各地在贯彻《决定》进行农村改革的实践过程中，首先就集中到改革农业生产的经营体制上来。原来在人民公社体制下，“三级所有，队为基础”的经营体制，实行集体劳动，评工记分，统一分配，劳动生产效率极低，农业生产上不去。《决定》中提出，要“坚决纠正平均主义，可以按定额记工分，可以按时记工分加评议，也可以在生产队统一核算和分配的前提下，包工到作业组，联系产量计算报酬，实行超产奖励。”安徽肥西县山南区农民在省委书记万里同志的支持下，进行了包产到户的试验，1979年获得了意想不到的大丰收。甘肃、内蒙古、贵州等省区，也有包产到户的，也都取得了极大的成功。虽然此时上下对包产到户有种种议论，反对的声浪很高，但实践的效果都极好，消息陆续传到党中央，邓小平同志在1980年5月31日发表了着名的农村谈话，他说：“农村政策放宽以后，一些适宜搞包产到户的地方搞了包产到户，效果很好，变化很快。安徽肥西县绝大多数生产队搞了包产到户，增产幅度很大。‘凤阳花鼓’中唱的那个凤阳县，绝大多数生产队搞了大包干，也是一年翻身，改变面貌。有的同志担心，这样搞会不会影响集体经济。我看这种担心是不必要的。”以后，包产到户就在各地推开了。1980年，凤阳县的大包干到组，转变为大包干到户，总结提出了“交够国家的，留足集体的，剩下都是自己的。”由此受到农民的更大欢迎，纷纷向包干到户转变。1980年10月中央召开了省、市、自治区第一书记座谈会，经过争论，会议通过了座谈会纪要，一面继续肯定集体经济是我国农业向现代化前进的不可动摇的基础，另一面也明确指出：根据群众要求，“可以包产到户，也可以包干到户。”从此，包产到户，包干到户在全国迅速推广，1980年月初，全国包产到户、包干到户的生产队占15%，到1981年月双包到户的生产队占45%，到1982年冬，双包到户的生产队占89.7%，到1983年底，全国589万个生产队，实行包干到户占97.8%，实行包产到户的占1.7%。至此，以包干到户为主要形式的家庭联产承包责任制在全国普遍实行。
家庭联产承包责任制，是中国农民在共产党领导下的伟大创造。既保持了集体经济的优越性，符合农村生产力的水平，也符合亿万农民的心愿，使农民有了生产经营的自主权，又使农民得到实惠。从1979年到1984年，农业生产的气候条件并不年年都好，但农业连续6年大丰收，一年上一个新台阶。1984年粮食总产8146亿斤，与1978年的6095亿斤相比净增2051亿斤，平均年递增5%，每年净增342亿斤。1984年棉花总产12516万担，比1978年的4340万担增加1.88倍，平均年净增1362万担，每年递增19.3%。这是农业生产历史上从来没有过的，一举解决了全国的温饱问题。这6年也是农民收入增加最快的，1978年，农民人均年纯收入133.6元，1984年达到355元，扣除物价因素，每年递增15.1%。这是农村改革后，出现的第一个欣欣向荣的黄金时代。
第二阶段，从1985年到1988年。农村改革超出农业生产领域，农产品流通体制改革，城乡改革交织进行，乡镇企业异军突起，粮棉生产出现了新的徘徊。
1984年农业特大丰收，粮、棉、油、糖、果、菜、肉、鱼都创历史最高产量，出现了全国性的卖粮难，卖棉难。1985年中央1号文件提出要改革农产品统派购制度，决定从1985年起取消统购(粮棉)，改为合同定额收购，并实际调低了粮棉收购价格。还调减了1985年粮棉播种面积。这给农民一个不正确的信号，以为国家不需要这么多粮棉了，他们种粮种棉的积极性受到压抑。1985年粮食减产564亿斤，下降6.92%，棉花减产4222万担，下降1/3。从此粮棉进入了一个新的徘徊期，一直到1989年粮食产量才恢复到1984年的水平。
农村自普遍实行家庭承包责任制后，农民生产积极性大增，产生了两个直接后果：一是农产品大量生产出来了；二是农村出现了大量的农业剩余劳动力。他们要求寻找新的致富门路，于是农民就在原来社队企业的基础上，发展小型的工业和第三产业。
国家有鉴于农民的这种动向，于1984年批转了农业部党组《关于开创社队企业新局面的报告》，正式批准把社队企业改称为乡镇企业，并制定了多项支持和鼓励发展乡镇企业的优惠政策。
