“雅巴”冲突，支付宝单飞
在杨致远主政雅虎期间，他确实践行了自己的承诺，基本没有干预阿里巴巴的运营，而且在公开场合他与孙正义从来都是赞扬与支持马云的。这在很大程度上减轻了马云因股份稀释而对阿里巴巴控制权产生的担忧。
2008年，微软公开出价，险些收购了雅虎，着实令马云惊出一身冷汗。如果微软实现了对雅虎的收购，雅虎所持有的阿里巴巴股权则可能发生很大的变数，阿里巴巴董事会也可能因此而改组。
2009年1月，由于雅虎的业绩远未达到华尔街的期望，杨致远被迫辞去雅虎CEO一职，由卡罗尔·巴茨（CarolBartz）接任。自此，虽然杨致远依然留在雅虎董事会，并且依然是雅虎派驻在阿里巴巴董事会的代表，但是阿里巴巴与雅虎之间的蜜月期已经结束，马云与雅虎之间的矛盾也日益公开化。
关于马云与巴茨的交恶，传得最多的一个段子是：巴茨上任之初，马云携管理层前往美国拜访，巴茨当面指责马云没有把雅虎中国做好，损害了雅虎的品牌声誉。
想想也是，阿里巴巴B2B、淘宝网和支付宝是马云的亲儿子，雅虎中国只是马云收养的干儿子，马云的主要精力当然是花在自己的亲儿子身上，他要的只是雅虎的资金、搜索技术以及品牌影响力，怎么可能花大力气去打理雅虎中国的具体业务呢？
况且，与马云、杨致远同是华人相比，马云与巴茨之间总隔着那么一层文化背景障碍，也就不易于有顺畅而深入的沟通了。
随着马云与雅虎关系的恶化，马云公开表达希望回购雅虎所持阿里巴巴股权的愿望。2010年5月，在香港召开的阿里巴巴B2B公司的股东大会上，阿里巴巴CFO蔡崇信就表示，只要雅虎愿意，阿里巴巴愿意回购其所持有的阿里巴巴集团全部股份。
甚至双方还真就股权回购一事坐下来谈判过，据说马云方面为了表达其诚意，还特意设计了一套有利雅虎避税的方案，但雅虎却反过来提出阿里巴巴无法接受的条件，最终双方不欢而散。其间，各种大型PE游说马云联手反收购雅虎的传闻更是不绝于耳。
随着2010年10月的到来，马云此前在雅虎入股阿里巴巴集团时，所设置的包括投票权、董事会席位、CEO的任免等一系列有利于马云的控制条款都统统失效。其中最为关键的是，雅虎将有权增派一位代表进入阿里巴巴董事会，而且很可能就是雅虎CEO巴茨本人，以取得与马云管理层相等的董事会席位。
如果雅虎真的行使自己的权利，马云管理层在阿里巴巴董事会中，只拥有五席中的两席，投票权雅虎单家拥有40%，而马云只拥有31%。因而，无论是从股权、董事会席位还是投票权来看，马云皆处于绝对劣势，这对马云来说决不是什么好消息。
所幸的是，可能预料到增派董事成员会引发马云的不合作，以及马云在阿里巴巴不可替代的精神领袖地位，巴茨并未依据条款行使权利，而是温和地表示支持马云及其团队。
而马云在2011年年初接受媒体采访时，也的确做过强硬表态，“外界说2010年10月份（雅虎会行动），现在都1月份了也未见动静。（美国雅虎）即使派十个董事进来，不还是按照正确的事情做？你不派董事进来，我也会听你有没有道理，如果没有道理，一万个董事都没用”。
出乎外界意料的是，2011年5月—2011年6月雅虎与马云管理层之间爆发了最为严重的冲突。
2011年5月10日，雅虎发布了一纸令整个华尔街哗然的公告：马云将支付宝从阿里巴巴集团转移到了马云与谢世煌（阿里巴巴创始人之一）二人设立的“浙江阿里巴巴电子商务公司”（马云占股80%、谢世煌占股20%），而作为阿里巴巴大股东的雅虎，对于马云转移支付宝的行为毫不知情。消息爆出，雅虎股价应声下跌7.3%。
