“二辰丸”事件的经过大致是这样的：一艘满载着步枪和子弹的日本轮船“二辰丸”企图私运至澳门，最后被广东水师截获。日本政府对此进行强烈抗议。慈禧太后非常关心此事。
根据《北华捷报》报导，在慈禧太后与醇亲王及两个皇室宗亲的一次会面中，慈禧太后针对大清的严峻形势与其交谈了一个多小时。交谈中每当提起自己年事已高，她便潸然泪下，并告诉他们，近来她常常感觉沮丧，虽然她大权在握将近四十年，但她却不知道该如何救自己的国家于水火之中，这是多么失败的一件事。记者还写道，慈禧太后近来一直待在寝宫中，三位太医在她身旁轮流值守，以防不测。然而，月底的时候，她宣称身体已经完全恢复，但面对国事仍然焦虑不安。特别是北京此时的形势，更是让慈禧太后无法放下心来。
在3月底的时候，京城中发生了几起纵火事件。人们认为，此次纵火事件的元凶是孙逸仙医生的追随者。但是按照礼部的说法，发生纵火事件是因为火神从天宫来到了人间，一旦火神回宫，便不会再出现这样的事情。这样的解释并不足以让人信服。不安的情绪在全城蔓延，直到十四个人被逮捕。十四人中，大部分是才从日本回来的学生，人们的情绪有所平复。慈禧太后命兵部增加皇宫的驻兵，此外，京城中的兵力也有所增加。
除了北京，全国各地也陷入动荡中。人们对即将到来的革命议论纷纷。此时，孙逸仙先生正在中国边境徘徊，一旦他步入中国领土，必死无疑。他的同僚遍布全国，清政府的抓捕行动从未间断。北京作为政治中心，人们的情绪已紧绷到极点。5月13日，慈禧太后与光绪帝照惯例前往颐和园消暑，这无疑减轻了人们的不安。这时，慈禧太后的身体状况显然十分良好，但光绪帝却因为严重腰腿痛无法行走自如。
虽然已移驾颐和园，但慈禧太后却未停止过对国事的操劳。这段时间里还流传着一个关于慈禧太后的传奇故事：在慈禧太后意识到袁世凯和张之洞间产生摩擦时，虽然她极宠袁世凯，但也不愿意更为张之洞远离朝政。因此，当慈禧太后赏给袁世凯三眼孔雀翎时，也给了张之洞一个，希望他们都能够继续“为朝廷效力。”眼见二者矛盾日益激化，慈禧太后心生一计。在一天早朝完毕后，慈禧太后将他们召到跟前，告知他们她打算为他们的小儿子和女儿牵线搭桥。实际上，她早已将他们的生辰八字给予礼部，让其为他们挑一个良辰吉日成婚。在此之前，慈禧太后就用这样的方法化解了袁世凯和他死对头兵部尚书铁良的矛盾。在目前这样的情况之下，袁世凯和张之洞除了顺从慈禧太后意愿，别无他法，他们迅速停止了争吵，开始着手准备婚礼。
慈禧太后在颐和园消暑期间，除了崔安出宫一事，几乎没有什么重大的事情发生。崔安是接手李莲英之位的大太监，由于年事已高，身体抱恙，他卸掉一切职务，离开了皇宫。崔安是否是因为犯错而被逐出宫，我们不得而知，但崔安作为身份地位仅次于李莲英的太监，对于他的离开，人们多少有些猜测。
慈禧太后从颐和园回宫的时候已经是9月底了。在英国远征军到达拉萨后，西藏的达赖喇嘛急切地想要觐见光绪帝和慈禧太后。在得到允许后，达赖喇嘛带上一些西藏特产来到北京。但此次对达赖喇嘛的接见，却不如预想的那样顺利。显然，达赖喇嘛此次进京是希望朝廷能够妥善处理西藏之事。正如我们所知，最终什么也没发生。
在接见达赖喇嘛之后，北京城中一片平静，直到慈禧太后七十大寿庆典到来。接下来所发生的一件事情，让整个大清，甚至关心大清国事的世界各国颇为震惊。
