就在转基因食品安全性存在广泛争议的情况下，2013年10月25日，张掖市委市政府出台《关于建设农产品安全大市的意见》，明确禁止转基因种子的繁育、销售和使用。张掖成为全国首个通过出台文件明确禁止转基因作物种植的地级市。
为了解答转基因相关问题，有科学家采取了大大超过常规食用剂量的超常量实验，来评估长期食用转基因食品的安全性。比如，大鼠90天喂养实验，其实验时长相当大鼠整个生命周期的1/8；大鼠2年喂养实验，则是观察其整个生命周期的慢性毒性实验。但是，仅仅通过对大鼠的实验，就证明食用转基因食品是安全的，不可能改变生物的遗传特性。这可靠吗？
转基因食品入市前都要通过严格的毒性、致敏性、致畸等安全评价和审批程序，不计算实验室时间，仅安全评价阶段一般需要经过3年以上的时间，目前还没有其他食品经过这样严格的安全评价。
世界卫生组织以及联合国粮农组织认为，凡是通过安全评价上市的转基因食品，与传统食品一样安全，可以放心食用。国际食品法典委员会于1997年成立了生物技术食品政府间特别工作组，制定了转基因领域风险分析原则和指南，成为各国公认的食品安全标准和世贸组织裁决国际贸易争端的依据。
国家食品安全风险评估中心研究员徐海滨指出，国际上的主流学术观点认为，世界卫生组织（WHO）及世界粮农组织（FAO）对转基因食用安全有一个明确的定论，就是通过安全评价、在市场上销售的这类产品都是安全的。在中国，是获得安全证书的。而我们很多转基因食品，是通过转基因技术把它做成一个植物种类，在地里面做研究。没进入市场的时候，它不能通过法规部门的严格安全评价，它的安全性问题不能说没有。
西南财经大学教授顾秀林是转基因食品的坚决抵制者。她认为，转基因技术从根本上讲是灭绝人类的邪恶技术，坚决不同意标注出售转基因食品。转基因食品就算标注百分之百正确，仍然是带着不可估量的威胁合法进入市场，而且反而把它合法化了。
顾秀林表示，转基因食品究竟是“改良”还是“谬误”，需要从理论和实践两方面加以讨论。从理论上讲，转基因技术所依据的“一个基因决定一个蛋白/生物性状”的理论，早在1980年前就被证明是错误的。
一个基因能参与决定数千个蛋白质，绝不是人工能控制的；而实践证明，转基因农作物没有任何可取之处。她强调，生命是演化的，野生的驯化的都会随着时间和环境而演化，而转基因技术是逆演化的，它依据的理论假设是基因决定论，用于实践非常勉强，第一代转基因技术，即基因插入，仅用了不到10年就失败了。这样发展农业只能导致灾难。只有顺应演化的育种技术才是可持续的。
顾秀林指出，生物技术最严重的问题是对大众健康的打击。传统状态下的食品问题，只是霉烂变质、加工保鲜过度、出现食物中毒的问题。
现在的食品问题是另一种表现，涉及一种新规范。国际和国内科学研究都在提示，转基因造成了肝肾损伤、激素干扰、生长发育受阻或者繁殖出问题，这都要建立新规范。某些转基因推手之所以敢说，从来没有一个具体例子说明转基因引起人体疾病，是因为他们一直在用食物中毒的旧规范来说转基因没问题。长期食用转基因食物的后果非常可怕。它不会造成食物中毒，但是会损伤肝肾、扰乱激素、导致肿瘤、缩短寿命。
事实上，所有的动物实验只要超过90天，无一例外地揭示了转基因产品的毒害问题，但目前需要在动物实验方面做的后续研究，在中国却没有人做。
针对前段时间在湖北举行的“黄金大米”品尝会，顾秀林认为是“逼宫”行为，“转基因食品需要批准才能种植和销售，黄金大米没有被批准就试吃，是公然违法的”。“超级稻”也要一分为二地看，其中有的就是转基因技术。“一粒种子平天下”是完全错误的农业路线，转基因更是错上加错。农业的安全和可持续性依靠的是生物多样性，生物物种多样性基础上的生态平衡才是农业安全的保证。
顾秀林表示，美国人的饮食结构与中国国民差别较大，以肉蛋奶为主，占70%，但饲料基本上都是转基因产品；美国的蔬菜水果和主粮基本上没有转基因产品，唯有甜玉米例外，有2%左右的甜玉米应用了孟山都公司的转基因技术。美国农业部的统计说明，美国植物食品中转基因成分不超过2%，而这个事实被中国的主流媒体刻意掩盖和曲解了。
