初置御史台，元世祖对台官说：“卿等既为台官，职在直言，朕为汝君，苟所行未善，亦当极谏，况百官乎！汝宜知朕意。人虽嫉妒汝，朕能为汝地也。”《元史》卷一百六十三《张雄飞传》。可是他并没有信守保护台察官的承诺。阿合马、桑哥等权臣迫害台察官，他熟视无睹；阿合马、桑哥败露后，他又责备台察官失职，对他们进行处罚。参见《元史》卷一百五十一《杜丰传》，卷二百五《桑哥传》。一代名臣廉希宪晚年卧病，当时正是阿合马专权之际，皇太子真金派人问候他，并询问治道，他急切地说：“臣病虽剧，委之于天。所甚忧者，大奸专政，群小阿附，误国害民，病之大者。”元世祖派名医给他治病，服药后能拄着杖站立，世祖很高兴，说：“卿得良医，疾向愈矣。”廉希宪乘机“以医讽谏”：“医持善药以疗臣疾，苟能戒慎，则诚如圣谕；设或肆惰，良医何益。”《元史》卷一百二十六《廉希宪传》。这使我们想到，元世祖曾把御史台比作“医两手的”，可是他容忍阿合马之流恣横敛财，排斥异己，对包括台察官在内的官员们的意见置若罔闻，难怪廉希宪有“良医何益”之叹。元仁宗即位之初，御史中丞郝天挺用鹰扑猎物作比喻，说明台察官的工作必须得到皇帝的支持和保护，否则面对“巨兽”就有捕猎无获、伤及自身的危险。参见《元史》卷一百七十四《郝天挺传》。可惜，多数情况下元代最高统治者不仅没有尽到支持和保护的责任，还时有残害“猎鹰”之举。监察机构的职能很难得到有效发挥。
御史台、行台依法有权纠弹军中非违，除涉及军马数目、边关机密的文书外，军中其他文书都可以照刷，但枢密院、行省总是以涉及军政机密为借口，阻挠台察调阅文书，以便遮藏他们“不依体例，要肚皮，别了圣旨”《宪台通纪》“照刷枢密院文卷”条。，即违背法令、圣旨、贪赃枉法的丑行。
如此则军事领域成为监察不到的死角。阿合马专权理财期间，御史台不经中书省同意不得召见仓库官，也不得“究钱谷数”。
中政院、徽政院、詹事院等东宫、后宫机构，怯薛，宣徽院，甚至诸王投下机构，监察机构对他们的监察职权都是很有限的。如成宗元贞二年（1296年）中政院初建时（时称中御府），皇后懿旨令“文卷休刷者”。大德六年（1302年），中政院官向皇后禀报，省、台不经中政院同意就捉拿本院属下犯罪人员，皇后答复中政院道：“家私的勾当有但属您管着的，省里、台里休问者。这里侧近有的罪过做呵，您问者；外头有的做罪过呵，各路有的廉访司官人每依体例问者。是实呵，您根底文书里说将来者，重罪过的启者，轻罪过的您依体例行者。”《宪台通纪》“照刷中政院文卷”条。就是说只有当中政院属下犯罪事涉院外时，廉访司官才能过问，但还没有裁决权，依然由中政院官裁决，严重的交由皇后裁决。见《宪台通纪》“照刷徽政院文卷”条。元仁宗皇庆元年（1312年）正月所颁圣旨说：“内外委付着的近行的每，自己其间影蔽着系官钱粮剋落了的、做无体例勾当的每根底，‘不教御史台官人每问，他每自己其间里问’。么道与来的执把圣旨，革罢了者。”“近行的每”是指怯薛，他们奉旨办差，违法乱纪，却因手持“他每自己其间里问”的谕旨，御史台奈何不得他们。这道圣旨下令台察官“应有印信衙门的文卷，依例照刷者”，《宪台通纪》“命塔思不花塔失海牙并为御史大夫制”条。赋予监察机构审阅各类官府文书的职权。掌管已故帝后影堂祭祀的会福院辖下襄阳营田提举司，“那里官吏每为不刷他们文卷的上头，恣意做无体例勾当，要肚皮，好生害百姓有”。仁宗延祐三年，御史台奏请“似这营田提举司一般衙门的文卷，依例教廉访司照刷”，《宪台通纪》“照刷营田提举司文卷”条。
此等官司才纳入监察机构的监察范围。掌管皇宫饮食、内务的宣徽院，“收支钱粮浩大，本院并司属俱有印信，在前，他每指以大锅子茶饭为由，朦胧奏罢，不曾照刷来。因着这般上头，出纳无法，侵欺作弊，蠹耗了财物有”。直到文宗至顺元年（1330年），御史台方奏准照刷宣徽院部分文卷，至于“内府大锅子饮膳茶饭酒醴遵依世祖皇帝定制”，《宪台通纪》“照刷宣徽院文卷”条。据《元史》卷三十四《文宗本纪三》，至顺元年六月，御史台奏请如旧制，宣徽院钱谷出纳如实呈逆省、部，以备考核。如此则宣徽院文卷原来曾呈送中书省、户部。
