(一)中国坚持对日友好合作政策
2005年，中国领导人相继就发展中日关系问题发表了重要谈话。
3月14日，温家宝总理在记者招待会上就加强和改善中日关系提出了三项原则和三点建议。三项原则是：以史为鉴，面向未来；坚持一个中国原则；加强合作，共同发展。三点建议是：（1)积极创造条件，促进中日高层的互访；（2)由双方的外交部门共同着手对加强中日友好进行战略性研究；（3)妥善处理历史遗留问题。
4月23日晚，在印尼参加亚非峰会的胡锦涛主席在会见小泉纯一郎首相时就改善和发展中日关系提出了五点主张：（1)要严格遵守《中日联合声明》、《中日和平友好条约》和《中日联合宣言》三个政治文件，以实际行动致力于发展面向21世纪的中日友好合作关系；（2)要切实坚持“以史为鉴、面向未来”，希望日方能以严肃慎重的态度处理好历史问题；（3)要正确处理好台湾问题；（4)要坚持通过对话，平等协商，妥善处理中日之间的分歧；（5)要进一步加强交流与合作，进一步加强民间友好往来，以增进相互了解，扩大共同利益，使中日关系健康稳定地向前发展。
在中方的积极倡导下，中日两国的外交与安全领域对话有所进展。
在外交领域，中方于2005年2月提出了举行副部长级“中日战略对话”的建议。该对话（日本称“综合政策对话”）先后于5月13-14日（北京）、6月23-24日（东京）、10月14-17日（北京)举行了三轮会谈。3月28日，中日外交部门司局长级会谈在东京举行；4月17-18日，町村信孝外相访华。另外，5月30-31日和9月30日-10月1日，中日举行了第二轮和第三轮“东海问题”司局长级磋商。
10月8日，日本外务省启动了由外务省事务次官、外务审议官，以及包括亚大局(亚州大洋洲局）以外各部门局级干部等参加的对华工作会议机制。据悉，这种机制系日本近代以来的首创，足见其正把更多的外交注意力投向中国。
在安全领域，3月24日，中国人民解放军副总参谋长熊光楷与来华访问的日本防卫厅事务次官守屋武昌进行了第六次中日防务安全磋商。8月21日，日本笹川日中友好基金安排的中国人民解放军第五批中青年军官进修团抵达日本进行为期两周的访问。11月22日，日本新任防卫厅长官额贺福志郎在一个电视节目中表示，希望与中国加强友好关系，以避免两个亚洲大国间发生冲突。
然而，中日外交与安全对话，却因日本做出的一系列不友好甚至充满敌意的行动而严重受挫。
(二）日本挑起“历史”与“现实”摩擦
1.日本恶化中日政治关系氛围
2005年，日本一再挑起了“历史问题”摩擦。
在“历史教育”问题上，日本采取了倒打一耙、以攻为守的态势。3月4日，町村外相在参院预算委员会上称：将要求中国“改善历史教育”4月5日，日本政府再次为扶桑社出版的严重歪曲侵略历史的《新历史教科书》开了绿灯，但在日本和平团体的斗争和抵制下，该教科书在日本全国的采用率仅达0.4%。
这一年，日本右翼政治势力否认侵略历史的“妄言”再次出现一个高潮。3月6日，文科省政务官下村博文公然支持中山成彬文科相2004年11月发表的“现在的教科书中有关随军慰安妇和强抓劳工的记述减少是一件好事”的“妄言”，下村还把1982年日本政府发表的“近邻各国条款”指责为“自虐史观”；6月11日，中山成彬文科相再次称：“日本在当时根本就没有‘随军慰安妇’这个词。”
日本政要的“妄言”锋芒直指二战结论。5月26日，日本厚生劳动省政务官森冈正宏把远东国际军事审判诬为“占领军任意的单方面审判”，称“被当作是战犯的人们，早已做出忏悔，因此在日本国内不再存有战犯问题”。5月27日，自民党总务会长久间章生力也称“甲级战犯的标签是由外国贴上去的”。对这些言论，细田博之官房长官表示“政府见解与之有很大的不同，不容混为一谈，也不在议论范围之内。”然而，到了10月25日，日本内阁在国会答辩中称：“日本国内不存在任何战犯”，“对于远东国际法庭以及联合国战犯法庭所判的刑，并不是按照日本国内法所作的判决。”
10月底，小泉首相组成了鹰派色彩更浓的新内阁。11月16日，新任外相麻生太郎称“在靖国神社问题上批判日本的只有中国和韩国”；11月21曰麻生又称，靖国神社内的“游就馆”并非是美化战争，还称这个博物馆“只是展示战时的状况而已”。
关于2005年日本政界在历史问题上的动向，10月17日，小泉对靖国神社进行了其任内第五次参拜。常言道，事不过三。小泉作为日本政府首脑，一再坚持参拜供奉着双手沾满中国人民鲜血的侵略战争责任者-二战甲级战犯亡灵的靖国神社，把中日关系的政治氛围恶化到了极点。