事实上，虽然转基因技术和产品在美国可以合法进行并且商品化，但是其研发、生产和流通的整个过程依然受到美国几大政府部门的严格监控，在美国成为世界最大转基因作物生产国的背景下，是严密细致的法制化管理和监控体系。目前美国有4家机构负责转基因作物与转基因食品的安全，它们是国家生物安全委员会（IBC）、美国农业部下属的“动物与植物卫生检测所”、美国食品药品管理局（FDA）和环境保护局。
此外，美国转基因食品的安全还要定期受国会有关小组和一些国际组织（如WTO、FAO等）的咨询和监督。在美国，关于转基因技术的实验实行的是报告制和审批制，即由开发公司报告，政府审批。
在有关转基因安全性存在巨大争议的背景下，有专家表示，应该充分保证群众对转基因食品消费的知情权，把选择权交给群众。农业政策专家、南开大学周恩来政府管理学院博士生导师程同顺认为，跳出有关转基因食品安全性的争论之外，人们有权知道吃进肚子里的食物到底是什么，应该充分维护人们对食物的知情权和选择权。任何商品都必须充分尊重消费者的知情权，商品真实的信息情况必须提供给消费者。中国消费者协会专家顾问、律师邱宝昌表示，消费者的知情权、选择权是法律赋予消费者的权利，同时履行这种规定也是经营者的义务。
ISAAA的数据显示，2011年全球共有29个国家种植了1.6亿公顷的转基因作物，占全球耕地的10％。许多发展中国家在进口转基因粮食的时候，为了保证本国人民的安全和健康，规定转基因食品进口前要经过一段时间（约20个月）的安全评价期。
欧盟对转基因作物和食品管理是非常严格的，被允许在欧盟市场上销售的转基因食品本来就很少，而且主要用于动物饲料和工业原料，用于人类食品的只有寥寥几种。自1998年以来，欧盟便没有批准过任何一种新的转基因食品上市，从而形成了一种“事实上的禁令”。目前欧洲仍有法国、奥地利、匈牙利、卢森堡、德国和希腊6国禁止种植转基因玉米。欧盟委员会曾做过一项调查，发现70％的欧洲人不想吃转基因食品，94％的欧洲人希望能自己选择是否购买含转基因物质的产品。
对允许上市销售的转基因食品欧盟的控制也非常严格：一方面是转基因食品的可追溯性，每种转基因食品的标签上都包含产地信息，一旦发现某种转基因食品对人体或者环境有威胁就马上下架；另一方面，欧盟规定转基因食品的标签上必须有统一的特殊标识，由字母和数字组成，让消费者一看就知道是转基因的，给消费者选择的自由。
欧盟对转基因食品的抵制态度，引起了美国等转基因产品生产大国的强烈不满。2003年5月份，美国还与加拿大、阿根廷等国联手，将官司打到了世界贸易组织。
当地媒体资料显示，俄罗斯市场上含转基因成分的食品比例不足10%。从品种上来看，最常见的含有转基因成分的食品为豆制品、米面制品和肉类食品。俄政府规定，转基因食品要通过注册准入制才能上市。
根据俄政府2004年颁布的食品卫生条例，转基因成分超过9%的食品都需在包装上明确标识。这种标签的底色为浅绿色，上面印有“含有转基因成分”的深绿色字样。莫斯科市政府还特别规定，标签上应注明转基因产品原材料在俄罗斯的注册情况。此外，莫斯科市政府对转基因食品的销售还有一些限制措施。
日本是粮食进口大国，每年进口大量来自转基因作物的食品。但由于日本消费者对转基因食品还存在诸多顾虑，日本政府要求对转基因食品进行严格的安全检查，并进行一定程度的标识。日本也出台了一系列严格管理转基因食品的制度。所有进口的转基因农产品都必须先获得批准，由食品安全委员会负责审查。如果企业进口非安全名单上的食品，就会受到处罚。此外，相关产品还必须符合国际《卡塔赫纳议定书》中关于进口转基因动植物的规定。另外，在加工转基因食品时，企业也需要遵循日本农林水产省的质量标准。农林水产省的调查机构会用DNA鉴定技术对相关产品进行检查，如果其中的转基因成分含量较高而违反了标识规定，就可依据相关法规进行罚款。
转基因发展趋势恐难逆转
