羚牛，又称为扭角羚，羚牛长着一双弯曲向上生长的角。各地羚牛的毛色不同，云南西部和西藏的羚牛毛色为深褐色，青海和四川羚牛被红棕色毛，秦岭羚牛的被毛则带金色光泽。羚牛是典型的高寒动物种类，栖息于海拔3000米以上的森林或草甸，冬季又迁移至2500米以下的针叶林中。羚牛身躯高大，攀爬能力强，能在悬崖陡壁上往来自如。羚牛喜小群同栖，休息或吃草时，有一头公牛放哨嘹望，公牛发现情况后，发出“叭——叭”的信号，然后带头逃走。成年雄性羚牛常常离群独居，雄性羚牛秋季发情时富有攻击性。陕西动物研究所吴家岩、中国科学院动物研究所宋延龄等在秦岭系统地研究了羚牛。自从野生动物保护法颁布实施以来，秦岭的羚牛种群数量恢复较快，近年常常有成年羚牛从秦岭深处下山，进入村落，攻击农民的报道。
秦岭还是鸟类的乐园，生活着朱鹮、红腹锦鸡、血雉、红嘴相思鸟、黄腹山雀等。朱鹮一身羽毛洁白如雪，裸露的脸颊呈朱红色，体态秀美典雅，在民间被看作是吉祥的象征。朱鹮曾广泛分布于中国、日本、俄罗斯等地。但由于环境恶化等因素导致数量急剧下降，20世纪70年代朱鹮在中国、日本、俄罗斯野外已无踪影，一度成为世界最濒危鸟类之一。1981年5月，中国科学院动物研究所刘荫增等在位于秦岭南坡的海拔1356米的陕西洋县姚家沟发现了7只朱鹮和2个朱鹮的巢。陕西洋县为世界上唯一的朱鹮野生种群建立了保护站，对朱鹮进行精心保护，开展了人工饲养、繁殖的研究。朱鹮在海拔800～1200米营巢，朱鹮营巢地山高林密，交通闭塞，环境幽静。从1993年至2000年，建立了13个朱鹮保护地，总面积达4230公顷，朱鹮野生种群数量增加，朱鹮总数已超过五百只。濒危状态得到缓解。据近几年的调查，朱鹮的活动范围逐年扩大到城固、勉县、西乡、佛坪、汉台约3000平方千米的地区。
在秦岭旅行，路边可能不时会飞出一只金黄色的金鸡，发出一阵“咕咕”声。金鸡也叫红腹锦鸡，雄鸟全长约100厘米，雌鸟约70厘米。雄金鸡头顶具金黄色丝状羽冠；后颈披肩橙棕色。身体上部除上背为深绿色外，其余为金黄色，腰羽深红色。飞羽、尾羽黑褐色，布满桂黄色点斑。身体下部通红，羽缘散离。嘴角和脚黄色。雌金鸡身体上部棕褐，尾淡棕色，身体下部棕黄，均杂以黑色横斑。金鸡栖息于海拔600～1800米的山坡竹灌丛。以蕨类、麦叶、胡颓子、草籽、大豆等为食。3月下旬金鸡进入繁殖期，筑巢于乔木树下或杂草丛生的低洼处，每窝产卵5～9枚，淡黄褐色，无斑，孵卵期22天。
血雉，也叫血鸡。体长约40厘米。雄鸟羽衣彩色斑斓。身体上部灰褐色，有白色羽干纹。额、眉纹及在眼下的一宽条纹为黑褐色，上有若干绯红色羽毛；头顶有羽毛向后延伸与头侧向后延伸的羽毛共同形成羽冠。飞羽褐色，有白色羽干纹。尾羽灰白色，尾下覆羽绯红色。上胸为淡灰黄色；下胸和两胁为草绿色；雌鸟体羽主要为暗褐色，具不规则褐斑。嘴黑色。脚绯红橙色。血雉栖息于秦岭的针阔混交林中，以植物种子为主要食物，兼食昆虫。血雉集群生活，随季节垂直迁移。繁殖期在4月下旬至6月份。筑巢于冷杉树木基部的树洞中，以干树叶铺于枯枝上而成。每窝产卵2～6枚，黄白色，有血色斑点。
