城市水体污染严重。由于人口增加和经济增长，大量废水、污水直接排放，面源污染严重，加上固体废弃物和大气沉降的影响，形成大范围的水体污染，不同水体中水的质量和数量发生劣变，更加剧水资源紧缺局面，加大了水资源的开发难度，对人类的生存和发展构成严重的威胁。城市污水排放量持续增大，地表水和地下水污染严重。2010年在全国182个城市4110个地下水水质监测点中，水质为较差级和极差级的监测点分别占40.4%、16.8%，合计57.2%。
水污染加剧了我国水资源的紧缺。令人忧虑的是，河湖水质恶化尚未得到有效遏制，北方一些地区“有河皆干，有水皆污”，南方许多河流、湖泊污染严重。2004年，全国废水排放总量482.4亿吨，其中工业废水221.1亿吨，城镇生活污水261.3亿吨。工业废水排放达标率和工业用水重复利用率分别为90.7%和74.2%；城市污水处理率45.6%。2004年七大水系的412个水质监测断面中，Ⅰ—Ⅲ类、Ⅳ—Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的断面比例分别为：41.8%、30.3%和27.9%；珠江、长江水质较好，辽河、淮河、黄河、松花江水质较差，海河水质差。主要污染指标为氨氮、五日生化需氧量（BOD5）、高锰酸盐指数和石油类。目前，最为严重的是辽河、淮河和海河，其次是太湖水系和黄河流域。全国90%以上的城市水环境恶化，城市附近的河流或河段多已成为排污水沟，直接影响农用水源，污染农产品。随着乡镇企业的迅速兴起，使水质污染向广大城市郊区和农村迅速蔓延。水污染不仅破坏环境，同时也破坏水资源，造成无好水可用而缺水，即污染型缺水。
近年来，环保部加大了水污染治理力度。2013年，中国的污染减排虽然取得了突破性进展，但“十一五”污染减排任务仅完成了3%左右，特别是水污染物减排任务仅完成2.3%。2015年4月，******发布“水十条”，助推新常态经济发展“绿色化”。2005年1月份环境检测报告结果显示，我国七大水系Ⅰ类和Ⅱ类洁净水大约只占总量27%，Ⅴ类和劣Ⅴ类大约占到总量的37%。全国25%的地下水遭到污染，54%的地下水不符合生活用水标准。全国江河水体主要呈现为有机污染，主要超标项目是氨氮、高锰酸盐指数、化学需氧量、五日生化需氧量和挥发酚等。随着黄河流域的经济发展，废污水大量排放造成了地表水和地下水的水质恶化。按照现行的国家地表水环境质量评价标准，黄河干支流12550千米河段长度中，在20世纪90年代初，水质满足Ⅲ类标准以上的河段长度已不足总河长的1/3，而且水质优良的河段大多分布在干支流的源头与上游河段。水质呈明显恶化趋势，进一步加剧了黄河流域的水资源危机。据中华环境保护基金会秘书长李伟介绍，监测数据显示，2007年全国26.7%的地表水断面水质为劣V类标准（最低标准），基本丧失使用功能。全国七大水系总体为中度污染，其流经城市的河段普遍受到污染。李伟说，值得警惕的是，中国近年来水污染事故频发，特别是2006年以来，太湖、巢湖、滇池相继大规模暴发蓝藻，一些重要的饮用水源受到污染，严重影响群众的生产生活和社会稳定。
中国污水的年排放量仍呈大幅度增加的趋势。生活在黄河中下游一些城市和农村的居民也许已经注意到，这些年，从家门前流经的黄河水量虽然没有多大变化，但水质在变差，甚至沾上皮肤还会发痒。国家环境保护部和黄河水利委员会公布的历年监测数据也证实了这一点：2008年，黄河流域废污水排放量为40.06亿吨。到了2011年，这一数字增加到45.25亿吨。短短3年，黄河流域污水排放量就增加了5亿多吨。黄河流域的情况仅仅是污染西进的一个缩影。我国东部的经济发展模式正逐步向其他地区特别是西部地区转移，出现了新开发地区重复东部过去高污染、高能耗发展模式的苗头。2014年5月15日，中国工程院院士、中国环境科学研究院院长孟伟在京表示，中国污水排放总量远远超过环境容量，仅COD（化学需氧量）就超出环境容量4倍多。孟伟说，多家研究机构的研究认为，中国水环境的COD承载力为740.9万吨，但全国第一次污染源调查发现，COD实际排放量为3028.96万吨。
