奥斯瓦尔德最终还是死在医院里，他在临死前留下了一句话：“我只是一只替罪羊。”后来，警察抓捕了那名杀死奥斯瓦尔德的人，他叫杰克·鲁比，是一家大型夜总会的老板，他还与黑手党有着一定的联系。从调查来的这些资料得知，他杀死奥斯瓦尔德并不单单是为了替总统报仇，这里面一定有不可告人的秘密。事实并非警察们想的那般，奥斯瓦尔德好像是无辜的。联邦调查局的调查结果也显示，案发现场的那把枪上没有奥斯瓦尔德的指纹。一时之间，警方陷入了谜团之中，以前那些所谓的证据都成了不确定的，包括那支枪，那张做了标记的地图，还有警察蒂皮特被杀，这些事情可能不是奥斯瓦尔德干的。
到底是哪里出了差错？联邦调查局的人也迷惑不解。他们认为在仓库六楼那么远的距离射击，做到每枪都射中目标不太可能。警方还在现场找出了烟头，而奥斯瓦尔德却不抽烟。团团迷雾让整个案情陷入了僵局。
为了调查这一案件，美国政府专门成立了沃伦委员会，但他们的报告漏洞百出，报告的结果是通过媒体发布出去的，报告认定奥斯瓦尔德是杀害总统的唯一凶手。奥斯瓦尔德患有精神病，没有受到其他人的唆使。
人们看到报告之后，很快就发现了这份报告纯粹是应付美国公众的。根据目击者提供的影像资料来看，子弹是从不同方向射出的，第一颗子弹是从高架桥旁边一处空地上射出的，而不是教科书仓库。人们对报告产生了很大的怀疑，奥斯瓦尔德不过是只替罪羊，真正的凶手依然逍遥法外。
还有一个很重要的证据，那就是市民扎普鲁德拍摄的珍贵影像资料。从所拍摄的画面上可以判断出总统和州长是被不同方向飞来的子弹先后击中的，中间的间隔时间非常短，这让委员会的成员认为他们是被同一颗子弹击倒的。事后，他们也承认自己判断错了。
没过几天，联邦调查局又有一个意外发现，那支意大利步枪不能进行远距离射击，也就是说仅靠这支落后的步枪是不能完成远距离刺杀任务的。
种种迹象表明，委员会发布的结论是错误的。杀手并非奥斯瓦尔德，但他到底是什么样的人，他究竟扮演了什么角色呢？在案发之后，联邦调查局对奥斯瓦尔德进行了一些调查，发现还有一些之前没有调查到的结果：奥斯瓦尔德曾经是一名特工人员，他为中央情报局和联邦调查局工作过。
在美苏冷战开始时，奥斯瓦尔德是海军的一员，后来他成为了一名特工打入了苏联内部。作为特工的他演技非常出色，圆满地完成了任务。回到美国的他在一家培训班里上课，而这家培训班的老板就是中央情报局。1962年6月，有两位自称是联邦调查局的人找到了奥斯瓦尔德，希望奥斯瓦尔德能加入他们的队伍，主要任务是打入斯拉夫移民组织，为联邦调查局获取更多的情报。
同年7月，奥斯瓦尔德便成为了一位热爱古巴共产党的年轻人，到处宣称自己是一名共产党人。他表现出对卡斯特罗无比忠心的样子，其实，这些都是他为了完成任务演戏而已。
联邦调查局的人还调查到鲁比和奥斯瓦尔德早就认识了，他们同时对中央情报局效忠。鲁比经营的夜总会，专门为武装分子提供武器。那么，为什么鲁比会杀死奥斯瓦尔德呢？
在总统被刺杀的前三天，曾有一位女子被人从飞驰的车上扔下来，所幸的是她并没有死，被人送进了医院，在医院里她对前来调查的工作人员说，她是鲁比的助手，因为知道鲁比刺杀总统的阴谋而差点遭到灭口。她说的这些，调查人员却没在意。
在这名女子出院不久，警方就得到她在车祸中死亡的消息。
调查至此，可以看出此案与鲁比有着很大的关系，但是幕后黑手究竟是谁呢？中央情报局？联邦调查局？……
鲁比杀死奥斯瓦尔德就是为了杀人灭口，他本以为自己会没事，即使被抓住了，背后的老大也一定会设法救他出去。可是他的如意盘打错了，最终他被扔在了监狱里无人过问。现在他明白了，他就是下一个奥斯瓦尔德，另一只替罪羊。正当鲁比打算把一切都告诉沃伦委员会时，他却死于癌症。
天下竟然有如此巧的事情，好好的一个人在调查的关键时刻就因癌症死了，线索又中断了。
鲁比死后，先后有多名与总统被刺案有关的人员相继离奇死亡。先是两名记者，他们是被警察开枪打死的，在死之前他们曾听到过关于总统被刺案的一些真相。事后开枪的警察说枪走火了，枪口正好对准了记者。
最为要命的是沃伦委员会派出了多达2500名特工，对300多名证人进行盘查，虽然没有什么收获，但是这些证人还是一个个离奇死亡。这让沃伦委员会十分头痛，死的人越多，知道真相的人就越少。
