在他看来，罗哈斯能力强，精力旺盛，是个受欢迎的政客。与上了年纪乏味无趣的奥斯梅纳是鲜明的对比。如果不是罗哈斯通敌的污点太大，他肯定可以成为菲律宾独立后一位更好的总统。尽管罗哈斯当过劳雷尔的粮食部长，但麦克阿瑟相信他绝对和日本人有某种合作。
读者可能还记得1943年5月，奎松曾请求他的私人医生，一位名叫埃米德吉奥·克鲁兹的老医生秘密潜入马尼拉，问问罗哈斯日军占领后的情形。麦克阿瑟曾派克鲁兹乘坐潜水艇到菲律宾，但从没想到他会成功。不过克鲁兹通过了，在罗哈斯协助下，他没有被日军发现。这位医生在马尼拉从事地下工作，并最终偷渡出菲律宾。
克鲁兹这件事还不足以使罗哈斯免罪。2月6日，麦克阿瑟把埃德温·拉姆奇少校召到路易西塔种植园，拉姆奇是骑兵军官，过去三年，带领吕宋的上千名游击队员。这位曾经英勇的年轻军官的容貌可以和埃罗尔·弗林媲美，给马尼拉社交界的美女们留下了深刻印象，是战争把这个人一夜之间变成了一个骨瘦如柴、面如死灰，穿着开线的工作服，脚蹬破靴子的人。克阿瑟和他交谈了一个小时，但事实上他最想知道的事就是，拉姆奇是怎么看待罗哈斯的？拉姆奇告诉他，罗哈斯从没真正和日军勾结。他曾尽力帮助游击队员，而对于劳雷尔的傀儡政权则是阳奉阴违。
“我很高兴听你这样说，”麦克阿瑟说着，松了口气。“我对罗哈斯很了解，我无法相信他是个叛国贼。”毕竟当时也做不了什么。当麦克阿瑟就是在林加廷湾登陆时，日军将傀儡政权转移到了吕宋北部山区的碧瑶。
直到4月中旬，罗哈斯才落入了美军手中。在此之前他是被日本人关押在碧瑶的囚徒。麦克阿瑟让他立即飞回马尼拉，和家人团聚。不久后，他晋升他为准将，相当于公开表明他相信罗哈斯始终对美国忠诚。之后，罗哈斯重回到他的政治生涯，令奥斯梅纳非常不安，这次东山再起可以让他成为菲律宾独立后的第一任总统。而这正是麦克阿瑟想要看到的结果。
4月1日，尼米兹的两个陆军师和两个海军师在冲绳登陆。军队上了岸，实际上没有遇到什么阻力。然而，几天后，他们发现自己陷入了第二次世界大战规模最大，伤亡最惨重的战役之一。美国海军遭到了日军神风特攻队的狂轰乱炸。
冲绳以南的军事行动对日军不再重要的战略意义。从日本到菲律宾之间的所有空中和地面行动都停了下来。荷属东印度群岛没有再提供石油，也没有从台湾起飞的日军飞机，没有跨越东南亚海域的日军船舰。
在过去两年，美国军队从两条主轴线向日本进军：在尼米兹领导下的海军从中太平洋向西前进，而麦克阿瑟从西南太平洋向北前行。在他们的推进过程中，尼米兹和麦克阿瑟的军队万无一失地汇合。问题是，当他们最后联合以后会怎么样呢？很明显，麦克阿瑟是不会听从尼米兹的指挥的，而金也绝对不会让尼米兹听命于麦克阿瑟。
在进攻冲绳后的三天，马歇尔通知麦克阿瑟，已经与海军达成协议：一旦冲绳的战役结束，麦克阿瑟将指挥所有太平洋区的所有陆军部队，包括那些目前听命于尼米兹的军队。尼米兹将会指挥所有的海军部队，包括金凯德的第7舰队。从现在开始的战略安排只有一个目的：向日本进军。
