1991年1月，尉健行同志在全国监察工作会议结束时的讲话中强调：“监察工作为发展经济服务。路子是广阔的，其中主要涉及到方向、效率和动力问题。在这些方面我们应该而且能够有所作为。一是要充分发挥监察职能，按照七中全会提出的坚持走建设有中国特色的社会主义道路的12条原则，在保证经济建设沿着正确的方向发展方面发挥积极作用。二是要通过监督检查，促进经济工作效率的提高……对监察机关来说，就有一个不断增加效能监察的分量和相应提高监察工作的总体素质的问题”。
1991年1月第三次全国监察工作会议召开，会议重点研究了如何进一步发挥监察机关的职能作用，促进政治稳定和经济发展。监察部部长尉健行作了题为《充分发挥监察职能，促进政治稳定和经济发展》的报告，提出了“以廉政监察为重点，深入开展反腐败斗争；从执法监察人手，全面发挥监察职能作用”，监察机关把围绕治理整顿、深化改革和经济发展的监察工作摆到更加重要的位置上。但是，总的来说，还是以廉政监察为重点。本次会议上，重点部署了《行政监察条例》的贯彻工作。有所缺憾的是，《行政监察条例》对效能监察并未从法律层面上加以规定，导致了效能监察立法的滞后。
（二）以重点开展企业效能监察为核心的效能监察阶段(1992-1999)
1992年9月，中共中央、国务院决定，中央纪委和监察部从1993年起合署办公，实行一套工作机构，两个机关名称，履行党的纪律检查和行政监察两项职能的体制。纪检、监察机关合署办公是根据以下三个指导原则进行的：(1)有利于在党中央和各级党委统一领导下，进一步加强党的纪律检查和行政监察两项职能；(2)有利于国务院和各级政府继续加强对行政监察工作的领导，使各级监察机关领导班子便于继续向政府负责；(3)有利于避免纪检、监察工作的重复交叉以及精简机构和人员。合署办公后的中纪委和监察部履行党的纪律检查和行政监察两项职能。中纪委对党中央全面负责。合署后的监察部依照宪法规定仍然属于国务院序列，接受国务院的领导。中纪委、监察部合署办公，是我国党政监督体制的一项重大改革，在“合署办公”大体制下，监察机关如何发挥监察机关的职能作用，如何在合署的体制下找到监察机关的位置，成为监察机关紧迫而又艰巨的任务。具体地说，在“合署办公”体制下案件查办已经不是监察机关的主要职能。
在这种形势下，监察机关充分认识到行政监察的战略目标应当进行调整，从通过廉政监察，实现为经济建设服务的单一目标，转化为通过全面监察职能的履行，实现多目标：为政府的中心工作服务、为深化改革的重大举措服务、为政府自身如何提高管理水平服务以及紧贴社会和群众关心的热点问题开展监察。而在多目标监察工作中，监察机关所涉及的问题已经不单纯是对违法违纪者给予政纪处分那么简单，而执法监察同样难以支撑监察工作的多元化。同时，监察机关所面对的诸多问题均可归结为一个实质性问题，即政府效能问题。因此，监察机关的效能监察职能在这一特定的历史背景下真正得以确立。
这一时期，效能监察在地方普遍推开，地方各级监察机关牢牢把握住改善行政管理，提高行政效能，防止和克服官僚主义及各种不良行政行为，开展效能监察，并普遍开始进行效能监察的试点工作。监察机关通过试点，结合各自特点，大胆探索效能监察新途径、新方法，着力解决行政机关的作风、效率和政令不畅的问题，通过效能监察，促进行政机关履行职责，提高行政服务质量。1997年监察部在北京市海淀区召开行政效能监察工作现场会，总结交流了北京市海淀区、吉林省四平市等地的工作检验。
行政效能监察的试点与推开，为国有企业如何开展监察工作，提供了一个非常好的思路。《行政监察条例》确立了全民所有制企业、事业单位监察机构的法律地位，但是，企业监察职能与特点是什么，企业监察机构如何为企业服务，这一系列问题一直困扰着企业监察工作。企业监察机构也在进行效能监察的探索。当行政效能监察工作开展得并不非常顺畅的时候，企业效能监察却在企业经营管理中找到了用武之地，企业效能监察的有效性，从企业效能监察活动领域可见一斑。尤其是化工系统各级监察部门根据“监察工作要为维护政治稳定、促进经济发展服务”的指导思想，配合“质量、品种、效益年”活动，积极探索效能监察的路子，在开展效能监察的43个单位中，共计提出合理化建议4 599条，增加经济收益和挽回经济损失3 867万元，追回欠款和消化不利因素1.5亿元。监察部及时总结化工系统的工作经验，向全国监察系统推广。企业效能监察在下列领域开展效能监察：
