祭祀作为书院的三大功能之一，是书院对生徒进行道德教育的重要途径。书院的祭祀活动不能简单等同于宗教或者迷信活动，因为它有着多方面的教育意义，教育后人不能忘本、不能忘恩是国家知识分子对自身传统的认可与宣传。书院祭祀是进行德育的一种重要途径。
1、书院祭祀的形成原因
古代学校的祭祀来源于社会广泛的亲族血缘祭祀。古代的中国是根基于小农经济、以血缘关系为纽带、以儒家伦理道德为指导的宗法社会，“伦”是等级类别之间的礼仪次序，要让人懂得“夫子之道，君臣之义”就要首先从“宗庙之事”做起。祭祀起初最突出的一个特点就是强调家庭，强调尊崇祖先。祭祀，古代人祭天、祭地、祭先农、祭五岳，还要祭祖宗、祭孔子、祭关公以及所有人们崇奉的历史人物。
中国古代传统思想和文化是书院祭祀形成的历史原因，而反过来，书院祭祀本身也已经成为中国古代庞大的祭祀体系与独特的祭祀文化中不可缺少的组成部分。书院祭祀一方面是为了祈求书院的繁盛，另一方面是为宣扬先圣先师的恩德。
2、古代书院祭祀功能的发展历程
儒家传统教育历来都十分重视礼仪规范。《礼记？祭统》认为：礼是治国安邦的重要手段，礼有五类，其中最重要的是祭礼。古代书院基本上就是以传播儒学为宗旨的，古代学院非常重视祭祀的作用。书院祭祀的起初形式是古代学校的释奠与释菜典礼。所谓释奠，是指古代学校设置酒食祭奠先圣先师的典礼。
所谓释菜，也是古代学校入学时祭奠先圣先师的礼仪，但是地位比释奠低一些，一般在开学或祭器成时举行。释奠和释菜自古就包含祭祀“先圣先师”的内容，先圣先师就是指德行高洁者，起初指周公与孔子，后来主要指孔子及其各代有名的圣哲和儒学者。从宋代开始，书院依据古代学校的释奠和释菜，也开始进行祭祀活动，主要也有释奠和释菜两种仪式。但是在祭祀对象上，宋代书院则与古代学校拜祭孔子与四圣有一定的差别，逐渐形成自己的祭祀特色。南宋以后，孔子以及四圣在书院祭祀中的地位逐渐下降，而同时与书院本身相关的人物地位逐渐得到上升。到了清代，书院将“立功、立德、立言”作为选取供祀对象的标准，祭祀对象多元化。纵观汉至清末各个朝代，我们都可以看到，祭祀是中国古代学校的重要活动，与学校本身相始终。
3、书院祭祀的对象
书院的祭祀对象包括先圣、书院的功臣、先儒、有名气的地方官或者乡土贤士还有祖先，其中祭祀祖先是清朝末期出现的。因此可知，书院所祭祀的人并非泛泛之辈，全都是“有德”、“有功”、有影响力的人，也就是那些曾为书院立功、立德的先贤先师。这些人从某种意义上讲是整个社会文化学术的带头人，但是他们并不是同宗同姓，他们属于整个社会，不方便在某个家庭进行祭祀，然而他们又是思想的指导者和行为的标准，因此需要在学校与书院这种教育性的文化机构中进行祭祀。
先圣主要就是指孔子以及他的门徒。比如岳麓书院建有文庙，主要就为祭祀孔子，孔子左右边有孟子、子思、颜回 和曾参的画像。这体现了各书院对儒学渊源的高度重视。书院的功臣主要包括书院的开创者、各代主持学院的贤人以及其他有功之人，明朝重新修建白鹿洞书院最早设立先贤祠，祭祀开洞之人李渤等人。岳麓书院则供祀周式等对岳麓书院具有开创性贡献的人物，这些人的努力使得岳麓书院声名远扬。
先儒是指与书院有渊源关系的学术大师也包括受到书院尊崇的学术代表人物。比如，宋代理学非常盛行，因此宋代书院多供祀周敦颐、程颢、程颐、朱熹、陆九渊等理学大师。各书院还有它们各自特有的供祀对象，一般是本书院的创始人或与该书院有密切关系的代表人物，以表明或保持该书院的学派特点和学术特色，如白鹿洞书院祭祀朱熹，象山书院祭祀陆九渊。
有名气的地方官是指那些为书院发展作出过突出贡献的官员，此类地方官员或许是造福一方，受到民众缅怀的人，或官员本身就是儒学大师，关心教育发展，促进书院的发展。
比如江西濂溪书院祭祀理学大师周敦颐，因为他曾经在这个地方做官，受到老百姓的爱戴。乡土贤士是指在当地有影响力的贤士。岳麓书院祭祀屈原，南昌豫章书院也有乡贤祠专门用来祭祀乡土贤士。
4、书院祭祀的意义
一般官办的学宫必有单独专门设立的的文庙，但是民办的书院不够资格专设文庙，就只好在书院中设置一殿堂祭孔，只有个别的大型书院才有专设的文庙，如岳麓书院是全国闻名的最大书院之一，而且它历朝历代都受到皇帝的恩宠，所以它建有专门的文庙。然而，可以与岳麓书院齐名的江西白鹿洞书院等都没有专设的文庙，只能在书院中设有祭祀的祠堂。然而无论有没有专门的文庙，书院的祭祀功能对于整个社会都是意义巨大的。