麦克阿瑟将他的总司令部参谋制定了两个作战计划：一是“奥林匹克计划”，1945年10月1日进攻日本最南部的本上岛屿九州岛；二是“皇冠计划”，两个月后在距离东京30英里处登陆。尽管从他个人来想，这两个计划可能来不及实施，日本就会投降。
1945年2月，海军部长詹姆斯·福雷特尔在路易斯西塔种植园拜访了麦克阿瑟。麦克阿瑟告诉福雷特尔并不需要急于进攻日本。“我们应该遵守和俄罗斯在满洲的承诺展开有力而积极的进攻，牵制住大部分日本军队。一旦战争打响，我们就应该向本岛发动进攻。”麦克阿瑟考虑后，估计苏联至少需要60个师才能打败日军在满洲的100万军队。
当麦克阿瑟和福雷特尔共进晚餐时，这位海军部长问道，“你想不想对太平洋这场战争结果做个大胆的猜测呢？”
麦克阿瑟回答道，“我预测战争会在今年结束。”
福雷特尔的脸上露出一丝不相信。海军部的最新预测是在1946年的某个时刻结束战争。连麦克阿瑟的情报主任威洛比也预测日军会在18个月内投降。“我可以把您说的话带去华盛顿吗？”福雷特尔问道。这是个大胆的提问。麦克阿瑟告诉他尽管转告好了。
同时，克鲁格正在吕宋北部偏远的山区经过一番苦战消灭了15万敌军。这里的地形是最大的敌人，而热带疾病仅在其次。自从日军丧失了对抗第6集团军侧面作战能力，而且他们也无法进行正面攻击。麦克阿瑟把克鲁格的几个师划给艾克尔伯格使用。
即使这样，克鲁格还是狠狠打击了躲在战壕里的日军。麦克阿瑟本应该比实际上更早结束这场战役。因为对吕宋北部山上残留的日军的清除让美军也遭受损失。美军最终占领了吕宋，但有9000名士兵牺牲，3万多人受伤。这场战役是太平洋区最为惨烈的战役之一。正如克鲁格的师长后来说道，“麦克阿瑟违反了血拼原则。”为此，他为得到的东西付出了过高的代价。
麦克阿瑟把克鲁格领导的一半的部队交给艾克尔伯格指挥，这样让第8集团军能够在菲律宾中部和南部的日军占领的岛屿发起解放进攻。收复本身还不够。1944年10月23日，麦克阿瑟在塔克洛班重建菲律宾政府时，他称这场战役为“解放整个菲律宾的前奏……”，还把自己称为“执行解放菲律宾的军事行动的军事力量总司令。”
参谋长联席会议没有明确授权让他做出承诺，，因而他的一位最受尊敬的传记作家克雷顿·詹姆斯教授、博士指责他越权。威廉·曼彻斯特从詹姆斯那里得到提示，并发挥性地给麦克阿瑟扣上种种罪名，指责麦克阿瑟没有服从命令，令人震惊的过于自大，肆无忌惮的自我中心等等。
正如麦克阿瑟和参谋长联席会议都很清楚地意识到，菲律宾的解放是美国的既定政策。参谋长联席会议无须再制定战争政策，该政策是罗斯福总统担任总司令时提出的。参谋长联席会以及麦克阿瑟的职责是执行政策。即使在科雷吉尔多沦陷以前，罗斯福总统曾明确向奎松承诺，美国会解放菲律宾。并不是部分地区解放，而是全面解放。那个承诺并没有取消或修改。
此外，罗斯福总统在檀香山对麦克阿瑟所说的话和在他与麦克阿瑟有关收复菲律宾的通信中，明确期望，总统的承诺可以得到很好的兑现。在麦克阿瑟登陆林加廷湾后，他正打算重新占领吕宋的所有地区，包括巴丹和科雷吉尔多，然后再对菲律宾其余地区展开解放战役。当第8集团军开始解放吕宋南部的岛屿，参谋长联席会议终于振作起来，并批准他所采取的做法的。在詹姆斯看来，事情这么发展似乎是麦克阿瑟前进得太快了。事实上，真正说明的是参谋长联席会议行动太慢了，可能是因为金上将坚信在菲律宾的战役是个错误。
