耶律楚材非常注意保存人口，过去蒙古有个惯例，在打仗时凡对方反抗的，攻占城镇以后都要屠城。公元1233年，大将速不台带兵攻打金的都城汴京（今河南开封）。久攻不下之后，速不台狠狠地说：“等我攻下汴京，一定要屠城！”耶律楚材连忙说：“我们打仗，为的是得到土地和百姓，如果屠城，虽然得到了土地，却没有人耕种，那又有什么用呢？”窝阔台觉得耶律楚材的话有道理，就下令不许屠城这样在汴京避难的百姓才得以保全性命。
耶律楚材制定了一个临时法律，专门惩治贪官、强盗等坏人，使社会秩序逐渐安定下来。他又定下了“五户丝”制度，就是让百姓每五户交纳一斤丝，把丝分给贵族，而征税的权力收归中央。
耶律楚材劝窝阔台按孔孟之道治理国家。窝阔台让他选拔儒生担任各级官员，并且请有名的儒士给太子和大臣的子孙讲解儒家经典。
公元1241年。窝阔台去世以后，皇后乃马真监国，她不再重用耶律楚材。公元1244年，耶律楚材忧伤而死。
文天祥起兵抗元
蒙古灭亡金朝以后，就派兵攻打南宋。公元1259年，蒙哥汗在攻打合州城时受伤而死，正在进攻鄂州的忽必烈听到消息后，立即收兵回到北方，继承汗位。公元1271年，他把都城迁到燕京，改名大都，正式建国号为“元”。他打败自己的反对者，巩固了自己的统治地位后，又派兵进攻南宋，准备最后灭亡南宋。
公元1274年，元军经过5年围城战，最后攻下了南宋的门户襄樊。不久，宋度宗病死，由4岁的宋恭帝即位，元朝乘机派出20万大军，由左丞相伯颜率领，兵分几路，进攻南宋的首都临安。
元军一路打了许多胜仗，没有人能够拦住，一直打到临安附近。宋恭帝的祖母太皇太后急忙下诏，命令各地起兵到京城“勤王”，解救皇帝的危急。可是，来勤王的只有文天祥、张世杰等人。
文天祥是个状元出身的人，当时担任江西安抚副使，作赣州（现在的江西省赣州市）知州。他接到勤王的诏书后，立即招募了1万民兵，连夜赶到临安。他看到南宋到了危亡关头，就把家产拿出来作军费，自己过俭朴的生活。当时有人劝他说：“如今元军大兵压境，你用新招募的民兵去迎战，就好像是把羊投进一群狼里面，不是白白送死吗？”文天祥回答说：“我也知道事实确实是这样。但是，国家有难，每个人都有责任，我不能不管，所以我只有这么做，希望能使。天下的忠臣义士都起来勤王，这样大宋的天下就有救了。”
当文天祥、张世杰等人带兵到临安的时候，南宋的右丞相陈宜中正在向元求和。谢太后还说，只要元军退兵，南宋皇帝可以向元朝皇帝称侄或侄孙。伯颜不答应。谢太后又表不愿意向元朝称臣，伯颜这才答应进一步商谈。文天祥、张世杰坚决反对投降，要求太后、皇帝都坐船到海上去躲避，由他们同元兵决一死战，保卫大宋江山。可是陈宜中不想抵抗，一心想投降。他代替皇帝起草了降表，连同皇帝的大印一起送给了伯颜。伯颜要陈宜中亲启来谈投降的事，陈宜中非常害怕，连夜逃到温州去了。张世杰看到临安十分危险，就到定海一带去招兵买马。
谢太后见陈宜中逃走，只好任命文天祥为右丞相，派他去议和。文天祥也想乘机去看一看元军的虚实，就前往元营。在元营，文天祥大骂伯颜，要求双方平等，结果被伯颜扣留。公元1276年3月，伯颜带兵进入临安，俘虏了谢太后、恭帝和文武百官，把他们一块儿押往北方。
文天祥在元军押送途中，乘他们不备，夜里偷偷逃走，赶到福州。当时，陆秀夫、张世杰等人在福州拥立恭帝的异母哥哥、9岁的赵昰做皇帝，就是宋端宗。文天祥整顿军队，先收复了浙江，随后又从福建经广东东部，带兵进入江西，准备恢复南宋的天下。他同江西的抗元队伍联合，共同打击元军。他们打了许多胜仗。元军立即派大批骑兵，加强对江西的进攻，同时出兵袭击文天祥在兴国的大营。文天祥没想到元军这么快就会反攻，仓猝应战，结果被打败，他的妻子被元军俘虏。文天祥带兵向福建撤退。在一个叫方石岭的地方，一个叫巩信的将军，为了掩护文天祥，和他的士兵都壮烈牺牲了。第二天，元军又追了上来，将军赵时赏假装文天祥，走在队伍最后边，掩护文天祥撤走了，他自己却被元军抓住，英勇牺牲了，后来文天样到了南岭。