地下水污染相当普遍。由于工业废水的肆意排放，导致80%以上的地表水、地下水被污染。地下水虽属可再生资源，但地下水更新和自净非常缓慢，一旦被污染，所造成的环境与生态破坏，往往长时间难以逆转。过量开采地下水，改变了地下水的流场，加剧了地下水系统的水分循环，人为的环境污染物质通过大气、土壤、地表水系统轻易进入地下水环境，使地下水特别是浅层地下水受到了有毒、有害物质的严重污染。地下水污染与地表水污染相比，具有隐蔽性和难以逆转性，一旦污染，很难治理和恢复。在多种污染源作用下，中国浅层地下水污染严重且污染速度快。2011年，全国共200个城市开展了地下水质监测，其中“较差—极差”水质监测点比例为55%。与2010年相比，15.2%的监测点水质在变差。中国目前水资源所面临的形势非常严峻，地表水资源受到了严重污染，特别是在中国城镇地区情况更为严重。现在存在这样的态势——当地经济越发达污染越严重。北方的海河、淮河和辽河，这些地方的城市工业发达、人口密度大，地区污染尤为突出；在南方太湖流域、巢湖、滇池，也都受到不同程度的污染。地下水占中国水资源总量的1/3，中国地质调查局专家在国际地下水论坛的发言中提到，全国90%的地下水都遭受了不同程度的污染，其中60%污染严重。有关部门对118个城市连续监测数据显示，约有64%的城市地下水遭受严重污染，33%的地下水受到轻度污染，基本清洁的城市地下水只有3%。
3.水资源的不合理开发利用
我国现有水资源浪费严重。主要是低效率使用，重点是农业的大水漫灌和工业生产中的低重复使用，万元GDP用水量，发达国家一般在50立方米，而我国为730立方米。
过度的地表水开发利用对生态、环境破坏也很明显。例如，河流上游大量兴建蓄水工程，层层拦截利用地表水，致使河流下游及平原地区地表径流减少，北方许多地区的河道只在丰水年的汛期起着泄洪作用，常年处于干涸状态，变成了污水沟，华北地区出现了“有河则干，有水则污”的现象。因此，在水资源的合理利用规划中，必须考虑和预留一部分水资源作为生态环境用水，而不能采取“吃光喝尽”的政策，以利于维持生态、环境的良性循环。全国各主要城市地下水超采和严重超采现象十分普遍，不仅使地下水位大幅度下降，水质变坏，还导致地面下沉与沿海地带的海水入侵等环境问题。
湿地保护也面临严峻挑战。湿地具有调蓄洪水、调节气候、净化水体、保护生物多样性等多种生态功能，被誉为“地球的肾脏”和“天然物种库”。保护湿地已成为世界许多国家进行环境保护的重点。我国是世界上湿地类型多、面积大、分布广的国家之一，但是，由于围湖造田、围海造地、滩涂开垦等，我国天然湿地日益减少。全国湿地资源调查结果表明，中国现有湿地3848.55万公顷（不包括水稻田湿地），居亚洲第一位，世界第四位，但只有约40%的自然湿地纳入353处保护区，得到较好的保护。随着工业发展，大量污水涌入湿地，造成大批植被和水生生物死亡。如湖南洞庭湖、新疆艾比湖都未能幸免。
另外，水土流失也是造成水环境恶化的一个因素。我国现有各类水土流失面积367万平方米，每年平均土壤流失量在50亿吨以上，造成土地资源和生态环境的破坏，同时导致江河的河道泄洪能力减小，水库和引水渠的效益难以发挥。森林植被遭到破坏，造成枯水期水量锐减和汛期洪水加剧。水源污染与水环境恶化增加了地区间的社会冲突和社会不安定因素，将成为今后一个亟待解决的重大问题。除了以上所述的三个主要问题外，水资源管理不足，特别是以往重建轻管倾向，也是造成水问题的主要原因，存在着水价过低，不敷供水成本，工程老化，“多龙”治水缺乏统一管理等一系列的问题。
在水资源越来越重要和紧缺的今天，水污染防治也就更加重要、刻不容缓。严重的水污染问题，已经成为制约中国经济社会发展的瓶颈，危害群众健康，影响社会稳定，到了痛下决心非解决不可的关键时期。解决水污染防治问题，必须以科学发展观为指导，坚持经济社会发展与水资源开发利用相协调，以“水”定发展；坚持水资源开发利用和水污染防治相协调；实行以流域综合管理机构统一监管为主的管理体系；制定符合流域实际的污染防治法规、标准及相关政策；坚持远近结合、标本兼治，综合运用法律、经济、技术和必要的行政手段，不断加大水污染防治力度。