御史台仍然无权过问。掌管诸王府事务的内史府，则直到顺帝至正六年（1346年）监察御史才开始照刷其文卷。见《宪台通纪续集》“照刷内史府文卷”条。
官场腐败成风，风宪官吏也不可能出污泥而不染。贪污受贿、公报私仇屡见不鲜。至元十五年（1278年），江东道按察使阿八赤向宣慰使吕文焕索贿金银器皿、宅舍及奴隶等，遭拒后诬陷吕文焕私藏兵器，后经行台大夫相威审理，察实诬枉，免阿八赤官。参见《元史》卷十《世祖本纪七》至元十五年五月。至元末年，江西、河东廉访司官被查实“擅纵盗贼，抑夺民田，贪污不法”（《元史》卷一百七十三《崔彧传》）。英宗批评御史台选人不当，“向所劾者，率因宿怨，罗织成狱，加之以罪”《元史》卷二百七《铁失传》。。文宗至顺二年（1331年），查处前闽海廉访使卜咱儿受赃合钞二万二千余锭，金五百余两，银三千余两，接受馈献人口二十二人，以及众多的珍珠宝货。参见《元史》卷三十五《文宗本纪四》至顺二年三月。元朝后期的许有壬说廉访司吏员，“挟司官之势，凌侮吏曹，俯视官府，擅立威权，恐喝有司，嘱托公事，附带买卖，影蔽富民”《至正集》卷七十四《公移·风宪十事·冗食妨政》。又如元制规定，立功之人补官，必须经由监察机构“体覆”牒文，但“宪使招权，非得数千缗，不与行遣。故有功无钱者，往往事从中辍”《草木子》卷三上《克谨篇》。。元末明初人叶子奇说：“自秦王伯颜专政，台宪官皆谐价而得，往往至数千缗。及其分巡，竞以事势相渔猎，而偿其直，如唐债帅之比。于是有司承风，上下贿赂，公行如市，荡然无复纪纲矣。肃政廉访司官，所至州县，各带库子检钞称银，殆同市道矣。”《草木子》卷四下《杂俎篇》。
廉访司官分巡州县，例由各地弓兵用旗帜金鼓迎送，而解送杀人强盗也用金鼓，后来“风纪之司，赃污狼藉”，民间便流传着“解贼一金并一鼓，迎官两鼓一声锣。金鼓看来都一样，官人与贼不争多”的讽刺诗。《草木子》卷四上《谈薮篇》。朝廷派出的奉使宣抚，如至正年间的江西福建宣抚使，当地百姓恨之入骨，作歌谣鞭挞之曰：“九重丹诏颁恩至，万两黄金奉使回。”“奉使来时惊天动地，奉使去时乌天黑地。官吏都欢天喜地，百姓却啼天哭地。”“官吏黑漆皮灯笼，奉使来时添一重。”《南村辍耕录》卷十九《阑驾上书》。担负经济审计工作的“钩考钱谷”官也是“公取贿赂”。《元史》卷十六《世祖本纪十三》至元二十八年十二月。这样的监督监察官对惩治腐败不但无益，反而有害。
第三节执法不严、任情用法纵容腐败
贪赃枉法的官吏往往通过贿赂、结交权贵逃避惩处。至元后期桑哥当政期间，桑哥旧人、大都路总管府判官萧仪犯贪赃死罪，桑哥说他曾“钩考”万亿库，有理财之能，其才其功足以赎死，元世祖曲从桑哥，只免官，处以杖刑。参见《元史》卷十五《世祖本纪十二》至元二十六年二月。大都路总管沙的坐赃当罢，成宗因为他是亲近故臣之子，特别减免其罪，官任原职，御史中丞崔彧进谏，成宗塞责，只是让省、台训诫沙的而已。参见《元史》卷十九《成宗本纪二》大德元年十一月。部分“受赇为监察御史所劾者，狱具，夤缘奏请，拖言事入觐，以避其罪”。《元史》卷二十二《武宗本纪一》大德十一年六月。他们入京后结交近臣，贿赂权贵，希冀免罪。元仁宗时，御史台臣反映“比者官以幸求，罪以赂免”，奏请“犯赃罪已款伏及当鞫而幸免者，悉付元问官以竟其罪。其贪污受刑，夺职不叙者，夤缘近侍，出入内庭，觊幸名爵，宜斥逐之”。《元史》卷二十六《仁宗本纪三》延祐六年九月。仁宗延祐年间，上都富民张弼杀人系狱，贿赂丞相铁木迭儿求免，铁木迭儿威逼利诱上都留守放人。御史中丞杨朵儿只等查清铁木迭儿受赃事，上奏，仁宗下令抓捕，铁木迭儿畏罪潜逃太后宫中。太后庇护他，传令不再追究。仁宗碍于太后情面，只是免其相职而已。参见《元史》卷一百七十九《杨朵儿只传》。同卷《贺胜传》所载张弼事，与之不同，但铁木迭儿受赃属实。参见卷二百五《奸臣铁木迭儿传》。元朝的皇帝、太后、皇后、王公贵族根本不把法律放在眼里，总是凌驾于法律之上，按自己的好恶、亲疏任情用法。元世祖时，江淮行省宣使郄显、李兼投诉本省平章政事忙兀台不法行为，世祖不仅下令不得讯问忙兀台，竟然把二人交给忙兀台审讯，在行台监察御史申屠致远的坚持下，二人才由死刑改为从军自赎。参见《元史》卷一百七十《申屠致远传》。