雅虎公告的言外之意是，马云转移支付宝并未获得阿里巴巴董事会的授权许可，因为代表雅虎的董事会成员杨致远对此事并不知情。这在华尔街看来，是严重违背公司治理规则的。
2011年5月13日，雅虎再次向《华尔街日报》等美国主流媒体发布消息，称支付宝的总转让价格为3.3亿元人民币，其中2009年6月转移70%的股权，2010年8月转移了剩余的30%股权。
此消息一出，美国舆论几乎是一边倒地抨击马云“窃取”支付宝。众所周知，支付宝在中国第三方支付市场占据着50%的市场份额，据业内的保守估值也值数十亿美元，现在却被马云以3.3亿元人民币的价格纳入私人囊中，几乎无异于是“偷”了。
关于此次支付宝的转移，有个关系密切的背景：2010年6月，中国人民银行出台了《非金融企业支付服务管理办法》，规定从事第三方支付的企业必须向央行申请许可证，且申请者必须是“境内依法设立的有限责任公司或股份有限公司”，而对于有外资成分企业的牌照申请则“由中国人民银行另行规定，报国务院批准”。央行政策的言外之意是，申请牌照者最好是内资企业，外资企业要按“另行规定”报批，而这个“另行规定”当时并未出台。
阿里巴巴集团一直由外资控股，且雅虎是第一大股东。而两年来马云又与雅虎屡曝分歧，马云一直在谋求从雅虎手中回购股权，以重新获得控股权以及对企业的绝对控制权。
于是，“支付宝事件”很自然地被外界解读成了“马云借助央行禁止外资的政策机会，以极低的价格私自将支付宝转移到自己私人腰包，进而增强自己与雅虎谈判股权回购的筹码”。
面对雅虎及美国媒体的发难，2011年5月14日，马云在香港召开的阿里巴巴B2B公司股东大会上回应称，转移支付宝“100%合法透明”，并且雅虎一直都是知晓的。而在6月2日，前往美国参加第九届数字大会期间，马云又首度承认支付宝的转移由管理层单方面实施，但强调这是在告知股东后股东不置可否的情况下进行的。
在舆论上，雅虎已经先发制人置马云于不利局面，而马云这种前后矛盾的回应，无疑强化了外界对他的质疑。6月12日，知名传媒人胡舒立的《马云为什么错了》一文，直指马云违背契约精神，将外界对马云的质疑推向了高潮。这一次，一直声誉良好的马云，遭遇了创业以来最为严峻的道德质疑。
其间，巨人网络董事长史玉柱发了一条力挺马云的微博：
恭喜支付宝回归中国。阿里巴巴集团年流水达2万亿元后，集团控股权如果仍在美国人和日本人手里，就涉及中国国家安全问题了。现在就该逼美国雅虎和日本软银向中国政府和企业卖部分股权，如果不卖，就该流氓点，所有新增业务不再放入雅虎和软银控股的集团公司，建议马云做个“爱国流氓”。
然而，史玉柱这条微博不但未能解救马云，反倒起了“火上浇油”的作用。鉴于史玉柱与马云良好的私人关系，他被外界视作知晓内情的人。而史玉柱的这番言论，显然是拿“爱国论”做了违背契约的挡箭牌。如此看来，马云违背股东契约似乎是铁板钉钉的事情了。
面对如潮水般涌来的质疑声浪，马云无法再淡定下去。
6月13日马云从美国回来之后，立刻决定第二天召开媒体沟通会，将事情的原委彻底公布。当着近百家媒体的面，在持续近三个小时的时间里，马云将事件的背景以及与雅虎、软银之间的交锋做了完整的陈述及问答。
马云在媒体沟通会上最终明确了以下几个关键点：
