位于群山环抱的茶山两北角，有一条漫长的深山狭谷，这里山清水秀，清新幽静，以“世外桃源”而著称。山谷涧有块犹如莲花形状的盆地，四周山峦像一片片盛开的莲花瓣，似是而非地相拥衬托着。莲花清秀而吉祥，是观世音的宝座，所以人们把此地称之为佛界圣地。
相传，早在南宋年间，一位庵主梦见了这块风水宝地荷花盛开，在骄阳下显得更加灿烂洁白，展示着荷花出污泥而不染的风采。这位庵主暗暗自喜，这是观世音菩萨的旨意。于是她在这块风水宝地上建造了庵宇。庵宇落成那天，天空一片慈祥白云，庵主就寓意把此庵命名为慈云庵。
在漫长的历史岁月中，慈云庵历经风雨沧桑的兴衰，至今庵内一口“龙泉古井”尚存，井口石槛上镌刻的南宋年间兴建的文字依稀可辨。清光绪十三年（1897），慈云庵重新修葺落成。庵的大门顶上，由文林郎台州府宁海县正堂加三级记录五次王祈三题写的“梵宇重新”匾额。新中国建立以来尤其是改革开放以来，随着经济社会的发展，这个偏僻山谷涧内的慈云庵也同样得到了快速的发展。现在，慈云庵寺院有100多亩的面积，重修了昔日黯淡破旧的慈云庵宇，陆续兴建了天王殿、药师殿、大雄宝殿、玉佛殿、观音殿、藏经楼和九品佛塔。整个寺院坐落在清秀的山谷涧，气势恢宏，金碧辉煌。新建的大雄宝殿有联云：“云彩霞光逍遥天上不作风波涤尘世：松涛竹韵飘逸山中别有滋味动情怀。”诚如斯言。1989年，慈云庵迎请日本禅林赠送的《大藏经》。1992年又向缅甸迎请一尊1吨重的大玉佛。从而，龙泉古井、缅甸玉佛、日本大藏经成为慈云庵古刹寺院的三大珍宝。慈云庵不仅丰富了佛经宝库，而且提高了古刹梵宇的地位，扩大了社会的影响。1993年，慈云庵被宁海县人民政府批准为对外开放庵。
1989年，慈云庵主持又定大师蒙广东何泽霖居士慷慨解囊和鼎力相助，在慈云庵创办了“宁海慈云佛学院”，成为浙江省禅林首创的一所佛教学苑。嗣后，中国佛教协会会长、著名书法家赵朴初欣然命笔为“宁海慈云佛学院”题写了七个刚健庄重的大字，又为慈云庵增光添彩。佛学院坚持爱国爱教、庄严国土、德修并重、利乐有情的办学宗旨和方针，经过16年的努力奋斗，学院越办越好，名气也越来越大，通过各地的统战部门、佛教协会和寺院的介绍，来自全国19个省市的妙龄秀女纷纷来到了“宁海慈云佛学院”，皈依三宝，虔诚修持佛学。她们每天在山谷涧的佛学院内晨钟暮鼓，青灯黄卷，摩语梵音，真可谓“青丝削尽换袈裟，一片芳心付落霞”。自创办来，“宁海慈云佛学院”为国家佛学界培养出合格僧尼400余人，为佛学事业的发展做出了贡献。
2002年，慈云佛学院投资1 80万元建造了教学大楼，进一步改善了教学条件。随着时间的推移，慈云庵与佛学院在山清水秀的山谷涧，将会成为佛学界一枝独特的灿烂新秀。