刘志丹是西北红军和西北苏区的最早创始人之一，中共给他的权威性评价是“在建军、建党、建政及领导革命战争中，其方针策略，无不立场坚定，实事求是，坚持党之正确路线，与‘左’右倾机会主义路线进行不调和之斗争。”
在陕北，刘志丹更被誉为“民族英雄”而为人民所广泛传颂。
正因为如此，王明的追随者们视他为眼中钉，是他们推行六届四中全会路线的最大障碍，欲拔之而后快。
当时的实际情形确实如此。当中央驻北方代表推行“左”倾路线，朱理治开展反“右”倾斗争时，刘志丹曾坚决地抵制过。
在朱理治等人来西北苏区之前，刘志丹从实际出发，总结正反两方面的教训，已经形成了一套行之有效的方针、政策及工作方法。但在朱理治等人的眼睛里，刘志丹工作的每一方面，无不带上了“右”的色调：
在土改中，对地主不搞肉体消灭，给富农以生活出路，是明显的富农路线；
红军坚持农村割据，开展游击战争，不攻打大城市，是梢山主义；
在统战工作中，团结改造哥老会，是确确实实的投降主义。如此等等。
于是，在与红二十五军领导人座谈时，朱理治就“已开始怀疑刘志丹”有问题，不过手头没证据，还没有说刘志丹就是“右派反革命”。刘志丹冤案的产生，在很大原因上是逼供信的结果。
正因为朱理治、戴季英等感觉到刘志丹有问题，因此肃反运动开始后，戴季英就抱着这一成见指名逼供。张文华、蔡子伟受刑不过，供出了刘志丹是“右派”。之后凡是被捕的人，都严刑逼供，指明要招出刘志丹是“右派反革命的首领。”
不利于刘志丹的口供愈来愈多。其中一份口供最为具体，说张秀山是由蔡子伟介绍加入右派，并任右派前委书记，张走后由刘志丹代理，曾在一个庙上开会。
对此，朱理治等人深信不疑，决定调刘志丹回来，予以审讯。
劳山战役获胜后，朱理治、戴季英马上写信给前方，令前方立即逮捕刘志丹等人。
关于这段经过，当时的前方肃反主持者聂洪均后来作了较为详细的叙述：
劳山战役后的第三天，收到省委的来信，说后方永坪镇已经逮捕了几个人，根据他们的口供，揭出刘志丹、高岗、杨森、习仲勋、刘景范等很多高级领导干部都是右派反革命，并有很大的阴谋准备活动。省委指令我们在前方立即逮捕刘、高等人。对于省委来信所言，我相信是有可能的，但事关重大，未敢马上逮捕。我们感到：既然省委来信，就该执行，但考虑事态严重，“乱子”太大，不敢轻举。而且我们从缴获的敌人的文电中得知，中央红军已经到达秦川，为避免万一弄错，最好还是请中央来到后解决。我们决定出兵环县，迎接中央红军。随即召开军团会议讨论，一致同意红十五军团出击庆阳、环县一带，迎接中央红军的到来，并报省委。
送出报告后，省委紧急来信，严令停止红十五军团出击庆环的行动，并要我们正确地估计到这个行动“可能发生事变，造成罪过”，最后强调指出：“刘、高等右派反革命问题，省委已有严密的考虑与决定，不日将派郭洪涛来前方传达，并协同解决。”我们去信催郭速来，结果来的不是郭洪涛而是程子华。
经过反复商量，最后确定：分开刘志丹、高岗，将刘志丹调到后方主持军委工作，以防变乱，并便考查。不想，刘一到后方即遭逮捕。尔后，在省委的督促和指责之下，我和程子华等都感到，事已到此，刘既已被捕，前方如不立即采取行动，就有发生事故的危险。随即，按照后方提出的名单，逮捕了高岗、杨森、习仲勋、刘景范等许多陕甘苏区和红二十六军的负责干部。此后人心惶惶，危险局面可以想象，陕北严重的错误肃反事件。
刘志丹是一个胸怀大局、品格高尚的优秀红军高级将领。他在接到调令后，当然会想到这是一个不利于他的调虎离山计，但仍处之泰然。
在交待了手头的工作后，刘志丹带领警卫员骑马驰向后方。在安塞的真武洞，他们碰到了从后方瓦窑堡来的通信员。
通信员见是刘志丹，便把一封给军团领导人的信交给他。拆封一看，原来是逮捕刘志丹和红七十八师营以上军政指挥员，以及陕甘边党、政县以上干部80余人的名单。
刘志丹看后，把信退给通信员，说：
“你赶快把信送到军团部去，就说我去瓦窑堡了。”
然后，又叫自己的警卫员和通信员一起回部队中去。自己立即奔赴瓦窑堡，想说服朱理治等人停止这样的错误肃反。
刘志丹刚到西北军委，就被西北代表团叫去，不容分说地秘密关押在保卫局。
刘志丹冤案产生了。
刘志丹冤案的产生标志着西北苏区错误肃反发展到了顶峰，同时也是肃反运动转入低潮的开始。
刘志丹被秘密逮捕后，朱理治等人开始有所醒悟。特别是刘志丹被扣的第二天，朱理治亲自提审张秀山。张秀山大哭，翻来覆去只重复一句话：“我死不要紧，只可惜了红二十六军。”
朱理治大为震动，心里开始对肃反本身发生了怀疑，觉得聂洪均在前线肃反时埋人未免太过火，而肃反中的审讯方法也大成问题。
于是，朱理治连夜写了一个指示信，指出肃反时，不得指名逼供，不得用肉刑，不得把党内党外问题混淆起来，不得乱杀人等，以期纠正肃反中的失误。
但是，这场错误的大清洗运动发展到这一步，已不是朱理治个人所能控制得住的了。在前方，聂洪均仍坚决认定，刘志丹、高岗等就是右派反革命；在后方，戴季英也始终认定，刘、高的右派罪名确切无疑，不容推翻。就在刘志丹被捕后的第三天，戴季英还说军委里的朱子修、高朗亭等五人计划举行反革命的武装暴动，将五人扣押，严加审讯。无论后方，还是前方，还是下寺湾，捕人、杀人、埋人的惨剧继续上演。
当时，西北苏区和红军内弥漫着人人自危、互相疑惧的恐怖气氛。反革命分子乘机大造谣言，引发普遍的群众反水及游击队叛乱事件。与此同时，国民党军队对西北的第三次“围剿”还没被打破，更使苏区陷入了一场极大的危机之中。
一场错误的肃反已到了不可收拾，无法解脱的地步。连朱理治后来也不得不承认：“如果中央不来，事情就没法结束。”