谕内阁，李端棻奏，滥保匪人，自请惩治一摺。该尚书受恩深重，竟将大逆不道之康有为等，滥行保荐，并于召对时，一再面陈。今据事后检举，实属有意取巧，未便以寻常滥保之例，稍从末减，礼部尚书李端棻著即行革职，发往新疆，交地方官严加管束，以示惩儆？。注释：① 即引荐康有为及其他几位改革者到朝廷任职。②1904年慈禧下诏大赦天下，李端棻从新疆返回京城。
这整段插曲，从李端棻的上奏到慈禧太后的批复就像是一场猫鼠游戏。
这时，反对派采取的血腥暴力措施令南方民众大为不满，他们于是组成各种保皇组织，继续支持光绪皇帝。他们在上海的外国租界地出版报纸，每日不断撰文发表，谴责慈禧太后和荣禄，言辞甚是犀利，而荣禄更是成为了众矢之的。
这些文章的作者，很显然受到了逃亡中改革者的鼓动，声称北京发生的一切明显具有反汉性质。另一方面，各地还掀起了轰轰烈烈的排外运动。此时，如果大清王朝继续如此下去，后果不堪设想。一位名叫会章的满族御史大人上奏慈禧，言及此时的危机，因此她才开始注意这种危险局势。会章所写奏折语言非常平实。
首先，他在奏折中恭喜慈禧太后采取果断行动，镇压了康有为等人的叛变，称此大大提高了老佛爷的威望，之后他又提到了大清朝南方的政治局势，其所奏内容如下：
近日外间浮言，颇有以诛戮皆属汉人，遂疑朝廷有内满外汉之意。夫我朝之于满汉，本无歧视；即今日办理逆党，我皇太后、皇上岂有成心。无如康党借此谣传，于大局实有关系。
接着，会章建议“择汉人中之忠正不挠者，褒奖数人，则群情定矣。”他认为“盖附逆者既有显诛，则效忠者自应厚赏。” 他建议“所有封奏条陈，其能论变法之非宜、斥伪学之乱正者，分别褒扬录用”。最后，他提出“夫公忠大义，出之汉人，则所全者尤大。”
他所提出的这些，对于聪慧且精通治术的慈禧太后而言，甚是有益。慈禧太后对会章奏折的批复，虽然是以斥责的语气所写，却一反常态，避免谈及奏章中的具体问题。她只是强调清廷做事一向公平正义，国家一秉大公，不管对满人还是对汉人均毫无成见。然而，这位上奏者不久便得到提拔，同一天，为了表示自己真的如所言的那样公平，太后罢免了六位官员，其中一位就为满人。然而，荣禄之前也曾经保荐过一个改革派，慈禧下令将此人交到吏部再做决定，商讨如何惩罚。她这样做仅仅是为了挽回面子而已。
和往常一样，一旦受到指责，慈禧太后就会连续发布好几道圣谕。这次也不例外，她又是连发数诏。其中一道提出有必要适当保护内地外国人以及北京外国使馆工作人员；另一道对地方官员如何严肃选择官吏一事说教；还有一道鼓励地方总督和巡抚为国家出谋划策，但同时警告避免以党派意见相争，称皇帝深知他们相互攻击时背后隐藏的动机。
接着，慈禧太后趁着谈论整个国家政事的机会，宣示了自己作为满人首领，维护满人统治的政策，诏书部分内容摘录如下：
从来制治未乱，保邦未危，我朝圣圣相承，宪度修明，尽善尽美。至于深仁厚泽，难以枚举，水旱偏灾，无不立施蜀赈；江河漫溢，深恐累及穷黎；遇有军务。并未抽派丁役；宫中使女，亦未选及民间。仁民之政，又如此，宜其上下一德，朝野相安，以期共享昇平之福。乃有大逆不道之徒，聚党密谋，辩言乱政，而士大夫中竟有不明大义者，援引匪人，心怀叵测，言念及此，能无愤懑？朝廷屡示宽大，姑免株连，尔诸臣等受恩深重，具有天良。
这道诏令又是按照一贯做法，以对官员的劝勉做结尾，呼吁他们要注重官德，以实际行动宣扬美德。
