决定食用菌类干制品贮藏性能好坏的因素很多，包括原料的选择与处理，成品的含水量及贮藏条件等。其中成品的含水量对干制品的贮藏影响很大，一般是含水量越低越有利，常见干制品的含水量在6％以下有利于贮藏，如果含水量超过8％，则贮藏期缩短，营养损耗也会增多。
食用菌干燥后因其极易在空气中吸湿、回潮，所以应该待热气散后，立即用塑料袋密封保存，包装时应进行分级包装。为运输方便、减少干菇被压的可能，塑料袋还应放在纸板箱中，纸箱规格大小，因装置而异。
干制品贮藏的环境条件应低温干燥，以0℃～2℃为宜，最高不可超过14℃，否则氧化作用增强，易发生色变，维生素等营养成分的损失增大。空气相对湿度以65％以下为宜，湿度增高，必然使成品的平衡水分增大，从而引起酶的复活，使氧化增强。
贮藏干菇仓库应该干燥、清洁、尽可能的低温，同时必须做好防虫、防鼠工作。贮藏过程中要经常检查干菇的保存情况，以防吸水霉变，有条件时也可以在塑料袋中加入无水氯化钙等干燥剂（装在小瓶内，口部塞上棉塞）。