伊拉克战争中，美英联军投入特种部队超过1万人，包括英军的特种空勤团、特种船中队，美军的“海豹”突击队和“三角洲”部队及中央情报局人员等，是越南战争以来规模最大的一次行动。主要任务是搜寻对伊拉克的空袭目标、锁定可疑的导弹发射场、捣毁伊拉克的军事指挥部——特别是有可能发动化学战的指挥部、搜寻与“基地”组织有关的恐怖训练营、堵截伊拉克和叙利亚边界上的武器走私，等等。伊拉克战争爆发前夕，大约100名美特种部队士兵和50名中央情报局特工在伊拉克境内活动长达４个月之久，他们主要是执行各种情报侦察和策反破坏任务，为布什政府“倒萨”决策提供许多有价值的情报。美军特种部队像 “影子”一样，活动在萨达姆周围，近距离对他形成“震慑”力。
战争中，美军“海豹”突击队奇袭纳西里耶的一家医院，救出美军被俘的女兵林奇，成为战时人们广泛谈论的一个“亮点”。这次营救行动，是海军陆战队与“海豹”突击队的密切配合分不开的。在纳西里耶市外围的美国海军陆战队又发起了新一轮攻势。陆战队的坦克和装甲车冲着市内的一些目标猛烈开火，甚至企图夺取幼发拉底河上的一座重要桥梁。其实，这是一次佯攻行动，目的是掩护“海豹”突击队营救行动。
营救林奇行动中，美国海军陆战队的炮火对伊军实施猛烈打击，陆军“别动队”包围林奇被关押的那所医院，海军“海豹”突击队直接突入医院救人，而空军AC-130武装直升机早已携带足够火力被召集到预定地点，一旦救援遇到麻烦，直升机立即行动，实施火力支援。特种部队可以通过实地察看，做到“眼见为实”，或者通过询问居民、技术探测等办法来进一步查实各种目标的具体情况，为精确攻击创造条件。特种部队的引导小组预先潜入攻击目标附近，或者采取诱敌攻击手段，通过GPS定位、激光照射等办法，为攻击战机指示目标，引导其实施准确攻击。
反击索马里海盗
2009年4月8日，一艘满载联合国救援物资的货轮“马士基?阿拉巴马”号（Maersk Alabama，属丹麦公司，悬挂美国国旗）在索马里外海（距索国首都摩加迪沙约645千米的海面上），遭到乘坐三条木板快艇的4名海盗打劫。为了保证货轮和19名船员的安全，船长菲利普斯自愿作为人质随4名海盗一起坐救生艇离开，海盗头目向美方要求200万美元赎金。
这是两百多年来美国货轮首次在公海上遭海盗劫持，白宫和国防部立即下令管辖非洲、中东和中亚的美军中央指挥部负责处理危机，该部辖下的第六舰队派出最新型的驱逐舰“班布里奇”号率另外六艘船舰紧急前往出事地点营救，海豹突击队的数十名队员亦随同前往。
12日晚，海豹突击队挑出3名神枪手，隐身于“班布里奇”号舰尾，分别击中了救生艇上的3名海盗，另1名海盗跳船逃生。突击队坐快艇驰向救生艇，救出了已在海上漂泊5天的船长，并捉住逃生的海盗，成功完成了这次营救。
日本油轮行动
美军特种部队成员2011年3月6日在阿曼附近海域登上一艘遭劫持的日本油轮，抓获4名海盗嫌疑人，解救24名船员。
2月18日，美国游艇“S/V探索”号遭海盗劫持，美军派遣“企业”号核动力航空母舰、一艘巡洋舰和两艘驱逐舰搜寻。 2月22日，美军特种部队登上游艇后，发现4名美国人遭到枪杀。
美联社援引多国反海盗舰队一份声明报道，这艘名为MV Guanabara的油轮5日遭到海盗劫持，24名船员躲进船内一处安全区域后发出求救信号。美国海军“伯克利”号导弹驱逐舰随即展开搜寻，最终发现这艘油轮。美军一个特种部队小组从“伯克利”号出发，在阿曼南部港口杜古姆东南大约328海里(607.5公里)处登上油轮。
根据这份声明，整个行动过程中，特种部队没有开枪，没有船员受伤。“伯克利”号在亚丁湾海域参与打击索马里海盗的行动。美军特种部队先前数次对劫持人质的海盗实施突袭行动。