在政治上，中国农民已经成为国家和社会的主人，充分享有宪法和法律规定的广泛的权利和自由。但是，由于各种原因，农民在成为国家和社会的主人的同时，也受到旧的体制限制和约束，致使农民政治民主权利缺失。
1.作为农民政治民主权利重要表现形式的村民自治权实现程度不足
根据《村民委员会组织法》规定，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，办理本村的公共事务和公益事业，调解民间纠纷，协助维护社会治安，向人民政府反映村民的意见、要求和建议；乡镇人民政府与村委会是指导性关系；村委会干部撤换或增选由村民会议决定。但从几年的实践运作情况来看，许多地区的村委会组织的性质和职能与法律上的规定相去甚远，非但村委会干部的任免主要还是由乡政府决定，或者说任命的多选举的少；对干部的考核也主要由上级乡党委和政府掌握。“乡政府对村委会由指导、支持、帮助的关系变成了上、下级行政隶属关系”。而且村委会的调控功能也大大降低，从过去的政治、经济、文化、教育等无所不包的范围转变成为催粮、催款、抓计划生育、接待各级领导检查等狭小范围。加之有的村委会组织涣散，机构不健全，干部大量流失，后继乏人，甚至长期处于瘫痪状态，名存实亡。这一切都直接导致农民政治参与渠道的堵塞和自治权利的丧失。与其他社会主体相比，工人有工会，妇女有妇联、青年有共青团、私营企业主都有个协会。这些群众组织都能在一定程度上保护成员的利益，但村委会作为农民的群众性组织却不能起到有效的保护作用。而且，这种功能的丧失直接导致的危害结果是：一方面国家的法律政策不能下达到农民当中，另一方面农民的利益、需求、意见也无法及时向上反映，一切国家与农民之间的信息传递在这里受到梗塞。
2.农民的平等权得不到有效保护
平等权是现代公民的基本权利，它指公民同等地依法享有权利和履行义务。1954年宪法第85条规定：“中华人民共和国公民在法律上一律平等。”现行宪法第33条第2款对此作了相同的规定。毋庸置疑，农民作为中华人民共和国公民，理应平等地享有宪法赋予的权利和规定的义务。但不必讳言，在计划经济体制下出台的一系列政策法律制度，人为地限制乃至剥夺了农民作为共和国公民应当平等享有的基本权利，同时农民也被人为地承担了不平等的义务。主要表现在20世纪50年代以来形成的城乡分离的二元社会结构对农民群体的制度性歧视，人为地将全体公民划分为农业户口和非农业户口，使农民在户口登记、劳动就业、社会保障、就学就医、粮油供应、税费负担等各个方面享有和承担与城镇居民完全不平等的权利和义务，从而使农民丧失了多方面的平等权利。
3.农民的自由权受到不合理的限制
自由权是指与人身和财产相关的由公民依法自主决定的个人精神和行为空间的权利。中国宪法对公民的自由权作了广泛的规定，主要包括：言论、出版、集会、结社、游行、示威自由等政治自由权，人身不受侵犯、人格尊严不受侵犯、住宅不受侵犯、居住和迁徙自由等人身自由权，宗教自由权等文化活动自由权，婚姻自由权。中国是社会主义国家，从政治上和宪法上，公民享有最广泛的自由权。但对中国农民来说，在享有广泛自由的同时，却又在农民的居住迁徙自由权、人身权等方面遭到旧观念旧体制的限制比较突出。
农民向城镇自由迁徙和居住的权利的不合理限制。它主要表现在自1958年通过的《户口登记条例》对农民向城镇自由迁徙和居住的权利的不合理限制，并在1975年将公民有“居住和迁徙的自由”的条款从宪法条文中拿掉。它还表现在中国工、商、学、青、妇等各个群体，都有相应的结社自由，都有自己的行业性组织（如工会、商会、学联、青联、妇联等），而人口最庞大的农民却没有自己的组织——农会。20世纪90年代以来，农民逐渐演变为改革成本的主要承担者和利益的受损阶层，成为国内最大的权利贫困群体，其没有制度化的利益表达组织无疑是一个重要原因。
农民的人身权受到不合理的限制。它主要表现为农民的人身自由权在社会转型时期遭到不合理的限制甚至是粗暴的侵害。一方面在农村，某些基层政权的暴力行政使农民的人身自由权遭到侵害；另一方面在城市，一些执法部门非法收容遣送进城务工的农民工，严重侵害了农民的人身自由权。周作翰，张英洪.论当代中国农民的政治权利［J］.湖南师范大学社会科学学报，2005（1）.