曲赦过宽过频，事实上也纵容腐败滋长。元朝崇尚藏传佛教，皇室、贵族、官僚请僧徒作佛事（号称好事）之风盛行。作佛事求福辟邪，照例要释放囚徒。武宗即位后，中书省臣奏禀：“自元贞以来，以作佛事之故，放释有罪，失于太宽，故有司无所遵守。今请凡内外犯法之人，悉归有司依法裁决。”《元史》卷二十二《武宗本纪一》大德十一年十二月。武宗口头上答应，实际上借佛事赦免有增无已。有的官僚贵族犯法，为逃避惩罚，就结交诸王、近侍或佛僧乞请作佛事，获得赦免。史载“自至元三十年间，醮祠佛事之目，仅百有二。大德七年，再立功德司，遂增至五百有余。僧徒贪利无已，营结近侍，欺昧奏请……又每岁必因好事奏释轻重囚徒，以为福利，虽大臣如阿里，阃帅如别沙儿等，莫不假是以逭其诛。宣政院参议李良弼，受赇鬻官，直以帝师之言纵之。其余杀人之盗，作奸之徒，夤缘幸免者多”。《元史》卷二百二《释老传》，参见卷一百三十《不忽木传》。佛事之外的各种赦宥接连不断。如武宗至大元年（1308年）正月初一，“曲赦御史台见系犯赃官吏，罪止征赃、罢职”。《元史》卷二十二《武宗本纪一》至大元年正月。
贪官污吏往往“今日斥罢于东，明日擢用于西，随仆随起，此弃彼用，多方计置，反得美官。相师成风，愈无忌惮”（《雪楼集》卷十《奏议存稿·吏治五事·置贪赃籍》）。曾任浙西道提刑按察使的弘吉烈带阿鲁灰犯赃罪被罢免，成宗即位后遇赦免罪，并被任命为河西陇北道肃政廉访使，这实际背离了世祖朝制订的台察官受赃“经赦不赦，经减降不减降”《宪台通纪》“台察咨禀等事”条。，“台察官吏但犯赃呵，永不叙用”《宪台通纪》“台察官吏犯赃加重”条。的法令。成宗即位后任命也的迷失为东昌路达鲁花赤，中书省提出异议，说此人以前任本路达鲁花赤时犯法多达五百多条，不应该再任，成宗不听，硬要“姑试之”。又有大德七年（1303年）被任命为中书右丞的洪君祥，监察御史说此人以前任职宥密（或指枢密院），以贪贿罢黜，不应居宰执，成宗不听。参见《元史》卷十八《成宗本纪一》至元三十一年七月，卷十九《成宗本纪二》大德元年十一月，卷二十一《成宗本纪四》大德七年三月。仁宗延祐年间，内外监察御史四十多人弹劾右丞相铁木迭儿奸贪不法，仁宗欲治之罪，因太后庇护而不能，仅罢其相职。在太后的要求下，铁木迭儿不久出任太子太师，内外监察御史四十多人反对未果。仁宗崩，太后再任铁木迭儿为右丞相，并下令禁止内外官员非议铁木迭儿。他疯狂报复曾经弹劾过自己的官员，矫命杀害前御史中丞杨朵儿只、中书平章政事萧拜住、上都留守贺伯颜。参见《元史》卷二百五《铁木迭儿传》。最高统治者实际成为贪赃枉法的贵族官僚的保护人，贪官们自然肆无忌惮。
元世祖时期制订的官员迁转法，始终没有得到认真执行。各级官府视解由为文具，通统作弊，无论良莠，解由内千篇一律是好话。省、部官员或因循苟且，只按官员历官岁月迁转。加之奔竞之风盛行，买官卖官，以价论官。如元世祖时期，权臣阿合马、桑哥相继专权，“怙势卖官，不别能否，止凭解由迁调，由是选法大坏”《元史》卷十八《成宗本纪一》元贞元年二月。。武宗即位后，一面是中书省、御史台奏请厘清选法，事权归一；一面是武宗新立分管理财的尚书省，许其自举官属，另开选门，扰乱中书省的铨调工作。而皇帝钦定的“别里哥选”，也多有弊端，任情用人、用非其人的情况相当严重。武宗即位后，中书省臣反映：“两宫近侍迁叙，惟上所命。比有应入常调者，夤缘骤迁；其已仕废黜及未尝入仕者，亦复请自内降旨。”《元史》卷二十二《武宗本纪一》大德十一年九月。这种情况在元朝始终是存在的。用人中的不正之风，是政治腐败的重要表现，也是官吏贪赃枉法痼疾难祛的重要原因。