1978年全国社队企业只有152.4万个，职工2826万人，产值493亿元，只占农村社会总产值的25%。1984年以后，乡镇企业在全国迅猛发展，到1987年企业总数就达到1750万个，职工8805万人，总产值4764亿元，超过了当年农村社会总产值的1/2，由农村副业变成了农村主业。1988年乡镇企业继续发展，达到1888万个，职工9545万人，总产值6495亿元。乡镇企业成为农村的支柱产业，也成了国民经济的重要组成部分，发挥着越来越大的作用。邓小平同志在1987年6月12日接见外国朋友谈农村改革时说：“我们完全没有预料到的最大收获就是乡镇企业发展起来了，突然冒出搞多种行业，搞商品经济，搞各种小型企业，异军突起。”1985～1988年，尽管粮棉生产陷入了徘徊期，但农民有了农业生产自主权，转而多生产其他经济作物和发展养殖业等多种经营，主动地进行结构调整。所以这几年，粮棉以外的农业生产都很好。与1984年相比，1988年油料达到1320万吨，增长11%；糖料6187万吨，增长19.4%；水果1666万吨，增长69%；水产品1061万吨，增长71.4%；肉类2193万吨，增长42.4%。因为这些产品的价格，多数已经放开，市场价格提高很多，农民增加了不少收入。另外还有乡镇企业的工资收入和经营收入。但是，由于粮棉徘徊，主产品没有增加多少收入。而这几年化肥、农药、薄膜等生产资料价格猛涨，农业税增加，农民各种负担加重，增支因素多了。1988年农民人均纯收入544.9元，比1984年增加189.6元，扣除物价因素，平均每年的纯收入递增5.1%。比前6年的增幅是大为降低了。值得指出的这阶段农民增加收入的一个重要来源是乡镇企业等非农收入，而中西部地区还是以农业收入为主，收入增加不多，所以东部与中西部农民收入的差距扩大了。
第三阶段，从1988年秋到1991年冬。国家对宏观经济进行治理整顿，加强了对农业的支持，1990年农业再度特大丰收，但乡镇企业滑坡，农民收入增加速度进一步趋缓。
正当1985～1988年粮棉生产徘徊的时候，新一轮的工业发展高潮掀起了。1985～1988年，工业连续四年高速发展，平均每年递增17.9%，而这四年，农业产值每年只递增4.1%，特别是粮食，1988年粮食总产是7882亿斤，比1984年还少亿斤，而这四年人口净增6689万人，加上工业发展，城乡人民生活提高，粮食缺口增大了，1986年、1987年市场粮价的涨幅都在20%以上，又带动食品和其他商品的价格猛涨。1988年上半年，国家出台物价改革政策，企图改变两种价格的矛盾状况。
但因物质条件准备不足，群众又缺乏价格改革的心理准备，所以当物价改革的信号一传出，群众纷纷到银行提款，抢购物品，不少商店被抢购一空。1988年8月，国家决定推迟物价改革进程，对经济进行宏观调控，治理整顿，社会经济秩序才恢复正常。
因为粮食和主要农产品的供给支撑不了工业经济的高速发展和人口增长的需求，1988年粮食和农副产品的市场价格继续大幅增长，这对农业生产是有利的，调动了农民的生产积极性，加上1986年以后国家增加了农业的投入，改善了农业生产条件。
1989年粮食总产8151亿斤，比1988年增产269亿斤，1990年风调雨顺，当年粮食和各种农产品获得大丰收。粮食当年增产772亿斤，总产达8923亿斤。一举改变了连续几年粮食供应困难的状况。1990年大丰收之后，市场粮价直线下跌，特别是东北玉米特大丰产，玉米价格跌得最多，从0.30元/斤降到0.22元/斤，还有价无市，无人购买。所以1990年农业丰产了，但不少粮棉主产区的农民没有增加收入。1991年南方大水，地处长江中下游的安徽、江苏，受灾严重、损失很大，北方粮区因粮价下跌，打击了积极性，1991年粮食总产只有8706亿斤比上年减产217亿斤，下降2.5%。
1988年下半年，国家开始治理整顿经济秩序，紧缩银根，提高存贷利率，首当其冲的是国有大中企业，许多基建项目停工下马。1989、1990年两年约有1000多万民工被清退回乡。乡镇企业也受治理整顿的影响。1989年乡镇企业的个数和职工人数第一次出现负增长，当年乡镇企业减少19.5万个，职工减少178.7万人。1990年继续滑坡，乡镇企业又减18万个，职工再减202万人。1991年，乡镇企业才有恢复性的增长。
乡镇企业的滑坡，直接影响农村剩余劳力向第二、第三产业转移，1989、1990两年除回流外，农村新增的劳动力都压在农业上，致使1990年在农业就业的劳动力又增加到60.1%。乡镇企业滑坡，财务状况恶化，导致职工工资福利收入减少，也直接减少了农民家庭的收入。1990年农业增产，因农产品价格下降，农民没有相应增收。而这几年农业生产资料涨幅很大，农民实际收入减少。1989年，农民人均年纯收入601.5元，比1988年的544.9元，增长10.4%，而当年商品零售价格指数上涨17.8%，所以实际收入是负增长，1990年、1991年两年农民收入虽有少量增加，三年平均农民人均年纯收入只递增0.7%，这是20年中农民收入增长最慢的三年。