4.参政议政权利的缺失
在各级人民代表选举中，农民代表名额也是有待保证的，1995年实施的新《选举法》中，统一把各级人民代表选举中的农村与城市每一代表所代表的人数规定为4∶1；还规定在直辖市、市、市辖区，农村每一代表所代表的人口数应多于市区每一代表的人口数。但从新《选举法》颁布后的第八届、第九届全国人大代表构成来看，第八届农民代表280人，占9.4%，第九届240人，占8%。农民名额所占的比例与70%的农村人口的事实极不相称。因为按照4∶1的比例，农村选出的代表也应占到38.6%。农村选举权受到限制，农民阶层的意志在上升为国家的意志过程中就受到阻碍，农民的利益自然也就无法得到充分有效的维护。周作翰，张英洪.论当代中国农民的政治权利［J］.湖南师范大学社会科学学报，2005（1）.
由于农民选举与被选举权的缺失，使其在实际政治权利的占有和利益表达机制方面与其他社会主体出现很大差别。在中国各级各类权力机构中，如党代会、人代会和政协，农民代表极少，他们没有城市居民所具有的那些参政、议政甚至执政的机会与场合，对于国家的决策没有多少影响力。在政府机构中，农民没有自己的代言人，政府机构中有一些人虽然出身农村，或者以前就是农民，但是他们一旦进入城市和政府机构，身份地位就发生了变化，由农民户口变为城镇户口，已经城市化了，与农民不再处于同一利益主体。由于参政议政权的缺失，也导致其监督权、罢免权处于缺位状态。很显然，在这种权力配置格局下，农民对于国家各种活动的决策，制度偏失，很难有什么影响和发言权，只能期待其他利益主体和决策者对自己进行一些照顾。
（二）农民经济权利的缺失严重
据西方学者调查资料表明，当人均月收入在200—2000美元之间，公民所需要增加的一般是经济利益而非政治利益。相应地，此时公民需要实现的是与经济利益相关的经济权利；而当公民的人均月收入达到2000美元以上，则他们所要求实现的不仅仅是经济权利，还有政治权利。郝铁川.当代中国与法制现代化［M］.杭州：浙江人民出版社，1999年，第73页.中国目前人均国民生产总值为800美元，若按国外学者的调查资料，中国公民在总体上还处于主要强烈需求经济权利阶段，对于人均收入仅为200多美元的广大农民而言更是如此。农民是市场经济主体，但当前农民经济权利的保障状况很不令人满意。
农民经济权利缺失主要表现在四个方面：一是农民财产权利不完整，集中体现为土地产权关系和乡村企业产权不明确。就农村土地而言，土地属集体所有，但对集体并无明确的法律法规和政策界定，导致农民的财产关系运行和财产权益保护缺乏稳定性。二是农民生产经营权特别是自主经营权受到较大限制和干预。一方面由于集体（往往是村干部的决策代称）具有土地的所有权和发包权，加之一些乡村干部滥用权力擅自改变发包合同或停止承包合同，强行剥夺农民自主经营权的情况时有发生，然而，经济学理论认为，“个人是其自利的理性最大化者。”（美）波斯纳.法律的经济分析：上册［M］.北京：中国大百科全书出版社，1997年，第4页.政府和村委会无权强行干预。三是农民市场交易权的不完整。农民生产的产品常受到地方保护主义、政府强制垄断性收购等不正当干预，使农产品难以实现价值最大化，并且，农业生产所需的生产资料多被政府或准政府机构垄断专营，农民无质量和价格方面的平等交易权。四是农民的财政收入分配权被减损。改革以来，财政对农业的投资份额尤其是农业基本建设的投资份额不断下降，农民在国民收入再分配中的份额不断被缩减。
（三）农民社会权利缺失严重
社会权利是农民作为社会主体所应享有的基本权利，是其生存发展的依据。改革开放的政策以及市场经济的发展，从根本上打破了农民沿袭几千年的以农为主或一辈子只能生于斯、长于斯、死于斯的封闭式生存状态，为其变换职业转换身份等创造了条件，农民享有社会权利的要求也随之水涨船高。但与现实相比，国家对农民社会权利保障是滞后的、有差距的。