其一，从央行决定要监管第三方支付业开始，此后的数年时间里，由于政策走向不明朗，阿里巴巴集团每次召开董事会都必定要讨论支付宝如何获取牌照的问题。并且在2009年7月24日，阿里巴巴集团董事会即授权给管理层，将支付宝股权变更成内资持股，以便取得支付牌照。这一点有当日的董事会纪要为证，所以支付宝股权转移绝非雅虎宣称的“不知情”。
其二，支付宝股权转移至纯内资的“浙江阿里巴巴电子商务公司”的同时，后者仍由阿里巴巴集团进行协议控制，这样支付宝就形成了“表面内资持有、实际外资控股”的结构（关于“协议控制”结构，详见本章文末附文《“VIE”科普》）。因此，转移股权所发生的3.3亿元交易，仅仅是“协议控制”架构安排下的一个环节，而不是雅虎误导外界所理解的“马云私下购买支付宝的对价”。
其三，2011年第一季度，央行在发放第三方支付牌照的前夕，向所有申请者发函询问是否有外资控股参股（包括协议控股），若有，必须申报；若没有，则需做书面声明并加盖公章。
其四，马云曾在董事会上提出终止协议控制结构，因为他对政策理解是，央行不允许协议控制。而孙正义（软银方面代表）与杨致远（雅虎方面代表）不同意，认为协议控制可行。马云说道：“我们（为支付宝的事情）争争吵吵，原则上我必须坚持按照国家法规办事，他们（雅虎、软银）认为中国所有的法规都是可以绕开的，没有什么绕不开的。”
其五，考虑到政策风险，马云在申报的前夜，单方面终止了协议控制，以100%内资的方式申请支付牌照，从此浙江阿里巴巴电子商务公司与阿里巴巴集团没有了任何控制关系。而且在终止协议控制的第二天，马云召开董事会告知雅虎及软银两大股东，并提出谈判解决补偿问题。
至此，马云与雅虎、软银两方的核心分歧浮出水面：雅虎与软银希望以“协议控制”的方式绕过监管获取牌照；而马云认为“协议控制”模式获取牌照是违规的，特别是第三方支付业属特殊的金融行业。
对于此次支付宝事件，马云最终的结论是：“不完美但唯一正确”。他所说的“不完美”指的是，单方面取消协议控制有违约之嫌；他所说的“唯一正确”指的是，100%遵守了国家法律。
三方博弈，结局跌宕
对于雅虎与马云之间的此番肉搏，著名天使投资人薛蛮子在微博中做了一番颇具调侃的分析：
遥想当年孙正义识拔马云于草根之中，给钱、给支持、给态度，是名副其实的伯乐。在孙的斡旋下，雅虎出了10亿美元加上雅虎中国全部资产前所未有地放弃控股，只占阿里小股东身份。马云和管理团队在互联网的冬天里得到大发展。
马云不负孙之大信与期望，淘宝完败易趣，支付宝横空出世一统江湖，最具挑战的阿里巴巴B2B也被马兄在香港上市。马之战绩应超过孙先生和雅虎的预期了。阿里数年内羽毛丰满，卓然中国电商一座大山，而雅虎经过谷歌、Facebook挑战，其地位一落千丈。当年小弟弟长成大爷，而雅虎这当年全球互联网第一品牌变成小三。
事到如今，双方形势改变。阿里的股份是雅虎最有价值的部分，所以视如拱璧。而马云和管理层在阿里其他部门上市或者整体上市前，恐怕身不由己地希望自身的价值最大化。支付宝第三方支付平台执照发放就成了双方博弈的焦点。
马云意在从雅虎手中回购阿里巴巴集团股权，以重获控股权，并彻底掌握阿里巴巴集团的战略方向控制权；而对于日薄西山的雅虎来说，阿里巴巴集团的股权成了雅虎含金量最大的一块资产，决不可能轻易脱手。
原本马云想回购股权，如果雅虎死活不卖或者开出高得离谱的价钱，马云也没辙。然而因为支付宝牌照的发放，央行支付牌照政策的模糊性，使得双方的博弈产生了变数。