11月初，慈禧太后对外宣布，光绪帝已病入膏肓。西医们通过翻译宫中太医的药方得知，光绪帝所患的是慢性肾炎和神经衰弱，同时还伴随着糖尿病和坐骨神经痛。就在这时候，关于慈禧太后的一个惊人的消息传遍全城。传闻称，慈禧太后也已经病危，并且有可能已经驾崩了。
在与病魔奋斗了一些时日之后，10日时，慈禧太后的身体状况突然好转，据《京报》报导，12日，慈禧太后召见了军机处大臣。此次会面商议的主要是皇位继承人问题，13日，慈禧太后发布了一道诏书，将溥仪定为皇位继承人，其父亲醇亲王载沣摄政。这一天，各国公使收到了外务府的照会，其中说道：“慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后指派醇亲王载沣为摄政王。”
下午两点，光绪帝已经处于弥留之际，据说在光绪帝病重之时，准备移驾宁寿宫，宁寿宫有“和平、长寿”之意，希望能够借此渡过难关。然而在长时间的昏迷之后，光绪帝于14日又恢复了意识，并坚决拒绝移驾宁寿宫。最终，光绪帝驾崩在中南海瀛台涵元殿。驾崩时，他甚至没来得及穿上帝王去世时所穿的长袍。
光绪帝与慈禧太后的紧张关系一直持续到他生命的最后一刻，但在病榻上慈禧太后仍遣老太监去服侍光绪帝。
14日早晨，朝庭发布了一道以光绪帝名义拟定的诏书，其中描述了8月以来光绪帝每况愈下的身体状况，命各省总督推荐技术高明的郎中到宫中为他诊治。“但是他们的药方并未奏效……光绪帝依然病痛不断，呼吸不畅、胃绞痛、腰腿疼痛、食欲不振。当光绪帝活动时，便会呼吸困难，气喘、咳嗽。除此之外，还伴随着颤栗和高烧，使得光绪帝难以入眠，体力渐渐不支。我们为此十分焦虑，现在各省总督、巡抚被命令寻找技术高明的郎中，不论他们是否有官衔，他们都可进京。如果他们当中有人治好光绪帝，那么他们将会获得无限的荣耀，推荐医生进京的官员也将得到嘉赏。”
但这些“技术高明的郎中”再也没有展现他们才华的机会了。根据第二天各国公使收到的以溥仪名义发布的照会我们得知：在14日下午5点至7点之间，光绪帝“龙御归天”了。晚上，朝庭又发布了一道诏书，光绪帝生前并未留下一个子嗣，“摄政王载沣之子溥仪作为同治帝后人，自然也应继承光绪帝皇位。”
“溥”字辈作为“同治帝之子”是非常不合乎常理的，但是1875年，慈禧太后将“载”字辈的载湉推上皇位时，这一切便解释得通了。慈禧太后12日与军机处商议时，另一“溥”字辈皇位候选人溥伦近来的进步倍受青睐，也有很大希望夺得皇位。但作为光绪帝兄弟的醇亲王似乎更受慈禧太后喜爱，后来慈禧太后还让醇亲王到她病榻前，并告诉他，她不仅不讨厌他（因为慈禧太后没有将醇亲王之子许配给她的亲信荣禄之女，被醇亲王误以为慈禧讨厌他），而且还为他儿子的将来铺好了路。
此时的溥仪只有五岁，距他成年还有很长一段时间，而醇亲王必然将要接过慈禧太后的班，作为摄政王，为其保驾护航。在皇上尚未成年的这一段时间里，在摄政王的辅佐之下，才能稳固江山。如果是溥伦继承皇位，则不会出现这样的状况。这时候，虽然醇亲王在人们眼里是胆小怯懦之人，但他对于未来还是满怀希望的。