(l)对管理人员活动进行效能监察。监察其是否正确贯彻党和国家的路线、方针、政策和法律、法规以及公司各项规章制度；是否正确行使职权，坚持民主科学决策；是否尽职尽责，勤奋高效；是否有工作决策失误，滥用职权，官僚主义，工作失责或推诿扯皮，有令不行，弄虚作假等行为。
(2)对安全生产管理活动进行效能监察。监察是否认真执行安全生产法律、法规以及安全生产管理规定；有否违反技术操作规范和安全工作规程的行为，有否思想麻痹，违章指挥，玩忽职守等。
(3)对物资、设备管理活动进行效能监察。监察物资、设备的采购供应是否按有关规定进行招投标管理，是否按期、按质、按量且以降低成本，提高经济效益为宗旨，进行物资采购与验收、保管、领用，有否盲目采购，或采购质次价高的物资，或在采购中弄虚作假给企业造成经济损失等活动。
(4)对财务管理活动进行效能监察。监察是否按照国家财政法规、财经纪律和财务制度进行财务管理，有否违反国家会计法规和财务管理规定，做假账、假报表，或截留企业资金，私设“账外账”、“小金库”，有否由于监管不力，造成企业资金被贪污、挪用、挥霍浪费，有否违反有关规定为他人信贷担保、借贷资金等问题而给企业造成经济损失或影响单位信誉。
(5)对经营活动进行效能监察。监察是否坚持“以效益为中心”的经营理念，经营活动是否合法，是否根据市场需要，认真贯彻了营销策略，有否违反国家法律、法规和公司章程或不经市场调查论证、不经集体研究而擅自盲目决策的，或在经营过程中，因官僚主义严重、失职渎职而上当给单位造成重大经济损失的，违反有关规定在服务活动中，刁难客户，索要钱物或内外串通，损害企业利益等。
(6)对基建工程管理活动进行效能监察。监察有关工程是否按照国家管理程序审批立项报建，是否进行工程建设招投标管理，对设计、施工质量、进度、工程量、竣工验收等的监督和管理是否到位，有否决策失误、招投标不规范、监工不力、验收不严等现象，而给企业造成经济损失。
(7)对人事、劳动、教育管理活动进行效能监察。监察是否坚持党管干部的原则，选拔任用干部是否全面正确贯彻德才兼备、选贤任能的用人标准，是否遵守干部工作纪律以及劳动管理的《劳动法》。
(8)对生活后勤管理活动进行效能监察。监察是否在住房、食堂、医药卫生、交通工具、通讯设施、办公条件、生活福利等方面建立了规章制度，并严格执行，是否认真执行厂务公开，加强群众监督制度，有否违反规定，以权谋私，乱收费等给企业带来不良影响等。
可见，企业效能监察是行政效能监察的延续，实现了监察功能在企业的最大化。企业效能监察所取得的成效是令人瞩目的。从中我们可以得出以下几点结论：
(1)企业效能监察始终抓住为企业经营管理活动服务这一抓手，成绩斐然。那么，行政效能监察的抓手在哪里？如何通过这一抓手确立行政监察机关在政府中的重要地位？企业以经济效益为其单一目标，企业监察机构抓住这一要点，就能够确立企业监察机构在企业中的重要地位。而行政监察机关的眼光应当对内，通过效能监察，完善行政组织的内部管理体系与机制，保障行政组织具备为社会提供公共产品和公共服务的综合能力。
(2)企业效能监察所取得的成效，使得我们应当反思以构建现代企业制度代替企业监察的发展思路是不是正确的？建构现代企业制度是不是根治国企腐败的唯一良药？是否需要国家监督权的切入，才能真正保障国有资产的保值、升值，国有资产不流失？企业效能监察的实践似乎向我们证明了进一步加强企业监察的必要性。因此，行政监察机关如何加强对企业监察机构的领导与指导，已经成为这一历史时期企业监察工作的重要问题。但从这一时期企业监察的实践来看，企业监察工作更多地体现为行政主管部门的监察机关的领导，即以行业监察部门领导为主，政府的监察机关指导为辅的体制。
(3)企业开展效能监察缺乏法律法规的支持。1997年随着《行政监察法》的出台，取消了《行政监察条例》有关企业监察工作的条款，企业开展效能监察工作的主要依据是中央提出的反腐政三项工作格局、上级工作部署和领导讲话。由于监察部门组织协调作用的有限性，客观导致效能监察工作的成效，在很大程度上取决于企业主要领导的态度。因此，在强化行政效能监察的同时，在企业效能监察工作法制化方面有所突破，势在必行。