2.日本恶化中日安全关系氛围
2005年2月19日，美日外交、防务负责人举行了“2+2会谈”，发表了《联合声明》，提出了12项共同战略目标，包括对台湾问题摆出了公然干预的姿态，并提出了调整美日军事同盟的方向。美日干预台湾问题的手法开始由“模糊化”转向“清晰化”。4月29日，町村外相在纽约竟称：“(台湾问题)本来就是日美安保条约的对象。迄今为止的日本对台湾政策全然没有变化。”这是1972年以来日本外相第一次提出日本仍在坚持中日复交前的干预台湾政策，这不能不是日本对华政策的惊人倒退。10月29日，美日举行这一年第二次“2+2会谈”，发表了题为《美日同盟：为了未来的改革与重组》的中期报告，提出了加快美日军事一体化的目标和调整驻日美军军事部署的具体措施。日本加快了“借船出海”的步伐，正加紧构筑外向型军事体系。
这一年，日本继续游说欧盟，反对其解除对华军售禁令。6月5日，防卫厅长官大野功统在新加坡向英国国防部长利德进行游说；9月17日，町村外相在纽约分别向法国外长布拉奇、英国外长斯特劳及欧盟负责安全和外交事务的高级代表索拉那进行游说。
3.日本付出了沉重代价
日本一再向中国挑起政治摩擦，引发了一系列严重后果，也为此付出了沉重的政治代价；（1)原定5月23日举行的吴仪副总理与小泉首相的会谈被取消(2)10月中旬举行的第三轮中日副部长级战略对话不欢而散；（3)中日司局长级东海问题磋商搁浅；（4)原定10月23-24日进行的町村外相访华行程被取消；（5)11月18-19日釜山APEC领导人非正式会议期间中日首脑未能举行会晤；(6)12月12-14日吉隆坡东亚系列会议期间中日首脑未能举行会晤；(7)吉隆坡东亚系列会议期间中日韩三国领导人第七次会晤被延期。
2005年，日本在“争常”问题上采取了绕开中国、以其他国家来包围中国的作法在日本全面恶化中日政治氛围的情况下，中国对日本“入常”的资格提出质疑。在未能得到中、韩等邻国支持的情况下，日本欲在联合国成立60周年之际实现“入常”的梦想破灭日本一再激化与东亚邻国的关系，日益引起国际社会的高度关注。美国国会议员、布什总统、政府官员、主流媒体和学者都纷纷表态，对日本在历史问题上的错误作法进行敲打。东亚各国和其他地区各国，都对日本提出了严厉批判。
所有这些事态的最主要原因，就是小泉参拜靖国神社。小泉应为破坏中日关系和中日韩合作负起历史责任，日本各界也将日益认清小泉的对邻国强硬外交给其国家利益带来的损害。
(三)钓鱼岛和东海划界问题凸显分歧在中国欢庆大年初一的2005年2月9日，日本政府却宣布将右翼团体在钓鱼岛上设立的灯塔“收归国有”。日本从过去打“民间牌”、纵容右翼团体登岛制造“实效控制”既成事实，转到由政府直接出面“租用”岛屿，把右翼团体建造的灯塔“收归国有”，进一步强化“实效控制5月17日，日本第162次国会传出惊人新闻，政府首次正式披露日本有18位居民的“本籍地”是钓鱼岛。中国外交部发言人孔泉2月19日表示，日本对钓鱼岛采取的任何单方面行动都是“非法和无效的”，中方决不接受。
在东海专属经济区和大陆架划界问题上，日本对中国在中日间无争议的本国海域进行天然气开发活动横加指责，并扬言将在其单方面主张的所谓“专属经济区中间线”以东海域进行能源勘探，其政界甚至出现要以舰艇为日本勘测船护航的主张。
2005年5月30-31日和9月30日-10月1月，中日举行了第二轮和第三轮东海问题司局长级磋商。在双方分歧严重的情况下，中国提出了“搁置争议、共同开发”的建议，日本由拒绝接受逐步转为有条件地接受。
(四)经贸与民间氛围转冷
1.贸易出现“由热转凉”
2005年，中日“经热”势头总体上得以保持，但已显现出一些“经凉”迹象。这一年，中日贸易增长约12%，远低于中国对外贸易平均增长水平，中日贸易在中国外贸总额中所占比重已由1994年的24%降至13%。日本在中国贸易伙伴中的位次在下降，而日本对中国的贸易依赖程度却在上升，日本企业对华投资继续呈增长态势。但从今后趋势看，日本企业来华投资势必受到两国政治关系的影响。中日经贸关系的发展，既受到日本“历史翻案风”的影响，也受到日本政府的各种“经济政治化”举措的影响。日本政府诱导其企业向印度、越南等国“分散投资风险”，部分日本中小企业出现了从中国撤资回国或转投其他国家的动向。