第四阶段，从1992年到1996年。邓小平南巡讲话以后，新一轮全国经济高速增长，全国出现了开发区热、房地产热，大量农业生产要素转到非农业领域，农业生产受到很大压力，再度出现粮食等农产品供给紧张，物价猛涨的局面，国家进行经济整顿，加强对农业的领导和扶持，1995年粮食增产，1996年农业获得第三次特大丰收。
1992年，全国范围出现了经济发展的高潮，当年工业、建筑业增长21.2%，1993年又增长19.9%，1994年增长18.4%，城市里各种建设突飞猛进，使国民经济上了一个新台阶，成绩巨大，举世为之瞩目。但就在同时，农村的土地、劳动力、资金等生产要素都大量迅速地转向非农业，不少地区为了上项目，还向农民集资、摊派，农民负担大量增加。农民群众有很多意见，干群关系紧张，再度出现粮棉等主要农产品生产徘徊，供给不足，引起粮价大涨。
1992年冬，江泽民等同志深入农村进行调查，提出发展农业生产、减轻农民负担的措施。1993年一年，仅党中央、国务院发出的关于加强农村工作，增加农业生产，安定农村社会等指示和文件就有38个。终于遏制了农村形势向不利方向发展的势头，但农业生产仍未有大的增长。1993年的粮食虽增长276亿斤，但仅是恢复性增产，略高于1990年的水平。而这三年消费需求是大幅增长了。所以当1993年秋粮登场时，市场粮价就大幅涨价，引起社会的不安。1994年农业生产继续下滑，当年粮食总产8902亿斤，减产228亿斤，供需缺口更大，国家不得不动用国库储备，并且又向国外定购粮食。市场粮价暴涨，带动其他农产品上涨，当年农产品收购价格指数上涨39.9%。1994年全国消费价格指数上涨24.1%，有关方面指出，其中主要原因是农产品价格上涨带动的。
1993年下半年开始，国家治理整顿经济秩序，紧缩银根，再次压缩基建投资，同时加强对农业的支持，增加投入，治理打白条现象，减轻农民负担，并两次提高粮食和棉花的合同定购价格，加上市场粮价上涨，刺激了农民种粮种棉的积极性，有些在外打工多年的农民工，也纷纷回乡种田。1995年粮食增产亿斤，总产达9332亿斤，缓和了粮食的供给矛盾。1996年，全国农业又夺得了改革以来第三次特大丰收。粮食总产突破1万亿斤，达10091亿斤，比1995年又增915亿斤，其他农副产品也大幅增产。
1992年到1994年，乡镇企业出现了继1984年到1987年后的第二个发展高峰期。1992年和1993年，国务院连续发了两个支持乡镇企业发展的文件，再次充分肯定了乡镇企业在现代化建设中的重要作用，并且特别强调要加快中西部地区乡镇企业的发展。乡镇企业在全国范围内普遍发展，沿海发达地区出现了一大批乡镇企业的大中型企业和企业集团，出现了工业小区，办起了一批三资企业。1992～1994年，全国乡镇企业增加586万个，职工增加2409万，总产值猛升1.4倍，纯利润增长1.3倍。
1992年到1996年是我国经济建设突飞猛进的5年，综合国力极大地增强了。5年中，GDP增长了73.8%，平均每年递增11.7%。工业总产值增加了176.6%，平均每年递增22.56%；农业总产值增长31.67%，平均每年递增5.6%。这5年，农民生活水平又有很大提高，1996年，农民人均年纯收入1926元，与1991年的708.5元相比，增加1217.5元。这几年物价涨幅较大，扣除物价因素，增加31.25%，平均每年递增5.67%。这是农民收入增长较快的5年，农民生活普遍有了进一步的提高。
第五阶段，1997年以后。1997年正是宏观经济调整后期，因受东南亚金融危机的影响，出口减少，国内市场疲软，粮食等多数农产品卖难，农业产业化在各地兴起，乡镇企业滑坡，外出的农民工回流。
1995～1996两年，粮食增产1188亿斤，加上这两年又纯进口粮食578亿斤。一下就改变了供求形势，由买难变成卖难，国家仓库爆满，市场粮价下跌30%以上，1997年粮食略减，总产为9883亿斤，秋后粮食还是卖难。1998年遇大洪水冲击，损失很大，不过全国农业还是丰收年景，粮食总产与1997年持平。
国家出台粮食流通体制改革政策，按保护价敞开收购农民余粮，粮食收储企业实行顺价销售，粮食收购资金封闭运行，并部署国有粮食企业自身改革。