21世纪是生命科学的世纪，在基因农业时代，无论支持还是反对、喜欢还是害怕，转基因技术及其产品已经渗透到社会的各个角落，“转基因化”已成世界农业发展的大势所趋。
2013年6月26日，2013年的“世界粮食奖”颁发给从事转基因研究的一位企业家和两位科学家，这也是该奖项设立27年以来第一次授予转基因技术。世界粮食奖基金会特别肯定了三位得奖人在培育高产优质、抗病虫和极端气候影响的农作物新品种中的突出贡献，称其技术使全球1.7亿农民受益。
转基因与人们的日常生活息息相关。作为世界农业增产的重要手段，“转基因化”已成世界农业发展的大势所趋。据ISAAA统计，2012年全球种植转基因作物面积达1.7亿公顷，与1996年相比增长了100倍，29个国家种植了转基因作物。
目前，全球已成功研发600多种转基因种子，大多数诞生在美国的实验室，但美国投入商业使用的转基因作物只有8种，即玉米、大豆、棉花、油菜籽、甜菜、苜蓿、木瓜、南瓜。美国种植的85%的玉米、91%的大豆以及88%的棉花为转基因。
靠肉眼和经验选择育种，到杂交育种，再到诱变育种，以及现阶段以转基因育种为主的分子育种，这是转基因技术走过的发展路径。杂交育种和诱变育种的作物为全世界广泛接受，而转基因技术的原理与其没有差别。专家指出，过去采用杂交等技术的科学家，为了获取某个基因所代表的特性，必须从成千上万的实验结果中撷取自己所需的那一个，而转基因技术则将这种“大撒网”变成精确制导，要什么，就摘什么。
专家指出，现在造成大家疑惑的一个重要原因就是对于农业历史的不了解。人类改变动植物基因的过程其实已经持续了一万年。在18世纪，也就是300年前，人类就已经实现了物种之间的基因转换。而现在的技术不过是更精确了。简单地说，现在吃的大多数农作物都是人类进行人工选育的，也就是说，人类在不断地把优良基因转出去加以利用，这是一个漫长的过程。而转基因作物则是通过人工操作把基因单独取出来，再通过生物技术转出去，相比传统育种方式更可控、更高效。专家指出，在过去的所有的育种方式中，植物DNA所发生的变化都是随机的，我们掌控不了。如今有了生物技术，转基因的过程开始变得精确、可控。
在生物工程学界，转基因技术的应用被视作技术的改善而非新技术的创造；在全球对转基因态度最为积极的美国，转基因技术的高速发展已在一些组织的抗议声中成为既成事实。据美国伊利诺伊玉米协会的数据，该州约八成玉米为转基因玉米。对于美国农民来说，转基因和非转基因的差别基本等同于先进技术与陈旧技术的差别。由于转基因品种在抗虫、抗除草剂方面的突出优势，在美国农业大州伊利诺伊，非转基因大豆和玉米正逐渐被转基因品种淘汰。伊利诺伊州年玉米产量约为5万吨，其中约8成是转基因品种。这5万吨玉米一半供出口，一半供美国国内使用。而大豆98%、99%都是转基因的。
中国人民大学农业与农村发展学院周立副教授曾发表一篇文章称，粮食问题历来都不是单纯的。至少，粮食是战略品，在邦国征战中，粮食历来扮演着重要的角色。
文章称，美国可能是当前世界上唯一一个制定了将粮食、能源、金融、军事、外交、价值观宣传等捆绑在一起的全球战略，并有能力实施的国家。以粮食为例，至少有五种战略手段，使得粮食成为一种武器。
我们知道，美国的耕地条件、就业结构、资本条件和能源条件的配合，使得美国储备了大量的粮食过剩产能和过剩产品，这都需要释放。在过去，美国主要利用粮食援助、粮食贸易自由化、粮食补贴这三种手段，运用国家战略，加强粮食体系的控制力，并消化其过剩产能。如今，美国又掌握了生物能源（第四种手段）这一进可攻、退可守的致命武器，在控制粮食价格上更加游刃有余了。
周立认为，转基因技术在10多年的发展过程中，开始变成第五种战略手段，使得极少数有能力实施进攻性粮食战略的国家，又掌握了更为致命的技术手段，甚至是生物武器。通过类似微软视窗的平台垄断和捆绑销售，它们不仅实现了巨额的经济利益，而且掌握了战略的主动权，控制了游戏规则的制定权。这是转基因技术的后发国家无法具备的，其中道理与实施核计划、进行核威胁类似。