日本对华外交强硬化，在经济上付出了沉重代价。据2005年11月媒体报道，德国西门子交通技术集团将与其在中国的合作伙伴唐山机车车辆厂一起，向中国提供时速300公里、将于2008年运行于京津线路的60列高速列车，随后将应用于其他高速列车线路；而川崎重工业公司等日本企业联合体却未能得到同类项目。
2.中日游客明显减少
2005年4月，中国一些城市发生了抗议小泉参拜靖国神社、反对日本“入常”的示威游行，日本企业在华经营环境进一步恶化。4月10日，外交部发言人秦刚答记者问时指出“中日关系出现今天这样的局面，责任不在中方。日方必须认真对待并妥善处理侵华历史等涉及中国人民感情的重大原则问题，多做有利于增进互信，维护两国关系大局的事，而不是相反。”据2005年11月29日《新京报》报道，2005年5月以来，受到两国政治环境影响，中日旅游市场的旅游人数明显减少。
六、2006年：中日关系实现转园
(一）1-9月：“政冷”中酝酿“回暖”
1.积极因素稳步增强
其一，中国的对日政策更加稳定、明确和积极。
2006年3月14日和31日，温家宝总理和胡锦涛主席相继就中日关系发表了重要谈话。其中心内容是：（1)目前中日关系出现困难局面的责任不在中国方面，也不在日本人民，症结在于日本个别领导人坚持参拜供奉有甲级战犯的靖国神社；（2)发展中日世代友好关系是中国的一贯方针，发展中日关系必须遵守“以史为鉴、面向未来”和中日间三个政治文件的原则；（3)只要日本领导人明确做出不再参拜靖国神社的决断，中日首脑会晤和对话就可以恢复。
其二，日本各界及舆论发生积极变化。
小泉参拜靖国神社成为众矢之的。包括所有在世前首相在内的日本资深政要们纷纷表态反对小泉参拜。连日本遗族会会长古贺诚都表示应把甲级战犯从靖国神社加以分祭。100多名议员表示要推动建立国立公墓。2006年5月9日，日本经济同友会发表政策建议，呼吁小泉停止参拜靖国神社。随着最大报纸《读卖新闻》也对参拜“说‘不’”，日本五大主要报纸中仅剩《产经新闻》仍支持首相参拜。
小泉的对华强硬政策日益孤立。2006年3月15日，原宫泽派的丹羽——古贺派、谷垣派及原河野派成立了“亚洲战略研究会”，前首相宫泽喜一、众议院议长河野洋平等在会议上对小泉的对中韩外交提出了批评；4月1日，谷垣派举行会议，把改善与中韩关系列入“政策构想”4月13日，高村派发表政策宣言，把“与中国、印度等亚洲各国发展良好关系”作为重要支柱。日本外务省2006年3月29日发表的民意调查结果显示，回答应改善中日关系者达到77.9%，认为历史问题亟待解决者达到58.9%。面对这种形势，在下届首相竞选中夺冠呼声最高的安倍晋三也开始回避“参拜话题”，而对华外交立场相对温和的福田康夫的支持率一路攀升。
其三，国际舆论敦促日本改善与邻国关系。
包括美欧在内的各国舆论纷纷对小泉参拜靖国神社提出了严厉批评。美国众议院国际关系委员会主席亨利-海德于2006年4月26日致信众议院议长哈斯泰特，要求其不要邀请将于6月份访美的小泉首相在美国国会发表演讲，除非他承诺放弃在8月15日参拜靖国神社。4月10日，布什总统再次对中日韩关系现状表示关切，期待三国关系能够得到改善。美国国务卿赖斯和副国务卿佐利克也一再敦促日本改善对华关系。美国主流媒体在“历史问题”上打破沉默而开始批判日本。
联合国秘书长安南、新加坡总理李显龙，瑞典首相佩尔松等人也对小泉的参拜行为提出了严厉批评。
面对“四面楚歌”的形势，小泉一派在参拜问题上出现了动摇。觊觎“小泉后”首相宝座的安倍晋三和麻生太郎等人也一改超级鹰派面孔而在“参拜”问题上放出了“软话”。
其四，中日东海问题出现新局面。2005年10月底，二阶俊博接替鹰派人物中川昭一出任经济产业相后，主张以友好精神处理日中间东海问题。2006年1月9日，中日就东海问题举行了非正式磋商，3月6-7日、5月18日、7月8-9日，中日第四至第六轮东海问题磋商轮流在北京和东京举行。
其五，中日展开了多层次、多渠道的对话与交流。在政党层次，2006年2月19日，自民党政调会长中川秀直和公明党政调会长井上义久率领的日本执政党代表团来华访问并出席“中日执政党交流机制”首次会议；5月1日，自民党干事长武部勤访华；野田毅、山崎拓等资深政要也来华与中方积极探讨改善中日关系的途径。在政府层次，2月下旬，二阶俊博经产相访华。2月10日、5月7日、9月23日，中日举行了第四至第六轮次战略对话。