公元1278年，赵昰病死，他的弟弟赵呙做了皇帝。文天祥又带兵到广东潮阳抗元。不久，张弘范率领元军赶到潮阳。有一天，文天祥的队伍正在五坡岭开饭，张弘范突然带兵包围了五坡岭。文天祥的队伍来不及抵抗，被打败了，文天祥也不幸被俘。张弘范劝文天祥投降，遭到拒绝，又强迫他写信劝张世杰投降，也被他拒绝了。张弘范把文天祥押到船上，送往大都。船经过零丁洋时，文天祥悲愤万分，写下了《过零丁洋》这首著名的诗歌，诗的最后两句是：“人生自古谁无死，留取丹心照汗青！”表明他视死如归、决不投降的决心。
在大都，文天祥被关在一间很小的牢房里，忽必烈多次派人来劝他投降，他都拒绝了。一天，忽必烈亲自召见他。文天祥见了忽必烈，昂首挺胸，不肯下拜。忽必烈说：“如果你能归顺我，我就让你做宰相。如果你不愿意做宰相，当枢密院使也行。”可是文天祥理都不理，忽必烈又问他想要什么？文天祥回答说：“除了死，我什么都不要。”忽必烈一点办法也没有，只好又命令把他带回牢房。文天祥在牢房里，又写了一首著名的长诗《正气歌》。
文天祥在大都被关了4年，怎么也不肯屈服。公元1283年，他被元朝统治者杀害了，当时只有47岁。文天祥虽然牺牲了，但是他不要高官厚禄、宁死也不投降的精神，和他充满正气的诗篇，却一直流传到今天，激励着人们的爱国主义精神。
忽必烈建元
窝阔台死后，由乃马真皇后监国，后来由她的儿子贵由做了两年多大汗。贵由死了，大汗位就传到拖雷的儿子蒙哥手里了。
蒙哥做了大汗之后，就让他的弟弟忽必烈掌管黄河以北的地方军队和行政事务。忽必烈从小就有远大的理想，想干一番事业。他在早年的时候就受到了中原汉族文化的影响，后来他认识了一批有学问的汉族知识分子，如刘秉忠、张文谦、王鹗、郝经、姚枢等人，他们劝说忽必烈要用儒家思想来治理国家，特别要用“汉法”来治理中原。郝经还说：“谁要是能重用士大夫，又能用中原的统治方法来治理国家，谁就能当中国的皇帝！”这些话对忽必烈影响很大，他决定夺得天下后，一定用“汉法”来治理国家。而正是这些人支持忽必烈夺得汗位的。
忽必烈让刘秉忠在滦河北岸的龙岗（现在的内蒙古自治区多伦县西北），为他建造了一座新的城市，叫做开平，作为他的根据地，把他的谋士都召到那儿，开始了在黄河以北的统治。忽必烈用汉法治理汉地，损害了蒙古贵族的利益，也有损于蒙哥的汗位。于是蒙哥夺去了忽必烈的兵权，并派阿兰答儿、刘太平前去调查。忽必烈听从姚枢等人的劝告，把妻子、女儿送到蒙哥那里去当人质，并亲自去见蒙哥，说明自己并无野心，蒙哥这才相信了他。
公元1258年，蒙哥发动三路大军攻打南宋，他自己率领主力攻四川，让忽必烈攻鄂州（现在的湖北省武汉市），让兀良哈台从云南打潭州（现在的湖南省长沙市）。正当忽必烈攻打鄂州的时候，忽然传来蒙哥去世的消息，有人说是病死的，有人说是在指挥攻城时，被飞石打成重伤，回到军营后死的，反正是死了。忽必烈想攻下鄂州后，再回去夺取汗位，可是这时，传来阿里不哥要继承汗位的消息。
阿里不哥是拖雷的小儿子，按照蒙古人“幼小守产”的习惯，在蒙古他们打仗的时候，他就留在蒙古国的都城和林。在阿里不哥的周围有一批蒙古贵族，他们反对用“汉法”来统治，而主张用蒙古的旧法来统治，因此他们反对忽必烈，而拥护阿里不哥，当阿里不哥听到蒙哥去世的消息后，马上任命支持他的人担任各级官员，并派脱里赤和阿兰答儿占领燕京和陕西一带，准备阻止忽必烈北上。
当时，忽必烈的妻子察必正在开平，她得知消息后，马上报告给了忽必烈。忽必烈立刻召集跟着他的诸王、大将和谋士们，商量怎么办。谋士郝经说：“阿里不哥已经开始行动了。大王虽然有重兵，但是，如果他宣称有大汗的遗诏，先即位了，我们还能回去吗？”他给忽必烈献了一条妙计：一方面派一支军队去接蒙哥的灵车，把大汗的宝玺夺过来；一方面派军队夺取并守卫燕京；同时通知各王到和林去举行丧礼。正在这时，南宋宰相贾似道又来求和，忽必烈马上同他订了和约，然后带着人马北上。
