个人身后跟着差不多四十个同伴，从格列佛的胸脯上走过。格列佛一看到他们，便惊恐地大叫起来，吓得许多小人从他身上摔到坚硬的沙滩上受了伤。格列佛拉扯着绳子，设法让一只胳膊摆脱了捆缚，脑袋也能稍微转动一下了。那些小人立刻拿出武器，朝他脸上射箭。它们像针和钉子一样扎人，格列佛疼得直叫。此刻，他原本可以轻松地杀死一个小人，但他不愿那么做。恰恰相反，他做了个手势，意思是他不想伤害他们。他们明白了他的意思，于是在他耳朵旁架起一道梯子和一个木头平台，好爬上来同他说话。
然后，小人派出一名代表，用他们自己的语言发表了一篇长长的演讲。格列佛没听懂多少——实际上他几乎听不到什么，因为那个人的声音又尖又细——不过他还是弄明白了，他们打算把他作为俘虏押送到他们的首都去。他认为最好照他们说的做。与此同时，他又做了些手势，表示自己想吃东西。那些小人有备而来，于是大家扛着肉、面包和酒，开始顺着他的胸膛朝他的嘴巴走去。他们带来了自己能够找到的最大分量——有整头的烤猪和烤羊，一个个面包跟他们的脑袋一样大，还有大桶大桶的酒——但对格列佛来说，这就像吃面包屑和从顶针里喝酒。
那之后，小人们花了好长时间造了一辆巨型木头运货车，大得足以将格列佛运走。他们将他绑到车上，用一千多匹马拉着他朝首都走去。那些马都是这个国家最强壮的，尽管首都仅仅就在一公里外，它们却花了五个小时才到达。都城边上有座废弃的庞大庙宇，他们认定这是给格列佛睡觉的好地方。他们解开他身上的绳索，用一条结实的链子将他的腿绑到地上。然后他就爬进神庙，它刚好能让他勉强挤进门去，伸展四肢躺在里面。
巨人抵达的消息很快传遍全城。第二天早上，一大群人聚集在神庙周围，观看格列佛从大门里面爬出来。大多数人都只是瞪大眼睛望着他，但有五六个残忍的家伙开始朝他脸上射箭取乐。警察抓住这些人，问格列佛打算怎么处置他们。格列佛将这几个人抓起来，除了一人之外，其余的全塞进自己口袋里。他把那个人举到嘴边，张大嘴巴，装出要将他活活吞掉的样子。但不久后，格列佛就把他们全都轻轻放到地上，这几个人被吓得失魂落魄，四散奔逃。
小人们注意到格列佛是多么友好仁慈，人人都在谈论他。实际上，他给这个国家的人留下极好的印象，就连他们的皇帝也决定来看望他了。