变法期间，光绪皇帝罢免了几位反对派官员。所以，慈禧太后的下一步便是将他们官复原职，其中最有名的要算许应骙了，他因为参奏维新派官员王照被光绪皇帝罢免，如今，帝党势力已经分崩瓦解，京城之中光绪皇帝再也找不到一个支持者抑或是朋友。甘肃省的满族财务大臣曾龢是最后一个敢于站出来支持改革派的高官，同时也是改革派的支持者，他上书替翁同龢求情，慈禧太后非常生气，下谕将他免职，永不叙用，其中还表达了自己对翁同龢作为帝师，却参与阴谋，有辱名声一事深感惋惜。
慈禧太后随后将注意力转移到了地方政府。刘坤一因病恳请辞去两江总督的职务，慈禧太后遂提醒朝廷对其仰赖，恩重如山，令他勿用托词，而应继续尽职尽责，为朝廷效力，勤政爱国，并在选择下属官员时，更加谨慎。
翁同龢大胆直言一事时时刻刻萦绕在太后心头，容许他光荣退休，回乡养老，对他丝毫没有削爵或是严惩的意思，这根本就不符合慈禧太后的期望。而且荣禄先前与翁同龢有过节，当然不会想办法调和缓解太后对翁同龢的怨恨。为平心中之火，慈禧太后随后以光绪皇帝的名义下诏，将自己对这位年迈的学者的敌意肆意发泄出来，这符合慈禧本人的性格特点。这道圣谕非常有趣，足以展现慈禧的性格，诏书内容如下：
谕翁同龢授读以来，辅导无方，从未将经史大义，凯切敷陈。但以怡情适性之书画古玩等物，不时陈说，往往巧借事端，刺探朕意。至甲午中日之役，主战主和，甚至议及迁避。信口侈陈，任意怂恿，办理诸务，种种乖谬，以致不可收拾。今春力陈变法，密保康有为，谓其才胜伊百倍，意在举国以听。朕以时局艰难，亟图自强，于变法一事，不惮屈己以从。乃康有为乘变法之际，阴行其悖逆之谋，是翁同龢滥保匪人，已属罪无可赦。其余陈奏重大事件，朕间有驳诘，翁同龢辄怫然不悦，恫吓要挟，无所不至。词色甚为狂悖，其任性跋扈情形，事后追维，殊堪痛恨。前令其开缺回籍，实不足以蔽辜。翁同龢著即行革职，永不叙用，交地方官严加管束，不准滋生事端，以为大臣居心险诈者戒。？
一直到1904年6月，翁同龢都闲居在家乡（江苏常熟）。他是一个相当有个性的人，与皇帝身边的其他年迈官员告老还乡后静静地颐养天年不同，注释：① 翁同龢死后，宣统政府下诏恢复了他所有的官级品衔。皇帝的变法之举终于得到平反，他的支持者、追随者就是在阴曹地府还在受到中国官场变数的折磨。被撤职后，他心中一直都抱有希望，希望有一天慈禧太后宾天，光绪皇帝能够重掌朝政，继续变法改革，那么他就还有可能回归朝廷继续为皇帝效力，协助皇帝完成改革大业。
与此同时，他给家乡官府和官员带来了很多困扰，他每个月要到衙门拜见三次，每次都以一个屈从者的姿态跪在官员面前，恳求道：“尔受皇命，监视我言行，现我来此面见，助尔完成使命。”这时，巡抚总是处于尴尬的两难境地，因为他永远也不能够确定这位曾经位高权重的军机大臣是否会在将来复归原职，翁家在当地又颇富名望。
折腾地方官员间歇之时，翁同龢还将大量时间花在学问上，期间，他的一批书信出版了，显示出翁同龢出众的学者风范和诗者气质，卓越超群。他的行文简单轻松，有些伴有神学和哲学思想倾向，一直受到文人学者的欣赏。尽管被撤了职，但他的财产没有被朝廷没收，在家乡颐养天年比在京城辛苦工作要幸福得多，他死时，依然享有忠贞爱国和才智过人的声誉，名声甚至远远超出了地区的范围。他逝世后，这声誉进一步远扬。
