1993年初冻结期结束，最高苏维埃宣布解除对直接选举地方行政长官的禁令，选举重新在联邦主体内开展起来，一些州和边疆区也迅速加入到直选行政长官的行列。很快，1993年4月在斯摩棱斯克等八个州及边疆区宣布将同时举行地方长官选举。这些州及边疆区大多属于当地苏维埃影响较大的“红色地带”或俄罗斯远东地区。在这次选举活动中，由叶利钦任命的行政长官几乎都作为候选人参加了该地区的选举，但除克拉斯诺亚尔斯克边疆区外，其他任命的行政长官在选举中全部落选，当选的基本都是苏联时期旧官僚出身的人物。选举结束后，叶利钦根据俄罗斯宪法法院的决定，宣布车里雅宾斯克州的选举不符合联邦宪法和法律，其选举结果无效。十月事件后，叶利钦又以稳定局势为由，下令撤销部分当选地方行政长官的职务，同时委任了亲政府的新的行政长官。1993年12月经全民公决通过了俄罗斯新宪法，新宪法中没有涉及联邦总统任命地方行政长官的内容。根据新宪法第77条第1款，联邦主体的国家权力机关系统，“由俄罗斯联邦各主体依据俄罗斯联邦宪法制度的原则和联邦法律规定的组织国家权力代表机关和国家权力执行机关的一般原则独立确定”。按照这一规定，联邦主体地方行政长官的产生方式应由联邦主体自行决定。但是，由于当时还没有通过相关的联邦法律，叶利钦并没有立即停止任命新的地方行政长官。1994年10月3日，叶利钦签署命令批准并颁布了《俄罗斯地方行政长官条例》。根据这一条例，各边疆区、州、联邦直辖市、自治州和自治专区行政长官的产生有两种方式，或由本联邦主体选民直接选举产生，或由俄罗斯联邦总统直接任命；地方行政长官隶属俄罗斯总统领导的会议咨询性机构——行政长官会议，须对总统负责。叶利钦以此加强了对地方行政长官的控制，地方行政长官直接选举也受到了严格的控制。实际上，从1993底～1996年底的四年中，地方行政长官的产生主要还是实行任命制，叶利钦利用地方行政长官选举制度尚未确立之际，趁机在共和国之外的各主体内任命了一大批亲政府的人，并力争使他们能在以后的地方行政长官选举中获胜。
一些地方政权机关对叶利钦的做法非常不满，他们向联邦宪法法院提出质询，认为叶利钦的总统令违反了联邦宪法，但宪法法院却迟迟没有对这一质询做出裁决。从1994年起，各边疆区、州、联邦直辖市、自治州和自治专区在1993年新宪法的基础上陆续颁布了自己的宪章，宪章中都对直接选举地方行政长官作出了明确规定。一时间，中央与地方在有关地方行政长官选举问题上出现了对立局面。在这种情况下，叶利钦于1995年9月19日发布了《关于联邦主体国家权力机关和地方自治机关选举》的命令，宣布各联邦主体行政长官选举将于1996年12月，即于1996年6月俄罗斯总统大选结束之后举行。一些联邦主体对总统的这一命令仍表示不满意，他们认为中央没有权力规定地方行政长官的选举日期。为了缓和与地方的矛盾，保证1996年总统选举的顺利进行，叶利钦又发布一项命令，表示特许奥伦堡州、坦波夫州、新西伯利亚州、特维尔州等12个联邦主体，于1995年12月举行俄罗斯国家杜马选举的同时，提前举行其地方行政长官选举。其实，叶利钦批准的这12个提前举行地方行政长官选举的联邦主体都是经过精心挑选的，其现任领导人基本上都属于亲政府派，且在竞选中获胜的把握都非常大。选举结果也的确令叶利钦十分满意，在12个当选的地方行政长官中，亲政府派就占了10个。而在此之前，斯维尔德洛夫州未经总统批准，自行决定于1995年8月举行地方行政长官选举。选举中，曾被叶利钦免职的前州长罗塞尔提出“乌拉尔自治”的竞选口号以争取更多选票，在第二轮中最终战胜由叶利钦任命的在任行政长官而当选。
1995年12月5日俄罗斯国家杜马通过了《俄罗斯联邦会议联邦委员会组成程序法》，根据这一法律，从第二届联邦会议起，联邦委员会将由各联邦主体的执行权力机关首脑和代表权力机关领导人组成。同时该法还强调，截止于1997年1月，各联邦主体必须选举出地方行政长官。当时正值总统大选来临之即，叶利钦不愿失去地方势力的支持，因而没有对《联邦委员会组成程序法》予以否决，及时签署并公布了该法律。这一法律的通过表明地方行政长官产生中任命制与选举制并行的时期已经结束，地方行政长官直选制度将在全联邦普遍实行。
1996年上半年，为使地方行政长官选举不与俄罗斯总统选举发生冲突，俄罗斯总理切尔诺梅尔金特意会见部分州长，请求他们不得早于或与总统选举同时举行地方行政长官选举。
为了安抚地方领导人，俄罗斯总统办公厅及联邦政府还与个别地区签署了分权条约，并保证向这些地区提供财政支持。为拉拢部分地方领导人，1996年4月叶利钦否决了国家杜马通过的《关于对选举的社会监督法》，这为个别地方领导人在选举中利用职务之便拉拢选票创造了条件。但是，鞑靼斯坦共和国、莫斯科市和圣彼得堡市仍决定按计划在俄罗斯总统选举前举行地方选举，1996年2月、5月和6月在这三个联邦主体内分别举行了共和国总统（或市长）的第二届直接选举。