（三）以行政效能建设为核心的效能监察阶段(1999-2006)
在企业效能监察取得阶段性成果的同时，行政效能监察工作也在不断地思考与探索，使效能监察更具针对性和实效性。如何使效能监察更好地贴近党委、政府的中心工作，更好地体现反腐倡廉、综合治理的要求，更好地为改革、发展、稳定的大局服务。北京、福建、广东、陕西、山东、吉林等许多地区的实践，尽管形式不同，要求各异，但都取得了比较明显的经济、社会效益，积累了市场经济条件下有效履行效能监察职能的经验，为行政效能监察的进一步发展奠定了基础。
在探索进一步开展效能监察的实践中，福建省漳州市率先提出了“跳出效能监察，抓效能建设的思路”，在战略上以行政效能建设全局观推进行政效能监察工作。
1999年初，福建省漳州市纪委、监察局通过深入调查研究，探索性地提出，把效能监察拓展为效能建设。1999年4月，漳州市委、市政府决定，在全市党政群和司法机关开展机关效能建设，把监察机关开展的专项效能监察活动，提升为由党委、政府统一组织实施的效能建设工作，同时把效能监察寓于效能建设之中，加强组织协调和督促检查，促进行政管理的改善和行政效能的提高。福建省纪委、监察厅高度重视漳州市的探索和实践，及时给予了指导，认真总结他们的有益经验。同年8月，在漳州市召开了全省辖区市纪委书记、监察局长会议，推广漳州的经验，并在深入调查研究的基础上，及时向省委、省政府提出推广建议。省委、省政府十分关注漳州效能建设的探索和实践，于2000年3月23日作出《关于开展机关效能建设工作的决定》，在全省乡镇以上各级机关全面开展机关效能建设。省、市、县、乡四级政府成立效能建设委员会，下辖效能建设办公室，效能建设办公室负责在本区域机关效能建设工作的组织实施，同时成立机关效能投诉中心，负责受理和调查本区域效能问题的投诉。该中心与同级效能建设办公室合署办公。形成了“一委、一办、一中心”的效能建设与效能监察体制。
中央纪委、监察部十分重视福建省的效能建设，原中央政治局常委、中央纪律检察委员会书记尉健行同志曾多次作出批示，指出：“福建省纪委、监察厅从抓效能监察人手发展到抓效能建设，是一种很好的探索，也符合加强党风廉政建设要逐步加大制度建设的要求”。福建省效能建设具有以下特点：(1)把提高效能与行政机关自身建设相联系。建构党委、政府的领导和统一部署，纪检监察组织协调，部门各负其责，人民群众积极参与的领导体制和工作机制。(2)构筑了一个效能建设与效能监察有机结合的制度平台。效能建设把党风廉政建设和反腐败斗争已形成的各种载体，如行风评议、整顿作风、自查自纠、督促落实等有机地结合在一起，形成一个制度平台。(3)强调效能监察和廉政监察的统一。效能建设注重把廉政与勤政有机地结合起来，通过效能监察发现廉政问题，惩戒违法违纪行为；通过廉政监察，由表及里，发现制度存在的问题，堵塞漏洞。
福建省效能建设经验为效能监察工作的制度创新提供了有价值的样本，对全国效能监察工作的发展与深化起到了较大的推动作用。
1999年12月，中国监察学会效能监察理论暨工作经验座谈会在北京召开，监察部部长何勇对历年来效能监察工作做了系统总结和评述，并就效能监察工作的地位和作用、效能监察工作的指导思想和原则、效能监察存在的问题以及如何创造性地开展效能监察进行了高屋建瓴式的阐释。这一报告筑实了效能监察工作的基础，指明了今后效能监察工作发展的方向。何勇同志指出：“党的十四大以来，名级纪检监察机关认真履行两项职能，在深入开展反腐败斗争中，拓宽视野，勇于实践，在效能监察方面做了许多有益的探索，取得了较好的成绩。近几年，许多地区进一步把效能监察工作引向深入，在行政机关开展了行政效能监察工作。目前，全国已有23个省（自治区、直辖市）不同程度地开展了这项工作，其中北京、福建、吉林、四川等地的8个大中城市设立了行政效能投诉中心，在促进政府部门转变职能、转变工作方式和工作作风、提高工作效率等方面发挥了很好的作用。化工部、铁道部、石油天然气集团公司等单位广泛开展了企业效能监察活动，推动了企业的改革与发展。在肯定成绩的同时，我们还要看到效能监察尽管开展了十年，许多地区和部门做了积极探索，但这项工作从整体上看仍然处于起步和摸索阶段，还有大量的工作要做。”