（1）密封杀菌保藏。将食用菌经过一定的预处理，装入特制的密闭容器中，经过排气、密封、灭菌等工艺，破坏食用菌子实体内各种酶的活性，杀灭绝大多数微生物，排除容器内大部分氧气并与外界环境隔绝，避免有害微生物的再次污染，使得制品能长期保存。各种食用菌罐头制品都属于此类加工方法。
（2）利用高渗透压物质保藏。这种方法是使用能产生较高渗透压的物质（盐、糖），通过提高其溶液的浓度使该溶液的渗透压高于微生物细胞内环境的渗透压，使得微生物不仅不能从加工制品中获得水分和营养物质，反而还要使其细胞内的水分流出细胞，出现“生理干燥”现象，微生物便不能活动，甚至不能生存。因使用高渗透压物质的不同，在食用菌加工中有盐渍和糖渍之分，如盐水蘑菇、平菇蜜饯等均属于此类加工方法。
（3）脱水干燥保藏。微生物生长繁殖要求有可利用的水分条件。鲜菇、鲜耳经过自然或人工脱水干燥后，水分含量降低到一定程度，使干制品中可溶性物质的浓度提高到微生物不能利用的程度，从而抑制了微生物的活动。脱水干燥是香菇、黑木耳的传统加工方法，其干制品深受国内外消费者的喜爱。