1984年12月1日，第一期工程——福海景区整修工程正式破土动工，昔日圆明园四十景当中的蓬岛瑶台、廓然大公、平湖秋月、方壶胜境、接秀山房、澡身浴德等十景就坐落于此区之中。1985年6月初步竣工后，福海景区向游人开放，开放后的7、8两个月，每日游人近万人，假日达2万-3万人。被侵略者烧毁一百多年的举世名园，开始改变荒凉的面貌，迎来了园林历史上的新篇章。第二期工程于1985年动工，以整修绮春园大部为内容，冬季挖湖、次年夏季放船接待游人。这次修整工程，使1600亩范围的山形水系基本恢复了原貌，铺路、种树使遗址东半部形成了良好的绿化环境。为了突出遗址特色，管理部门对所有文物遗址都进行了精心保护，并有重点地清理整理了少量园林基址，竖说明牌，有些还配以建筑复原图，力求保持原有风貌，做到雅俗共赏。1987年和1988年，在开展绮春园整修工程的同时，还对西洋楼景区进行了部分整理，重点整修了万花阵。
而在1984-1988年之间，在原址上修复的园林建筑有2处。一为蓬岛瑶台东岛的六方琉璃亭和西岛的庭院；一为绮春园新宫门。
20世纪90年代，主要完成了以下工程。一是全面整修长春园山形水系；二是对园林遗址进行清整，陆续系统整理了西洋楼景区西半部海晏堂至谐奇趣一线30余处遗址；三是修复重要景点建筑，包括福海别有洞天的西山四方亭，绮春园的鉴碧亭、浩然亭、仙人承露台，复建了长春桥、翠鸟桥和彩虹桥等桥涵10余处，新建凤麟洲九曲仿木桥；四是实施福海清淤及整修工程；五是继续完善园内绿化美化、园林道路桥涵和服务设施。此外，还完善了全园的基础设施，维修了广播线路，铺设了补水干线等。
在20世纪90年代复建、重建的一些景点、景区时，出现过一些争议，就是前言所述有关《威尼斯宪章》传入中国后，文物界有声音认为圆明园作为遗址公园，应保留展示“残缺的美”、“废墟的美”，对复建的古桥、古建筑持否定态度。罗哲文等专家依据中国木结构特色古建筑保护的理论进行了明晰阐述，终结了这一混乱思想的干扰，为圆明园遗址更好的修缮保护、展示传统文化，进行爱国主义教育奠定了扎实的理论基础。
2003年底，圆明园环境整治一、二、三期工程开始逐步实施，共计完成整治面积76万平方米，完成九州清晏景区绿化提升与“坦坦荡荡”、“杏花春馆”、“上下天光”及“万方安和”遗址的试点保护，遗址考古发掘，测绘2.11万平方米，池山山石修复6座，鉴别归安残存石件5000余件；完成长春园荷花区、绮春园宫门区环境改造调整工程。2008年7月29日，九州清晏景区对社会试开放，标志着圆明园环境整治第四期工程的竣工。此项工程包括复建如意桥、南大桥和棕亭桥3座古桥；修整景区约40万平方米，包括“正大光明”、“勤政亲贤”、“九州清晏”、“镂月开云”、“天然图画”、“碧桐书院”、“慈云普护”、“上下天光”、“杏花春馆”、“坦坦荡荡”、“茹古涵今”、“长春仙馆”、“曲院风荷”、“洞天深处”14组园林景观。
如今人们对圆明园遗址公园的发展思路，已经有了新的提升，在保护好遗址的基础上，通过更多更合理的整治工程，如复建圆明园新宫门、“万方安和”复建保护、西洋楼景区（含狮子林）遗址、含经堂遗址展陈等内容，展现更全面的圆明园面貌。同时通过丰富多彩的旅游文化活动和爱国主义教育活动，如灯会、荷花节、皇家庙会、罹难日纪念活动等，取得了较好的社会效益和经济效益。更值得称道的是，圆明园依托皇家文化、园林文化和爱国主义文化等，推动文化创意产业的发展，数字互动如四维电影、三维动画等展示圆明园盛期风貌与历史脉络；运用高科技手段，借鉴印象系列等，实现实景演出“梦幻圆明园”；打造如诗如幻的夜景照明，推出夜游圆明园项目等等。遗址管理部门充分利用资源，深入发掘历史文化内涵，逐步开发适宜旅游项目，将为圆明园遗址公园打造新一轮的辉煌篇章。
十一、石碑述辽建，古塔止争论——天宁寺塔
广安门外北护城河西侧一里许，耸立着一座掩映在现代都市繁华之中玲珑秀美的千年古塔，它就是天宁寺塔。走近古塔高耸伟岸的身躯，人们会从它身上读出一份历史的沧桑。