解放吕宋南部的岛屿的任务大部分是低风险的行动，甚至不需要正面进攻。从军事角度来看，几乎算不上大规模的扫荡。但麦克阿瑟满足了艾克尔伯格对赞扬那种几乎可悲的渴望，经常捧得艾克尔伯格感到也不自在。第8集团军激情地完成了这次扫尾作战。
美军只在宿务遭遇强烈反抗。驻守在那有1.5万日军，修筑了3道强大的防守地带。然而，锐意进取、管理得力的美军还是拿下了宿务，最终赢得了此次战争，尽管美军有8千人因患肝炎被送进医院，作战伤亡2千人。
解放菲律宾中部和南部地区牺牲了美国牺牲了850人。这些有限的战役并不意味着打起来容易或不需要付出什么代价，但对于麦克阿瑟来说，他们有着道义上的重要意义，足以弥补这些损失。重新占领这些岛屿是美国挽回之前失败的声誉的唯一方式。
澳大利亚总理约翰·柯廷同样也想让澳大利亚军队在战争中发挥作用。澳大利亚军队已经进攻了麦克阿瑟的部队绕过的新几内亚的一些重大要塞，如韦瓦克，而不仅仅是牵制他们，也攻占了玻干维尔岛和新不列颠的日军要塞。1945年2月，柯廷通知麦克阿瑟澳大利亚军队要么参与战争，要么就解散了。他和布莱米担心，除非澳大利亚继续战斗到战争的结束，不然他们会在最后阶段解决政治问题时排除在外，根本不考虑他们的利益。
麦克阿瑟给他们把目标放在荷属东印度群岛上，但没有征求他们的意见。参谋长联席会议认为没有必要进攻像婆罗洲那样的地方，不管怎么样最终会落入盟国手下，但麦克阿瑟认为他对澳大利亚有种道义上的责任，如果没有澳大利亚全心的支持，他绝不可能在1942年9月占领新几内亚。如果他们想要去战斗，他绝不会阻止。此外，他觉得荷属东印度群岛属于西南太平洋战区，至少应该先从日本手手夺回，然后再归还给荷兰。
婆罗洲战役分为三个阶段进行：第一阶段，登陆打拉根旁边的小岛，并建立简易机场；第二阶段，进攻文莱，该岛北半部是盛产石油的英属地；第三阶段，登陆巴厘巴板，该地南部有荷属炼油厂。布莱米并不反对占领文莱，但强烈反对进攻巴厘巴板。麦克阿瑟无视布莱米的反对。
6月2日，麦克阿瑟叫来肯尼，问他是否愿意和他一起去看进攻文莱战役的情况。肯尼想要推辞，说他有很多工作要做。“和我一起去吧，乔治，”麦克阿瑟恳求道，“我们会度过一个愉快的假日。”接着说出杀手锏，“另外，每天还有3次巧克力冰淇淋和苏打书呢。”
第二天，麦克阿瑟和艾克尔伯格坐上巡洋舰“博伊思”号，在菲律宾中部和南部开始了休闲旅程，访问了第8集团军最近解放的岛屿。一路上，麦克阿瑟让巡洋舰在巴拉里岛停靠，这样他就能去看看位于太子港的监狱。那里是索普关押大部分高级通敌犯的地方。“那里有些人我以前经常见面，社交上或是生意上，”他向罗杰·埃格伯格解释道，“他们在某种程度上还是我的朋友。”
当巡洋舰到达棉兰老岛，停靠在德尔蒙特，麦克阿瑟迫不及待地要找到他和简为了飞机接他们去澳大利亚曾焦急地等了三天三夜的地方。那座房子已经消失了。