首先，它从感情上培养诸生对“先圣先儒先贤”德业的崇敬和敬仰，向他们表达仰慕之情，继而以先圣先贤的道德人品为楷模，以他们为榜样，树立向他们学习的志向。
宋代理学家把孔孟思想奉为崇高，着眼于心性义理的探求，把道德培养放在培养人才的首位，启迪学子们勤奋研读儒家经典。因此，诸生徒往往会要求自己做一个情操高雅的贤人。另外，书院将功臣等放在祭祀的行列，宣讲他们的事迹，让生徒了解到创办书院的艰难，进而会更加努力学习，以不负先辈育人养士的苦心。这种典型模范的教育方式在今天仍是值得我们学习的。
其次，祭祀活动可以通过对贤人的歌颂，来改变偏僻落后地区的状况，加快他们文明开化的进程。祭祀活动的规范化与程序化为下层人物提供文化熏陶。在落后地区创办书院，祭祀先儒、先贤，必然会教育当地的老百姓，开启他们闭塞的心扉，这是促进他们文明开化的有效方式。尤其是边远地区社会情况比较复杂，天高皇帝远，朝廷很难对这些地区进行有效的管理，书院祭祀就承担了一定的社会劝说功能，用儒家文明对他们实施教化，用礼来约束人们，有利于保持社会和谐稳定。另外，书院祭祀逐渐促使各民族对中华民族形成认同感、归属感，相成相同的价值观，有助于民族感情的融洽，为后来中华民族的团结奠定坚实基础。
再次，书院祭祀还可以帮助学术的传承。书院一般具有学派性，一代宗师创立学派。他自己或者他们的门徒往往会建立书院以宣扬传习本门学派的学说，供祀本学派的祖师。书院学子长期通过祭祀仪式，就会自然容易产生对集体的认同感，产生对本门学派的认可与自豪，从而产生学术派别的一种向心力、凝聚力。这种认同感又会反过来刺激学子对学派的发展作出贡献。书院祭祀在传承学术的同时还造就了一种厚重的文化传统。简单的说，祭祀虽然只是一种文化现象，但在书院1000多年的历史发展过程中，它在一代一代不断的传承中，一种极具凝聚力和亲和力的文化心理和文化性格便在师生认同中孕育而成，这是书院独有的文化精神。象山书院主张陆九渊学说，直至明代，书院依然祭祀陆氏兄弟。明景泰四年（1453年），书院重建告成，大堂中仍设陆九渊、陆九龄、陆九韶三先生供像。岳麓书院则一直祭祀朱熹、张栻，直至清末。
“道南祠”建于明朝万历三十二年，是东林书院祭祀东林书院创始人杨时的祠堂。名称的来历就是杨时一次南归时，他的老师陈颢目送他，说：“吾道南矣。”祠名“道南”，一为纪念，一为表示继承学脉传统。道南祠除祭祀历代东林先贤人物之外，“道南祠”的前堂在清代也是开习举业后考课生员的地方。
最后，书院祭祀又是一种乡土教育，古代学徒都会讲究乡土情谊，联络地方感情。众多的乡里书院、家族书院的祭祀会拉近士子们与乡绅乡贤的距离。在他们这种对共同的先辈的顶礼膜拜的过程中，士子们的家族感情、乡土情谊被进一步巩固。书院祭祀并不是孤立的，它和祭祀神社、祭祀祖坟交织在一起，人们从小在这种浓重的乡土观念的氛围中熏陶成长，增进了对家乡人文历史的了解，增强了对乡土的热爱和自尊感。因此中国人在感情上对家乡有着千丝万缕的眷恋，怀恋家园，这种对家乡的依恋的感情的升华就是对祖国的热爱与报效精神。
祭祀是古代学校与书院的头等重要的活动，是与学校本身相伴始终的。书院祭祀随着自身的衰落、书院的改制和近代教育的出现而逐步消亡。人们越来越倾向于把它当做封建社会迷信的垃圾扔到一边，不屑一顾甚至强烈加以批判。然而，辩证地来看，书院祭祀是有一些弊端，但是它们是一种环境熏陶的教育、一种感性的体会、一种榜样的力量，是进行德育的有效途径。如果我们留心国外当今的教育，就会发现有的教育活动与我国历史上的书院祭祀十分相像。如英国、法国、日本等国家非常重视纪念馆的教育功能，对学生而言，参观纪念馆是必不可少的教育活动，感官和思想的多维冲撞将对教育达到更好的效果。这一切都足以引起我们的反思：我们在高呼改革教育体制，学习国外先进教育教学理念的同时，对本国悠久历史文化传统的精华是否也已经忽视？当前学校道德教育的困惑和缺失能否从古代传统教育中得到启发？在现代文明中，如何发扬民族的文化传统，增强民族认同意识，以防止外国的软实力入侵？如何在学校的教育过程中采取有效的教学方式，充分营造、有利的环境条件，防止学生道德失范，提高对学生道德教育的实效性？这些都是我们应该给予充分重视的问题。中国现代孔子祭典的复兴说明了祭祀本身并不是万恶的，是具有充分的教育和启示意义的，有利于增强软实力，弘扬中国儒家文化传统。