其中有一个证人亲眼看见了警察蒂皮特被杀的经过。这名证人叫雷诺兹，那天他正好看见蒂皮特遇害，而且他还跟踪过凶手，他十分肯定地说凶手绝对不是奥斯瓦尔德。雷诺兹没想到几天之后他就遭到了枪击，幸好命大没有死，但是他后来不得不东躲西藏地过日子。
还有一位工人，也被暗杀。他的好友说，他生前知道一些关于总统被刺的秘密。
还有一位司机，他说奥斯瓦尔德绝不可能是凶手，因为总统被刺时奥斯瓦尔德正坐在自己的车里，怎么能去杀害总统呢？这位司机后来出了车祸，当场被撞死。
一直以来沃伦委员会的成员们都想把奥斯瓦尔德变成凶手，尽快了结此案，却偏偏有人推翻他们的结论。
还有一个人，他亲眼看见了打死总统的子弹所飞出的位置。因为工作需要，他必须待在离地面14米高的塔上工作。当子弹射出时，他正在塔上，他对沃伦委员会的成员说子弹绝对不是从教科书仓库大楼里射出的。如此一来，那凶手也不会是奥斯瓦尔德。
没几天，这位唯一目击子弹从何处射出的证人也被车撞死了。
案件进行到此，离奇死亡者已多达20人，这让美国民众更是纳闷，幕后黑手究竟是何方神圣，竟然有这么大的本事，不但能瞒天过海，还能将知道真相的人一一杀死。
在20年后，一位老间谍分析，在总统遇刺案中，有三个人开过枪，开枪的三个凶手都拥有相当高的射击技术，他们都经过专业的训练。但其中没有奥斯瓦尔德，他只不过是个棋子，任人摆布。那个枪袋也是别人偷偷放到他家里的。
所有的证据都说明奥斯瓦尔德是无辜的，那么警察蒂皮特与奥斯瓦尔德有关系吗？
杀人案的阴谋正在一点点浮出水面。
案发的前几天，正在上班的奥斯瓦尔德被一位联邦调查局的人找到，他们谈了一会儿这个人就走了。几天之后，奥斯瓦尔德就收到了一支意大利步枪。他只知道按照这位特工的吩咐，在教科书仓库大楼上方开几枪就能拿到丰厚的回报，他并不知道这样做的真正目的是什么。那支杀死蒂皮特的手枪也是特工事先找了一个理由交给奥斯瓦尔德的，让他带在身上。其实一切都是事先计划好的，特工们还安排了一位假的奥斯瓦尔德，当这位假奥斯瓦尔德杀死蒂皮特逃跑时，真正的奥斯瓦尔德正按照指示来到蒂皮特被杀的地方。
整个案件是这样的：凶手在刺杀总统之后，奥斯瓦尔德便得到指令迅速离开教科书仓库。这时假的奥斯瓦尔德又杀死了蒂皮特，然后留下准备好的弹壳。奥斯瓦尔德接到指令来到了杀死蒂皮特的现场，然后进了电影院。背后主使者希望警察们一枪打死奥斯瓦尔德，但是警察们却将奥斯瓦尔德抓获。这让幕后主使者感到不安，于是他们又让鲁比枪杀了奥斯瓦尔德。
很显然在这件案件的背后有一只巨大的黑手在左右着整个案情。这只黑手究竟是谁呢？
直到此案发生后的35年，案件才有了惊人的进展，林登·约翰逊就是幕后主谋，这是林登·约翰逊的情妇马德莱娜·布朗告诉记者的，她说出了大量的内幕来证明肯尼迪总统的死就是一次成功的政变。
为了约翰逊的前途，马德莱娜把这个秘密深深地藏在心里35年，直到约翰逊死去，她的儿子也因病去世，年事已高的她再也没有什么牵挂了，于是决定把这个秘密公布于众。她说参与本案的还有石油大亨哈罗德森·亨特，他是约翰逊的好朋友，也是约翰逊的摇钱树。亨特是个保守分子，他十分憎恨肯尼迪。同样，亨特的好友鲁比也痛恨肯尼迪。而且鲁比曾经拿来一张肯尼迪车队的行车路线图给他看。约翰逊同样也憎恨肯尼迪，这三个人可谓是“志同道合”。就在肯尼迪遇刺的前一晚，约翰逊和亨特等人在一个小屋子里开了一个秘密会议，制订暗杀计划。开完会之后，约翰逊对马德莱娜小声地说，明天就是肯尼迪的末日，我会说到做到。在肯尼迪被杀之后，马德莱娜曾问过约翰逊，是不是参与了刺杀案。约翰逊很生气，让她以后不许再提这个话题。接着他又说，是我的那些朋友干的。
肯尼迪死后，约翰逊便当上了总统，他利用自己手中的大权，让知道真相的人一个个死去，而真正的凶手却被他保护起来。而案发后成立的沃伦委员会，实际上被约翰逊暗中操控，正是他抹去了团团疑点，硬说成是奥斯瓦尔德个人所为。
在过去的40多年里，关于肯尼迪总统遇刺的说法至少有几十种，而马德莱娜的说法只不过是其中的一种，到底是不是真的，仍然需要进一步证实。
美国政府于1976～1979年间重新对肯尼迪遇刺案进行调查，然后宣布，约翰·肯尼迪遇刺案不是奥斯瓦尔德的个人行为，而是存在一定的阴谋。为了让案情大白于天下，1991年，美国政府要求司法部对肯尼迪遇刺案再次进行全面调查，可是却因为种种原因调查一直没有进行。美国政府把与约翰·肯尼迪遇刺案有关的档案资料列为了国家机密，也许只有在这些资料解禁之后，人们才能确切知道肯尼迪遇刺事件的全部真相。