十六国时期在吏治建设方面最有贡献的是前秦。前秦苻坚比较节俭，他即位后“减膳彻悬，金玉绮绣皆散之戎士，后宫悉去罗纨，衣不曳地。开山泽之利，公私共之，偃甲息兵，与境内休息”。苻坚重用汉人王猛，放手让王猛整顿吏治。由于苻坚的支持，王猛敢于打击贵族豪强。特进樊世是氐族豪强，有大勋于苻氏。他负气倨傲，当众侮辱王猛，扬言要斩下王猛之首悬于城门。苻坚发怒，将樊世杀死。又有特进强德，“昏酒豪横，为百姓之患。（王）猛捕而杀之，陈尸于市”。据记载，“数旬之间，贵戚强豪诛死者二十有余人”。经过这番打击之后，“于是百僚震肃，豪右屏气，路不拾遗，风化大行。（苻）坚叹曰：‘吾今始知天下之有法也，天子之为尊也！’于是遣使巡察四方及戎夷种落，州郡有高年孤寡，不能自存，长吏刑罚失中、为百姓所苦，清修疾恶、劝课农桑、有便于俗，笃学至孝、义烈力田者，皆令具条以闻”。《晋书》卷一百十三《苻坚载记上》。史家赞扬王猛道：“宰政公平，流放尸素，拔幽滞，显贤才，外修兵革，内崇儒学，劝课农桑，教以廉耻，无罪而不刑，无才而不任，庶绩咸熙，百揆时叙。于是兵强国富，垂及升平，猛之力也。”《晋书》卷一百十四《苻坚载记下》附《王猛传》。王猛辅助苻坚时期，“整齐风俗，政理称举，学校渐兴。关陇清晏，百姓丰乐，自长安至于诸州，皆夹路树槐柳，二十里一亭，四十里一驿，旅行者取给于途，工商贸贩于道。百姓歌之曰：‘长安大街，夹树杨槐。下走朱轮，上有鸾栖。英彦云集，诲我萌黎。’”《晋书》卷一百十三《苻坚载记上》。一个少数民族政权在中原不但立住足，而且受到百姓赞扬，这实属不易。可惜，为时不久王猛去世，苻坚不听劝告，悍然发动淝水之战，竟自取灭国。
二、北魏的吏治整顿与惩治贪污
北魏建国之前，鲜卑族拓跋部还处在原始社会末期的父系家长制时代，建国前后才开始设官建制，但是官制很不健全，甚至百官都没有俸禄。官无俸禄，在汉族官僚看来不可思议，但是对于拓跋贵族而言却不足为奇。因为，拓跋贵族平时的生活来源，主要依靠驱使部民从事游牧生产；战时的生活来源，便是掠夺财产、牲畜乃至人口。在北魏建国前后的战争和后来统一北方的战争过程中，拓跋贵族积累了大量的财富。汉族士人崔浩指出，北魏在朝群臣及西北守将，随从太武帝灭夏国，破柔然，曾“多获美女珍宝，马畜成群”《魏书》卷三十五《崔浩传》。。而每次大的战役之后，除了自己掠夺外，拓跋贵族们还会得到皇帝的大量赏赐。例如，道武帝攻破铁弗部刘卫辰之后，掳获名马三十余万匹、牛羊四百余万头，随即就赏赐给各级将士与臣子。《魏书》卷二《太祖纪》。而皇帝的这些赏赐其实也都是战争中掠夺来的。总之，在北魏早期，掠夺经济构成了拓跋贵族生活的主要来源。
北方统一之后，战争减少，靠掠夺为生显然行不通了。于是，拓跋贵族的敛财方式就改变为地方官吏侵夺公私财产和朝廷官吏贪赃受贿。北魏前期的侵夺财产和贪赃受贿的事例不胜枚举，而且数额极大。朝廷也意识到这样发展下去，不仅严重影响国家财政，而且会激化民族矛盾和阶级矛盾。太武帝曾经对崔浩说：
“吾行过上党，父老皆曰：公孙轨为受货纵贼，使至今余奸不除，轨之咎也。其初来，单马执鞭；返去，从车百两，载物而南。丁零渠帅乘山骂轨，轨怒，取骂者之母，以矛刺其阴而杀之，曰：‘何以生此逆子！’从下到擘，分磔四支于山树上以肆其忿。是忍行不忍之事。轨幸而早死，至今在者，吾必族而诛之。”《魏书》卷三十三《公孙轨传》。
官僚的贪婪残暴行径，连皇帝都不忍心听说。因此，北魏前期的皇帝都曾下诏，限制官员的搜刮，不许“妄有征发”《魏书》卷四下《世祖纪》太平真君四年六月庚寅诏。，不准官员“求欲无厌”《魏书》卷五《高宗纪》太安四年五月壬戌诏。。朝廷也不断地派遣使者巡行地方，以察举不法官员，但是效果不佳，北魏前期的吏治一直十分腐败。