随着光绪帝的驾崩，一个时代随即落幕。让光绪帝一生饱受摧残的罪魁祸首慈禧太后，在光绪帝驾崩后不到24小时，也驾鹤西去了。11月12日时，慈禧太后全身就已经严重的麻痹，甚至连脸上的肌肉都难以控制。太医们一直奋力救治她，但她心里已清楚，自己的最后一刻很快就要到来了，在光绪帝驾崩的时候，慈禧太后的情况已经十分危急。但是随着14日晚一道另立新君的诏书的发布，对于慈禧太后的身体状况，人们又重新燃起了希望。但第二天早上，病痛又卷土重来，慈禧太后身体状况急转直下。从她给新君的一份诏书中可看出慈禧在弥留之际的心境。这份诏书具体内容如下：
“此时，我已病入膏肓，我知道我将不久于人世。从此以后，朝中所有事物交由摄政王处理。当遇到重大问题之时，摄政王应与新任皇太后裕隆商议。”
在发出这份诏书后，慈禧太后很快便不省人事，15日下午3点，慈禧太后驾崩，她所留下的还有一份给所有大清子民的告别信：
“我此生最大荣耀就是在咸丰帝驾崩后收到立载淳为君的诏书。我的儿子同治帝载淳在举国叛乱不断之时，登上了帝位。那时，太平天国起义、捻军叛乱、贵州叛乱轮番来袭，严重扰乱了大清的秩序。沿海各省陷于慌乱之中，而当地人民也被巨大的困难和穷苦包围。与东宫太后慈安一道，我们扛起了朝廷的重担，为朝事日夜操劳。遵照咸丰帝生前指示，在我俩与各地官员和军队的通力协作下，努力确保了这些地区的和平。在朝中，我举贤纳才，悉心倾听他们的意见和建议。我平复了饱受洪水和饥荒危害的大清子民的痛苦。在老天的眷顾之下，叛乱终于平息，大清又回归了和平。
同治帝驾崩之后，光绪帝继承其位，但在这时国家形势仍然严峻，人民饱受苦难折磨。在内忧外患不断，灾难从未停息的情况之下，理应由我承担起改革的重担。在我发布立宪诏书的前一年，我就已经说过这一天一定会到来。
幸运的是，我一直身体安康，精力充沛。但不曾想到，自从今年夏天以来，我时常感觉不适。然而，国事繁忙，我无法停下来休息。渐渐地，我开始失眠，胃口也不太好，直到我身体彻底垮掉的那天，我从未休息过一日。
在光绪帝病危的这段日子里，我更是悲伤不已。我再也无法振作起来，而这时我的身体状况也十分糟糕了，恢复原状的希望也已全部破灭。
现在，国家正处在缓慢地变革之中，而新君仍然年幼，还需要指导与帮助。摄政王和大臣们必须协助新君，以稳固大清根基。
新君必须忘掉悲伤，孜孜以求，让大清传统发扬光大。这也是我迫切希望的。对我的哀悼有27日便足矣。请将这份诏书公之于天下，让所有大清子民知晓！”
但是慈禧太后所希望的27日的哀悼日最终并没实现。当然，她也不希望此事的发生。在她驾崩之日，朝廷以小溥仪的名义发布了一道诏书，这也十分值得我们关注：
“在朕幼儿时期，得到了伟大的慈禧太后的无尽关爱和照顾。朕对其无比感恩。朕多么希望和蔼可亲的慈禧太后能够身强体壮，万寿无疆，这样朕便可以得到她悉心的指点和帮助，在她的坐镇之下，大清才会更加强盛。但是繁重的国事，最终还是压垮了她的身体。太医们纷纷为她诊治，希望她能早日好起来。然而，事与愿违，慈禧太后最终龙御归天。朕悲伤至极。在慈禧太后最后的遗嘱中，慈禧太后希望哀悼的时间只限27日。朕认为这并不足够。为充分表达对慈禧太后的哀悼之情，戴孝时间应为100日，而治丧期为27月。当然，在悲伤的同时，朕也会控制自己的情绪，以国事为重，这也是慈禧太后临终前交待的。朕将尽量调整好情绪，以慰慈禧太后在天之灵。”
