李宗仁上台以后，遭到左右两方面所施加的压力，首先他为企求和平，指示行政院派邵力子、张治中、黄绍竑、彭昭贤、钟天心（1902—1987，抗日战争时期，任广东绥靖公署党政处处长。后任“国大”制宪代表、立法院立法委员等。1949年初被国民党政府指派为国共和谈的五位代表之一，未去参加。旋迁居香港。1958年去台湾。）为和谈代表，等候中共方面在双方同意的地点进行和谈。一月二十三日，中共的反应来了，新华社广播了一项声明：一、与南京政府谈判，并非承认南京政府，乃因它尚在控制若干军队；二、谈判地点，俟北平解放后在北平举行；三、反对彭昭贤为南京政府代表（彭昭贤为CC中委）；四、战犯必须惩治，连李宗仁也不能免。中共不承认南京政府的地位，那李宗仁代表什么呢？中共这一态度，削弱了李宗仁谋和的号召力量。
一月二十四日，李宗仁为表明其企求和平的诚意，饬孙科的行政院办理七件事，这就是人们所说的七项“祥和措施”，其中包括：一、各地“剿总”改为军政长官公署；二、释放政治犯；三、解除报章杂志禁令及撤销特种刑事法庭等。关于释放政治犯，最重要的是释放张学良、杨虎城两将军，李宗仁能不能办到这一点，这是检验李氏掌握南京政府实际权力的温度表。
李宗仁对释放张、杨，虽竭尽全力，却迄无所成。事实证明，李氏只享有“代总统”的虚名，他毕竟缺乏指挥整个政府的统一权力。二十年来，蒋介石把党、政、军、财和特务大权一把抓在手里，他没有培植任何人分掌这些权力。李宗仁是地方实力派的一个代表人物，他赖有白崇禧运筹帷幄，同蒋介石斗了二十年，迄今硕果仅存，已属十分侥幸，但若与蒋介石互争雄长，则终感力有未逮。
在军事上，尽管一月上旬于徐淮战败，杜聿明集团全军覆灭，但直到此时，蒋介石直属的中央军，人数仍然远远超过白崇禧指挥的华中部队。蒋氏还拥有一支五十艘舰只的海军舰队，以及八个大队的空军。蒋介石在回到家乡溪口以后，还通过参谋总长顾祝同，收听军事报告，指挥部队调动，调整各级人事。
在财经上，蒋介石依靠去年八月十九日颁行的《财政经济紧急处分令》，向全国人民和工商界敲骨吸髓似的搜刮到金银外汇四亿七千多万美元的财富。此时，这笔金钱都完全集中在上海中央银行俞鸿钧和中国银行总经理席德懋手里。不久，蒋介石又命令汤恩伯负责将这些财富运去台湾。其中，只留二千万元给汤恩伯，而李宗仁则一钱不名。
华府当局对此情况，看得一清二楚。美国新任国务卿艾奇逊在他的回忆录第十三章作了这样的分析：“我就职的那天，（蒋）委员长辞职了，把那个共和国的总统职位交给李宗仁将军。但是，他在辞职以前，已把中国的外汇和货币储备全部搬往台湾，并要求美国把预定运往中国的军事装备运往台湾。这就使李将军既无经费又没有军事装备的来源了。”
李宗仁上台以后，有一事考虑未周，那就是李氏于一月二十七日致电中共主席毛泽东，赞成以中共所提出的“八项条件”为和谈基础。这八项条件是：一、惩办战争罪犯；二、废除伪宪法；三、废除伪法统；四、依据民主原则收编一切反动军队；五、没收官僚资本；六、改革土地制度；七、废除卖国条约；八、召开没有反动分子参加的政治协商会议。成立民主联合政府，接收南京国民党政府及其所属各级政府的一切权力。
这事关系重大，李宗仁没有提交国民党中央政治会议讨论是可以理解的。因为蒋介石下野以后，国民党要员已经星散了。但是李宗仁没有将此事征求行政院长孙科同意，这就引起了府、院之争。（“府”指总统府，“院”指行政院。）又经溪口方面从中挑拨，于是孙阁大员就从一月二十八日起纷纷离开南京，前往上海。到二月上旬，孙科违李宗仁之意，把行政院迁往广州。李宗仁枯守南京孤城，从此南方政府形成了四分五裂的局面。
二月二十三日，美大使司徒雷登向艾奇逊国务卿提出了下列报告，反映李宗仁所遭遇的困难，其中也提到白崇禧的看法，报告说：
在李宗仁与以孙科为首的广东派之间争夺权力的斗争中，李是处于一个基本上脆弱的地位，因为他没有控制大部分军队，缺乏财政来源，而且没有取得蒋委员长和CC政客控制下的国民党官僚机构大部分人的忠顺支持。白崇禧总部向美国驻汉口总领事要求美国援助时坦白承认了，甚至还相当夸大了这一基本弱点。
二月十二日，白崇禧派刘斐到南京，向李宗仁建议说：一国三公，四分五裂，不利于李宗仁的领导形象，兹主张缓和溪口，争取广州合作。李氏因韪其言，当即分别采取措施。
二月十四日，李宗仁派程思远专机去上海迎何应钦入京；张治中不久重新从兰州返宁；翁文灏答应继吴忠信担任总统府秘书长；留沪立委联名电责孙科背弃代总统的罪行；监察院决定南京复会以支持李宗仁。所有这一切，大大加强了李宗仁的政治地位。
在各方面施加的压力下，孙科卒率他的行政院于三月初从广州返抵南京，孙科初愿局部改组内阁，意图恋栈。但孙科包庇他的如夫人蓝妮向中央信托局索回德国染料一案，事属违法乱纪。监察院准备对此提出弹劾，孙科看到势头不对，自动提出辞职，李宗仁于是接受白崇禧的推荐，提出何应钦继孙科任行政院长。
白崇禧因为在北伐任东路军前敌总指挥时，与何应钦合作得很好，所以一直对何氏寄予希望。时人对新阁人选也有好评，一个国民党中常委曾向何应钦致贺词说：“希望你与李、白团结奋斗，重演‘龙潭战役’的盛绩。”意指一九二七年八月，蒋介石首次下野后，孙传芳以全力从龙潭渡过长江偷袭南京，卒赖李、何、白三人忠诚合作，始能转危为安。
但美方对何应钦为人，却没有什么好感。三月十五日，司徒雷登对天津总领事转送天津总商会提出的备忘录，指出：“他们（指天津总商会）感到蒋委员长表面上的引退，对国民政府的性质并没有起多少影响，特别是鉴于何应钦被选为新的行政院长一事，尤其如此。何应钦是把中国弄到目前这样可怜的地步的典型人物，他们相信，在此关头，对一个已经完蛋的政府作进一步的援助，将是没有用处的。他们觉得目前的局势只能由中国人来解决。暂时我们应该采取旁观的政策。”这无异表明，到了此时，司徒雷登的态度已有根本的变化，他不对李宗仁政府抱有任何幻想了。