拉美西斯二世之子麦尔涅普塔赫统治埃及时（公元前1236～前1223年），埃及已开始面临内外交困的局面。利比亚部落由西方侵入，“海上民族”从爱琴海和小亚一带席卷而来，外患不断。国内阶级斗争形势也随之紧张，奴隶逃亡，甚至公开举行起义，同奴隶主阶级进行斗争。
约公元前1200年，第十九王朝在人民起义的打击下告终。第二十王朝拉美西斯三世统治时期（公元前1198～前1166年），底比斯建造坟墓的工匠因饥饿而罢工，他们进入图特摩斯三世和拉美西斯三世的神庙，把官吏和祭司包围起来，迫使统治者们不得不向罢工者发放粮食。
在此过程中，阿蒙神庙僧侣集团的势力大大加强。他们控制了埃及全部土地的1/10，有42万余只大小牲畜，8.6万余奴隶以及其他财富。最高僧侣的职务变成世袭，不再属于法老，而且完全独立于王权之外。神庙设有与神庙有关的经济与行政机构，并拥有武器。拉美西斯十一世（公元前1113～前1085年在位）时，底比斯的卡那克神庙最高祭司长霍里赫尔夺得政权，建立第二十一王朝。在北方，利比亚雇佣军首领控制了王权。这样，历时4个世纪之久的新王国终于崩溃了。