1996年下半年，地方行政长官选举全面展开。到1997年底，俄罗斯各联邦主体行政长官基本上都实现了由本联邦主体内的居民直接选举产生，有些共和国和州甚至已经举行了地方行政长官的第三届选举。由于各联邦主体行政长官的选举时间和任期各不相同，所以第二届联邦委员会成员的名单随时都在更换。各联邦主体地方行政长官第二届选举年主要集中在2000年底～2001年初。
地方行政长官的产生由任命制发展到直选制不仅大大改变了地方政权的政治格局，也打破了旧的国家垂直权力体制的基本框架。一方面，各种政治力量和党派积极参与地方行政长官选举，争夺对地方的领导权，以扩大自己的政治影响力，致使地方行政长官选举中的党派色彩越来越突出，其中主要表现为以俄共为首的左派反对派和政权党之间的较量，俄罗斯社会政治生活中常常提及的所谓“红区”、“白区”之分正是这种较量的结果，地方政权的政治格局呈现出复杂化与多样性的特点。另一方面，地方行政长官改由选举直接产生后，中央与地方的矛盾不仅没有消除，相反又出现了新的矛盾。中央失去了对地方行政长官的任免权，同时也失去了协调国家统一权力体系的能力。社会长期政令不畅，地方大多自行其是，难以形成全国统一的经济与法律空间，致使联邦中央推行的多次社会、经济改革计划因贯彻不利而半途而废。近年来，俄罗斯社会要求改变这种现状的呼声越来越强烈。普京上台后，为加强中央权力、整顿社会秩序推出了一系列改革方案，主要内容就是改组联邦委员会的组成方式、建立一套对地方权力机关（尤其是地方执行权力机关）的监督体系。2000年7月7日、19日国家杜马分别通过了《联邦委员会组成程序法》和《俄罗斯联邦主体国家立法与执行权力机关基本原则的修改与补充法》。根据以上法律，联邦委员会成员将不再由各联邦主体行政长官和立法机关的领导人兼任，而改由各联邦主体行政机关和立法机关的代表组成；俄罗斯总统有权按照规定程序解除地方行政长官的职务。这样，地方行政长官的职权范围被严格限定在了管理本地方事务上，并将接受联邦中央的监督。反映在地方长官选举上，该法律无疑对那些过分强调与中央抗衡，主张地方独立的候选人会起到约束作用。
俄罗斯地方行政长官选举制度完全是由各联邦主体国家权力机关自行制定并组织实施的。1995年以后，俄罗斯各联邦主体在其宪法（或宪章）基础上先后制定了自己的地方行政长官选举法，确定了地方行政长官选举的一般原则和程序。根据大多数联邦主体地方行政长官选举法的规定，地方行政长官选举按照普遍、平等、直接和无记名投票的方式，由该联邦主体公民选举产生，任期4～5年，可以连选连任，但不得超过两届。但在莫尔多瓦、达吉斯坦、阿尔泰和乌德穆尔特共和国，其第一任共和国总统都是由该共和国立法机关代表选举产生的。莫尔多瓦从第二任总统开始才改由选民直接选举。在通常情况下，大多数联邦主体都按照差额选举原则，实行两轮选举制，只有印古什、鞑靼斯坦、卡累利阿等共和国允许实行非差额选举，即在选举中只提出一名候选人；阿尔泰共和国实行一轮选举制。实行两轮选举制的联邦主体，一般规定在第一轮选举中获绝对多数选票的候选人当选，如无人获半数以上选票，则在获选票前两位的候选人中举行第二轮选举，其中获相对多数选票的候选人当选。另外，各联邦主体还对选民最低参选率做了明确规定，宣布只有联邦主体25％以上的选民参加选举，选举才被认为有效，否则将举行重新选举。
在对候选人资格的限制上，大部分联邦主体都规定：凡年龄在30岁以上，在本联邦主体内居住满一年的该联邦主体公民均有权被提名为候选人。但有的联邦主体却做出了特殊规定，如在雅库特共和国，总统候选人的年龄被限定在40～60岁之间，而且他必须在该共和国内连续居住15年以上。类似的规定在哈卡斯、阿迪格等共和国选举法中也存在。在候选人掌握何种语言的问题上，绝大部分共和国都强调，候选人必须熟练掌握共和国内“主体民族”（即指该共和国以其名称命名的民族）的语言，尽管某些共和国中“主体民族”的人口并不占多数，如在阿迪格共和国，阿迪格族人只占总人口的1/5。显然，这种规定违法了《俄罗斯联邦公民选举权基本保障法》，对非主体民族的候选人带有某种歧视性质。依据联邦法律，对地方行政长官选举法中某些违反联邦宪法及联邦法律的条款，联邦各级法院或联邦宪法法院有权对其进行审议并做出裁决。其中，一个非常典型的例子就是“有关阿列克谢·列别德候选人资格”一案。1996年12月，哈卡斯共和国举行总统选举时，共和国选举委员会以阿列克谢·列别德在该共和国内的居住年限不足为由，拒绝为其进行候选人登记，列别德遂向共和国最高法院提起诉讼。法院经审议，裁定其有权参加竞选。最后，列别德不仅参加了竞选，而且以绝对多数选票当选哈卡斯总统。近年来，俄罗斯各级法院在地方选举中的地位不断上升，人们普遍对各级法院在地方选举活动中的司法干预持肯定态度，认为这样可以在某种程度上保障地方选举活动的合法性和公正性。