慈禧太后意识到，自从光绪皇帝废除了旧有的科举考试制度，文人学者的忠诚之心就受到了动摇。因此，她旋即收回了之前皇帝的成命，恢复了科举考试制度。闻听此，那些保守党派人士都很开心，全国各地的学者纷纷用各种各样的方式赞扬老佛爷。从外部来说，新的考试制度是由皇帝带头引进的，在旧的科举考试制度下，匿名制是一个重要原则，现在新的考试制度中缺少了这一点，便出现了许多弊端，慈禧太后为解决这个问题下发了下面这道诏书：
国家以四书文取士，原本先儒传注，阐发圣贤精义，二百年来，得人为盛。近来文风日陋，各省士子，往往抄袭雷同，毫无根底。此非时文之弊，乃典试诸臣不能厘正文体之弊，乃论者不揣其本，辄以所学非所用，归咎于立法之未善。殊不知试场献艺，不过为士子进身之阶，苟其人怀奇抱伟，虽用唐宋旧制，试以诗赋，未尝不可得人。设论说徒工，心术不正，虽日策以时务，亦适足长嚣竞之风。用特明白宣示：嗣后乡试、会试及岁考科考等，悉照旧制，仍以四书文试帖经文策问等项，分别考试。经济特科易滋流弊，并著即行停罢。朝廷于抡才大典，斟酌至再，实求细详。嗣后典试诸臣及应试士子，务当屏斥浮华，力崇正学，毋负朝廷作育人才之至意。至富强之术，固当讲求，惟必须地方官认真举办。方不至有名无实。所有农工商诸务，亟宜实力整顿，惟总局设在京城，文牍往还，事多隔膜，一切未能灵便。仍应责成各督抚在省设局，分门别类，详加考核，俾有实际。著直隶总督选派妥员，督率办理，以为各省之倡。京城现设之局，著即裁撤。
慈禧的想法从来不会长久，总是变化多端。她一直担忧自己在国家各个派别中的影响，适时调整自己深以为豪的平衡对抗力量及势力的政治手腕与统治实力。接着，她下发了一道圣旨，介绍了指导自己统治的原则。从这道诏书中，我们能够看出她心中存在一定的忧虑与疑惑，她不知对那些改革派首领的严厉处置是否会遭到外界谴责。此诏书内容如下：
国家制治保邦，纲常名教，亘古为昭。至于条陈损益，随时变通尽利，本无一成之法。前因中外积弊过深，不得不因时制宜，力加整顿。而宵小之徒，窃变法之说，为煽乱之谋，业经严拿惩治，以遏横流。至一切政治有关国计民生者，无论新旧，仍应次第推行，不能因噎废食。迭经明降谕旨，剀切宣示，大小臣工当能仰体此意。惟言事诸臣，往往胸无定识，即如乱谋方张之日，内外章奏，能灼见先几，防微杜渐者，并不多见。迨至事后，或且仰窥意旨，揣合希荣。岂知朝廷用人行政，一秉大公，执两用中，不偏不倚。乃特再为申谕：嗣后内外臣工，务当精白乃心，一化新旧之见。凡所建白，但期有裨时局，不得妄意揣摩，甚或挟私攻讦。是非所在，亦自难逃洞鉴也。将此通谕知之。
接着，慈禧太后开始关注百姓所需，以及他们的生活状态，下令在山东省采取措施，避免黄河泛滥造成人员伤亡和财产损失。慈禧知道，那些赈灾款项，很大一部分都被贪官污吏挪用了，她也知道，在诏书中老调重弹，大肆宣扬美德，根本不可能满足自己的子民。她拐弯抹角地说道，“频繁修固黄河岸堤并没有产生什么长久的效果。”于是，她亲自与军机处和各部大臣商讨如何解决问题，却依然没能找到令人信服的方法。她还派李鸿章进行实地考察，估算修建有效的防护工程所需费用，旨在说服民众自己关心民情，确实是发自真情实意。
1861年，慈禧推翻了载垣逆谋，第一次掌握政权。这一次，慈禧采取了更多举措处理政事，这点从这一时期颁发的诏书数量上有所体现。处理完黄河泛滥之事，她又将注意力转向了另外一件令人头疼的事情。这件事由来已久，其影响中国底层民众长达几个世纪之久，即民众被迫诉求官府，寻求正义时，需要等待很长时间，还需要支付很大一笔法律诉讼费这一官场陋习。针对这一问题，慈禧太后又颁发了一道诏书。