红嘴相思鸟体长15厘米，分布于我国南方、印度、尼泊尔到越南北部一带。红嘴相思鸟是体色鲜艳的小巧鹛类，具红喙。身体上部为橄榄绿，眼周有黄色块斑，身体下部橙黄。尾近黑而略分叉。翼略黑，颏、喉至胸呈辉耀的黄色或橙色、腹乳黄色。红色和黄色的羽缘在歇息时成明显的翼纹。叫声响亮、欢快悦耳。雄鸟叫声为多音节；雌鸟的叫声为单音节。我们可从叫声、眼周颜色、头顶颜色、胸部红色大小等方面区别红嘴相思鸟的性别。红嘴相思鸟栖居于秦岭常绿阔叶林、常绿和落叶混交林的灌丛或竹林中，在树丛下层，中层或树冠觅食，很少在林缘活动。红嘴相思鸟清晨在沟谷灌丛活动，日出后飞往山坡，在树丛下层觅食。食后喜集群在树顶鸣叫，群体多栖于一枝，相偎相依雌雄形影不离，不甚畏人。每年5～6月，红嘴相思鸟在荆棘或矮树上营巢，产卵3～5枚。卵呈绿白色至浅绿蓝色，散布有暗斑。由于鸟羽衣华丽、动作活泼、姿态优美、鸣声悦耳，颇受人们喜爱。黄腹山雀是秦岭山区常见的山雀，国家邮政局于2004年1月1日发行的第三组《中国鸟》2枚普通邮票中，有一枚即是黄腹山雀为图案的邮票。
秦岭的爬行动物有多疣壁虎、北草蜥、秦岭蝮、白头蝰、玉斑锦蛇、赤链蛇等；两栖动物有大鲵、秦岭拟小鲵、秦岭雨蛙、隆肛蛙、华西蟾蜍、山溪鲵、中国林蛙等。秦岭是动物地理区系中的古北界与东洋界的分界线，栖息在秦岭南坡与秦岭北坡的动物种类有差异，特别是两栖爬行动物。例如，位于秦岭南坡的佛坪自然保护区中，两栖爬行动物以东洋界两栖爬行动物为主。
秦岭邻近中华文明发源地。历史上曾经经历多次兵灾战乱，移民开垦。西周及春秋战国时期，秦岭北坡尚有较丰富的森林。尽管秦岭巴山山区的森林破坏较晚，但由于秦岭临近成阳、长安等古代都城，秦岭成为这些都城的主要建筑用材和薪材的来源地。相对来说，秦岭北坡的森林被破坏的比秦岭以南早。在明、清两朝，秦岭深山处的植被也受到刀耕火种耕作方式的破坏。新中国成立以后，秦岭作为我国的重要林区，建立了一批森工企业，森林被大量砍伐以支持国家的经济建设。20世纪60年代到20世纪末，秦岭林缘退缩了30～50千米，因此导致秦岭中野生动物的栖息地面积减少，支离破碎。现在秦岭的植被以次生林为主。20世纪末，国家组织实施的天然林资源保护工程、退耕还林工程等，为秦岭的植被恢复创造了条件，也为秦岭野生动物的种群恢复与发展创造了条件。
八、物种克隆
20世纪以后，生物技术领域取得了长足的进展。我们已经完成了人类基因组的测序，完成了动物的体细胞克隆。那么，我们能否利用克隆技术来克隆那些数量稀少的濒危动植物呢？
一、克隆技术
克隆指生物细胞以无性的方式重复分裂或繁殖所产生的遗传物质结构完全相同的个体。其实，人们对克隆并不陌生。微生物、植物中无性繁殖是常见的生命现象。克隆是植物繁殖的方式之一，如植物可以插条繁殖，又如可以在实验室里利用试管培养技术，可以用胡萝卜根茎的一个细胞培养成一株完整的胡萝卜植株。生物技术公司即是利用这种方法大量繁殖兰花。这种现象，我们称之为植物的细胞仍具有发育遗传全能性。那么，高等动物的细胞是否也存在这种全能性呢？这正是发育生物学家近一个世纪以来苦苦探索的问题。
