茯苓采收回来后，应及时干制加工，其操作过程如下：
（1）发汗。刷掉茯苓表面的泥沙和杂物，放于干燥、凉爽的室内，在地面铺上稻草，然后将茯苓逐层堆放，一般堆3～4层，上面用草席或麻袋盖严，让其自然发汗，蒸发掉多余水分，每隔4～5天翻堆一次，经10～15天反复几次。待菌核表皮上起皱纹，呈暗褐色时即发汗结束，再置阴凉处晾至全干。
（2）切片。切片的顺序是“先皱后紧”、“先小后大”。切片前先剥去茯苓皮，然后分别将白色苓肉切成块状或片状。切时握刀要紧，刀片应向下，同时用力向前推动，使片（块）表面均匀、光滑，尽量避免块片缺角，保持完整的好质量。
（3）干燥。切成片或块后，随即摊在簸箕或晒席里，白天日晒，收回后夜间让其阴凉回潮，第二天翻面再晒。晒2～3天其水分可蒸发掉70%，当表面出现细微裂纹后，收回放进屋内，将簸箕重叠压放，使苓片（块）回潮。经1～2天后，裂口合拢，再稍压平复晒，如果遇上阴天或雨天，可用炭火烘干，烘烤应用无烟火，温度以50℃～55℃为好，并经常翻动，烘干后堆积起来，用草席或稻草盖严密，使其回潮5～7天，再进行第二次烘烤，复烤的菌核可长期保存不易变质。