农民的社会权利受到不公正的侵害。“天下兴亡，匹夫有责”，生活在特定社会或国家的任何一个人，都有义务为国家和社会做出特定的贡献和应有的牺牲，也必然要从社会享受一定的权利，获得一定的利益和待遇。如果把这种特定的贡献和应有的牺牲看作国家对个人利益的“侵害”，任何人都是应该也是可以接受的。但这种“侵害”，“贡献”或“牺牲”应当是适度的，是合理的，公正的。如果超出一定的度，必要的“侵害”、“贡献”和“牺牲”达到了不公正的程度，就会造成人们社会、经济权利的贫困。然而，纵观实行城乡分治以来的40多年历史，人们不无遗憾地看到，每当国民经济运行出现波动，遇到困难时，倒霉的总是农民，国家通过财政、税收、价格、金融、借贷的政策倾斜，首先保证城市和国家工业的发展，农民和农村在这种情况下，就要做出更大的贡献。仅1990年到2000年，中国从农民那里征缴的各种税收总额就由87.9亿元，迅速增加到465.3亿元，增加了四五倍。农民人均税额高达146元，而城镇居民的人均税额只有37元。陈桂棣，春桃.中国农民调查［M］.人民文学出版社，2003年，第150—151页.在城镇居民实际收入已是农民实际收入6倍的情况下，农民纳税的税额反而是城镇居民的4倍。在城乡二元分割的体制下，中国的农民在劳动、教育和社会保障方面，与城市居民相比，具有严重的权利失衡，感受到极大的不公正。
劳动权包括就业权、工资权、休息权、劳动保护权和社会保险权等基本内容。《宪法》第42条规定公民有劳动的权利和义务。《劳动法》第3条规定劳动者有平等的就业权利；第12条进一步解释为：“劳动者就业，不分民族、种族、性别、宗教信仰不同而受歧视。”而现实中因出身而受歧视的却不受法律保护，限制农民劳动力自由流动的地方性法规纷纷出现。上海市曾对本市劳动者统一实行《劳动手册》制度，并以先城镇、后农村，先本市、后外地的用工原则，颁布了一系列政策法规。企业管理人员在经济利益的驱动下，违反劳动法律制度，侵犯农民劳动权利的事件时有发生，构成了对农民劳动权的种种限止。胡美灵.当前我国农民权利保障中的问题［J］.文史博览·理论，2006（8）.在劳动权利方面，农民工与城市劳动者之间很不平等。许多城市的部门规章、地方法规、地方政府规章等对农民工的数量、职业、工种进行了限制性的规定。
张德瑞.我国农民平等权利法律保障：回顾、反省与前瞻［J］.河南师范大学学报（哲社版），2005（5）：109.改革开放以来第一部限制农民工就业的法规就出现在上海。一些城市，政府把允许农民工进入的行业被限定在一些苦、累、脏、险、毒的行业。这种二元劳动力市场使农民工成为城市的二等公民。另外，劳动者和用人单位之间也极不平等。农民工通常被称为“临时聘用人员”，使得农民工应当拥有的权利得不到保障。
在受教育的权利方面，长期以来，农民在文化权利上遭遇不平等的待遇，严重制约了农民素质的提高。一是享受国家教育资源上的不平等，国家教育经费几乎全用于城市，农民必须靠自己的力量办教育；二是受教育权上的不平等，农村儿童的受教育权得不到保障，义务教育阶段辍学儿童几乎全部集中在农村。农民工子弟在城市无法入学，即使允许入学，也要交借读费、城建费等各种不合理的费用；三是享受文化资源上的不平等。城乡“数字鸿沟”、“信息隔离”使大多数农民无法和市民一样，平等享受网络时代带来的信息便利。农村文化设施的匮乏也使农民无法享受健康、高雅的文化生活。
在社会保障权利方面，城镇职工大多享有失业、养老、医疗等多种社会保险，以及最低生活保障等多项社会福利，而农村只有少量贫困人口享受一点微薄的社会救济。在城市的农民工也被排除在城市保障之外，他们在年老、患病、工伤、失业、生育的情况下，一般很难从社会获得物质帮助或补偿。即使连《宪法》第44条关于公民退休权的规定也只限于企事业业单位职工和国家工作人员。正如某社会保障专家所说：“迄今为止，中国社会保障制度的研究和建立，都是面向城镇居民的，对于占人口70%的农村基本上没有考虑。”杨帆.社会保障体系改革的题中之义［N］.长江日报，1999—3—12.
农民的社会身份权方面。英国法律史学家亨利·梅因有句名言：“所有进步社会的运动，到此为止，是一个从身份到契约的运动”。亨利·梅因.古代法［M］.北京：商务印书馆，1984年，第97页.显然，从身份的不平等到平等是社会进步的标志。但在当前，由于严格的户籍制度在城乡之间划下一道鸿沟，人们看不起农民，在日常的城乡交往中，农民因身份而遭受歧视的事例屡见不鲜。农民进城转变身份，却因户籍制度的限制和土地流转不灵等障碍，不能斩断与乡土关系的纽带，成为游离于城乡之间的“两栖人口”。
三、当代中国农民权利保障缺失的原因分析
（一）农民权利保障缺失的历史原因