公元1259年，忽必烈到达燕京，遣散了脱里赤招买的人马。公元1260年三月，忽必烈到达开平。他的大将廉希宪和商挺私下对他说：“先下手为强，后下手遭殃。机会丢失了，就再也找不回来了。”于是，忽必烈在开平召开忽邻勒塔，在塔察儿、也先哥、合丹、米哥等王的拥护下，忽必烈登上了大汗的宝座。
阿里不哥没想到忽必烈的动作这样少，他慌忙在4月也召开忽邻勒塔，宣布自己为大汗。
常言道：“天无二日，国无二主。”蒙古国出了两个大汗，那怎么能行呢？看来只有通过打仗来决定了。当时，东部的各个王都支持忽必烈，西边的王中，有的支持阿里不哥，有的支持忽必烈，而且忽必烈还统治着中原，因此忽必烈的力量比阿里不哥大得多。因为阿里不哥的势力在西边，因此忽必烈就派廉希宪向陕西进军。阿里不哥在陕西的大将是浑都海，他手下一个姓刘、一个姓霍的战将驻扎在六盘山一带。廉希宪一到，两军就打了起来。廉希宪的老将刘黑马一马当先，一场恶战，活捉了刘、霍二人，把浑都海打得大败。廉希宪又从霍鲁怀口里知道，驻扎成都的密里霍者，驻在青州的乞台不花，都要起兵反叛忽必烈，情况万分紧急，来不及报告忽必烈，廉希宪就假传圣旨，派刘黑马到成都杀死了密里霍者，派汪惟正到青州杀死了乞台不花。不久八春、合丹等又来同廉希宪会合，他们打败浑都海，并杀死了阿兰答儿和浑都海，阿里不哥在西方的力量被打垮了。
同时，忽必烈亲自带领大军，直扑阿里不哥的老巢和林。阿里不哥哪里是对手，慌忙逃到谦州，他怕忽必烈追来，就使了一个缓兵计，派人向忽必烈认罪，说他愿意投降，等他把马儿养肥了，再同其他王一起来拜见。忽必烈认为阿里不哥所做的事，全是他的谋土指使的，因此，就对使者说：“你回去告诉我的弟弟，说我相信他的话，原谅他了，叫他快快来见我。”后来忽必烈等不及了，就派也孙哥驻守和林，自己先回开平了。
公元1261年秋天，阿里不哥养肥了他的战马，又收集了一批人马，又发兵南下。他深入到也孙哥那儿，假意说是来投降，也孙哥信以为真，没有做打仗的准备。阿里不哥发动突然袭击，又把和林夺了回去。忽必烈知道后，马上又带兵北上，两军在昔木土脑儿相会，结果阿里不哥又被打败，逃回和林。可是这时，原来支持阿里不哥的阿鲁忽王也起兵反对他，阿里不哥被迫逃到新疆去。
后来，阿里不哥又多次打了败仗，加上蒙古高原又发生了饥荒，原来支持阿里不哥的各王，纷纷跑到忽必烈那儿去了。公元1264年，阿里不哥只得向忽必烈投降。忽必烈问他：“咱们兄弟俩，按道理讲，到底谁该当大汗呢？”阿里不哥说：“以前我是对的，现在是大汗你对！”他还挺硬气的，只承认失败，可不承认没有道理。后来，忽必烈下诏：阿里不哥等王，都不问罪，但是他的谋臣，要全部杀死。样，忽必烈巩固了他的汗位。
忽必烈平定阿里不哥后，把政治中心由和林搬到中原，他继续推行“双法”来改造蒙古国。公元1271年，忽必烈根据刘秉忠的建议，按《易经》五“乾元”（相大）的意思，把国号改为“大元”，这样元朝正式成立了，忽必烈就是元世祖。第二年，元世祖把燕京改为大都，作为全国的首都。
一只眼的石人
从元成宗以后，又传了九个皇帝，元王朝的政治越来越腐败，皇室内部斗争十分激烈，人民灾难深重。最后一个皇帝元顺帝（又叫元惠宗）妥妥惟帖睦尔即位后，荒淫残暴，闹得国库空虚，物价飞涨，百姓忍受不下去，很多地方爆发了农民起义。
河北有个农民叫韩山童，他祖父是个教书先生，曾经利用传教的形式，暗地组织农民反抗元朝，被官府发现，充军到永年（今河北邯郸东北）。韩山童长大以后，继续组织白莲会（一种秘密宗教组织），聚集了不少受苦受难的农民，烧香拜佛。韩山童对他们说：现在天下大乱，佛祖将要派弥勒佛下凡，拯救百姓，这个传说很快就传到河南和江淮一带，百姓们都盼望着有那么一天，弥勒佛真会下凡来。
正巧在这个时候，黄河在白茅堤决口，又碰上接连下了二十多天大雨，洪水泛滥，两岸百姓遭受严重水灾。有人向朝廷建议，把决口的地方堵住，另外在黄陵冈（今山东曹县西南）开挖河道，疏通河水。公元1351年，元王朝征发了汴梁（今河南开封）、大名等十三路民工十五万和兵士两万人，到黄陵冈开河。