高等动物的精子与卵子结合，成为受精卵。受精卵开始卵裂，一分为二，二分为四，逐步发育成为胚胎。人们发现，在胚胎发育的早期，高等动物的胚胎细胞仍存在全能性。例如，利用胚胎早期发育阶段胚胎细胞的全能性，人们从子宫中取出处于早期发育阶段的胚胎，利用机械或化学的方法将胚胎分为多个小块，然后将这些胚胎碎块分别置于不同的动物子宫中妊娠，这些胚胎碎块会发育成完整的胚胎。利用这一技术人们可以迅速扩增优秀的动物基因。我国遗传学家将初级胚胎分解成为单个细胞，然后将这些细胞的核移植到受精卵中，这样可以在一代中，将优良家畜个体复制成数十个。我国在胚胎分割领域中的研究居世界领先地位。
从20世纪30年代起，世界各国的科学家掌握了细胞核移植技术，成功地在两栖动物和鱼类中将受精卵或胚胎的细胞核移植并成功繁殖。但是，科学家们不知道，胚胎发育成为儿、长成个体后，个体身上的单个体细胞是否仍具有发育成完整个体的遗传全能性。一般认为在胚胎发育过程中，动物体细胞的遗传物质发生了不可逆变化，丧失了全能性。但是，1986年中国科学院水生生物研究所研究人员曾利用成年鱼的肾细胞核克隆成功鱼。
二、克隆动物
1997年2月27日，《自然》杂志刊出了一篇文章，宣布在英国的罗斯林研究所伊恩·威尔莫特博士和基思·坎贝尔博士领导的研究组已经成功地利用成年雌性绵羊的乳腺细胞克隆了一头雌性绵羊。这项研究成果轰动了世界，被认为是一项可以与制造原子弹相提并论的重大技术突破，是20世纪生物学最重大的成就，而就其生物学意义而言，证实了成年动物体细胞仍具有发育成完整个体的遗传全能性。
这项工作的过程是这样的：研究人员首先利用生殖激素促使一头绵羊超数排卵，从绵羊的输卵管中将卵泡冲出，取出卵的核，使卵泡成为一个具有细胞质而无细胞核的活性卵泡，然后，研究人员从另一头绵羊的乳腺中取出乳腺细胞，利用电刺激将乳腺细胞和没有遗传物质的卵泡结合。这一卵泡在试管中开始细胞分裂，形成胚胎并开始发育。这时研究人员将胚胎移植到第三只绵羊的子宫中妊娠直至分娩。这样名为“多莉”的克隆羊诞生了。尽管克隆羊的成功率很低，在247个胚胎中只有一个胚胎发育成功，但是，克隆动物具有划时代的意义。它揭开了高等动物能够从组织细胞复制遗传结构完全相同的个体序幕。这项技术应称为体细胞核克隆技术，以区别于其他的克隆技术。
这一生物工程技术有着重大的应用前景。在动物养殖业中，利用体细胞核克隆动物将大量繁殖优秀的动物个体，而不用担心优秀个体的遗传物质在繁育过程中会被其他个体的遗传物质混杂。人工繁育珍稀濒危动物时，应用体细胞核克隆技术将能够复制那些繁殖力低的珍稀濒危动物。现在人们能够对染色体上的基因进行定位，能够用类似外科手术的方法将染色体中的有害基因去掉，也可以人为制造基因缺陷，这种技术称作“基因敲除技术”。更诱人的前景是如果将体细胞核克隆技术和基因敲除技术结合起来，既可以克隆那些剔除了遗传疾病又保持优秀性状的新的动物个体，还可以无性复制那些人工制造遗传缺陷的实验动物，这些实验动物可以作为药学、医学和遗传学实验模型。