关于天宁寺塔的创建年代，不少史籍资料几乎一致地认为天宁寺塔始建于隋代，而现存的天宁寺塔就是那座隋塔。但是，在林徽因和梁思成撰写的《天宁寺塔建筑年代之鉴别问题》一文中，他们通过对文献的剖析，对天宁寺塔的建筑年代提出了谨慎的置疑。文章对天宁寺塔的建筑形式、结构及风格进行了分析，并与其他相类似的古塔作了比较，认为天宁寺塔应属辽代建筑，具有典型的辽代末期的建筑特征及风格。
关于天宁寺的创建史，古建专家王世仁在《北京天宁寺塔三题》一文中考证得出，天宁寺并非古籍所载的隋代弘业寺，而应为《顺天府志》记载的唐代天王寺，始建于唐天宝年间的结论。当时，此寺主要供奉北方多闻天王，元代寺院毁于战火，仅存天王塔，于明代重修并改名为“天宁”沿用至今。
那么关于天宁寺塔的创建年代到底是以史籍为证还是以林梁判断为准呢？在1988年1月天宁寺塔被国务院公布成为第三批文物保护单位后，1991-1992年，国家拨款对天宁寺及塔进行了重点维修。
1992年4月17日，在拆塔刹（宝顶）时，发现一块辽代石碑，进而使天宁寺塔的创建年代大白于天下。
碑文主文如下：
大辽燕京天王寺建舍利塔记
皇叔、判留守诸路兵马都元帅府事、秦晋国王，天庆九年五月二十三日奉旨起建天王寺砖塔一坐，举高二百三尺，相计共一十个月了毕。（以下“提点”、“勾当”建塔僧、俗人名从略）据此可知，天宁寺塔建于辽天祚帝天庆九年，即1119年，塔名天王寺舍利塔。石碑的记录证实了此塔正是辽代建筑，印证了梁思成与林徽因的分析和判断是正确的。其实，天宁寺塔建于何代这个谜底，本可以在明代维修天宁寺塔时就揭开。
据明代人徐善在《泠然志》中记载：“……最上一层，其南有碑，不知何年所立。修塔时寺僧有拓本，索之不可得也”。从这段记载中可以看到，在明代维修天宁寺塔时，就已经发现了记载有此塔建筑年代的这方石碑，但不知寺中僧人出于何种原因，没有将这方碑上所记载的内容公开出来。
至今890余年的天宁寺塔，塔的整体建筑规模仍保存完好。在历经明、清两代多次修葺，民国时期的两次调查修缮、测绘，得以保存，成为北京城区现存最古之建筑。
站在塔下，瞻仰古塔，人们会为这座千年古塔的风采神韵所深深震撼。这座八角形的天宁寺塔，建于一方形大平台之上，底层的塔座甚高，须弥座、壶门“束腰”与勾栏斗拱，雕刻十分繁复。第一层塔身高度同塔座，四面有拱门及浮雕像，其他四面又各有直棂窗及浮雕像。飞檐叠栱3层，逐层递减，使塔身的轮廓线形成了丰满柔和的收分。每层塔檐下施仿木结构的双抄砖雕斗拱。塔顶用两层八角仰莲上托小须弥座承宝珠，突显塔刹玲珑挺拔，直至云天。塔座、塔身、飞檐、塔刹相互之间组成了轻重、长短、疏密相间而又相连的艺术形象，使得整座塔的造型显得格外雄伟壮丽，稳重挺拔。其典型的辽代风格与建筑艺术被称为“天宁式”塔，而位于北京市八里庄的明万历四年（1576年）慈寿寺便以其为范本而建。
在1992年的部分修缮后，2000年，北京市和宣武区两级政府共同启动了天宁寺的维护、腾退工作。2002年，北京市文物部门拨款253万元对天宁寺进行了全面修缮。这次大修，拆除了寺院内的居民住房，并修缮了山门，接引佛殿、东西配殿的面貌也焕然一新。其中值得一提的是，立于接引殿内由金丝楠木雕刻而成的一座高9米的阿弥陀佛像，是由佛教艺术家马云峰设计，由国内诸多着名技师、工匠历时3年才雕造而成的。这是在原青铜大佛被毁后，对佛像基座进行勘测后复原的。
2007年7月7日，天宁寺隆重举行了接引佛像的开光大典，并恢复了宗教活动，使这座千年古刹焕发出新的光彩。
十二、多年占房虽腾退，昔日全貌难复原——先农坛
1991年9月25日，位于先农坛内的北京市古代建筑博物馆正式对外开放。作为中国第一个集收藏、研究和展示中国古代建筑技术、艺术及其发展历史的专题性博物馆，古建博物馆的展览与先农坛的古建筑群相得益彰，犹如一座座里程碑，镌刻着中国古代社会在各个领域的发展成就。但就是这样的一组文物古建，在不同时代的境遇和地位却相距甚远。