孝文帝太和年间，拓跋部的封建化过程进入高潮，各项制度的建立与改革提到议事日程上来了。在太和改制中，吏治的整顿是十分重要的内容，它包括班禄酬廉、建立三长和加强官吏考绩三个环节。
太和八年(484年)，孝文帝下诏颁行俸禄。其内容为，按照汉族社会的传统制度，朝廷对各级官员颁行俸禄；俸禄开支由增加户调产生；颁行俸禄之后，贪赃满一匹即处死刑。《魏书》卷七上《高祖纪》太和八年六月丁卯诏。颁行俸禄的意义在于革除了各级官员侵夺财产和贪赃受贿的“合理性”。
三长制是太和十年由汉族士人李冲提出来的，得到孝文帝和当政的文明太后的支持而推行。其内容为：
“五家立一邻长，五邻立一里长，五里立一党长，长取乡人强谨者。邻长复一夫，里长二，党长三。所复复征戍，馀若民。三载亡愆则陟用，陟之一等。”《魏书》卷一百一十《食货志》。
三长制确立以前，北魏在广大中原地区实行宗主督护制，通过地方豪强实行间接统治，其行政权力难以到达基层，而地方豪强则借以巧取豪夺。参见李凭《论北魏宗主督护制》，《晋阳学刊》1986年第1期；《再论北魏宗主督护制》，《晋阳学刊》1995年第6期。三长制确立以后，北魏政府达到了“风教易周，家至日见，以大督小，从近及远，如身之使手，干之总条，然后口算平均，义兴讼息”的目的，从而使“诸州户口，籍贯不实，包藏隐漏，废公罔私。富强者并兼有馀，贫弱者糊口不足”的状况有所改变。《魏书》卷一百一十《食货志》。
孝文帝在太和十五年定官品和太和十八年大规模考核官员的同时，对于以往的官吏考课进行改革，使之制度化，从而规定：每年年终都要对朝廷和地方的官吏进行考核，列出治状；三年一考核，列为上、中、下三等，其上、下二等又分为上、中、下三级；其中六品以下官员由尚书考核，五品以上官员由皇帝会同公卿考核；考后即按等级黜陟。详见《魏书》卷七下《高祖纪下》、卷二十一上《广陵王羽传》。官员考课的制度化，强化了朝廷对官员的管理和任用，利于激励官员的积极性和惩处腐败的官员。
在吏治整顿期间，孝文帝严肃惩处了一批腐败官吏，其中不乏皇亲国戚和封疆大吏，（详见《魏书》卷十九上《京兆王子推传》、《汝阴王天赐传》，卷十九下《南安王桢传》，卷八十九《高遵传》、《张赦提传》）对于各级官员具有极其强烈的震慑作用。因此，史家赞道：“高祖（孝文帝）肃明纲纪，赏罚必行，肇革旧轨，时多奉法。”《魏书》卷八十八《良吏传》序。北魏孝文帝太和改制促进了社会的政治、经济的发展，也促进了各民族的融合。在民族融合的浪潮下，北魏逐渐发展成为拓跋贵族与汉族世家大族联合执政的政权。
太和改制后不久孝文帝就去世了。孝文帝去世后北魏政治逐渐动荡。在汉族世家大族的影响之下，迁到中原的拓跋贵族日益腐化。咸阳王元禧“性骄奢，贪淫财色，姬妾数十，意尚不已，衣被绣绮，车乘鲜丽，犹远有简娉，以恣其情。由是昧求货贿，奴婢千数，田业盐铁遍于远近，臣吏僮隶，相断经营”《魏书》卷二十一上《咸阳王禧传》。。高阳王元雍“总摄内外……岁禄万余，粟至四万，伎侍盈房，诸子珰冕，荣贵之盛，昆弟莫及焉”《魏书》卷二十一上《高阳王雍传》。最典型的莫过于河间王元琛，他曾经声言，“不恨我不见石崇，恨石崇不见我”《洛阳伽蓝记·开善寺》。，石崇是西晋有名的贪官，他穷奢极欲，曾与贵戚王恺斗富，而元琛则以财富超过石崇为豪。他“凭恃内外，多所受纳，贪婪之极。及还朝，灵太后诏曰：‘琛在定州，惟不将中山宫来，自余无所不致，何可更复叙用。’”又，“琛性贪暴，既总军省，求欲无厌，百姓患害，有甚狼虎”。《魏书》卷二十《河间王琛传》。北魏灵太后的荒淫贪婪是有名的，但她对河间王元琛的贪赃居然也看不下去了。更有甚者，北魏后期的卖官鬻爵已经达到公开定价的程度，元晖“迁吏部尚书，纳货用官，皆有定价，大郡二千匹，次郡一千匹，下郡五百匹，其余官职各有差，天下号曰‘市曹’”《魏书》卷十五《元晖传》。
透过上述吏治腐败情况，北魏后期朝政的黑暗也就可想而知，所以在不断的动乱之后最终分裂为东、西二魏。