4.江河源流断流问题严重
随着江河源流的上中游地区水利工程的不断修建，极大地改变了河流的天然水文情势，上游引水量急剧增加，下游地区的来水量越来越少，致使不少河流发生了断流，并由此产生了一系列严重的生态问题。全国七大江河中，海河是最早发生断流的大河。目前流域多年平均水资源开发利用率已接近100%，过度开发利用导致河流长时间断流。
中华民族的母亲河——黄河，几千年来也没有发生过像当今近20多年来频繁断流的现象。20世纪80年代到21世纪初，流域内21条河流全部断流，断流时间平均超过200天，河道内基本的生态用水无法保证；华北平原历史上大片洼淀、湖泊几乎消失殆尽，水文过程的彻底改变，导致该流域整体生态环境趋于干化。黄河的首次断流出现在1972年，最初断流时间只有十几天，断流也不是年年发生。进入20世纪90年代以来，黄河下游断流日趋严重，几乎年年断流，而且断流的时间越来越长，断流的河段也越来越长。1995年，黄河断流达153天；1996年断流136天；1997年断流226天，一年中竟然有2/3的时间断流。无情的事实，宣告黄河已成为一条季节性河流。断流结果造成黄河两岸地下水位下降、气候干燥、土地干旱、生物多样性减少、入海口海水入侵、下游河道特别是主槽淤积加剧，威胁防洪安全，而且使黄河三角洲地区的生态环境趋于恶化。
黄河枯水，有自然因素，但一个重要原因是长期以来人们无节制地取水、引水，已远远超出了黄河水资源承载能力，结果是“喝干乳汁喝血汁”，滔滔黄河渐渐退化为涓涓细流。与此同时，在黄河上游，滥垦滥牧造成草原沙化，减少了黄河水补给，降低了黄河的自净能力；在中下游，污水大量排放，人类自食其毒，生存压力加大。如今，缺水之痛、断流之痛、污染之痛、生态之痛折磨着母亲河，使她失去了往日的风采，疲惫而憔悴，向内陆河演进的趋势越来越明显。黄河流域是资源性缺水地区，而21世纪的前20年，正是我国全面建设小康社会的关键时期，随着工业的发展、城市化步伐的加快，用水量必然增加，如何在发展与黄河水可持续利用之间寻找平衡，是一个亟待解决的课题。
除了黄河外，我国其他地区的江河断流问题也十分严重。由于过度开垦草原，内蒙古草原沙化严重，2010年********七大河流全部断流。2012年2月，云南大旱，273条河流断流，严重旱情已造成云南省319万人、158万头大牲畜存在不同程度的饮水困难，部分城镇供水紧张，部分企业、厂矿已经处于停产停工或半停产状态，全省因干旱直接经济损失已达100亿元左右。同年，长江中下游干旱持续，致近千条河流断流，河道成了停船厂。受2013年7月份以来持续晴热高温少雨天气影响，安徽省自南向北陆续出现严重干旱灾害，全省已有628条河道断流，281座水库干涸，部分地区出现人畜饮水困难。
（二）近海环境遭到严重破坏
中国周围的海区主要包括渤海、黄海、东海和南海4个海区。根据历年的《中国海洋灾害公报》和《中国海洋环境质量公报》，我们会发现，改革开放以来我国海洋环境变迁的最大特征是海洋环境问题越来越严重。随着经济的加速发展，中国近海海域内海水水质受到了污染。
1.近海污染日益严重
近海污染是人类直接或间接地把物质或能量引入近海环境（包括河口湾），以至于造成或可能造成损害生物资源和海洋资源、危害人类健康、妨碍捕鱼和海洋的其他正当用途在内的各种海洋活动，损害海水使用质量和减损环境美观等有害影响。内海污染的最直接表现就是海水质量的下降，其最具代表性的指标就是赤潮的发生及其发生次数的增加、发生面积的扩大、损失的上升。国家海洋局历年公布的《中国海洋灾害公报》显示，改革开放以来我国四大海域均发生过赤潮，而且赤潮的次数呈上升的趋势，并且持续的时间越来越长、发生的面积越来越大、所造成的损失也越来越大，特别是近年来，情况更为严重。