中国民众都很清楚诉讼程序繁杂，但是官方文件中却鲜有记载。正是由于慈禧对待此事直白坦率，民众才认为老佛爷天性善良，心慈手软。举国上下，特别是北方，乡绅和商贾阶层总认为，老佛爷过于善良手软，虽说她这种极端的怀柔政策值得赞扬，但在很多情况下，又会给国家带来危险。他们认为，正是由于慈禧太后在不恰当的时间采取了极端的怀柔政策，1900年远征军的援军没有到达北京前，北京城的外国人和本地的基督徒才没有遭到集体屠杀。这道有关诉讼一事的诏令中，慈禧太后称她最近了解到诉讼的案件总是被推延，有时会达到几个月之久，无辜的人会在进一步调查前被无限期的拘留监禁。此诏书内容如下：
近闻内外问刑衙门，于应办案件，往往经旬累月，延不审结，甚有创设候审待质各所，以及班馆名目，滥押无辜，其闲丁役之需索，胥吏之留难，种种弊端，不可枚举。试思一人坐狱，阖家不安，小民各有生计，苟非含冤负屈，岂肯轻涉讼庭，委身法吏？乃有司各官因循疲玩，习为故常，全不以民瘼为念，殊堪痛恨。著刑部、都察院、及各省督抚，详定清讼章程，严核官吏功过，所有月报各册，务须实力奉行。如有不肖官吏，仍前玩泄，视为具文，即著严参惩办，毋稍徇纵。将此通谕知之。
此外，另一道诏令反映了圣母慈禧太后的慈善之心以及她急切赢得民众舆论的期望。诏书内容如下：
近来各省奏到就地正法之案，以盗犯为最多。此等凶徒，其情可恶，其愚可悯。凡为盗贼之人，每藉口于饥寒所迫，流而为匪，殊不思犯法干刑，断无生路。况若辈皆非懦弱无能，傥使安分务农，本有营生之路；投营效力，亦有进身之阶，与囚禁囹圄，身首异处，孰得孰失？且一经事发，累及父母妻子，扪心自问，其何以安？深宫轸念民生，无日不以尚德缓刑为念，用是特颁训谕：凡我赤子，尚其仰体朝廷慈悲之怀，勉为盛世良民，毋得徒逞强梁，自罹法网。著各省督抚、督饬地方有司，通行晓示，务使遐陬僻壤，咸共周知，用副爱养黎元至意。
国外抑或国内的外国人皆同情皇帝，当时京城众使馆都表达了这种同情，其中也包括英国外使，慈禧太后对此非常气愤。但她采取了从经典古籍中学到的“暂时隐忍，伺机报复”的政策（这个政策我们之前也提过）。在冬初，邀请外国公使夫人以及其他外国使馆的女士到宫中，盛情款待，礼貌有加，一天之内便赢得了她们的欢心。然而，有人说她的友好完全是假装出来的。从其圣谕我们可以看出，此后，她越来越信任并重用主要的保守派官员刚毅，在荣禄休假期间，刚毅成功说服慈禧太后，要想提高国家的军事力量，改善军事资源，就必须在帝国上下组织训练乡勇。传教士们密切关注着山东及其他几个办乡勇地区，时刻紧盯这场爱国运动的发展趋向，他们很快意识到，这场运动主要是针对外国人的，而这样一场运动在慈禧同意支持刚毅的暴力反动政策时，便已开始生根发芽，发展蔓延。
下面一道诏书，是在年末发布的，这道诏书从一定意义上说，算是义和团运动爆发的开始征兆和文字宪章，毫无疑问，这道诏书受到了刚毅和他的党人影响。诏书内容如下：
从来君民一体，上下同心，凡属地方应办事宜，虽在官为之倡，尤赖绅民共为襄理，方克相与有成。即如积谷保甲团练各事，似属故常，若能实力奉行，有利无弊。积谷则欠岁足以救荒，保甲则常年足以弥盗，乡团则更番训练，久之民尽知兵，自足为缓急之恃。