结合光绪帝和慈禧太后去世的时间，我们可以推断出，这份诏书虽然是以溥仪名义发布的，但实际上应出自他们之手。我们必须注意的是，在慈禧太后最后发布的诏书中，对光绪帝之死表示异常悲伤，但有人仍认为，官方所公布二者死亡时间有误，慈禧太后应在光绪帝之前驾崩。
关于慈禧太后和光绪帝之死，坊间传闻也没有过于离奇之处。而关于光绪帝之死传闻却说得很是详尽。据说，一位参与光绪帝病情诊治的郎中在光绪帝生病后期收受了袁世凯给予的33，000美元。赫兰教授似乎对此深信不疑，他认为光绪帝是被毒死的，而且死于慈禧太后之后，而后来发布的诏书是为了起到掩人耳目，掩盖真相的目的。为了让传闻更具可信度，人们把这描绘成一次宫廷阴谋，不仅袁世凯受到牵连，连醇亲王和几个官员也牵涉其中。
1898年，袁世凯背叛光绪帝。但是在袁世凯背叛光绪帝十年的时候，实在没有必要再以谋杀皇上之名而玷污他的名声（此为作者本人观点）。
大多数人宁愿把光绪帝和慈禧太后之死归结为自然因素，认为二十四小时内生前针锋相对的两人的相继离开不过是一次巧合。
仅仅在慈禧太后去世几天之后，庆亲王也随两位皇室宗亲离开人世。关于庆亲王，还有一个不可思议的传闻，据说，庆亲王所在支系为皇室支系中较远一支，他其实不够格世袭亲王之位。关于庆亲王的死，民间也有多种说法。有人说，光绪帝和慈禧太后驾崩之后，庆亲王因为过度悲伤而亡；还有人说庆亲王是由于不被允许参加12月2日新君的登基大典不堪屈辱而亡。在他72岁的时候以这样的结局离世，让人倍感震惊。但是庆亲王之死在宫中并没掀起多大波澜。相反的是，对于在华的外国人而言，他的去世这无疑是一个巨大的噩耗。庆亲王在外国人中颇有名望，尤其是自从1901年的谈判之后，他与西方外交家开始定期地接触。
光绪帝的遗体在宫中停留一百天后，在第1909年春天被暂时安置在距京城八十英里的皇家陵园东陵。
光绪帝一直以来都没有为自己的陵墓选址，因此，在他死后，陵墓的选址和建造都迫在眉睫。慈禧太后在多年以前就已经开始为自己建造陵墓了。慈禧陵墓的建造主要由慈禧太后亲信兵部尚书荣禄负责，地址选在东陵咸丰的陵墓附近，陵墓的修建花费超过一百万英镑。生前慈禧常常来此巡视，看看陵墓情况是否良好，陵内建筑是否足够奢华。在慈禧太后去世约一年后，她的遗体被从紫禁城运往东陵，她生前最笃信的礼部为其选好了吉时，即：1909年11月9日早上5点钟。
在真正的葬礼举行之前，宫中为慈禧太后举办了一次悼念活动，很多外国人也饶有兴趣地参加了。在8月30日的时候，慈禧太后的遗体仍然在宫中，礼部选择了一个吉日，在紫禁城城墙旁的空地里，正对着慈禧太后棺材所放之处焚烧了一艘一百八十英尺长的丧葬船。这艘船做得惟妙惟肖，各种物品应有尽有，在船桨旁边，还有与真人一样大小的船夫，船中还有真人大小的宫女和太监等，他们都穿着丝质长袍。丧葬船四周甚至还有水围绕，水中还有莲花开放。这艘船造价大约7000英镑，它能够让慈禧太后在另一个世界中也能够在湖中畅游，就如她生前喜欢在颐和园畅游一样。除此之外，还有三千个真人大小的纸人，其中包括：骑兵、步兵、乐师、官员、马匹、马车、轿夫等。按照中国人的说法，将这些人烧给慈禧太后后，她便可以继续得到他们的服侍。
11月9日早晨5点之前，慈禧太后的棺材上已经盖上绣着龙的金黄色锦缎柩布，随后八十四位轿夫抬着她巨大的灵柩缓缓走出宫中，庄严地向内宫东北大门走去。